# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1436 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.015 0.034 0.038 0.095 0.115 0.040 0.640 2 K 0.079 0.020 0.041 0.095 0.090 0.117 0.082 0.475 3 R 0.065 0.008 0.039 0.048 0.075 0.106 0.074 0.583 4 D 0.009 0.008 0.152 0.091 0.141 0.121 0.083 0.395 5 G 0.016 0.010 0.158 0.061 0.148 0.096 0.056 0.455 6 H 0.013 0.009 0.230 0.184 0.182 0.090 0.069 0.224 7 T 0.019 0.008 0.167 0.086 0.137 0.111 0.043 0.429 8 H 0.030 0.015 0.165 0.094 0.146 0.103 0.082 0.365 9 T 0.052 0.012 0.169 0.054 0.120 0.132 0.068 0.393 10 E 0.016 0.007 0.106 0.065 0.132 0.187 0.070 0.417 11 F 0.015 0.005 0.046 0.028 0.058 0.178 0.041 0.628 12 C 0.169 0.025 0.036 0.028 0.048 0.138 0.149 0.407 13 P 0.104 0.023 0.017 0.017 0.019 0.150 0.079 0.591 14 H 0.070 0.019 0.020 0.009 0.016 0.157 0.039 0.671 15 G 0.068 0.021 0.020 0.009 0.014 0.123 0.073 0.672 16 T 0.060 0.040 0.011 0.009 0.012 0.106 0.044 0.718 17 H 0.032 0.052 0.005 0.006 0.008 0.119 0.042 0.737 18 D 0.007 0.111 0.008 0.005 0.009 0.097 0.039 0.723 19 D 0.013 0.913 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.025 20 V 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 21 E 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.003 22 E 0.001 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.003 23 M 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 24 V 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 25 L 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 26 K 0.010 0.840 0.004 0.001 0.001 0.003 0.115 0.027 27 A 0.085 0.282 0.102 0.008 0.001 0.020 0.458 0.045 28 I 0.894 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.055 29 E 0.040 0.004 0.004 0.001 0.001 0.049 0.007 0.896 30 L 0.007 0.010 0.018 0.001 0.001 0.086 0.005 0.872 31 D 0.103 0.021 0.017 0.002 0.002 0.123 0.025 0.707 32 F 0.053 0.008 0.023 0.003 0.002 0.113 0.046 0.751 33 D 0.014 0.022 0.236 0.023 0.037 0.111 0.135 0.422 34 E 0.017 0.015 0.312 0.013 0.029 0.081 0.050 0.481 35 Y 0.004 0.009 0.550 0.079 0.071 0.056 0.043 0.188 36 S 0.011 0.014 0.471 0.067 0.185 0.043 0.047 0.162 37 I 0.021 0.014 0.331 0.124 0.135 0.056 0.072 0.248 38 V 0.054 0.008 0.274 0.065 0.104 0.093 0.077 0.325 39 E 0.073 0.022 0.114 0.057 0.081 0.130 0.070 0.453 40 H 0.072 0.013 0.050 0.011 0.022 0.133 0.091 0.609 41 A 0.076 0.037 0.040 0.022 0.022 0.134 0.141 0.528 42 P 0.030 0.027 0.008 0.007 0.009 0.106 0.030 0.784 43 L 0.034 0.110 0.026 0.011 0.019 0.111 0.058 0.632 44 S 0.051 0.544 0.008 0.008 0.011 0.049 0.069 0.260 