# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1611 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.436 0.214 0.136 0.107 0.077 0.027 0.004 2 K 0.414 0.262 0.172 0.096 0.037 0.016 0.004 3 R 0.204 0.152 0.234 0.217 0.115 0.062 0.016 4 D 0.148 0.143 0.202 0.223 0.134 0.109 0.041 5 G 0.045 0.028 0.034 0.066 0.153 0.391 0.283 6 H 0.036 0.030 0.030 0.057 0.104 0.316 0.427 7 T 0.025 0.027 0.029 0.049 0.103 0.270 0.498 8 H 0.011 0.017 0.017 0.031 0.071 0.229 0.623 9 T 0.015 0.022 0.029 0.049 0.110 0.252 0.523 10 E 0.030 0.053 0.067 0.103 0.152 0.238 0.357 11 F 0.029 0.041 0.045 0.090 0.168 0.305 0.321 12 C 0.038 0.050 0.059 0.115 0.189 0.313 0.236 13 P 0.064 0.123 0.176 0.222 0.180 0.175 0.061 14 H 0.108 0.184 0.216 0.224 0.155 0.094 0.019 15 G 0.152 0.140 0.160 0.214 0.194 0.116 0.024 16 T 0.335 0.280 0.178 0.112 0.064 0.027 0.004 17 H 0.333 0.300 0.211 0.107 0.035 0.014 0.002 18 D 0.281 0.274 0.212 0.150 0.068 0.015 0.001 19 D 0.191 0.320 0.215 0.148 0.094 0.029 0.003 20 V 0.022 0.046 0.092 0.214 0.340 0.258 0.028 21 E 0.070 0.250 0.280 0.228 0.123 0.047 0.002 22 E 0.067 0.211 0.287 0.268 0.125 0.038 0.004 23 M 0.002 0.008 0.025 0.062 0.275 0.506 0.122 24 V 0.003 0.015 0.040 0.110 0.321 0.433 0.078 25 L 0.021 0.190 0.319 0.256 0.156 0.055 0.004 26 K 0.008 0.079 0.261 0.412 0.205 0.033 0.001 27 A 0.003 0.010 0.035 0.083 0.362 0.486 0.022 28 I 0.047 0.209 0.312 0.302 0.113 0.016 0.001 29 E 0.394 0.448 0.116 0.034 0.007 0.001 0.001 30 L 0.082 0.191 0.364 0.300 0.057 0.006 0.001 31 D 0.291 0.430 0.169 0.066 0.035 0.008 0.001 32 F 0.011 0.030 0.096 0.256 0.435 0.158 0.014 33 D 0.033 0.194 0.294 0.257 0.164 0.053 0.004 34 E 0.004 0.023 0.081 0.186 0.295 0.341 0.070 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.367 0.590 36 S 0.001 0.001 0.002 0.007 0.028 0.192 0.769 37 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.113 0.864 38 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.046 0.263 0.679 39 E 0.001 0.005 0.014 0.036 0.120 0.333 0.491 40 H 0.003 0.013 0.018 0.043 0.119 0.378 0.425 41 A 0.015 0.044 0.078 0.144 0.259 0.300 0.159 42 P 0.040 0.095 0.157 0.231 0.181 0.204 0.093 43 L 0.037 0.066 0.101 0.155 0.276 0.275 0.091 44 S 0.085 0.119 0.119 0.181 0.229 0.200 0.068 45 S 0.162 0.221 0.201 0.177 0.142 0.080 0.017 46 E 0.179 0.278 0.251 0.189 0.069 0.029 0.005 47 F 0.076 0.101 0.144 0.209 0.283 0.166 0.021 48 M 0.117 0.159 0.233 0.264 0.162 0.059 0.005 49 K 0.359 0.346 0.179 0.080 0.027 0.008 0.001 50 N 0.292 0.285 0.210 0.146 0.053 0.013 0.001 51 T 0.168 0.178 0.249 0.243 0.130 0.031 0.001 52 A 0.472 0.295 0.150 0.064 0.016 0.003 0.001 53 G 0.549 0.298 0.103 0.037 0.011 0.002 0.001 54 D 0.486 0.349 0.096 