# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1611 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.004 0.057 0.057 0.102 0.183 0.046 0.540 2 K 0.018 0.003 0.049 0.031 0.060 0.162 0.049 0.627 3 R 0.027 0.006 0.075 0.047 0.051 0.171 0.129 0.495 4 D 0.017 0.008 0.279 0.049 0.097 0.132 0.161 0.258 5 G 0.015 0.006 0.262 0.041 0.089 0.090 0.183 0.315 6 H 0.010 0.004 0.485 0.078 0.093 0.060 0.124 0.146 7 T 0.025 0.006 0.326 0.057 0.112 0.093 0.085 0.295 8 H 0.026 0.007 0.239 0.075 0.158 0.131 0.060 0.304 9 T 0.044 0.009 0.117 0.037 0.072 0.181 0.061 0.479 10 E 0.015 0.007 0.109 0.057 0.102 0.223 0.090 0.398 11 F 0.025 0.005 0.029 0.013 0.024 0.138 0.033 0.733 12 C 0.491 0.019 0.022 0.026 0.021 0.085 0.180 0.155 13 P 0.047 0.012 0.014 0.011 0.022 0.139 0.077 0.678 14 H 0.062 0.014 0.016 0.012 0.036 0.115 0.035 0.710 15 G 0.066 0.017 0.018 0.028 0.035 0.132 0.052 0.654 16 T 0.096 0.075 0.013 0.016 0.022 0.145 0.062 0.573 17 H 0.066 0.175 0.008 0.008 0.013 0.113 0.036 0.581 18 D 0.015 0.200 0.006 0.006 0.006 0.094 0.028 0.646 19 D 0.013 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.015 20 V 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 21 E 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 22 E 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 23 M 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 24 V 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 25 L 0.002 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 26 K 0.020 0.920 0.003 0.001 0.001 0.004 0.020 0.034 27 A 0.133 0.046 0.118 0.002 0.001 0.008 0.674 0.019 28 I 0.673 0.065 0.008 0.001 0.001 0.015 0.089 0.149 29 E 0.129 0.005 0.007 0.001 0.001 0.022 0.011 0.826 30 L 0.004 0.003 0.015 0.001 0.001 0.121 0.010 0.846 31 D 0.041 0.012 0.020 0.001 0.002 0.078 0.032 0.816 32 F 0.043 0.009 0.029 0.003 0.002 0.223 0.050 0.642 33 D 0.009 0.011 0.347 0.009 0.017 0.137 0.110 0.361 34 E 0.013 0.007 0.449 0.015 0.031 0.069 0.144 0.271 35 Y 0.003 0.002 0.805 0.018 0.022 0.032 0.043 0.074 36 S 0.002 0.002 0.856 0.016 0.033 0.015 0.032 0.045 37 I 0.012 0.004 0.592 0.064 0.084 0.060 0.043 0.141 38 V 0.087 0.006 0.346 0.044 0.057 0.140 0.116 0.205 39 E 0.042 0.010 0.049 0.015 0.035 0.211 0.065 0.572 40 H 0.038 0.007 0.026 0.004 0.011 0.142 0.078 0.693 41 A 0.112 0.040 0.025 0.013 0.013 0.140 0.278 0.379 42 P 0.041 0.117 0.018 0.007 0.010 0.151 0.064 0.592 43 L 0.037 0.487 0.011 0.005 0.005 0.061 0.019 0.375 44 S 0.031 0.931 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.026 45 