# TARGET T0440 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1471 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.422 0.281 0.140 0.087 0.045 0.021 0.005 2 K 0.170 0.259 0.245 0.186 0.094 0.037 0.008 3 R 0.063 0.119 0.153 0.231 0.248 0.161 0.025 4 D 0.026 0.042 0.085 0.183 0.272 0.285 0.108 5 G 0.009 0.016 0.026 0.051 0.123 0.406 0.369 6 H 0.010 0.019 0.028 0.065 0.152 0.324 0.401 7 T 0.007 0.011 0.020 0.049 0.118 0.302 0.493 8 H 0.008 0.017 0.024 0.047 0.117 0.337 0.450 9 T 0.019 0.036 0.063 0.147 0.259 0.310 0.166 10 E 0.067 0.160 0.200 0.219 0.182 0.125 0.047 11 F 0.069 0.086 0.114 0.201 0.260 0.219 0.051 12 C 0.079 0.123 0.167 0.221 0.226 0.150 0.033 13 P 0.261 0.297 0.206 0.133 0.065 0.030 0.008 14 H 0.264 0.238 0.187 0.155 0.097 0.048 0.010 15 G 0.374 0.250 0.173 0.120 0.061 0.020 0.003 16 T 0.351 0.320 0.192 0.095 0.032 0.008 0.001 17 H 0.396 0.323 0.163 0.080 0.030 0.007 0.001 18 D 0.217 0.241 0.222 0.171 0.103 0.040 0.006 19 D 0.074 0.263 0.283 0.220 0.105 0.046 0.009 20 V 0.008 0.017 0.048 0.194 0.381 0.299 0.054 21 E 0.049 0.239 0.331 0.253 0.098 0.027 0.003 22 E 0.047 0.299 0.362 0.198 0.072 0.020 0.003 23 M 0.003 0.011 0.038 0.136 0.365 0.409 0.037 24 V 0.003 0.011 0.039 0.165 0.390 0.349 0.043 25 L 0.059 0.386 0.338 0.165 0.041 0.010 0.001 26 K 0.011 0.115 0.322 0.390 0.140 0.021 0.001 27 A 0.002 0.006 0.020 0.118 0.414 0.412 0.029 28 I 0.010 0.110 0.310 0.376 0.168 0.025 0.001 29 E 0.318 0.477 0.154 0.041 0.009 0.001 0.001 30 L 0.073 0.260 0.365 0.235 0.061 0.006 0.001 31 D 0.163 0.455 0.246 0.107 0.024 0.004 0.001 32 F 0.002 0.014 0.066 0.286 0.486 0.141 0.005 33 D 0.020 0.181 0.306 0.305 0.145 0.039 0.005 34 E 0.001 0.003 0.019 0.106 0.315 0.471 0.085 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.049 0.465 0.479 36 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.232 0.739 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.116 0.871 38 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.172 0.808 39 E 0.001 0.001 0.004 0.020 0.082 0.328 0.565 40 H 0.001 0.002 0.007 0.029 0.134 0.423 0.405 41 A 0.005 0.024 0.067 0.153 0.256 0.340 0.155 42 P 0.020 0.066 0.113 0.162 0.208 0.276 0.156 43 L 0.019 0.040 0.069 0.143 0.242 0.334 0.154 44 S 0.043 0.058 0.078 0.119 0.200 0.311 0.191 45 S 0.041 0.092 0.153 0.212 0.200 0.210 0.093 46 E 0.229 0.314 0.208 0.122 0.066 0.041 0.019 47 F 0.067 0.119 0.170 0.227 0.225 0.153 0.039 48 M 0.088 0.049 0.056 0.130 0.271 0.337 0.069 49 K 0.071 0.176 0.260 0.282 0.155 0.052 0.005 50 N 0.140 0.396 0.283 0.130 0.039 0.010 0.002 51 T 0.035 0.136 0.218 0.299 0.210 0.092 0.010 52 A 0.046 0.096 0.186 0.318 0.258 0.090 0.006 53 G 0.559 0.295 0.103 0.034 0.008 0.001 