0.049 0.017 0.003 0.001 55 K 0.067 0.136 0.257 0.334 0.159 0.045 0.003 56 E 0.094 0.289 0.308 0.217 0.067 0.024 0.002 57 A 0.018 0.049 0.099 0.200 0.317 0.281 0.035 58 V 0.015 0.031 0.060 0.155 0.271 0.365 0.103 59 T 0.014 0.047 0.108 0.164 0.215 0.322 0.129 60 T 0.023 0.060 0.114 0.192 0.224 0.205 0.181 61 A 0.004 0.009 0.014 0.032 0.139 0.417 0.386 62 S 0.012 0.045 0.072 0.136 0.201 0.306 0.228 63 M 0.010 0.019 0.031 0.071 0.172 0.395 0.302 64 A 0.025 0.070 0.110 0.190 0.241 0.265 0.098 65 M 0.035 0.066 0.106 0.151 0.261 0.297 0.084 66 S 0.113 0.193 0.222 0.231 0.144 0.078 0.018 67 D 0.189 0.231 0.232 0.176 0.105 0.057 0.010 68 L 0.203 0.193 0.199 0.197 0.135 0.062 0.010 69 P 0.434 0.329 0.129 0.063 0.031 0.012 0.002 70 Y 0.163 0.230 0.221 0.220 0.113 0.046 0.006 71 Y 0.053 0.131 0.200 0.255 0.221 0.124 0.015 72 F 0.035 0.072 0.128 0.237 0.289 0.212 0.027 73 K 0.100 0.259 0.244 0.209 0.133 0.051 0.005 74 K 0.033 0.117 0.202 0.292 0.233 0.109 0.014 75 M 0.014 0.031 0.055 0.139 0.324 0.384 0.053 76 N 0.064 0.228 0.289 0.243 0.129 0.044 0.003 77 H 0.065 0.191 0.290 0.289 0.118 0.043 0.004 78 I 0.031 0.059 0.138 0.243 0.345 0.174 0.011 79 K 0.090 0.176 0.250 0.274 0.164 0.044 0.002 80 K 0.432 0.397 0.112 0.039 0.017 0.004 0.001 81 K 0.270 0.329 0.214 0.137 0.042 0.008 0.001 82 Y 0.155 0.189 0.265 0.235 0.121 0.034 0.002 83 A 0.146 0.212 0.312 0.234 0.073 0.022 0.001 84 S 0.396 0.323 0.170 0.080 0.025 0.006 0.001 85 D 0.133 0.314 0.275 0.185 0.068 0.023 0.003 86 L 0.022 0.034 0.052 0.161 0.389 0.304 0.037 87 L 0.017 0.117 0.228 0.357 0.166 0.105 0.009 88 I 0.012 0.029 0.053 0.125 0.251 0.402 0.129 89 H 0.012 0.048 0.111 0.217 0.276 0.257 0.079 90 I 0.013 0.046 0.092 0.179 0.307 0.285 0.079 91 G 0.047 0.169 0.222 0.225 0.177 0.118 0.042 92 F 0.014 0.035 0.067 0.153 0.317 0.315 0.099 93 E 0.019 0.059 0.081 0.144 0.254 0.325 0.118 94 V 0.032 0.080 0.158 0.232 0.259 0.195 0.044 95 D 0.104 0.228 0.271 0.231 0.103 0.054 0.010 96 Y 0.055 0.077 0.109 0.192 0.293 0.235 0.039 97 L 0.081 0.106 0.145 0.211 0.254 0.174 0.029 98 I 0.192 0.266 0.266 0.176 0.067 0.030 0.004 99 G 0.285 0.286 0.196 0.141 0.063 0.025 0.003 100 Y 0.174 0.154 0.196 0.222 0.170 0.074 0.010 101 E 0.297 0.267 0.184 0.137 0.080 0.031 0.003 102 D 0.390 0.356 0.141 0.070 0.030 0.011 0.001 103 F 0.077 0.161 0.229 0.277 0.179 0.068 0.009 104 T 0.045 0.075 0.106 0.189 0.304 0.249 0.032 105 R 0.055 0.167 0.266 0.285 0.155 0.067 0.005 106 D 0.149 0.300 0.247 0.178 0.091 0.033 0.003 107 F 0.023 0.066 0.141 0.284 0.301 0.170 0.016 108 L 0.037 0.068 0.131 0.258 0.312 0.177 0.016 109 N 0.237 0.358 0.225 0.121 0.045 0.013 0.001 110 E 0.374 0.354 0.143 0.086 0.033 0.009 0.001 111 Y 0.094 