45 S 0.078 0.728 0.005 0.005 0.007 0.026 0.059 0.092 46 E 0.076 0.558 0.009 0.008 0.016 0.033 0.172 0.128 47 F 0.033 0.159 0.024 0.012 0.032 0.068 0.470 0.203 48 M 0.030 0.489 0.032 0.027 0.028 0.082 0.144 0.168 49 K 0.144 0.386 0.018 0.012 0.016 0.054 0.151 0.219 50 N 0.101 0.334 0.008 0.014 0.007 0.057 0.094 0.384 51 T 0.183 0.180 0.010 0.006 0.011 0.065 0.072 0.474 52 A 0.114 0.047 0.040 0.011 0.013 0.108 0.088 0.579 53 G 0.125 0.037 0.005 0.004 0.005 0.061 0.020 0.742 54 D 0.341 0.063 0.005 0.003 0.005 0.057 0.031 0.495 55 K 0.047 0.026 0.013 0.004 0.007 0.099 0.051 0.754 56 E 0.010 0.047 0.034 0.008 0.012 0.129 0.093 0.668 57 A 0.019 0.161 0.039 0.013 0.013 0.102 0.053 0.599 58 V 0.051 0.261 0.093 0.036 0.019 0.053 0.314 0.173 59 T 0.042 0.228 0.073 0.024 0.019 0.067 0.120 0.428 60 T 0.079 0.446 0.110 0.014 0.033 0.039 0.096 0.184 61 A 0.092 0.526 0.074 0.017 0.024 0.033 0.057 0.177 62 S 0.161 0.207 0.035 0.031 0.036 0.056 0.199 0.275 63 M 0.078 0.125 0.078 0.058 0.056 0.098 0.176 0.332 64 A 0.346 0.056 0.033 0.013 0.025 0.055 0.047 0.425 65 M 0.420 0.009 0.009 0.009 0.008 0.077 0.058 0.410 66 S 0.022 0.012 0.008 0.007 0.008 0.107 0.010 0.826 67 D 0.053 0.009 0.008 0.003 0.009 0.099 0.015 0.805 68 L 0.075 0.055 0.015 0.032 0.017 0.121 0.067 0.618 69 P 0.065 0.035 0.024 0.023 0.035 0.111 0.042 0.664 70 Y 0.039 0.041 0.047 0.038 0.076 0.096 0.037 0.625 71 Y 0.045 0.084 0.125 0.068 0.126 0.087 0.062 0.403 72 F 0.086 0.039 0.058 0.072 0.078 0.096 0.093 0.479 73 K 0.063 0.089 0.069 0.096 0.123 0.085 0.110 0.365 74 K 0.122 0.144 0.053 0.028 0.092 0.069 0.060 0.430 75 M 0.042 0.169 0.040 0.086 0.090 0.095 0.101 0.377 76 N 0.023 0.203 0.045 0.153 0.181 0.068 0.074 0.254 77 H 0.078 0.191 0.042 0.107 0.186 0.050 0.069 0.276 78 I 0.080 0.156 0.051 0.147 0.159 0.053 0.086 0.268 79 K 0.125 0.117 0.043 0.112 0.165 0.060 0.073 0.304 80 K 0.132 0.033 0.030 0.056 0.115 0.079 0.103 0.452 81 K 0.071 0.019 0.028 0.064 0.068 0.096 0.069 0.587 82 Y 0.397 0.019 0.009 0.013 0.025 0.060 0.039 0.437 83 A 0.138 0.019 0.009 0.014 0.019 0.101 0.029 0.671 84 S 0.014 0.011 0.012 0.013 0.036 0.140 0.024 0.751 85 D 0.010 0.021 0.043 0.102 0.163 0.120 0.088 0.454 86 L 0.006 0.019 0.114 0.192 0.307 0.062 0.059 0.240 87 L 0.005 0.010 0.313 0.259 0.214 0.032 0.072 0.095 88 I 0.012 0.007 0.211 0.224 0.247 0.046 0.062 0.190 89 H 0.033 0.009 0.275 0.144 0.229 0.048 0.057 0.205 90 I 0.029 0.017 0.215 0.125 0.189 0.064 0.048 0.312 91 G 0.023 0.018 0.130 0.096 0.164 0.090 0.063 0.416 92 F 0.019 0.018 