S 0.030 0.941 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.015 46 E 0.050 0.718 0.008 0.002 0.002 0.012 0.165 0.044 47 F 0.014 0.059 0.006 0.001 0.001 0.005 0.905 0.010 48 M 0.056 0.528 0.009 0.002 0.002 0.014 0.320 0.070 49 K 0.124 0.284 0.025 0.005 0.009 0.051 0.081 0.420 50 N 0.030 0.028 0.027 0.007 0.005 0.075 0.182 0.645 51 T 0.408 0.030 0.011 0.004 0.004 0.064 0.072 0.406 52 A 0.312 0.006 0.005 0.001 0.002 0.073 0.022 0.580 53 G 0.010 0.002 0.010 0.001 0.002 0.128 0.008 0.838 54 D 0.038 0.006 0.026 0.003 0.011 0.097 0.030 0.788 55 K 0.029 0.007 0.070 0.018 0.015 0.126 0.077 0.657 56 E 0.006 0.005 0.452 0.036 0.047 0.082 0.053 0.319 57 A 0.016 0.006 0.196 0.028 0.053 0.078 0.054 0.568 58 V 0.025 0.008 0.359 0.083 0.053 0.073 0.068 0.333 59 T 0.037 0.018 0.249 0.042 0.088 0.082 0.057 0.428 60 T 0.040 0.026 0.113 0.050 0.109 0.086 0.080 0.496 61 A 0.022 0.021 0.168 0.107 0.147 0.106 0.049 0.379 62 S 0.022 0.013 0.102 0.082 0.167 0.082 0.128 0.403 63 M 0.015 0.010 0.110 0.159 0.150 0.079 0.109 0.367 64 A 0.073 0.022 0.100 0.100 0.151 0.087 0.088 0.379 65 M 0.123 0.021 0.038 0.047 0.056 0.102 0.075 0.539 66 S 0.017 0.019 0.023 0.025 0.034 0.116 0.032 0.734 67 D 0.045 0.075 0.008 0.008 0.012 0.080 0.035 0.737 68 L 0.136 0.583 0.004 0.007 0.007 0.038 0.054 0.172 69 P 0.054 0.667 0.006 0.006 0.009 0.039 0.032 0.188 70 Y 0.017 0.773 0.010 0.011 0.015 0.022 0.033 0.120 71 Y 0.023 0.879 0.005 0.005 0.009 0.011 0.022 0.046 72 F 0.057 0.467 0.040 0.014 0.018 0.024 0.302 0.077 73 K 0.020 0.677 0.019 0.027 0.023 0.022 0.114 0.098 74 K 0.064 0.703 0.019 0.005 0.010 0.021 0.038 0.139 75 M 0.044 0.738 0.014 0.010 0.010 0.025 0.037 0.120 76 N 0.032 0.643 0.021 0.013 0.016 0.024 0.057 0.193 77 H 0.051 0.662 0.009 0.006 0.006 0.031 0.037 0.197 78 I 0.108 0.564 0.032 0.014 0.009 0.034 0.105 0.134 79 K 0.185 0.403 0.013 0.006 0.007 0.034 0.098 0.254 80 K 0.119 0.178 0.016 0.005 0.006 0.051 0.172 0.454 81 K 0.023 0.087 0.030 0.008 0.007 0.093 0.137 0.615 82 Y 0.127 0.146 0.015 0.005 0.006 0.076 0.073 0.552 83 A 0.293 0.197 0.009 0.003 0.004 0.056 0.042 0.396 84 S 0.038 0.233 0.013 0.005 0.012 0.084 0.033 0.581 85 D 0.022 0.212 0.045 0.014 0.038 0.093 0.083 0.493 86 L 0.027 0.300 0.061 0.071 0.070 0.078 0.128 0.265 87 L 0.028 0.160 0.236 0.096 0.094 0.054 0.121 0.211 88 I 0.078 0.153 0.147 0.088 0.103 0.079 0.088 0.264 89 H 0.112 0.122 0.166 0.056 0.071 0.065 0.111 0.298 90 I 0.057 0.131 0.058 0.041 0.078 0.099 0.074 0.462 91 G 0.035 0.106 0.060 0.040 0.092 0.079 0.110 0.479 