# TARGET T0440 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 217 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.676 0.217 0.077 0.024 0.005 0.001 0.001 2 K 0.592 0.223 0.096 0.059 0.024 0.005 0.001 3 R 0.332 0.214 0.150 0.148 0.108 0.043 0.006 4 D 0.407 0.212 0.135 0.120 0.079 0.037 0.010 5 G 0.321 0.213 0.160 0.138 0.091 0.049 0.030 6 H 0.304 0.172 0.157 0.145 0.109 0.070 0.043 7 T 0.397 0.238 0.140 0.091 0.062 0.049 0.023 8 H 0.290 0.215 0.170 0.137 0.085 0.072 0.030 9 T 0.226 0.224 0.196 0.179 0.110 0.052 0.014 10 E 0.267 0.302 0.196 0.150 0.064 0.017 0.003 11 F 0.322 0.279 0.182 0.145 0.058 0.013 0.002 12 C 0.344 0.204 0.162 0.172 0.095 0.020 0.002 13 P 0.385 0.330 0.171 0.091 0.020 0.003 0.001 14 H 0.338 0.317 0.175 0.112 0.043 0.013 0.002 15 G 0.172 0.253 0.218 0.178 0.118 0.052 0.009 16 T 0.102 0.187 0.227 0.261 0.154 0.061 0.008 17 H 0.234 0.366 0.221 0.117 0.043 0.015 0.003 18 D 0.258 0.329 0.219 0.122 0.054 0.016 0.002 19 D 0.034 0.216 0.309 0.288 0.122 0.027 0.003 20 V 0.004 0.022 0.066 0.185 0.417 0.278 0.028 21 E 0.020 0.195 0.382 0.287 0.095 0.019 0.001 22 E 0.030 0.346 0.390 0.181 0.044 0.007 0.001 23 M 0.001 0.003 0.017 0.111 0.435 0.403 0.030 24 V 0.001 0.003 0.014 0.104 0.403 0.441 0.035 25 L 0.022 0.368 0.387 0.181 0.035 0.006 0.001 26 K 0.013 0.120 0.363 0.365 0.122 0.016 0.001 27 A 0.001 0.009 0.023 0.130 0.476 0.345 0.015 28 I 0.019 0.105 0.325 0.397 0.127 0.025 0.002 29 E 0.414 0.451 0.094 0.031 0.009 0.001 0.001 30 L 0.040 0.274 0.401 0.234 0.047 0.004 0.001 31 D 0.143 0.424 0.266 0.127 0.035 0.005 0.001 32 F 0.004 0.020 0.083 0.246 0.456 0.186 0.005 33 D 0.004 0.072 0.183 0.412 0.271 0.056 0.002 34 E 0.001 0.006 0.028 0.105 0.351 0.453 0.057 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.364 0.603 36 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.193 0.790 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.965 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.944 39 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.131 0.855 40 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.195 0.777 41 A 0.001 0.001 0.002 0.010 0.056 0.355 0.577 42 P 0.001 0.008 0.025 0.076 0.238 0.430 0.224 43 L 0.004 0.017 0.058 0.163 0.285 0.361 0.112 44 S 0.019 0.077 0.147 0.231 0.253 0.224 0.050 45 S 0.049 0.111 0.167 0.243 0.247 0.155 0.028 46 E 0.128 0.220 0.227 0.185 0.138 0.086 0.016 47 F 0.153 0.177 0.196 0.205 0.156 0.097 0.016 48 M 0.202 0.211 0.200 0.173 0.131 0.074 0.010 49 K 0.270 0.232 0.196 0.147 0.095 0.053 0.007 50 N 0.342 0.226 0.165 0.142 0.081 0.038 0.005 51 T 0.492 0.243 0.127 0.078 0.041 0.017 0.002 52 A 0.570 0.203 0.113 0.073 0.030 0.010 0.001 53 G 0.680 0.172 0.075 0.045 0.021 0.006 0.001 54 D 0.542 0.228 0.115 0.072 0.031 0.010 