0.138 0.185 0.269 0.219 0.088 0.007 112 G 0.134 0.191 0.230 0.224 0.149 0.067 0.006 113 P 0.235 0.254 0.249 0.162 0.066 0.029 0.004 114 Q 0.204 0.218 0.224 0.187 0.114 0.045 0.008 115 T 0.103 0.138 0.165 0.216 0.229 0.125 0.025 116 D 0.116 0.193 0.174 0.183 0.181 0.126 0.029 117 D 0.059 0.120 0.161 0.219 0.204 0.182 0.054 118 G 0.018 0.038 0.071 0.133 0.261 0.334 0.146 119 V 0.004 0.006 0.011 0.026 0.098 0.381 0.475 120 L 0.001 0.003 0.006 0.014 0.054 0.278 0.645 121 S 0.003 0.008 0.018 0.040 0.089 0.254 0.589 122 L 0.002 0.004 0.006 0.016 0.066 0.276 0.631 123 H 0.001 0.004 0.007 0.015 0.075 0.333 0.563 124 F 0.004 0.015 0.024 0.057 0.127 0.319 0.456 125 L 0.009 0.022 0.036 0.079 0.194 0.373 0.287 126 E 0.043 0.108 0.182 0.257 0.169 0.162 0.079 127 G 0.111 0.127 0.137 0.163 0.207 0.190 0.064 128 Q 0.158 0.208 0.194 0.186 0.127 0.095 0.032 129 G 0.157 0.159 0.159 0.177 0.172 0.136 0.041 130 G 0.188 0.241 0.156 0.158 0.128 0.097 0.031 131 F 0.118 0.143 0.173 0.204 0.188 0.136 0.038 132 R 0.200 0.197 0.167 0.174 0.134 0.097 0.030 133 S 0.161 0.183 0.168 0.185 0.154 0.113 0.036 134 I 0.090 0.089 0.103 0.178 0.248 0.232 0.061 135 D 0.174 0.265 0.211 0.157 0.106 0.072 0.015 136 F 0.110 0.153 0.176 0.230 0.187 0.120 0.024 137 S 0.133 0.156 0.157 0.196 0.200 0.134 0.024 138 A 0.178 0.212 0.227 0.200 0.117 0.057 0.009 139 E 0.349 0.315 0.178 0.096 0.043 0.016 0.003 140 D 0.097 0.154 0.197 0.256 0.202 0.085 0.010 141 Y 0.062 0.124 0.184 0.274 0.222 0.122 0.012 142 N 0.159 0.263 0.263 0.201 0.079 0.033 0.003 143 E 0.274 0.314 0.213 0.135 0.046 0.015 0.002 144 G 0.056 0.106 0.142 0.280 0.269 0.134 0.012 145 I 0.046 0.085 0.136 0.246 0.278 0.193 0.015 146 V 0.137 0.249 0.260 0.209 0.095 0.046 0.004 147 Q 0.250 0.287 0.210 0.149 0.075 0.027 0.003 148 F 0.110 0.142 0.183 0.250 0.209 0.095 0.011 149 Y 0.192 0.221 0.241 0.189 0.109 0.044 0.004 150 G 0.342 0.311 0.178 0.103 0.046 0.018 0.003 151 G 0.320 0.289 0.156 0.122 0.080 0.029 0.005 152 F 0.075 0.136 0.206 0.279 0.188 0.105 0.013 153 E 0.138 0.233 0.240 0.208 0.113 0.061 0.008 154 Q 0.072 0.166 0.250 0.260 0.160 0.078 0.015 155 A 0.024 0.036 0.048 0.121 0.283 0.386 0.101 156 Q 0.019 0.074 0.138 0.263 0.246 0.230 0.030 157 L 0.057 0.160 0.230 0.249 0.176 0.111 0.017 158 A 0.036 0.122 0.208 0.265 0.252 0.102 0.015 159 Y 0.016 0.052 0.086 0.185 0.344 0.275 0.041 160 L 0.014 0.078 0.204 0.301 0.251 0.138 0.013 161 E 0.132 0.335 0.260 0.179 0.071 0.021 0.002 162 G 0.024 0.117 0.252 0.279 0.255 0.065 0.008 163 V 0.003 0.010 0.018 0.070 0.316 0.492 0.092 164 K 0.007 0.076 0.239 0.364 0.206 0.101 0.006 165 Q 0.019 0.110 0.300 0.386 0.121 0.057 0.007 166 S 0.001 0.004 0.016 0.050 0.255 0.551 0.123 