0.134 0.143 0.159 0.085 0.049 0.394 93 E 0.054 0.040 0.110 0.123 0.177 0.078 0.058 0.360 94 V 0.100 0.026 0.086 0.061 0.075 0.090 0.062 0.501 95 D 0.076 0.041 0.060 0.053 0.062 0.091 0.098 0.520 96 Y 0.149 0.068 0.042 0.016 0.033 0.079 0.051 0.564 97 L 0.198 0.082 0.012 0.012 0.013 0.072 0.041 0.569 98 I 0.081 0.089 0.013 0.010 0.015 0.108 0.036 0.648 99 G 0.132 0.267 0.015 0.006 0.014 0.069 0.057 0.441 100 Y 0.130 0.122 0.011 0.006 0.009 0.070 0.386 0.266 101 E 0.024 0.425 0.014 0.017 0.012 0.077 0.120 0.311 102 D 0.067 0.528 0.016 0.003 0.010 0.038 0.121 0.216 103 F 0.015 0.723 0.008 0.006 0.004 0.025 0.101 0.117 104 T 0.021 0.904 0.002 0.001 0.002 0.008 0.033 0.030 105 R 0.034 0.786 0.004 0.002 0.001 0.012 0.086 0.074 106 D 0.037 0.609 0.008 0.003 0.003 0.024 0.143 0.174 107 F 0.138 0.503 0.020 0.004 0.003 0.033 0.159 0.140 108 L 0.429 0.118 0.014 0.003 0.002 0.039 0.108 0.287 109 N 0.138 0.016 0.008 0.001 0.002 0.070 0.043 0.722 110 E 0.013 0.024 0.021 0.002 0.004 0.110 0.019 0.808 111 Y 0.018 0.011 0.035 0.003 0.003 0.139 0.070 0.720 112 G 0.114 0.077 0.020 0.010 0.003 0.118 0.121 0.536 113 P 0.156 0.069 0.018 0.002 0.003 0.072 0.044 0.635 114 Q 0.063 0.107 0.043 0.004 0.004 0.085 0.048 0.646 115 T 0.072 0.257 0.037 0.007 0.010 0.085 0.061 0.472 116 D 0.056 0.319 0.070 0.017 0.030 0.075 0.089 0.343 117 D 0.034 0.178 0.093 0.032 0.072 0.059 0.300 0.232 118 G 0.030 0.298 0.097 0.092 0.098 0.053 0.170 0.161 119 V 0.070 0.234 0.108 0.078 0.121 0.063 0.118 0.209 120 L 0.044 0.266 0.077 0.102 0.118 0.055 0.072 0.266 121 S 0.069 0.328 0.059 0.060 0.125 0.054 0.085 0.219 122 L 0.074 0.153 0.095 0.086 0.096 0.086 0.124 0.285 123 H 0.124 0.083 0.048 0.070 0.109 0.079 0.146 0.342 124 F 0.103 0.047 0.031 0.039 0.059 0.105 0.056 0.559 125 L 0.096 0.032 0.040 0.029 0.047 0.102 0.054 0.601 126 E 0.089 0.026 0.018 0.015 0.021 0.097 0.040 0.694 127 G 0.099 0.037 0.020 0.014 0.021 0.100 0.045 0.663 128 Q 0.068 0.026 0.025 0.024 0.032 0.104 0.050 0.671 129 G 0.044 0.014 0.041 0.023 0.049 0.114 0.060 0.655 130 G 0.045 0.016 0.042 0.037 0.047 0.126 0.049 0.638 131 F 0.149 0.029 0.045 0.026 0.053 0.106 0.074 0.516 132 R 0.080 0.044 0.042 0.026 0.035 0.106 0.046 0.620 133 S 0.093 0.052 0.035 0.019 0.040 0.111 0.115 0.536 134 I 0.038 0.065 0.055 0.061 0.060 0.116 0.084 0.521 135 D 0.151 0.097 0.041 0.031 0.064 0.091 0.073 0.451 136 F 0.045 0.074 0.031 0.032 0.034 0.121 0.068 0.595 137 S 0.089 0.441 0.014 0.011 0.022 0.058 0.051 0.316 138 A 0.189 0.479 0.005 0.005 0.006 0.033 0.137 