0.001 55 K 0.543 0.224 0.114 0.075 0.032 0.010 0.001 56 E 0.478 0.253 0.128 0.082 0.040 0.016 0.003 57 A 0.319 0.194 0.167 0.161 0.107 0.045 0.006 58 V 0.373 0.216 0.147 0.135 0.088 0.036 0.006 59 T 0.415 0.237 0.154 0.105 0.057 0.026 0.005 60 T 0.345 0.228 0.154 0.138 0.089 0.039 0.006 61 A 0.177 0.174 0.163 0.194 0.170 0.103 0.018 62 S 0.216 0.193 0.166 0.178 0.145 0.087 0.016 63 M 0.141 0.147 0.149 0.192 0.210 0.135 0.025 64 A 0.120 0.176 0.188 0.221 0.183 0.096 0.015 65 M 0.128 0.211 0.222 0.224 0.141 0.063 0.010 66 S 0.356 0.311 0.162 0.097 0.050 0.020 0.003 67 D 0.145 0.247 0.247 0.197 0.113 0.043 0.008 68 L 0.027 0.064 0.126 0.237 0.316 0.208 0.023 69 P 0.144 0.330 0.266 0.169 0.070 0.019 0.002 70 Y 0.108 0.361 0.297 0.161 0.054 0.016 0.002 71 Y 0.004 0.015 0.049 0.171 0.418 0.323 0.020 72 F 0.005 0.031 0.111 0.271 0.356 0.209 0.017 73 K 0.099 0.417 0.298 0.128 0.043 0.015 0.001 74 K 0.008 0.070 0.235 0.414 0.232 0.040 0.002 75 M 0.001 0.006 0.015 0.076 0.336 0.518 0.047 76 N 0.071 0.293 0.321 0.207 0.088 0.020 0.001 77 H 0.062 0.484 0.352 0.087 0.014 0.002 0.001 78 I 0.003 0.012 0.053 0.280 0.503 0.147 0.003 79 K 0.018 0.111 0.280 0.374 0.182 0.033 0.001 80 K 0.647 0.320 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 81 K 0.167 0.480 0.271 0.074 0.008 0.001 0.001 82 Y 0.040 0.074 0.196 0.439 0.232 0.020 0.001 83 A 0.365 0.371 0.173 0.071 0.019 0.002 0.001 84 S 0.648 0.297 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 85 D 0.162 0.441 0.273 0.104 0.019 0.002 0.001 86 L 0.003 0.032 0.111 0.309 0.429 0.114 0.003 87 L 0.009 0.086 0.212 0.360 0.256 0.073 0.004 88 I 0.001 0.002 0.005 0.029 0.169 0.604 0.190 89 H 0.001 0.006 0.022 0.093 0.244 0.457 0.176 90 I 0.001 0.003 0.008 0.029 0.079 0.332 0.549 91 G 0.001 0.003 0.007 0.021 0.055 0.245 0.669 92 F 0.001 0.002 0.004 0.017 0.064 0.337 0.575 93 E 0.001 0.005 0.012 0.038 0.139 0.372 0.432 94 V 0.003 0.008 0.019 0.047 0.124 0.395 0.404 95 D 0.012 0.035 0.063 0.119 0.218 0.386 0.168 96 Y 0.016 0.036 0.071 0.173 0.273 0.334 0.098 97 L 0.037 0.085 0.132 0.210 0.274 0.220 0.041 98 I 0.146 0.208 0.220 0.216 0.136 0.063 0.012 99 G 0.238 0.297 0.203 0.133 0.079 0.041 0.010 100 Y 0.143 0.216 0.223 0.206 0.142 0.061 0.009 101 E 0.166 0.211 0.221 0.200 0.128 0.065 0.009 102 D 0.392 0.321 0.158 0.077 0.034 0.015 0.002 103 F 0.169 0.263 0.259 0.189 0.090 0.026 0.003 104 T 0.053 0.086 0.133 0.240 0.311 0.163 0.014 105 R 0.163 0.280 0.268 0.193 0.074 0.021 0.002 106 D 0.437 0.372 0.122 0.048 0.016 0.004 0.001 107 F 0.085 0.172 0.237 0.295 0.167 0.043 0.002 108 L 0.081 0.100 0.182 0.303 0.244 0.085 0.005 109 N 0.379 0.347 0.159 0.081 0.027 0.007 0.001 110 E 0.457 0.343 0.122 0.054 0.019 0.005 0.001 111 Y 0.152 0.214 0.255 0.261 0.100 0.017 