# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1611 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.011 0.061 0.037 0.048 0.082 0.014 0.669 2 K 0.077 0.008 0.116 0.060 0.082 0.101 0.013 0.544 3 R 0.026 0.009 0.192 0.071 0.098 0.097 0.006 0.501 4 D 0.016 0.010 0.165 0.077 0.114 0.111 0.005 0.502 5 G 0.038 0.013 0.286 0.086 0.133 0.110 0.010 0.323 6 H 0.072 0.012 0.317 0.064 0.104 0.228 0.013 0.191 7 T 0.032 0.018 0.426 0.085 0.103 0.095 0.008 0.233 8 H 0.026 0.030 0.226 0.144 0.203 0.095 0.010 0.267 9 T 0.030 0.013 0.172 0.075 0.161 0.123 0.010 0.416 10 E 0.035 0.015 0.091 0.104 0.177 0.124 0.010 0.443 11 F 0.066 0.017 0.061 0.060 0.132 0.165 0.011 0.489 12 C 0.052 0.022 0.042 0.087 0.149 0.148 0.011 0.489 13 P 0.009 0.008 0.010 0.011 0.017 0.029 0.002 0.914 14 H 0.050 0.027 0.023 0.026 0.044 0.317 0.016 0.498 15 G 0.409 0.025 0.023 0.015 0.016 0.099 0.028 0.385 16 T 0.144 0.042 0.049 0.015 0.029 0.349 0.010 0.362 17 H 0.069 0.027 0.028 0.014 0.031 0.163 0.012 0.657 18 D 0.113 0.031 0.020 0.010 0.015 0.339 0.007 0.464 19 D 0.053 0.018 0.005 0.003 0.007 0.531 0.006 0.377 20 V 0.062 0.086 0.011 0.003 0.019 0.083 0.004 0.732 21 E 0.008 0.056 0.003 0.001 0.005 0.301 0.002 0.625 22 E 0.012 0.077 0.001 0.001 0.001 0.648 0.001 0.260 23 M 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 24 V 0.001 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 25 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 26 K 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 28 I 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 29 E 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 30 L 0.081 0.833 0.005 0.001 0.001 0.001 0.066 0.013 31 D 0.755 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.149 0.041 32 F 0.084 0.038 0.749 0.012 0.012 0.019 0.019 0.067 33 D 0.013 0.031 0.206 0.052 0.058 0.093 0.011 0.536 34 E 0.017 0.010 0.239 0.015 0.030 0.079 0.010 0.599 35 Y 0.025 0.010 0.820 0.032 0.023 0.030 0.006 0.054 36 S 0.004 0.003 0.902 0.031 0.018 0.012 0.002 0.028 37 I 0.004 0.004 0.625 0.045 0.080 0.015 0.002 0.224 38 V 0.004 0.003 0.714 0.055 0.082 0.038 0.002 0.104 39 E 0.007 0.005 0.185 0.033 0.054 0.108 0.004 0.604 40 H 0.021 0.008 0.211 0.019 0.069 0.124 0.008 0.539 41 A 0.076 0.007 0.062 0.016 0.028 0.224 0.008 0.579 42 P 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.981 43 L 0.081 0.018 0.044 0.015 0.026 0.237 0.008 0.571 44 S 0.105 0.072 0.059 0.014 0.029 0.178 0.009 0.533 45 S 0.015 0.049 0.009 0.003 0.017 0.031 0.002 0.874 46 E 0.021 0.074 0.005 0.002 0.006 0.309 0.002 0.580 47 F 0.066 0.354 0.002 0.001 0.003 0.412 0.005 0.157 48 M 0.021 0.946 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.025 49 K 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.035 50 N 0.059 0.870 0.004 0.002 0.002 0.003 0.015 0.045 51 T 0.154 0.762 0.004 0.003 0.005 0.003 0.026 0.043 52 A 0.096 0.621 0.044 0.013 0.029 0.015 0.033 0.149 53 G 0.086 0.256 0.040 0.013 0.016 0.053 0.056 0.480 54 D 0.425 0.052 0.041 0.008 0.005 0.043 0.093 0.334 55 K 0.279 0.017 0.158 0.011 0.007 0.044 