0.001 54 D 0.698 0.216 0.065 0.017 0.003 0.001 0.001 55 K 0.334 0.373 0.208 0.068 0.016 0.002 0.001 56 E 0.183 0.417 0.245 0.113 0.033 0.008 0.001 57 A 0.007 0.023 0.077 0.246 0.421 0.209 0.017 58 V 0.009 0.033 0.102 0.270 0.364 0.196 0.027 59 T 0.005 0.012 0.027 0.070 0.148 0.441 0.298 60 T 0.004 0.005 0.008 0.023 0.090 0.339 0.530 61 A 0.002 0.006 0.018 0.041 0.084 0.251 0.597 62 S 0.003 0.006 0.014 0.040 0.101 0.270 0.565 63 M 0.004 0.008 0.011 0.026 0.080 0.305 0.566 64 A 0.004 0.008 0.015 0.048 0.137 0.365 0.423 65 M 0.006 0.016 0.034 0.069 0.148 0.383 0.343 66 S 0.024 0.078 0.130 0.233 0.256 0.208 0.072 67 D 0.041 0.133 0.201 0.235 0.202 0.140 0.048 68 L 0.034 0.050 0.082 0.186 0.303 0.282 0.064 69 P 0.236 0.247 0.201 0.159 0.095 0.049 0.012 70 Y 0.163 0.225 0.227 0.188 0.114 0.065 0.017 71 Y 0.080 0.138 0.179 0.240 0.224 0.122 0.018 72 F 0.035 0.078 0.172 0.268 0.267 0.158 0.021 73 K 0.246 0.325 0.217 0.121 0.059 0.026 0.006 74 K 0.121 0.227 0.247 0.211 0.129 0.057 0.008 75 M 0.023 0.041 0.098 0.259 0.354 0.208 0.017 76 N 0.124 0.260 0.283 0.204 0.093 0.032 0.003 77 H 0.175 0.307 0.259 0.166 0.070 0.022 0.002 78 I 0.032 0.063 0.146 0.302 0.323 0.127 0.007 79 K 0.169 0.267 0.253 0.183 0.093 0.033 0.003 80 K 0.261 0.329 0.227 0.124 0.047 0.012 0.001 81 K 0.279 0.355 0.204 0.108 0.043 0.011 0.001 82 Y 0.031 0.064 0.181 0.355 0.288 0.078 0.003 83 A 0.341 0.351 0.190 0.083 0.027 0.007 0.001 84 S 0.332 0.295 0.206 0.117 0.040 0.009 0.001 85 D 0.332 0.291 0.170 0.120 0.062 0.022 0.003 86 L 0.028 0.048 0.114 0.252 0.312 0.215 0.030 87 L 0.053 0.135 0.203 0.240 0.198 0.141 0.029 88 I 0.035 0.050 0.077 0.143 0.236 0.329 0.129 89 H 0.031 0.045 0.073 0.148 0.255 0.316 0.132 90 I 0.036 0.069 0.118 0.161 0.186 0.267 0.164 91 G 0.060 0.096 0.112 0.165 0.191 0.231 0.146 92 F 0.040 0.053 0.075 0.132 0.209 0.310 0.181 93 E 0.052 0.060 0.074 0.127 0.199 0.306 0.182 94 V 0.080 0.120 0.160 0.191 0.183 0.180 0.087 95 D 0.095 0.184 0.204 0.205 0.158 0.109 0.044 96 Y 0.063 0.067 0.097 0.178 0.255 0.259 0.081 97 L 0.133 0.176 0.191 0.205 0.172 0.103 0.020 98 I 0.241 0.234 0.193 0.157 0.102 0.058 0.015 99 G 0.205 0.216 0.182 0.173 0.125 0.075 0.023 100 Y 0.104 0.138 0.187 0.235 0.201 0.114 0.020 101 E 0.217 0.303 0.216 0.142 0.075 0.039 0.008 102 D 0.331 0.323 0.179 0.094 0.049 0.020 0.005 103 F 0.040 0.114 0.200 0.281 0.246 0.108 0.011 104 T 0.030 0.041 0.075 0.207 0.331 0.278 0.037 105 R 0.142 0.329 0.314 0.162 0.045 0.008 0.001 106 D 0.199 0.457 0.248 0.078 0.016 0.003 0.001 107 F 0.013 0.028 0.078 0.266 0.393 0.209 0.013 108 L 0.011 0.041 0.138 0.320 0.351 0.132 0.007 109 N 0.279 0.469 0.189 0.051 0.010 0.002 0.001 110 E 0.144 0.316 0.288 