0.146 139 E 0.027 0.480 0.010 0.012 0.008 0.061 0.131 0.270 140 D 0.057 0.686 0.008 0.004 0.009 0.029 0.071 0.136 141 Y 0.064 0.781 0.004 0.003 0.004 0.017 0.053 0.073 142 N 0.028 0.805 0.004 0.005 0.006 0.020 0.057 0.076 143 E 0.011 0.823 0.008 0.006 0.009 0.017 0.053 0.072 144 G 0.034 0.643 0.026 0.017 0.024 0.026 0.121 0.109 145 I 0.098 0.493 0.043 0.052 0.034 0.035 0.127 0.118 146 V 0.178 0.160 0.064 0.028 0.037 0.081 0.083 0.369 147 Q 0.105 0.082 0.045 0.013 0.022 0.075 0.060 0.598 148 F 0.151 0.106 0.013 0.005 0.006 0.065 0.027 0.627 149 Y 0.190 0.166 0.007 0.003 0.003 0.070 0.035 0.524 150 G 0.017 0.154 0.006 0.002 0.003 0.066 0.020 0.730 151 G 0.057 0.683 0.004 0.001 0.002 0.025 0.052 0.175 152 F 0.035 0.840 0.002 0.002 0.001 0.011 0.058 0.051 153 E 0.011 0.927 0.002 0.001 0.001 0.004 0.018 0.034 154 Q 0.019 0.905 0.004 0.001 0.002 0.004 0.036 0.029 155 A 0.009 0.920 0.007 0.002 0.002 0.003 0.044 0.014 156 Q 0.028 0.890 0.005 0.002 0.002 0.004 0.054 0.015 157 L 0.069 0.783 0.004 0.003 0.002 0.008 0.074 0.059 158 A 0.035 0.694 0.008 0.002 0.003 0.019 0.087 0.152 159 Y 0.035 0.828 0.006 0.001 0.001 0.014 0.051 0.063 160 L 0.080 0.779 0.003 0.001 0.001 0.014 0.049 0.072 161 E 0.030 0.755 0.004 0.001 0.001 0.018 0.040 0.152 162 G 0.023 0.426 0.019 0.002 0.003 0.043 0.309 0.174 163 V 0.022 0.700 0.021 0.005 0.002 0.028 0.160 0.063 164 K 0.096 0.601 0.020 0.002 0.004 0.029 0.103 0.145 165 Q 0.019 0.598 0.017 0.006 0.005 0.039 0.069 0.247 166 S 0.021 0.586 0.067 0.008 0.014 0.040 0.140 0.125 167 I 0.072 0.375 0.096 0.022 0.020 0.052 0.192 0.170 168 E 0.143 0.159 0.043 0.019 0.021 0.070 0.138 0.407 169 A 0.161 0.086 0.035 0.019 0.022 0.084 0.061 0.531 170 D 0.219 0.062 0.043 0.011 0.018 0.089 0.066 0.493 171 L 0.118 0.025 0.025 0.008 0.012 0.083 0.038 0.691 172 G 0.055 0.013 0.024 0.009 0.020 0.101 0.045 0.732 173 L 0.007 0.008 0.058 0.020 0.028 0.139 0.027 0.715 174 F 0.029 0.015 0.043 0.020 0.026 0.119 0.033 0.715 175 K 0.161 0.073 0.055 0.027 0.024 0.107 0.112 0.441 176 P 0.074 0.048 0.108 0.012 0.020 0.116 0.113 0.508 177 R 0.033 0.073 0.182 0.020 0.042 0.102 0.147 0.401 178 R 0.034 0.114 0.226 0.038 0.080 0.102 0.070 0.336 179 M 0.012 0.046 0.180 0.051 0.084 0.123 0.093 0.411 180 G 0.007 0.222 0.186 0.061 0.095 0.075 0.133 0.220 181 H 0.043 0.753 0.024 0.011 0.015 0.017 0.091 0.046 182 I 0.033 0.805 0.009 0.011 0.007 0.016 0.058 0.061 183 S 0.018 0.854 0.006 0.005 0.006 0.010 0.053 0.048 184 L 0.046 0.732 0.013 0.006 0.011 0.018 0.092 0.082 185 C 0.097 0.552 0.026 