0.036 0.448 56 E 0.014 0.004 0.733 0.055 0.032 0.054 0.007 0.100 57 A 0.005 0.002 0.235 0.025 0.043 0.047 0.003 0.641 58 V 0.005 0.002 0.736 0.060 0.095 0.030 0.001 0.071 59 T 0.002 0.002 0.351 0.048 0.046 0.074 0.002 0.475 60 T 0.006 0.003 0.397 0.035 0.084 0.077 0.004 0.394 61 A 0.041 0.005 0.402 0.075 0.109 0.130 0.006 0.232 62 S 0.021 0.007 0.225 0.108 0.149 0.126 0.007 0.358 63 M 0.032 0.011 0.190 0.136 0.244 0.066 0.006 0.315 64 A 0.023 0.017 0.151 0.174 0.211 0.057 0.006 0.360 65 M 0.040 0.014 0.054 0.096 0.195 0.063 0.007 0.531 66 S 0.045 0.026 0.072 0.079 0.149 0.096 0.012 0.520 67 D 0.067 0.019 0.017 0.022 0.042 0.113 0.019 0.700 68 L 0.158 0.032 0.019 0.019 0.033 0.121 0.012 0.606 69 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.988 70 Y 0.026 0.043 0.010 0.014 0.020 0.186 0.006 0.693 71 Y 0.193 0.186 0.015 0.011 0.017 0.148 0.011 0.419 72 F 0.097 0.498 0.027 0.020 0.042 0.047 0.006 0.262 73 K 0.023 0.662 0.020 0.023 0.027 0.040 0.004 0.201 74 K 0.024 0.695 0.011 0.010 0.016 0.033 0.006 0.204 75 M 0.025 0.894 0.008 0.008 0.015 0.009 0.005 0.037 76 N 0.020 0.879 0.009 0.008 0.010 0.013 0.008 0.052 77 H 0.038 0.837 0.009 0.006 0.007 0.014 0.011 0.077 78 I 0.068 0.825 0.011 0.005 0.009 0.012 0.011 0.058 79 K 0.053 0.789 0.011 0.006 0.011 0.019 0.014 0.096 80 K 0.069 0.650 0.018 0.007 0.011 0.034 0.023 0.188 81 K 0.131 0.546 0.014 0.007 0.008 0.037 0.030 0.227 82 Y 0.193 0.495 0.018 0.009 0.012 0.037 0.039 0.196 83 A 0.132 0.360 0.060 0.016 0.027 0.073 0.042 0.290 84 S 0.066 0.164 0.033 0.013 0.017 0.076 0.027 0.603 85 D 0.181 0.089 0.036 0.012 0.013 0.097 0.040 0.531 86 L 0.368 0.096 0.103 0.026 0.032 0.134 0.026 0.215 87 L 0.076 0.088 0.366 0.132 0.116 0.077 0.018 0.128 88 I 0.018 0.068 0.205 0.106 0.151 0.048 0.007 0.397 89 H 0.016 0.058 0.334 0.150 0.220 0.049 0.007 0.166 90 I 0.014 0.073 0.163 0.144 0.161 0.060 0.008 0.377 91 G 0.032 0.045 0.140 0.089 0.159 0.073 0.021 0.440 92 F 0.105 0.037 0.167 0.075 0.099 0.127 0.016 0.375 93 E 0.099 0.052 0.103 0.109 0.165 0.143 0.016 0.314 94 V 0.043 0.058 0.085 0.079 0.135 0.063 0.007 0.529 95 D 0.023 0.118 0.075 0.131 0.145 0.068 0.009 0.431 96 Y 0.072 0.125 0.074 0.075 0.134 0.065 0.016 0.439 97 L 0.074 0.202 0.066 0.066 0.146 0.126 0.015 0.306 98 I 0.079 0.127 0.032 0.030 0.057 0.147 0.018 0.510 99 G 0.127 0.219 0.016 0.015 0.022 0.111 0.018 0.472 100 Y 0.204 0.294 0.028 0.008 0.025 0.081 0.016 0.344 101 E 0.086 0.248 0.017 0.006 0.014 0.159 0.018 0.452 102 D 0.110 0.416 0.012 0.007 0.008 0.067 0.018 0.362 103 F 0.224 0.388 0.014 0.004 0.006 0.058 0.019 0.288 104 T 0.092 0.549 0.031 0.007 0.014 0.100 0.015 0.193 105 R 0.032 0.564 0.027 0.006 0.021 0.035 0.007 0.307 106 D 0.031 0.480 0.008 0.003 0.008 0.128 0.006 0.335 107 F 0.056 0.744 0.004 0.002 0.004 0.066 0.007 0.117 108 L 0.020 0.938 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.033 109 N 0.025 0.882 0.003 0.002 0.003 0.008 0.010 0.067 110 E 0.251 0.551 0.007 0.003 0.002 0.010 0.060 0.117 111 Y 0.304 0.512 0.016 0.003 0.004 0.007 0.079 0.074 112 G 0.237 0.242 0.070 0.026 