# TARGET T0440 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1471 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.002 0.001 0.002 0.064 0.914 2 K 0.191 0.020 0.003 0.009 0.074 0.701 3 R 0.325 0.043 0.004 0.005 0.086 0.537 4 D 0.405 0.041 0.008 0.007 0.127 0.412 5 G 0.502 0.012 0.015 0.009 0.162 0.300 6 H 0.573 0.013 0.018 0.009 0.151 0.237 7 T 0.600 0.021 0.021 0.016 0.150 0.190 8 H 0.436 0.040 0.031 0.019 0.187 0.287 9 T 0.260 0.023 0.033 0.017 0.265 0.401 10 E 0.184 0.029 0.042 0.023 0.343 0.378 11 F 0.129 0.084 0.040 0.026 0.336 0.386 12 C 0.068 0.063 0.032 0.015 0.504 0.318 13 P 0.034 0.018 0.059 0.025 0.630 0.234 14 H 0.024 0.028 0.084 0.022 0.596 0.246 15 G 0.024 0.051 0.055 0.016 0.591 0.263 16 T 0.012 0.016 0.011 0.006 0.636 0.319 17 H 0.014 0.019 0.008 0.021 0.489 0.450 18 D 0.010 0.027 0.002 0.021 0.370 0.571 19 D 0.008 0.018 0.002 0.191 0.212 0.569 20 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 21 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 22 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 23 M 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 24 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 28 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 29 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.003 30 L 0.001 0.001 0.007 0.937 0.011 0.044 31 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.979 32 F 0.011 0.005 0.002 0.001 0.147 0.835 33 D 0.096 0.001 0.004 0.001 0.160 0.739 34 E 0.900 0.006 0.002 0.001 0.026 0.067 35 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 36 S 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 37 I 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 38 V 0.752 0.004 0.001 0.002 0.031 0.211 39 E 0.434 0.006 0.003 0.003 0.170 0.383 40 H 0.149 0.017 0.016 0.007 0.373 0.439 41 A 0.059 0.016 0.023 0.009 0.567 0.325 42 P 0.040 0.027 0.043 0.022 0.616 0.252 43 L 0.015 0.025 0.032 0.049 0.446 0.433 44 S 0.014 0.013 0.020 0.140 0.278 0.535 45 S 0.001 0.001 0.035 0.906 0.033 0.025 46 E 0.001 0.001 0.026 0.949 0.016 0.007 47 F 0.002 0.001 0.029 0.949 0.015 0.004 48 M 0.004 0.002 0.013 0.961 0.011 0.009 49 K 0.003 0.001 0.012 0.967 0.009 0.008 50 N 0.003 0.001 0.015 0.958 0.015 0.010 51 T 0.002 0.001 0.013 0.956 0.018 0.011 52 A 0.002 0.002 0.019 0.922 0.032 0.023 53 G 0.002 0.001 0.068 0.833 0.054 0.043 54 D 0.004 0.002 0.145 0.630 0.121 0.098 55 K 0.004 0.002 0.179 0.508 0.167 0.140 56 E 0.008 0.002 0.025 0.021 0.230 0.715 57 A 0.078 0.011 0.011 0.006 0.191 0.704 58 V 0.470 0.022 0.008 0.003 0.105 0.393 59 T 0.727 0.030 0.008 0.002 0.047 0.186 60 T 0.697 0.020 0.017 0.003 0.104 0.158 61 A 0.597 0.004 0.023 0.005 0.174 0.198 62 S 0.506 0.007 0.016 0.010 0.203 0.259 63 M 0.729 0.020 0.007 0.005 0.088 0.152 64 A 0.785 0.016 0.005 0.007 0.048 0.139 65 M 0.643 0.027 0.046 0.026 0.165 0.093 66 S 0.322 0.017 0.071 0.029 0.383 0.178 67 D 0.162 0.012 0.116 0.071 0.458 0.182 68 L 0.192 0.026 0.071 0.116 0.414 0.182 69 P 0.141 0.013 0.117 0.227 0.295 0.208 70 Y 0.071 