92 F 0.038 0.155 0.059 0.109 0.128 0.095 0.081 0.334 93 E 0.060 0.156 0.081 0.078 0.136 0.065 0.103 0.321 94 V 0.072 0.107 0.063 0.095 0.107 0.073 0.090 0.391 95 D 0.027 0.078 0.095 0.092 0.104 0.088 0.103 0.413 96 Y 0.050 0.158 0.055 0.034 0.044 0.090 0.055 0.514 97 L 0.192 0.290 0.036 0.031 0.029 0.064 0.059 0.300 98 I 0.071 0.222 0.040 0.019 0.022 0.079 0.072 0.475 99 G 0.079 0.295 0.015 0.011 0.018 0.064 0.086 0.433 100 Y 0.081 0.156 0.013 0.008 0.010 0.046 0.496 0.191 101 E 0.032 0.455 0.008 0.009 0.011 0.048 0.222 0.216 102 D 0.023 0.507 0.012 0.009 0.017 0.052 0.054 0.327 103 F 0.014 0.758 0.012 0.011 0.013 0.034 0.028 0.130 104 T 0.056 0.860 0.006 0.002 0.003 0.009 0.034 0.031 105 R 0.064 0.388 0.025 0.006 0.004 0.018 0.431 0.065 106 D 0.045 0.535 0.037 0.006 0.005 0.038 0.172 0.162 107 F 0.309 0.280 0.045 0.003 0.004 0.043 0.131 0.184 108 L 0.330 0.135 0.029 0.005 0.006 0.059 0.097 0.340 109 N 0.146 0.038 0.008 0.002 0.003 0.048 0.033 0.722 110 E 0.016 0.014 0.007 0.002 0.003 0.081 0.025 0.851 111 Y 0.035 0.017 0.030 0.010 0.013 0.168 0.071 0.655 112 G 0.121 0.021 0.028 0.011 0.011 0.147 0.081 0.579 113 P 0.040 0.015 0.055 0.007 0.010 0.138 0.052 0.683 114 Q 0.086 0.023 0.071 0.006 0.010 0.133 0.057 0.613 115 T 0.148 0.037 0.042 0.009 0.012 0.133 0.082 0.536 116 D 0.028 0.027 0.075 0.011 0.027 0.149 0.065 0.617 117 D 0.010 0.019 0.257 0.035 0.097 0.120 0.116 0.346 118 G 0.014 0.027 0.283 0.094 0.134 0.078 0.099 0.272 119 V 0.018 0.022 0.357 0.100 0.108 0.074 0.074 0.247 120 L 0.018 0.024 0.323 0.086 0.122 0.082 0.070 0.273 121 S 0.057 0.055 0.163 0.076 0.135 0.118 0.101 0.295 122 L 0.047 0.048 0.131 0.045 0.083 0.111 0.087 0.447 123 H 0.031 0.053 0.203 0.103 0.170 0.096 0.090 0.254 124 F 0.035 0.042 0.135 0.079 0.129 0.089 0.116 0.375 125 L 0.054 0.030 0.155 0.099 0.105 0.104 0.110 0.342 126 E 0.134 0.027 0.080 0.051 0.067 0.124 0.106 0.411 127 G 0.113 0.023 0.032 0.016 0.025 0.118 0.061 0.611 128 Q 0.057 0.014 0.027 0.012 0.024 0.120 0.042 0.704 129 G 0.068 0.015 0.034 0.017 0.027 0.137 0.072 0.630 130 G 0.075 0.025 0.025 0.026 0.039 0.128 0.074 0.608 131 F 0.043 0.015 0.029 0.020 0.037 0.112 0.055 0.689 132 R 0.029 0.020 0.064 0.059 0.092 0.146 0.058 0.533 133 S 0.026 0.019 0.050 0.032 0.056 0.106 0.076 0.636 134 I 0.059 0.077 0.073 0.051 0.055 0.119 0.082 0.485 135 D 0.056 0.148 0.053 0.032 0.044 0.113 0.052 0.502 136 F 0.061 0.336 0.030 0.017 0.020 0.073 0.060 0.403 137 S 0.089 0.672 0.011 0.005 0.006 0.029 0.055 0.133 138 A 0.075 0.488 0.017 0.007 