0.023 0.034 0.051 0.317 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 114 Q 0.023 0.018 0.047 0.023 0.045 0.150 0.008 0.686 115 T 0.259 0.030 0.078 0.013 0.015 0.122 0.019 0.463 116 D 0.091 0.052 0.207 0.038 0.036 0.106 0.012 0.458 117 D 0.061 0.024 0.171 0.033 0.037 0.125 0.008 0.540 118 G 0.090 0.023 0.232 0.034 0.053 0.214 0.016 0.339 119 V 0.055 0.034 0.437 0.058 0.073 0.115 0.012 0.217 120 L 0.022 0.043 0.418 0.096 0.112 0.084 0.008 0.217 121 S 0.019 0.028 0.299 0.063 0.137 0.107 0.009 0.339 122 L 0.031 0.028 0.222 0.052 0.125 0.090 0.009 0.443 123 H 0.051 0.041 0.185 0.091 0.113 0.183 0.015 0.321 124 F 0.083 0.027 0.104 0.048 0.100 0.166 0.019 0.452 125 L 0.095 0.104 0.181 0.095 0.150 0.072 0.014 0.290 126 E 0.048 0.089 0.126 0.076 0.123 0.129 0.018 0.392 127 G 0.078 0.052 0.047 0.028 0.049 0.068 0.021 0.656 128 Q 0.216 0.093 0.099 0.045 0.076 0.099 0.031 0.342 129 G 0.164 0.055 0.080 0.042 0.050 0.079 0.036 0.493 130 G 0.060 0.032 0.075 0.020 0.031 0.084 0.020 0.678 131 F 0.111 0.035 0.091 0.027 0.049 0.095 0.015 0.579 132 R 0.104 0.037 0.087 0.032 0.036 0.123 0.017 0.564 133 S 0.087 0.024 0.111 0.024 0.044 0.112 0.010 0.587 134 I 0.101 0.050 0.153 0.044 0.076 0.116 0.009 0.451 135 D 0.037 0.048 0.082 0.034 0.052 0.198 0.010 0.539 136 F 0.099 0.051 0.045 0.017 0.031 0.184 0.011 0.561 137 S 0.108 0.077 0.035 0.011 0.026 0.365 0.010 0.368 138 A 0.063 0.062 0.018 0.005 0.020 0.122 0.008 0.702 139 E 0.036 0.117 0.009 0.003 0.008 0.314 0.006 0.507 140 D 0.099 0.355 0.005 0.003 0.006 0.206 0.010 0.315 141 Y 0.087 0.750 0.006 0.003 0.006 0.021 0.008 0.121 142 N 0.064 0.684 0.010 0.005 0.010 0.039 0.017 0.171 143 E 0.091 0.607 0.019 0.006 0.008 0.035 0.017 0.218 144 G 0.100 0.650 0.009 0.005 0.009 0.057 0.018 0.152 145 I 0.085 0.693 0.019 0.011 0.022 0.037 0.013 0.119 146 V 0.023 0.749 0.021 0.012 0.018 0.025 0.006 0.146 147 Q 0.033 0.761 0.017 0.015 0.017 0.020 0.011 0.125 148 F 0.087 0.706 0.023 0.012 0.017 0.018 0.027 0.111 149 Y 0.145 0.541 0.026 0.015 0.016 0.027 0.039 0.190 150 G 0.146 0.220 0.053 0.017 0.014 0.050 0.069 0.430 151 G 0.300 0.076 0.026 0.008 0.008 0.073 0.053 0.457 152 F 0.151 0.050 0.067 0.009 0.016 0.085 0.014 0.608 153 E 0.013 0.037 0.032 0.013 0.019 0.119 0.004 0.763 154 Q 0.044 0.104 0.038 0.018 0.032 0.217 0.007 0.541 155 A 0.099 0.402 0.040 0.022 0.039 0.098 0.007 0.293 156 Q 0.052 0.563 0.037 0.021 0.041 0.055 0.007 0.224 157 L 0.029 0.654 0.024 0.015 0.024 0.034 0.007 0.213 158 A 0.061 0.669 0.014 0.013 0.018 0.038 0.014 0.172 159 Y 0.127 0.651 0.010 0.007 0.012 0.030 0.020 0.142 160 L 0.097 0.663 0.026 0.007 0.014 0.030 0.018 0.145 161 E 0.058 0.565 0.016 0.005 0.007 0.079 0.015 0.256 162 G 0.141 0.417 0.006 0.002 0.003 0.092 0.019 0.319 163 V 0.087 0.683 0.009 0.002 0.004 0.021 0.007 0.188 164 K 0.008 0.771 0.007 0.001 0.003 0.026 0.003 0.182 165 Q 0.011 0.843 0.002 0.001 0.001 0.020 0.003 0.119 166 S 0.017 0.929 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.044 167 I 0.006 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 168 E 0.002 