0.014 0.144 0.443 0.230 0.099 71 Y 0.058 0.009 0.129 0.526 0.189 0.090 72 F 0.057 0.007 0.117 0.561 0.170 0.088 73 K 0.072 0.005 0.095 0.572 0.147 0.108 74 K 0.075 0.007 0.048 0.698 0.072 0.099 75 M 0.038 0.003 0.020 0.876 0.025 0.038 76 N 0.039 0.001 0.025 0.847 0.037 0.051 77 H 0.028 0.002 0.022 0.889 0.029 0.029 78 I 0.026 0.004 0.018 0.894 0.030 0.029 79 K 0.017 0.002 0.032 0.860 0.045 0.044 80 K 0.011 0.001 0.060 0.820 0.056 0.052 81 K 0.018 0.004 0.066 0.703 0.094 0.115 82 Y 0.020 0.012 0.062 0.520 0.163 0.222 83 A 0.020 0.010 0.044 0.112 0.583 0.229 84 S 0.010 0.002 0.135 0.161 0.565 0.128 85 D 0.020 0.002 0.106 0.150 0.612 0.110 86 L 0.192 0.020 0.066 0.116 0.491 0.115 87 L 0.525 0.015 0.024 0.078 0.112 0.246 88 I 0.844 0.015 0.015 0.043 0.027 0.056 89 H 0.842 0.007 0.020 0.065 0.050 0.017 90 I 0.782 0.004 0.017 0.086 0.076 0.036 91 G 0.516 0.002 0.017 0.100 0.239 0.126 92 F 0.846 0.007 0.003 0.018 0.070 0.056 93 E 0.913 0.006 0.002 0.016 0.025 0.039 94 V 0.826 0.010 0.007 0.030 0.066 0.062 95 D 0.519 0.007 0.022 0.044 0.218 0.190 96 Y 0.516 0.023 0.019 0.039 0.180 0.222 97 L 0.342 0.028 0.018 0.068 0.277 0.267 98 I 0.122 0.016 0.018 0.075 0.411 0.358 99 G 0.028 0.007 0.022 0.129 0.441 0.373 100 Y 0.036 0.019 0.065 0.394 0.296 0.191 101 E 0.035 0.013 0.070 0.430 0.213 0.238 102 D 0.019 0.008 0.092 0.406 0.272 0.203 103 F 0.005 0.003 0.082 0.702 0.112 0.095 104 T 0.007 0.005 0.033 0.874 0.033 0.048 105 R 0.003 0.001 0.034 0.926 0.023 0.014 106 D 0.002 0.001 0.013 0.965 0.010 0.010 107 F 0.001 0.001 0.009 0.983 0.005 0.003 108 L 0.001 0.001 0.013 0.975 0.007 0.004 109 N 0.001 0.001 0.025 0.953 0.014 0.007 110 E 0.001 0.001 0.019 0.915 0.032 0.032 111 Y 0.001 0.005 0.020 0.792 0.068 0.114 112 G 0.002 0.004 0.019 0.062 0.362 0.551 113 P 0.001 0.001 0.319 0.105 0.420 0.154 114 Q 0.007 0.005 0.416 0.072 0.403 0.098 115 T 0.019 0.018 0.328 0.121 0.397 0.118 116 D 0.024 0.009 0.095 0.176 0.375 0.320 117 D 0.076 0.004 0.078 0.211 0.369 0.262 118 G 0.378 0.014 0.048 0.121 0.248 0.191 119 V 0.686 0.017 0.018 0.078 0.092 0.108 120 L 0.699 0.017 0.015 0.067 0.071 0.132 121 S 0.674 0.008 0.014 0.065 0.078 0.162 122 L 0.678 0.007 0.021 0.071 0.079 0.144 123 H 0.645 0.014 0.023 0.073 0.100 0.146 124 F 0.561 0.018 0.030 0.066 0.177 0.148 125 L 0.377 0.018 0.040 0.089 0.278 0.198 126 E 0.208 0.014 0.046 0.066 0.420 0.246 127 G 0.167 0.017 0.059 0.054 0.424 0.280 128 Q 0.192 0.032 0.076 0.052 0.324 0.323 129 G 0.181 0.042 0.108 0.049 0.321 0.298 130 G 0.136 0.033 0.088 0.056 0.357 0.331 131 F 0.106 0.028 0.083 0.047 0.377 0.359 132 R 0.097 0.028 0.064 0.055 0.396 0.361 133 S 0.078 0.021 0.085 0.073 0.438 0.305 134 I 0.072 0.022 0.087 0.095 0.424 0.301 135 D 0.078 0.029 0.077 0.091 0.424 0.300 136 F 0.078 0.041 0.076 0.089 0.391 0.325 137 S 0.052 0.033 0.041 0.091 0.324 0.458 138 A 0.035 0.016 0.077 0.168 0.343 0.361 139 E 0.015 0.009 0.105 0.321 0.321 0.230 140 D 0.008 0.008 0.144 0.456 0.247 0.138 141 Y 0.003 0.004 0.138 0.740 0.087 0.028 142 N 0.008 0.004 0.088 0.757 