0.018 0.011 0.034 0.169 0.093 186 Q 0.217 0.215 0.014 0.013 0.015 0.055 0.112 0.360 187 K 0.199 0.098 0.012 0.006 0.010 0.066 0.058 0.551 188 F 0.167 0.084 0.016 0.006 0.010 0.087 0.059 0.570 189 Q 0.048 0.035 0.021 0.006 0.011 0.106 0.056 0.717 190 Q 0.026 0.029 0.019 0.013 0.014 0.112 0.023 0.764 191 F 0.098 0.069 0.057 0.020 0.036 0.112 0.055 0.553 192 F 0.120 0.052 0.101 0.019 0.031 0.093 0.098 0.487 193 G 0.175 0.028 0.057 0.016 0.026 0.102 0.106 0.491 194 E 0.011 0.012 0.096 0.014 0.030 0.171 0.051 0.615 195 D 0.018 0.081 0.059 0.009 0.019 0.107 0.026 0.681 196 T 0.313 0.349 0.005 0.004 0.004 0.040 0.169 0.116 197 S 0.082 0.415 0.006 0.005 0.003 0.071 0.125 0.293 198 D 0.045 0.530 0.009 0.001 0.004 0.038 0.099 0.274 199 F 0.028 0.757 0.004 0.001 0.002 0.022 0.085 0.102 200 S 0.020 0.900 0.001 0.001 0.001 0.009 0.030 0.038 201 E 0.025 0.891 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.046 202 E 0.019 0.792 0.005 0.001 0.002 0.013 0.095 0.074 203 V 0.016 0.898 0.003 0.001 0.001 0.006 0.049 0.026 204 M 0.080 0.799 0.002 0.001 0.001 0.008 0.075 0.035 205 E 0.012 0.855 0.002 0.001 0.001 0.009 0.032 0.089 206 K 0.005 0.918 0.002 0.001 0.001 0.004 0.038 0.032 207 F 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 208 R 0.003 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 0.004 209 V 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 210 I 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 211 L 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 212 A 0.015 0.910 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.018 213 L 0.026 0.707 0.013 0.002 0.002 0.013 0.135 0.102 214 V 0.152 0.075 0.197 0.010 0.003 0.031 0.455 0.077 215 K 0.771 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.023 0.191 216 K 0.031 0.001 0.007 0.001 0.001 0.060 0.006 0.894 217 R 0.006 0.002 0.042 0.001 0.003 0.137 0.008 0.800 218 D 0.020 0.004 0.018 0.007 0.008 0.150 0.033 0.759 219 Y 0.005 0.002 0.126 0.020 0.027 0.134 0.016 0.670 220 E 0.002 0.002 0.597 0.038 0.110 0.041 0.058 0.153 221 L 0.001 0.001 0.585 0.063 0.041 0.039 0.031 0.239 222 D 0.002 0.001 0.727 0.080 0.109 0.016 0.026 0.039 223 F 0.008 0.002 0.458 0.154 0.121 0.038 0.050 0.168 224 N 0.091 0.012 0.235 0.093 0.116 0.068 0.063 0.322 225 T 0.379 0.022 0.046 0.029 0.038 0.104 0.063 0.320 226 A 0.061 0.026 0.031 0.042 0.056 0.108 0.041 0.635 227 G 0.064 0.014 0.018 0.020 0.058 0.100 0.052 0.675 228 L 0.034 0.013 0.031 0.073 0.065 0.119 0.039 0.625 229 F 0.074 0.014 0.013 0.025 0.039 0.093 0.024 