0.001 112 G 0.337 0.339 0.176 0.091 0.045 0.012 0.001 113 P 0.043 0.155 0.216 0.341 0.207 0.037 0.001 114 Q 0.028 0.218 0.331 0.291 0.114 0.018 0.001 115 T 0.001 0.006 0.023 0.116 0.388 0.441 0.026 116 D 0.001 0.003 0.023 0.136 0.400 0.394 0.044 117 D 0.001 0.001 0.001 0.005 0.047 0.445 0.503 118 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.154 0.837 119 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.940 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.954 121 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.084 0.909 122 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.226 0.749 123 H 0.001 0.001 0.002 0.012 0.071 0.349 0.566 124 F 0.001 0.002 0.009 0.033 0.134 0.469 0.353 125 L 0.002 0.007 0.020 0.070 0.215 0.466 0.219 126 E 0.021 0.077 0.176 0.268 0.251 0.166 0.041 127 G 0.064 0.168 0.214 0.224 0.185 0.120 0.025 128 Q 0.069 0.133 0.184 0.246 0.221 0.124 0.022 129 G 0.154 0.237 0.240 0.177 0.112 0.069 0.012 130 G 0.105 0.160 0.191 0.218 0.183 0.119 0.023 131 F 0.106 0.123 0.145 0.190 0.215 0.184 0.037 132 R 0.100 0.133 0.169 0.193 0.204 0.165 0.035 133 S 0.183 0.168 0.155 0.179 0.159 0.125 0.030 134 I 0.180 0.182 0.177 0.187 0.151 0.103 0.019 135 D 0.199 0.190 0.182 0.186 0.144 0.085 0.014 136 F 0.169 0.154 0.144 0.175 0.189 0.144 0.025 137 S 0.211 0.205 0.201 0.182 0.124 0.067 0.011 138 A 0.331 0.243 0.164 0.133 0.079 0.042 0.007 139 E 0.407 0.236 0.134 0.106 0.069 0.040 0.008 140 D 0.261 0.202 0.183 0.158 0.118 0.064 0.013 141 Y 0.222 0.206 0.183 0.179 0.133 0.066 0.010 142 N 0.337 0.251 0.171 0.128 0.072 0.035 0.005 143 E 0.392 0.265 0.153 0.101 0.057 0.028 0.004 144 G 0.219 0.195 0.172 0.184 0.145 0.074 0.010 145 I 0.165 0.136 0.156 0.204 0.194 0.124 0.021 146 V 0.314 0.232 0.184 0.144 0.083 0.039 0.006 147 Q 0.320 0.251 0.166 0.131 0.086 0.041 0.005 148 F 0.186 0.151 0.150 0.191 0.182 0.122 0.017 149 Y 0.218 0.170 0.180 0.198 0.147 0.078 0.010 150 G 0.348 0.234 0.152 0.132 0.086 0.041 0.005 151 G 0.177 0.165 0.165 0.205 0.186 0.090 0.012 152 F 0.232 0.229 0.212 0.185 0.102 0.035 0.004 153 E 0.370 0.294 0.161 0.103 0.049 0.020 0.003 154 Q 0.401 0.252 0.140 0.111 0.067 0.026 0.003 155 A 0.154 0.270 0.250 0.191 0.102 0.028 0.004 156 Q 0.039 0.119 0.216 0.288 0.236 0.093 0.010 157 L 0.214 0.372 0.222 0.125 0.050 0.014 0.002 158 A 0.158 0.395 0.280 0.123 0.035 0.008 0.001 159 Y 0.003 0.012 0.046 0.184 0.457 0.285 0.014 160 L 0.003 0.026 0.094 0.268 0.374 0.215 0.021 161 E 0.045 0.302 0.287 0.217 0.104 0.041 0.004 162 G 0.002 0.030 0.178 0.391 0.300 0.092 0.006 163 V 0.001 0.001 0.002 0.015 0.140 0.661 0.181 164 K 0.001 0.013 0.078 0.267 0.400 0.221 0.020 165 Q 0.012 0.165 0.347 0.310 0.125 0.039 0.001 166 S 0.001 0.006 0.023 0.122 0.386 0.417 0.046 167 I 0.001 