0.090 0.054 143 E 0.005 0.001 0.084 0.796 0.077 0.037 144 G 0.010 0.003 0.060 0.850 0.051 0.027 145 I 0.015 0.004 0.066 0.846 0.049 0.021 146 V 0.010 0.002 0.050 0.889 0.034 0.016 147 Q 0.007 0.001 0.045 0.895 0.035 0.017 148 F 0.006 0.003 0.036 0.838 0.060 0.057 149 Y 0.007 0.006 0.024 0.433 0.178 0.352 150 G 0.006 0.007 0.006 0.131 0.189 0.662 151 G 0.005 0.005 0.002 0.110 0.097 0.780 152 F 0.001 0.001 0.004 0.970 0.011 0.014 153 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.003 154 Q 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 155 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 156 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 157 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 158 A 0.001 0.001 0.005 0.975 0.009 0.010 159 Y 0.002 0.001 0.009 0.952 0.016 0.020 160 L 0.003 0.002 0.014 0.917 0.039 0.025 161 E 0.002 0.001 0.013 0.919 0.035 0.030 162 G 0.002 0.001 0.013 0.897 0.038 0.050 163 V 0.005 0.002 0.017 0.869 0.050 0.057 164 K 0.010 0.001 0.018 0.911 0.024 0.035 165 Q 0.011 0.001 0.020 0.939 0.016 0.013 166 S 0.022 0.001 0.024 0.906 0.024 0.023 167 I 0.022 0.003 0.022 0.912 0.020 0.021 168 E 0.020 0.002 0.023 0.889 0.037 0.028 169 A 0.010 0.002 0.048 0.839 0.054 0.047 170 D 0.015 0.006 0.086 0.676 0.105 0.112 171 L 0.012 0.011 0.143 0.437 0.228 0.168 172 G 0.015 0.005 0.067 0.111 0.373 0.428 173 L 0.026 0.022 0.050 0.088 0.369 0.444 174 F 0.042 0.069 0.014 0.040 0.317 0.518 175 K 0.022 0.017 0.007 0.056 0.303 0.596 176 P 0.005 0.002 0.032 0.779 0.128 0.055 177 R 0.011 0.005 0.042 0.715 0.145 0.083 178 R 0.016 0.008 0.030 0.847 0.061 0.039 179 M 0.009 0.003 0.011 0.929 0.021 0.027 180 G 0.007 0.002 0.011 0.945 0.017 0.018 181 H 0.006 0.001 0.008 0.951 0.012 0.022 182 I 0.006 0.001 0.004 0.961 0.009 0.019 183 S 0.003 0.001 0.003 0.984 0.005 0.005 184 L 0.002 0.001 0.004 0.986 0.005 0.003 185 C 0.002 0.001 0.005 0.981 0.007 0.004 186 Q 0.001 0.001 0.008 0.979 0.008 0.003 187 K 0.001 0.001 0.006 0.973 0.011 0.008 188 F 0.001 0.001 0.007 0.895 0.025 0.071 189 Q 0.003 0.002 0.017 0.392 0.113 0.473 190 Q 0.016 0.009 0.023 0.259 0.182 0.512 191 F 0.048 0.022 0.022 0.192 0.168 0.549 192 F 0.066 0.024 0.039 0.122 0.227 0.522 193 G 0.084 0.025 0.089 0.099 0.294 0.408 194 E 0.077 0.021 0.117 0.117 0.346 0.322 195 D 0.047 0.032 0.090 0.175 0.341 0.315 196 T 0.019 0.018 0.076 0.208 0.411 0.269 197 S 0.006 0.004 0.180 0.418 0.283 0.110 198 D 0.004 0.003 0.213 0.497 0.219 0.064 199 F 0.006 0.011 0.125 0.618 0.176 0.063 200 S 0.010 0.009 0.053 0.617 0.146 0.164 201 E 0.004 0.002 0.036 0.830 0.070 0.058 202 E 0.003 0.001 0.016 0.917 0.036 0.027 203 V 0.004 0.001 0.010 0.944 0.022 0.020 204 M 0.002 0.001 0.005 0.976 0.009 0.008 205 E 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 206 K 0.001 0.001 0.004 0.981 0.004 0.009 207 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 208 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 209 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 210 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 