0.719 230 K 0.075 0.013 0.011 0.031 0.033 0.088 0.050 0.698 231 P 0.192 0.020 0.014 0.029 0.043 0.070 0.047 0.585 232 L 0.152 0.005 0.020 0.019 0.037 0.087 0.066 0.614 233 C 0.029 0.004 0.048 0.037 0.039 0.115 0.035 0.692 234 G 0.060 0.003 0.025 0.010 0.021 0.097 0.032 0.752 235 E 0.014 0.005 0.027 0.024 0.018 0.126 0.042 0.743 236 T 0.024 0.010 0.013 0.008 0.010 0.106 0.018 0.811 237 Y 0.053 0.058 0.017 0.012 0.007 0.094 0.052 0.707 238 P 0.057 0.427 0.009 0.004 0.005 0.055 0.044 0.399 239 P 0.053 0.848 0.002 0.001 0.002 0.009 0.038 0.047 240 K 0.005 0.168 0.011 0.005 0.003 0.020 0.731 0.057 241 K 0.002 0.870 0.005 0.006 0.006 0.009 0.070 0.034 242 I 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 243 V 0.002 0.832 0.008 0.010 0.002 0.005 0.124 0.017 244 T 0.010 0.810 0.005 0.004 0.004 0.009 0.114 0.044 245 L 0.052 0.586 0.052 0.005 0.009 0.016 0.180 0.099 246 A 0.074 0.028 0.155 0.028 0.002 0.025 0.620 0.068 247 S 0.707 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.259 248 E 0.022 0.001 0.021 0.001 0.001 0.081 0.009 0.865 249 L 0.003 0.001 0.085 0.001 0.002 0.146 0.008 0.753 250 Q 0.007 0.002 0.015 0.003 0.002 0.136 0.010 0.824 251 I 0.003 0.001 0.227 0.015 0.011 0.108 0.015 0.619 252 P 0.002 0.002 0.747 0.012 0.032 0.028 0.032 0.146 253 F 0.001 0.001 0.858 0.010 0.011 0.018 0.012 0.090 254 V 0.005 0.001 0.835 0.014 0.029 0.023 0.013 0.080 255 Y 0.032 0.007 0.609 0.037 0.063 0.047 0.060 0.143 256 G 0.053 0.029 0.366 0.020 0.037 0.101 0.097 0.297 257 S 0.107 0.066 0.143 0.013 0.025 0.133 0.110 0.403 258 D 0.124 0.108 0.043 0.022 0.030 0.134 0.095 0.444 259 S 0.059 0.078 0.032 0.016 0.036 0.155 0.064 0.560 260 H 0.048 0.087 0.047 0.027 0.046 0.134 0.095 0.517 261 G 0.169 0.145 0.020 0.024 0.042 0.090 0.151 0.360 262 V 0.151 0.087 0.020 0.030 0.029 0.102 0.152 0.428 263 Q 0.132 0.064 0.008 0.016 0.024 0.068 0.040 0.647 264 D 0.208 0.033 0.014 0.012 0.028 0.090 0.059 0.556 265 I 0.100 0.050 0.013 0.023 0.029 0.099 0.023 0.664 266 G 0.216 0.021 0.008 0.007 0.029 0.099 0.051 0.568 267 R 0.016 0.014 0.016 0.036 0.040 0.167 0.061 0.650 268 G 0.050 0.060 0.028 0.038 0.093 0.147 0.070 0.515 269 Y 0.110 0.065 0.022 0.054 0.046 0.119 0.085 0.500 270 S 0.068 0.071 0.043 0.089 0.096 0.104 0.106 0.422 271 T 0.048 0.035 0.063 0.076 0.147 0.092 0.067 0.470 272 Y 0.048 0.018 0.097 0.112 0.168 0.081 0.062 0.414 273 C 0.062 0.011 0.045 0.107 0.125 0.087 0.041 0.522 274 Q 0.047 0.010 0.034 0.068 0.107 0.085 0.035 0.614 275 K 0.056 0.008 0.026 0.043 0.072 0.093 0.034 0.669