0.007 0.036 0.220 0.150 139 E 0.042 0.676 0.010 0.007 0.007 0.036 0.071 0.151 140 D 0.064 0.612 0.014 0.006 0.009 0.042 0.072 0.181 141 Y 0.055 0.727 0.006 0.004 0.007 0.029 0.047 0.125 142 N 0.041 0.711 0.006 0.004 0.008 0.022 0.073 0.135 143 E 0.020 0.694 0.009 0.007 0.010 0.037 0.047 0.175 144 G 0.041 0.653 0.032 0.017 0.022 0.036 0.081 0.119 145 I 0.113 0.482 0.039 0.024 0.024 0.045 0.102 0.171 146 V 0.172 0.204 0.064 0.025 0.029 0.058 0.139 0.309 147 Q 0.064 0.052 0.054 0.024 0.021 0.094 0.094 0.598 148 F 0.227 0.033 0.018 0.007 0.009 0.089 0.047 0.570 149 Y 0.229 0.031 0.007 0.004 0.004 0.084 0.025 0.615 150 G 0.011 0.017 0.004 0.002 0.004 0.088 0.009 0.864 151 G 0.037 0.140 0.008 0.005 0.008 0.076 0.046 0.682 152 F 0.078 0.595 0.008 0.015 0.009 0.043 0.065 0.187 153 E 0.040 0.645 0.017 0.011 0.014 0.031 0.038 0.205 154 Q 0.038 0.616 0.024 0.019 0.026 0.037 0.055 0.186 155 A 0.046 0.595 0.036 0.022 0.023 0.039 0.088 0.152 156 Q 0.054 0.747 0.014 0.010 0.013 0.016 0.068 0.079 157 L 0.067 0.635 0.016 0.010 0.014 0.027 0.063 0.168 158 A 0.039 0.342 0.033 0.022 0.020 0.060 0.164 0.321 159 Y 0.076 0.612 0.008 0.005 0.006 0.033 0.077 0.184 160 L 0.088 0.688 0.005 0.002 0.003 0.021 0.052 0.142 161 E 0.023 0.505 0.008 0.004 0.005 0.052 0.055 0.349 162 G 0.022 0.492 0.006 0.002 0.002 0.028 0.305 0.144 163 V 0.015 0.892 0.001 0.001 0.001 0.005 0.071 0.016 164 K 0.010 0.936 0.002 0.001 0.001 0.004 0.024 0.022 165 Q 0.005 0.921 0.002 0.002 0.002 0.007 0.028 0.033 166 S 0.009 0.940 0.005 0.001 0.001 0.005 0.028 0.011 167 I 0.019 0.917 0.005 0.001 0.001 0.004 0.039 0.013 168 E 0.027 0.694 0.062 0.007 0.005 0.014 0.124 0.067 169 A 0.129 0.600 0.034 0.005 0.004 0.028 0.063 0.138 170 D 0.289 0.054 0.186 0.010 0.007 0.046 0.232 0.177 171 L 0.254 0.017 0.025 0.005 0.005 0.068 0.059 0.568 172 G 0.091 0.004 0.004 0.001 0.001 0.038 0.013 0.848 173 L 0.005 0.002 0.009 0.002 0.003 0.124 0.012 0.844 174 F 0.018 0.005 0.042 0.005 0.010 0.173 0.037 0.710 175 K 0.075 0.011 0.043 0.013 0.013 0.167 0.065 0.614 176 P 0.020 0.008 0.129 0.016 0.021 0.131 0.060 0.614 177 R 0.018 0.010 0.369 0.038 0.085 0.090 0.113 0.278 178 R 0.016 0.014 0.348 0.034 0.061 0.074 0.083 0.369 179 M 0.007 0.010 0.562 0.063 0.052 0.054 0.046 0.206 180 G 0.013 0.041 0.346 0.044 0.060 0.088 0.060 0.348 181 H 0.190 0.311 0.088 0.017 0.023 0.071 0.107 0.192 182 I 0.129 0.328 0.050 0.012 0.012 0.081 0.096 0.293 183 S 0.065 0.458 0.020 0.006 0.010 0.061 0.065 0.315 184 L 0.089 0.568 0.017 0.006 0.008 0.042 0.091 0.179 