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 169 A 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 170 D 0.012 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 171 L 0.022 0.942 0.004 0.002 0.002 0.002 0.008 0.018 172 G 0.133 0.746 0.009 0.004 0.003 0.007 0.046 0.053 173 L 0.237 0.502 0.055 0.006 0.005 0.013 0.104 0.078 174 F 0.291 0.234 0.053 0.013 0.009 0.018 0.138 0.243 175 K 0.054 0.018 0.279 0.020 0.014 0.047 0.021 0.547 176 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.984 177 R 0.019 0.004 0.490 0.058 0.080 0.064 0.005 0.280 178 R 0.025 0.006 0.362 0.040 0.048 0.061 0.005 0.453 179 M 0.013 0.007 0.647 0.043 0.072 0.032 0.002 0.184 180 G 0.026 0.010 0.343 0.068 0.095 0.145 0.005 0.307 181 H 0.041 0.013 0.156 0.034 0.074 0.134 0.007 0.541 182 I 0.018 0.020 0.115 0.022 0.055 0.085 0.003 0.681 183 S 0.019 0.036 0.026 0.021 0.038 0.271 0.008 0.580 184 L 0.168 0.077 0.022 0.015 0.031 0.180 0.019 0.489 185 C 0.147 0.321 0.030 0.024 0.039 0.085 0.015 0.338 186 Q 0.106 0.378 0.042 0.034 0.042 0.109 0.024 0.266 187 K 0.073 0.543 0.026 0.019 0.025 0.063 0.014 0.238 188 F 0.099 0.632 0.023 0.019 0.043 0.031 0.013 0.141 189 Q 0.080 0.615 0.029 0.027 0.034 0.034 0.018 0.163 190 Q 0.100 0.508 0.038 0.020 0.029 0.046 0.038 0.221 191 F 0.180 0.444 0.044 0.023 0.028 0.042 0.032 0.206 192 F 0.116 0.329 0.049 0.027 0.028 0.046 0.032 0.372 193 G 0.122 0.097 0.068 0.025 0.034 0.057 0.036 0.562 194 E 0.150 0.052 0.088 0.015 0.021 0.118 0.017 0.539 195 D 0.075 0.059 0.049 0.017 0.024 0.170 0.013 0.593 196 T 0.108 0.058 0.048 0.013 0.024 0.089 0.009 0.652 197 S 0.044 0.029 0.023 0.006 0.015 0.501 0.006 0.376 198 D 0.088 0.038 0.009 0.004 0.008 0.315 0.007 0.530 199 F 0.083 0.160 0.008 0.003 0.007 0.463 0.006 0.271 200 S 0.099 0.316 0.010 0.004 0.012 0.223 0.012 0.325 201 E 0.040 0.337 0.007 0.002 0.006 0.066 0.005 0.536 202 E 0.045 0.361 0.003 0.002 0.005 0.200 0.006 0.377 203 V 0.061 0.719 0.002 0.001 0.004 0.046 0.005 0.161 204 M 0.007 0.944 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.042 205 E 0.004 0.934 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.053 206 K 0.024 0.910 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.051 207 F 0.032 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 208 R 0.006 0.947 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.033 209 V 0.006 0.933 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.047 210 I 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.020 211 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 212 A 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 213 L 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 214 V 0.014 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 215 K 0.023 0.943 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.020 216 K 0.080 0.831 0.005 0.002 0.002 0.003 0.035 0.041 217 R 0.336 0.370 0.024 0.007 0.004 0.006 0.175 0.080 218 D 0.435 0.067 0.043 0.011 0.005 0.012 0.221 0.206 219 Y 0.048 0.010 0.667 0.027 0.020 0.041 0.020 0.167 220 E 0.013 0.004 0.363 0.059 0.078 0.096 