167 I 0.002 0.005 0.010 0.036 0.171 0.518 0.257 168 E 0.024 0.140 0.286 0.282 0.141 0.097 0.030 169 A 0.020 0.086 0.194 0.325 0.235 0.121 0.019 170 D 0.022 0.048 0.086 0.154 0.330 0.320 0.040 171 L 0.077 0.153 0.232 0.247 0.191 0.088 0.012 172 G 0.246 0.355 0.189 0.119 0.056 0.030 0.005 173 L 0.111 0.148 0.195 0.237 0.186 0.105 0.018 174 F 0.138 0.173 0.208 0.211 0.161 0.091 0.019 175 K 0.082 0.192 0.228 0.202 0.165 0.098 0.033 176 P 0.013 0.026 0.040 0.104 0.301 0.360 0.156 177 R 0.007 0.033 0.065 0.149 0.279 0.355 0.111 178 R 0.002 0.006 0.014 0.034 0.124 0.448 0.373 179 M 0.001 0.001 0.002 0.007 0.030 0.248 0.711 180 G 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.185 0.772 181 H 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.169 0.798 182 I 0.002 0.007 0.016 0.042 0.115 0.309 0.509 183 S 0.010 0.048 0.108 0.171 0.215 0.269 0.179 184 L 0.008 0.028 0.051 0.107 0.273 0.373 0.160 185 C 0.013 0.029 0.047 0.109 0.271 0.387 0.143 186 Q 0.046 0.138 0.237 0.253 0.168 0.127 0.032 187 K 0.060 0.129 0.216 0.274 0.181 0.117 0.024 188 F 0.080 0.091 0.112 0.189 0.274 0.216 0.037 189 Q 0.186 0.193 0.190 0.201 0.144 0.076 0.011 190 Q 0.303 0.311 0.182 0.116 0.056 0.028 0.004 191 F 0.164 0.172 0.190 0.219 0.168 0.077 0.010 192 F 0.227 0.204 0.194 0.183 0.125 0.059 0.008 193 G 0.361 0.250 0.176 0.122 0.060 0.027 0.004 194 E 0.389 0.256 0.166 0.110 0.055 0.021 0.003 195 D 0.247 0.249 0.182 0.164 0.105 0.047 0.006 196 T 0.134 0.160 0.172 0.225 0.191 0.108 0.012 197 S 0.240 0.261 0.230 0.153 0.079 0.034 0.003 198 D 0.284 0.299 0.229 0.126 0.045 0.016 0.002 199 F 0.103 0.111 0.168 0.271 0.240 0.099 0.009 200 S 0.153 0.197 0.230 0.238 0.126 0.053 0.003 201 E 0.446 0.321 0.145 0.060 0.021 0.006 0.001 202 E 0.475 0.353 0.098 0.052 0.018 0.004 0.001 203 V 0.082 0.132 0.205 0.290 0.213 0.074 0.003 204 M 0.098 0.210 0.328 0.249 0.088 0.026 0.001 205 E 0.404 0.406 0.138 0.039 0.011 0.002 0.001 206 K 0.060 0.201 0.295 0.272 0.145 0.024 0.002 207 F 0.005 0.027 0.069 0.233 0.439 0.220 0.007 208 R 0.018 0.191 0.296 0.311 0.125 0.057 0.001 209 V 0.032 0.173 0.314 0.316 0.134 0.028 0.002 210 I 0.001 0.002 0.010 0.032 0.237 0.621 0.098 211 L 0.001 0.008 0.028 0.101 0.358 0.454 0.051 212 A 0.013 0.188 0.310 0.286 0.141 0.058 0.003 213 L 0.002 0.021 0.169 0.473 0.273 0.060 0.002 214 V 0.001 0.002 0.007 0.016 0.185 0.731 0.058 215 K 0.031 0.171 0.319 0.369 0.098 0.012 0.001 216 K 0.320 0.531 0.098 0.035 0.013 0.003 0.001 217 R 0.056 0.158 0.275 0.354 0.135 0.022 0.001 218 D 0.211 0.368 0.201 0.099 0.092 0.027 0.001 219 Y 0.011 0.071 0.214 0.383 0.242 0.074 0.006 220 E 0.009 0.038 0.121 0.225 0.343 0.236 0.029 221 L 0.001 0.002 0.003 0.008 0.054 0.477 