185 C 0.078 0.519 0.022 0.011 0.014 0.053 0.117 0.187 186 Q 0.077 0.461 0.020 0.014 0.019 0.045 0.091 0.272 187 K 0.082 0.278 0.034 0.018 0.025 0.072 0.102 0.389 188 F 0.169 0.213 0.042 0.022 0.026 0.084 0.098 0.346 189 Q 0.095 0.077 0.044 0.023 0.027 0.088 0.085 0.562 190 Q 0.079 0.048 0.024 0.012 0.017 0.109 0.035 0.677 191 F 0.105 0.033 0.028 0.014 0.016 0.120 0.057 0.628 192 F 0.054 0.024 0.016 0.008 0.012 0.135 0.057 0.694 193 G 0.083 0.044 0.015 0.008 0.012 0.106 0.139 0.593 194 E 0.045 0.065 0.017 0.012 0.013 0.143 0.055 0.650 195 D 0.098 0.152 0.017 0.008 0.012 0.107 0.051 0.556 196 T 0.141 0.205 0.013 0.006 0.007 0.080 0.180 0.369 197 S 0.063 0.369 0.015 0.006 0.008 0.081 0.132 0.326 198 D 0.054 0.571 0.007 0.004 0.005 0.053 0.038 0.269 199 F 0.035 0.799 0.004 0.003 0.003 0.020 0.044 0.092 200 S 0.018 0.931 0.002 0.001 0.001 0.005 0.018 0.024 201 E 0.014 0.911 0.003 0.001 0.001 0.007 0.026 0.036 202 E 0.011 0.907 0.006 0.002 0.001 0.009 0.028 0.036 203 V 0.030 0.879 0.003 0.001 0.001 0.005 0.063 0.019 204 M 0.026 0.833 0.004 0.001 0.001 0.006 0.100 0.030 205 E 0.006 0.880 0.002 0.001 0.001 0.006 0.051 0.054 206 K 0.003 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.022 207 F 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 208 R 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 209 V 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 210 I 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 211 L 0.007 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 212 A 0.007 0.953 0.012 0.001 0.001 0.002 0.009 0.017 213 L 0.075 0.732 0.039 0.002 0.002 0.011 0.066 0.074 214 V 0.229 0.021 0.366 0.005 0.001 0.016 0.311 0.051 215 K 0.787 0.006 0.007 0.001 0.001 0.011 0.016 0.171 216 K 0.067 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.919 217 R 0.005 0.001 0.007 0.001 0.002 0.130 0.004 0.851 218 D 0.004 0.001 0.014 0.002 0.007 0.067 0.016 0.889 219 Y 0.011 0.005 0.128 0.068 0.044 0.132 0.046 0.566 220 E 0.006 0.005 0.407 0.059 0.080 0.052 0.098 0.293 221 L 0.013 0.007 0.280 0.163 0.113 0.047 0.102 0.276 222 D 0.009 0.009 0.590 0.083 0.102 0.029 0.051 0.127 223 F 0.015 0.014 0.359 0.081 0.095 0.067 0.055 0.314 224 N 0.106 0.049 0.188 0.074 0.074 0.084 0.077 0.347 225 T 0.201 0.055 0.062 0.029 0.042 0.086 0.077 0.447 226 A 0.077 0.047 0.028 0.023 0.052 0.118 0.036 0.620 227 G 0.087 0.038 0.029 0.032 0.053 0.101 0.062 0.599 228 L 0.028 0.033 0.024 0.062 0.064 0.134 0.056 0.599 229 F 0.038 0.026 0.031 0.033 0.053 0.104 0.056 0.659 230 K 0.125 