211 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 212 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 213 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 214 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 215 K 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 216 K 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 217 R 0.001 0.001 0.004 0.912 0.023 0.060 218 D 0.002 0.001 0.002 0.026 0.103 0.867 219 Y 0.067 0.004 0.003 0.006 0.143 0.777 220 E 0.641 0.007 0.003 0.006 0.056 0.287 221 L 0.882 0.008 0.005 0.007 0.019 0.079 222 D 0.881 0.010 0.005 0.010 0.026 0.068 223 F 0.785 0.010 0.011 0.011 0.068 0.115 224 N 0.435 0.022 0.020 0.016 0.251 0.256 225 T 0.205 0.029 0.057 0.022 0.496 0.191 226 A 0.075 0.010 0.193 0.038 0.538 0.146 227 G 0.054 0.013 0.273 0.042 0.487 0.130 228 L 0.080 0.054 0.142 0.057 0.501 0.165 229 F 0.104 0.073 0.079 0.073 0.399 0.271 230 K 0.067 0.045 0.066 0.074 0.493 0.253 231 P 0.044 0.021 0.104 0.081 0.557 0.192 232 L 0.045 0.029 0.141 0.081 0.531 0.174 233 C 0.034 0.029 0.080 0.079 0.554 0.223 234 G 0.019 0.016 0.047 0.043 0.599 0.275 235 E 0.021 0.013 0.033 0.043 0.541 0.350 236 T 0.020 0.023 0.027 0.049 0.395 0.486 237 Y 0.013 0.033 0.007 0.031 0.293 0.623 238 P 0.004 0.007 0.004 0.067 0.135 0.782 239 P 0.001 0.001 0.012 0.940 0.016 0.031 240 K 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.002 241 K 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 242 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 243 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 244 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 245 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 246 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 247 S 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 248 E 0.001 0.001 0.010 0.984 0.002 0.003 249 L 0.001 0.001 0.011 0.963 0.004 0.022 250 Q 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.985 251 I 0.015 0.002 0.001 0.001 0.036 0.946 252 P 0.197 0.002 0.002 0.001 0.059 0.740 253 F 0.772 0.016 0.003 0.001 0.028 0.181 254 V 0.909 0.010 0.002 0.001 0.021 0.058 255 Y 0.926 0.006 0.004 0.001 0.017 0.046 256 G 0.708 0.011 0.006 0.006 0.080 0.188 257 S 0.309 0.014 0.017 0.010 0.240 0.411 258 D 0.094 0.017 0.035 0.014 0.524 0.316 259 S 0.034 0.024 0.042 0.031 0.653 0.217 260 H 0.027 0.030 0.037 0.036 0.673 0.196 261 G 0.031 0.015 0.030 0.021 0.605 0.297 262 V 0.021 0.012 0.307 0.078 0.378 0.204 263 Q 0.039 0.035 0.322 0.126 0.297 0.179 264 D 0.045 0.022 0.339 0.116 0.355 0.123 265 I 0.034 0.025 0.120 0.242 0.353 0.226 266 G 0.045 0.014 0.089 0.164 0.482 0.206 267 R 0.031 0.013 0.119 0.221 0.454 0.162 268 G 0.033 0.014 0.099 0.160 0.436 0.258 269 Y 0.018 0.008 0.305 0.374 0.226 0.068 270 S 0.030 0.005 0.229 0.496 0.146 0.094 271 T 0.052 0.005 0.278 0.462 0.143 0.060 272 Y 0.123 0.016 0.126 0.423 0.159 0.153 273 C 0.153 0.019 0.052 0.347 0.157 0.273 274 Q 0.112 0.017 0.026 0.243 0.143 0.459 275 K 0.065 0.007 0.014 0.107 0.130 0.677