0.455 222 D 0.001 0.005 0.015 0.036 0.099 0.292 0.552 223 F 0.001 0.002 0.003 0.010 0.052 0.233 0.700 224 N 0.001 0.003 0.007 0.016 0.064 0.278 0.630 225 T 0.003 0.009 0.021 0.047 0.125 0.336 0.460 226 A 0.010 0.037 0.073 0.130 0.203 0.327 0.221 227 G 0.026 0.074 0.113 0.169 0.218 0.284 0.116 228 L 0.027 0.038 0.055 0.120 0.260 0.370 0.131 229 F 0.085 0.151 0.205 0.226 0.172 0.130 0.031 230 K 0.224 0.230 0.204 0.173 0.105 0.054 0.009 231 P 0.400 0.303 0.140 0.087 0.046 0.021 0.004 232 L 0.172 0.161 0.189 0.219 0.159 0.084 0.015 233 C 0.239 0.206 0.194 0.184 0.111 0.057 0.008 234 G 0.364 0.280 0.152 0.107 0.061 0.030 0.005 235 E 0.290 0.266 0.154 0.134 0.100 0.049 0.007 236 T 0.092 0.157 0.224 0.238 0.188 0.091 0.009 237 Y 0.086 0.194 0.262 0.243 0.158 0.052 0.005 238 P 0.090 0.177 0.217 0.215 0.203 0.087 0.011 239 P 0.048 0.118 0.185 0.273 0.234 0.128 0.014 240 K 0.107 0.265 0.281 0.213 0.094 0.038 0.002 241 K 0.028 0.131 0.328 0.355 0.124 0.032 0.004 242 I 0.001 0.004 0.008 0.026 0.193 0.633 0.135 243 V 0.002 0.019 0.073 0.273 0.351 0.262 0.019 244 T 0.025 0.228 0.266 0.267 0.148 0.062 0.003 245 L 0.001 0.016 0.110 0.355 0.384 0.128 0.006 246 A 0.001 0.006 0.017 0.045 0.248 0.622 0.062 247 S 0.063 0.294 0.329 0.223 0.076 0.013 0.001 248 E 0.244 0.459 0.176 0.091 0.022 0.007 0.001 249 L 0.019 0.065 0.222 0.368 0.257 0.065 0.003 250 Q 0.080 0.275 0.250 0.192 0.138 0.060 0.005 251 I 0.008 0.025 0.066 0.168 0.410 0.276 0.047 252 P 0.006 0.039 0.092 0.176 0.305 0.315 0.067 253 F 0.001 0.002 0.007 0.019 0.092 0.417 0.461 254 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.181 0.792 255 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.115 0.871 256 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.073 0.917 257 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.108 0.886 258 D 0.001 0.001 0.003 0.009 0.034 0.189 0.764 259 S 0.002 0.005 0.007 0.026 0.077 0.300 0.582 260 H 0.003 0.009 0.015 0.045 0.152 0.425 0.352 261 G 0.011 0.033 0.064 0.115 0.211 0.322 0.244 262 V 0.040 0.092 0.124 0.166 0.218 0.227 0.134 263 Q 0.126 0.239 0.255 0.195 0.111 0.056 0.018 264 D 0.116 0.187 0.230 0.217 0.142 0.087 0.022 265 I 0.063 0.077 0.120 0.235 0.278 0.194 0.033 266 G 0.189 0.274 0.208 0.177 0.098 0.049 0.005 267 R 0.230 0.273 0.248 0.160 0.062 0.024 0.002 268 G 0.201 0.277 0.221 0.184 0.087 0.028 0.003 269 Y 0.070 0.093 0.139 0.267 0.274 0.145 0.011 270 S 0.210 0.300 0.231 0.157 0.077 0.024 0.001 271 T 0.264 0.403 0.202 0.093 0.029 0.008 0.001 272 Y 0.072 0.098 0.171 0.311 0.247 0.095 0.006 273 C 0.103 0.130 0.243 0.315 0.160 0.047 0.002 274 Q 0.693 0.240 0.048 0.013 0.004 0.001 0.001 275 K 0.699 0.212 0.057 0.025 0.006 0.001 0.001