0.002 0.004 0.025 0.184 0.652 0.133 168 E 0.014 0.109 0.263 0.372 0.190 0.050 0.003 169 A 0.025 0.183 0.304 0.324 0.136 0.028 0.001 170 D 0.004 0.015 0.035 0.146 0.388 0.378 0.035 171 L 0.013 0.044 0.125 0.288 0.337 0.175 0.018 172 G 0.256 0.416 0.196 0.095 0.028 0.008 0.001 173 L 0.171 0.339 0.243 0.163 0.069 0.014 0.001 174 F 0.067 0.205 0.269 0.269 0.146 0.041 0.003 175 K 0.040 0.201 0.311 0.259 0.148 0.040 0.001 176 P 0.003 0.010 0.036 0.171 0.397 0.353 0.031 177 R 0.002 0.015 0.051 0.178 0.369 0.338 0.048 178 R 0.001 0.001 0.001 0.009 0.066 0.409 0.514 179 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.195 0.783 180 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.123 0.860 181 H 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.137 0.842 182 I 0.001 0.001 0.003 0.012 0.052 0.276 0.657 183 S 0.001 0.004 0.013 0.039 0.117 0.355 0.471 184 L 0.001 0.004 0.011 0.037 0.118 0.408 0.421 185 C 0.002 0.005 0.014 0.044 0.157 0.496 0.282 186 Q 0.006 0.029 0.086 0.211 0.307 0.296 0.065 187 K 0.014 0.062 0.148 0.231 0.289 0.219 0.038 188 F 0.018 0.061 0.119 0.228 0.321 0.225 0.028 189 Q 0.057 0.143 0.221 0.279 0.203 0.090 0.007 190 Q 0.257 0.306 0.208 0.135 0.067 0.025 0.002 191 F 0.306 0.261 0.193 0.144 0.071 0.024 0.002 192 F 0.410 0.217 0.164 0.125 0.064 0.019 0.001 193 G 0.615 0.227 0.093 0.044 0.016 0.005 0.001 194 E 0.433 0.220 0.147 0.122 0.060 0.017 0.001 195 D 0.460 0.295 0.139 0.070 0.028 0.008 0.001 196 T 0.176 0.177 0.198 0.240 0.155 0.051 0.004 197 S 0.298 0.255 0.188 0.159 0.075 0.023 0.002 198 D 0.373 0.280 0.166 0.113 0.052 0.015 0.001 199 F 0.268 0.306 0.214 0.142 0.057 0.012 0.001 200 S 0.111 0.202 0.241 0.249 0.147 0.047 0.003 201 E 0.371 0.342 0.152 0.092 0.034 0.009 0.001 202 E 0.135 0.337 0.304 0.156 0.056 0.010 0.001 203 V 0.005 0.027 0.077 0.247 0.429 0.205 0.010 204 M 0.004 0.067 0.235 0.374 0.263 0.054 0.003 205 E 0.054 0.359 0.315 0.189 0.066 0.017 0.001 206 K 0.001 0.007 0.058 0.258 0.434 0.227 0.016 207 F 0.001 0.001 0.001 0.008 0.138 0.676 0.177 208 R 0.001 0.020 0.178 0.439 0.272 0.084 0.006 209 V 0.002 0.055 0.210 0.397 0.244 0.088 0.004 210 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.630 0.307 211 L 0.001 0.001 0.001 0.017 0.182 0.704 0.096 212 A 0.001 0.087 0.324 0.391 0.166 0.029 0.002 213 L 0.001 0.009 0.089 0.376 0.374 0.146 0.005 214 V 0.001 0.001 0.002 0.023 0.286 0.637 0.051 215 K 0.005 0.059 0.276 0.438 0.179 0.041 0.002 216 K 0.293 0.523 0.122 0.048 0.013 0.002 0.001 217 R 0.017 0.186 0.474 0.280 0.041 0.002 0.001 218 D 0.114 0.428 0.279 0.134 0.040 0.005 0.001 219 Y 0.001 0.015 0.068 0.227 0.437 0.241 0.010 220 E 0.001 0.001 0.007 0.060 0.269 0.540 0.123 221 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.361 0.596 222 