0.036 0.038 0.072 0.070 0.115 0.102 0.441 231 P 0.163 0.021 0.030 0.025 0.035 0.104 0.056 0.567 232 L 0.180 0.012 0.025 0.022 0.037 0.098 0.086 0.539 233 C 0.054 0.007 0.017 0.017 0.037 0.115 0.047 0.706 234 G 0.053 0.005 0.012 0.015 0.028 0.095 0.031 0.762 235 E 0.031 0.007 0.015 0.023 0.032 0.133 0.045 0.714 236 T 0.014 0.016 0.014 0.011 0.019 0.129 0.022 0.774 237 Y 0.031 0.063 0.014 0.016 0.016 0.133 0.012 0.714 238 P 0.051 0.557 0.008 0.006 0.007 0.035 0.034 0.301 239 P 0.046 0.878 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.031 240 K 0.005 0.143 0.004 0.001 0.001 0.006 0.820 0.020 241 K 0.002 0.909 0.002 0.002 0.002 0.004 0.066 0.014 242 I 0.014 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 243 V 0.009 0.310 0.007 0.004 0.003 0.006 0.643 0.018 244 T 0.012 0.638 0.013 0.004 0.005 0.009 0.281 0.039 245 L 0.088 0.760 0.007 0.002 0.002 0.017 0.053 0.072 246 A 0.128 0.067 0.246 0.020 0.007 0.037 0.367 0.128 247 S 0.699 0.018 0.005 0.001 0.002 0.025 0.033 0.216 248 E 0.102 0.003 0.009 0.001 0.001 0.045 0.019 0.823 249 L 0.003 0.002 0.103 0.003 0.005 0.238 0.014 0.632 250 Q 0.008 0.002 0.036 0.001 0.004 0.110 0.019 0.821 251 I 0.017 0.006 0.164 0.012 0.005 0.193 0.063 0.539 252 P 0.001 0.002 0.880 0.004 0.007 0.023 0.038 0.045 253 F 0.016 0.006 0.570 0.019 0.036 0.054 0.137 0.162 254 V 0.004 0.002 0.862 0.013 0.012 0.020 0.042 0.045 255 Y 0.011 0.007 0.751 0.012 0.022 0.050 0.050 0.096 256 G 0.035 0.016 0.367 0.024 0.047 0.136 0.176 0.199 257 S 0.050 0.031 0.155 0.013 0.031 0.209 0.095 0.417 258 D 0.202 0.075 0.066 0.012 0.026 0.184 0.091 0.343 259 S 0.056 0.071 0.038 0.011 0.022 0.175 0.104 0.523 260 H 0.041 0.078 0.051 0.016 0.031 0.161 0.080 0.542 261 G 0.206 0.223 0.017 0.014 0.021 0.102 0.125 0.293 262 V 0.136 0.187 0.034 0.016 0.020 0.099 0.134 0.373 263 Q 0.118 0.223 0.020 0.013 0.023 0.091 0.050 0.462 264 D 0.091 0.143 0.037 0.019 0.023 0.094 0.106 0.486 265 I 0.125 0.190 0.025 0.016 0.022 0.119 0.046 0.457 266 G 0.208 0.081 0.022 0.011 0.022 0.068 0.187 0.402 267 R 0.022 0.034 0.019 0.017 0.021 0.120 0.239 0.527 268 G 0.038 0.161 0.029 0.019 0.034 0.092 0.172 0.455 269 Y 0.104 0.221 0.021 0.025 0.037 0.091 0.057 0.444 270 S 0.080 0.143 0.048 0.050 0.067 0.084 0.075 0.453 271 T 0.066 0.105 0.037 0.042 0.065 0.090 0.088 0.506 272 Y 0.078 0.031 0.055 0.048 0.065 0.120 0.117 0.486 273 C 0.141 0.019 0.033 0.046 0.046 0.106 0.118 0.491 274 Q 0.063 0.013 0.012 0.014 0.025 0.080 0.049 0.744 275 K 0.026 0.009 0.015 0.013 0.029 0.094 0.030 0.784