0.004 0.384 221 L 0.009 0.005 0.472 0.091 0.123 0.047 0.002 0.251 222 D 0.008 0.002 0.738 0.082 0.101 0.024 0.002 0.043 223 F 0.005 0.005 0.552 0.123 0.100 0.020 0.001 0.194 224 N 0.004 0.004 0.431 0.139 0.277 0.032 0.002 0.109 225 T 0.012 0.008 0.115 0.102 0.226 0.087 0.004 0.445 226 A 0.027 0.011 0.077 0.041 0.142 0.163 0.009 0.530 227 G 0.080 0.007 0.019 0.018 0.029 0.296 0.019 0.531 228 L 0.335 0.028 0.029 0.021 0.028 0.166 0.023 0.370 229 F 0.128 0.076 0.054 0.041 0.080 0.151 0.023 0.449 230 K 0.075 0.075 0.042 0.059 0.087 0.087 0.012 0.563 231 P 0.002 0.005 0.002 0.003 0.004 0.007 0.001 0.977 232 L 0.088 0.066 0.036 0.058 0.122 0.137 0.019 0.473 233 C 0.252 0.092 0.059 0.046 0.049 0.065 0.032 0.404 234 G 0.089 0.076 0.048 0.036 0.042 0.066 0.020 0.622 235 E 0.169 0.032 0.036 0.022 0.032 0.091 0.018 0.600 236 T 0.074 0.015 0.013 0.007 0.012 0.041 0.012 0.826 237 Y 0.087 0.022 0.040 0.033 0.041 0.124 0.014 0.640 238 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 239 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 240 K 0.015 0.012 0.004 0.005 0.011 0.077 0.001 0.875 241 K 0.098 0.071 0.003 0.003 0.004 0.124 0.003 0.696 242 I 0.050 0.729 0.003 0.004 0.006 0.036 0.001 0.171 243 V 0.005 0.951 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.035 244 T 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 245 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 246 A 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 247 S 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 248 E 0.019 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 249 L 0.091 0.826 0.006 0.002 0.001 0.001 0.065 0.008 250 Q 0.536 0.063 0.021 0.004 0.002 0.003 0.311 0.060 251 I 0.039 0.007 0.825 0.015 0.009 0.012 0.008 0.085 252 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 253 F 0.003 0.002 0.423 0.034 0.086 0.031 0.002 0.420 254 V 0.009 0.002 0.805 0.025 0.019 0.022 0.003 0.115 255 Y 0.007 0.003 0.780 0.036 0.029 0.019 0.001 0.124 256 G 0.012 0.005 0.487 0.040 0.095 0.062 0.002 0.297 257 S 0.021 0.006 0.203 0.028 0.070 0.147 0.004 0.521 258 D 0.037 0.013 0.084 0.031 0.061 0.155 0.012 0.606 259 S 0.181 0.014 0.043 0.019 0.048 0.449 0.014 0.232 260 H 0.175 0.037 0.040 0.043 0.045 0.382 0.031 0.247 261 G 0.331 0.037 0.022 0.021 0.036 0.096 0.021 0.437 262 V 0.050 0.049 0.073 0.025 0.058 0.095 0.006 0.643 263 Q 0.026 0.050 0.024 0.025 0.065 0.169 0.010 0.629 264 D 0.117 0.063 0.015 0.015 0.035 0.132 0.016 0.607 265 I 0.248 0.181 0.051 0.029 0.044 0.083 0.022 0.343 266 G 0.151 0.167 0.091 0.034 0.040 0.125 0.032 0.359 267 R 0.100 0.123 0.102 0.030 0.043 0.123 0.019 0.460 268 G 0.116 0.123 0.030 0.019 0.036 0.131 0.016 0.529 269 Y 0.173 0.149 0.103 0.023 0.063 0.109 0.015 0.365 270 S 0.046 0.202 0.052 0.029 0.042 0.198 0.015 0.415 271 T 0.110 0.212 0.029 0.015 0.031 0.125 0.017 0.460 272 Y 0.138 0.455 0.032 0.022 0.037 0.071 0.014 0.232 273 C 0.108 0.415 0.038 0.029 0.047 0.070 0.021 0.272 274 Q 0.116 0.262 0.031 0.022 0.043 0.091 0.028 0.406 275 K 0.116 0.277 0.031 0.017 0.030 0.075 0.023 0.433