0.181 0.056 0.014 0.001 111 Y 0.021 0.053 0.133 0.292 0.318 0.173 0.011 112 G 0.198 0.291 0.230 0.165 0.082 0.030 0.005 113 P 0.334 0.285 0.173 0.115 0.064 0.025 0.004 114 Q 0.090 0.176 0.229 0.234 0.183 0.079 0.009 115 T 0.148 0.174 0.186 0.212 0.162 0.100 0.018 116 D 0.204 0.260 0.212 0.162 0.097 0.050 0.014 117 D 0.076 0.153 0.213 0.253 0.191 0.092 0.023 118 G 0.030 0.052 0.092 0.193 0.278 0.264 0.090 119 V 0.009 0.012 0.020 0.047 0.131 0.441 0.339 120 L 0.014 0.021 0.036 0.075 0.151 0.352 0.350 121 S 0.020 0.039 0.062 0.101 0.156 0.299 0.322 122 L 0.009 0.018 0.036 0.086 0.185 0.346 0.320 123 H 0.015 0.025 0.046 0.099 0.193 0.352 0.271 124 F 0.028 0.050 0.073 0.114 0.199 0.319 0.217 125 L 0.095 0.131 0.150 0.192 0.192 0.162 0.079 126 E 0.178 0.203 0.169 0.160 0.129 0.107 0.054 127 G 0.167 0.178 0.175 0.183 0.147 0.112 0.039 128 Q 0.282 0.200 0.154 0.154 0.112 0.076 0.021 129 G 0.202 0.197 0.199 0.193 0.131 0.063 0.015 130 G 0.211 0.216 0.202 0.166 0.116 0.070 0.018 131 F 0.078 0.077 0.108 0.197 0.254 0.229 0.058 132 R 0.122 0.181 0.220 0.210 0.146 0.095 0.027 133 S 0.145 0.168 0.178 0.201 0.173 0.111 0.025 134 I 0.196 0.170 0.184 0.200 0.158 0.077 0.015 135 D 0.184 0.222 0.202 0.167 0.123 0.081 0.020 136 F 0.064 0.078 0.126 0.227 0.264 0.195 0.046 137 S 0.209 0.252 0.187 0.151 0.107 0.075 0.020 138 A 0.110 0.135 0.175 0.233 0.196 0.126 0.025 139 E 0.291 0.269 0.173 0.126 0.077 0.048 0.016 140 D 0.083 0.144 0.201 0.221 0.193 0.127 0.031 141 Y 0.042 0.056 0.088 0.187 0.282 0.278 0.067 142 N 0.080 0.130 0.182 0.237 0.201 0.139 0.030 143 E 0.167 0.265 0.249 0.171 0.092 0.045 0.011 144 G 0.080 0.150 0.196 0.246 0.191 0.114 0.024 145 I 0.024 0.042 0.085 0.185 0.300 0.304 0.061 146 V 0.039 0.089 0.165 0.256 0.255 0.169 0.026 147 Q 0.215 0.283 0.218 0.152 0.084 0.039 0.008 148 F 0.148 0.183 0.210 0.220 0.154 0.074 0.011 149 Y 0.115 0.144 0.185 0.225 0.193 0.124 0.014 150 G 0.229 0.233 0.204 0.171 0.108 0.047 0.008 151 G 0.378 0.330 0.152 0.083 0.039 0.015 0.003 152 F 0.049 0.095 0.184 0.299 0.247 0.117 0.010 153 E 0.344 0.346 0.171 0.084 0.036 0.016 0.003 154 Q 0.229 0.384 0.248 0.097 0.032 0.008 0.001 155 A 0.017 0.037 0.089 0.256 0.385 0.203 0.013 156 Q 0.018 0.054 0.101 0.237 0.321 0.244 0.024 157 L 0.052 0.264 0.369 0.227 0.071 0.016 0.001 158 A 0.040 0.156 0.312 0.317 0.141 0.033 0.003 159 Y 0.004 0.007 0.018 0.066 0.254 0.550 0.101 160 L 0.004 0.025 0.099 0.272 0.352 0.230 0.018 161 E 0.099 0.401 0.307 0.132 0.046 0.012 0.002 162 G 0.013 0.064 0.176 0.332 0.290 0.115 0.011 163 V 0.005 0.011 0.023 0.086 0.268 0.502 0.105 164 K 0.052 0.208 0.289 0.263 0.138 0.046 0.004 165 Q 0.056 0.191 0.322 0.285 0.119 0.024 0.002 166 S 0.024 