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.105 0.886 223 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.102 0.881 224 N 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.163 0.806 225 T 0.001 0.001 0.003 0.014 0.065 0.329 0.587 226 A 0.002 0.009 0.022 0.062 0.151 0.378 0.376 227 G 0.009 0.026 0.051 0.099 0.229 0.390 0.196 228 L 0.012 0.029 0.058 0.137 0.245 0.388 0.131 229 F 0.028 0.104 0.161 0.260 0.268 0.154 0.025 230 K 0.098 0.210 0.258 0.228 0.140 0.056 0.011 231 P 0.263 0.271 0.201 0.150 0.076 0.032 0.007 232 L 0.229 0.293 0.221 0.151 0.074 0.028 0.005 233 C 0.108 0.130 0.171 0.224 0.222 0.124 0.020 234 G 0.269 0.249 0.186 0.142 0.092 0.052 0.010 235 E 0.194 0.191 0.194 0.189 0.134 0.082 0.016 236 T 0.118 0.125 0.125 0.199 0.222 0.180 0.032 237 Y 0.038 0.082 0.139 0.204 0.262 0.232 0.044 238 P 0.028 0.098 0.153 0.266 0.267 0.159 0.029 239 P 0.028 0.148 0.235 0.270 0.206 0.100 0.014 240 K 0.136 0.328 0.287 0.171 0.061 0.014 0.002 241 K 0.062 0.329 0.345 0.180 0.065 0.016 0.003 242 I 0.001 0.004 0.017 0.087 0.361 0.480 0.050 243 V 0.001 0.011 0.056 0.240 0.408 0.266 0.019 244 T 0.040 0.437 0.307 0.150 0.052 0.013 0.001 245 L 0.002 0.031 0.215 0.460 0.240 0.052 0.001 246 A 0.001 0.005 0.011 0.081 0.431 0.454 0.017 247 S 0.039 0.211 0.398 0.278 0.064 0.010 0.001 248 E 0.461 0.422 0.087 0.023 0.005 0.001 0.001 249 L 0.020 0.171 0.414 0.330 0.061 0.004 0.001 250 Q 0.159 0.580 0.200 0.050 0.010 0.001 0.001 251 I 0.001 0.007 0.047 0.221 0.474 0.241 0.009 252 P 0.001 0.006 0.034 0.200 0.459 0.282 0.020 253 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 0.497 0.436 254 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.150 0.836 255 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.071 0.922 256 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.084 0.906 257 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.254 0.706 258 D 0.001 0.001 0.004 0.018 0.084 0.318 0.574 259 S 0.001 0.004 0.012 0.030 0.093 0.359 0.501 260 H 0.004 0.010 0.021 0.064 0.191 0.465 0.246 261 G 0.011 0.045 0.102 0.219 0.281 0.266 0.077 262 V 0.048 0.094 0.159 0.234 0.237 0.172 0.055 263 Q 0.172 0.270 0.219 0.160 0.101 0.057 0.021 264 D 0.081 0.156 0.203 0.246 0.182 0.103 0.029 265 I 0.023 0.033 0.058 0.134 0.269 0.380 0.103 266 G 0.128 0.186 0.191 0.203 0.169 0.097 0.025 267 R 0.303 0.330 0.209 0.101 0.039 0.015 0.003 268 G 0.168 0.220 0.235 0.207 0.121 0.044 0.005 269 Y 0.075 0.122 0.200 0.312 0.227 0.061 0.004 270 S 0.525 0.330 0.106 0.030 0.008 0.002 0.001 271 T 0.412 0.351 0.176 0.053 0.008 0.001 0.001 272 Y 0.221 0.201 0.194 0.237 0.130 0.017 0.001 273 C 0.240 0.310 0.262 0.145 0.039 0.004 0.001 274 Q 0.742 0.208 0.040 0.009 0.001 0.001 0.001 275 K 0.664 0.232 0.071 0.025 0.007 0.001 0.001