0.033 0.046 0.117 0.254 0.402 0.124 167 I 0.022 0.047 0.102 0.253 0.328 0.218 0.029 168 E 0.104 0.301 0.302 0.183 0.078 0.027 0.005 169 A 0.086 0.148 0.203 0.261 0.205 0.083 0.014 170 D 0.050 0.099 0.165 0.238 0.246 0.171 0.030 171 L 0.160 0.210 0.208 0.204 0.135 0.070 0.014 172 G 0.300 0.284 0.188 0.126 0.067 0.028 0.006 173 L 0.120 0.194 0.200 0.194 0.155 0.108 0.029 174 F 0.060 0.084 0.140 0.244 0.249 0.183 0.039 175 K 0.160 0.231 0.217 0.176 0.116 0.075 0.025 176 P 0.133 0.142 0.154 0.187 0.199 0.137 0.048 177 R 0.089 0.167 0.187 0.207 0.172 0.133 0.046 178 R 0.034 0.065 0.104 0.184 0.235 0.259 0.121 179 M 0.027 0.076 0.137 0.225 0.250 0.220 0.064 180 G 0.029 0.092 0.165 0.227 0.231 0.183 0.073 181 H 0.004 0.006 0.014 0.042 0.126 0.414 0.395 182 I 0.006 0.028 0.074 0.189 0.294 0.311 0.097 183 S 0.031 0.145 0.221 0.226 0.190 0.135 0.052 184 L 0.007 0.023 0.050 0.132 0.267 0.381 0.140 185 C 0.004 0.009 0.024 0.078 0.219 0.453 0.214 186 Q 0.027 0.127 0.207 0.271 0.215 0.124 0.028 187 K 0.046 0.189 0.256 0.246 0.160 0.079 0.025 188 F 0.016 0.036 0.083 0.207 0.315 0.278 0.065 189 Q 0.166 0.260 0.229 0.171 0.096 0.060 0.017 190 Q 0.191 0.229 0.193 0.170 0.120 0.075 0.022 191 F 0.097 0.138 0.173 0.208 0.204 0.140 0.039 192 F 0.061 0.091 0.141 0.209 0.221 0.208 0.069 193 G 0.087 0.120 0.145 0.170 0.171 0.198 0.109 194 E 0.144 0.166 0.162 0.168 0.151 0.134 0.075 195 D 0.108 0.134 0.142 0.172 0.179 0.171 0.093 196 T 0.091 0.084 0.109 0.168 0.222 0.226 0.101 197 S 0.219 0.236 0.188 0.151 0.095 0.077 0.034 198 D 0.256 0.242 0.173 0.144 0.095 0.065 0.025 199 F 0.154 0.143 0.152 0.200 0.189 0.133 0.030 200 S 0.177 0.162 0.184 0.214 0.162 0.087 0.015 201 E 0.291 0.293 0.208 0.122 0.058 0.023 0.004 202 E 0.207 0.245 0.216 0.177 0.106 0.041 0.008 203 V 0.044 0.095 0.161 0.245 0.279 0.158 0.018 204 M 0.044 0.130 0.222 0.300 0.212 0.085 0.007 205 E 0.253 0.398 0.213 0.090 0.036 0.009 0.002 206 K 0.012 0.101 0.246 0.308 0.223 0.098 0.011 207 F 0.001 0.002 0.007 0.061 0.299 0.562 0.069 208 R 0.006 0.098 0.323 0.352 0.174 0.044 0.003 209 V 0.009 0.105 0.328 0.338 0.179 0.039 0.003 210 I 0.001 0.001 0.003 0.018 0.140 0.681 0.157 211 L 0.001 0.002 0.014 0.115 0.392 0.423 0.054 212 A 0.011 0.245 0.423 0.240 0.064 0.016 0.002 213 L 0.001 0.013 0.107 0.406 0.372 0.098 0.004 214 V 0.001 0.001 0.002 0.025 0.243 0.643 0.086 215 K 0.006 0.095 0.304 0.403 0.173 0.019 0.001 216 K 0.271 0.514 0.160 0.043 0.010 0.002 0.001 217 R 0.030 0.190 0.381 0.301 0.084 0.013 0.001 218 D 0.190 0.376 0.250 0.128 0.044 0.011 0.001 219 Y 0.023 0.056 0.132 0.283 0.347 0.147 0.013 220 E 0.030 0.057 0.104 0.182 0.251 0.292 0.084 221 L 0.003 0.008 0.014 0.038 0.121 0.444 0.371 222 D 0.003 0.008 0.016 0.052 0.134 0.319 0.469 223 F 0.002 0.004 0.010 0.025 0.066 0.249 0.644 224 N 0.005 0.011 0.019 0.048 0.118 0.335 0.465 225 T 0.009 0.017 0.030 0.067 0.147 0.352 0.378 226 A 0.032 0.064 0.090 0.168 0.233 0.244 0.171 227 G 0.080 0.122 0.141 0.175 0.184 0.198 0.100 228 L 0.060 0.090 0.119 0.184 0.227 0.232 0.088 229 F 0.095 0.143 0.190 0.220 0.187 0.127 0.038 230 K 0.261 0.227 0.182 0.153 0.103 0.057 0.018 231 P 0.441 0.241 0.133 0.089 0.053 0.031 0.013 232 L 0.232 0.227 0.212 0.170 0.101 0.047 0.011 233 C 0.240 0.210 0.188 0.181 0.114 0.057 0.010 234 G 0.299 0.203 0.164 0.161 0.113 0.050 0.010 235 E 0.282 0.288 0.216 0.129 0.061 0.021 0.003 236 T 0.272 0.256 0.191 0.151 0.089 0.037 0.004 237 Y 0.147 0.230 0.242 0.206 0.125 0.044 0.005 238 P 0.119 0.297 0.262 0.193 0.096 0.030 0.003 239 P 0.027 0.094 0.183 0.320 0.270 0.098 0.008 240 K 0.147 0.365 0.292 0.134 0.048 0.012 0.001 241 K 0.023 0.240 0.418 0.238 0.069 0.010 0.001 242 I 0.001 0.002 0.008 0.069 0.354 0.522 0.044 243 V 0.001 0.024 0.127 0.375 0.353 0.115 0.005 244 T 0.045 0.508 0.329 0.098 0.016 0.003 0.001 245 L 0.001 0.013 0.103 0.419 0.373 0.090 0.002 246 A 0.001 0.002 0.011 0.083 0.417 0.456 0.030 247 S 0.050 0.363 0.363 0.182 0.038 0.004 0.001 248 E 0.205 0.523 0.208 0.056 0.008 0.001 0.001 249 L 0.007 0.074 0.304 0.399 0.192 0.024 0.001 250 Q 0.122 0.582 0.236 0.052 0.007 0.001 0.001 251 I 0.001 0.006 0.031 0.185 0.513 0.252 0.011 252 P 0.001 0.009 0.060 0.237 0.434 0.237 0.022 253 F 0.001 0.001 0.002 0.012 0.068 0.494 0.423 254 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.195 0.790 255 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.133 0.849 256 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.078 0.916 257 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.126 0.865 258 D 0.001 0.001 0.001 0.009 0.061 0.291 0.637 259 S 0.001 0.001 0.002 0.010 0.062 0.366 0.558 260 H 0.001 0.002 0.006 0.029 0.132 0.483 0.347 261 G 0.002 0.021 0.068 0.164 0.285 0.333 0.127 262 V 0.010 0.044 0.105 0.232 0.303 0.238 0.068 263 Q 0.094 0.204 0.217 0.206 0.158 0.097 0.025 264 D 0.143 0.248 0.230 0.180 0.114 0.067 0.017 265 I 0.041 0.059 0.122 0.255 0.310 0.191 0.023 266 G 0.190 0.241 0.232 0.180 0.103 0.048 0.006 267 R 0.255 0.271 0.228 0.151 0.068 0.024 0.004 268 G 0.293 0.286 0.186 0.135 0.072 0.025 0.003 269 Y 0.072 0.079 0.149 0.270 0.275 0.143 0.012 270 S 0.334 0.303 0.195 0.110 0.044 0.014 0.001 271 T 0.220 0.339 0.256 0.131 0.042 0.010 0.001 272 Y 0.094 0.108 0.155 0.280 0.267 0.093 0.005 273 C 0.099 0.174 0.263 0.267 0.153 0.042 0.002 274 Q 0.599 0.278 0.087 0.028 0.007 0.001 0.001 275 K 0.631 0.217 0.094 0.043 0.013 0.003 0.001