# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1436 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.027 0.080 0.078 0.109 0.058 0.013 0.557 2 K 0.070 0.012 0.081 0.064 0.101 0.150 0.011 0.511 3 R 0.037 0.009 0.160 0.105 0.124 0.068 0.003 0.495 4 D 0.021 0.011 0.244 0.092 0.155 0.097 0.005 0.374 5 G 0.042 0.010 0.264 0.054 0.084 0.102 0.005 0.440 6 H 0.043 0.013 0.370 0.063 0.101 0.209 0.007 0.195 7 T 0.039 0.013 0.362 0.115 0.148 0.126 0.007 0.191 8 H 0.028 0.014 0.404 0.083 0.121 0.127 0.008 0.216 9 T 0.027 0.013 0.198 0.100 0.127 0.144 0.007 0.385 10 E 0.028 0.012 0.110 0.065 0.134 0.109 0.010 0.532 11 F 0.057 0.020 0.060 0.061 0.127 0.213 0.016 0.447 12 C 0.100 0.018 0.029 0.051 0.079 0.197 0.020 0.505 13 P 0.013 0.005 0.007 0.004 0.008 0.035 0.003 0.925 14 H 0.065 0.017 0.023 0.020 0.039 0.208 0.020 0.608 15 G 0.327 0.021 0.016 0.010 0.014 0.186 0.024 0.402 16 T 0.089 0.057 0.030 0.017 0.032 0.157 0.012 0.606 17 H 0.060 0.021 0.010 0.006 0.015 0.151 0.008 0.729 18 D 0.128 0.046 0.016 0.009 0.014 0.207 0.010 0.569 19 D 0.086 0.041 0.004 0.001 0.003 0.255 0.005 0.604 20 V 0.015 0.103 0.004 0.001 0.003 0.119 0.002 0.754 21 E 0.003 0.076 0.001 0.001 0.001 0.536 0.001 0.382 22 E 0.007 0.128 0.001 0.001 0.001 0.752 0.001 0.113 23 M 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 24 V 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 26 K 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 28 I 0.004 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 29 E 0.015 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 30 L 0.049 0.819 0.002 0.001 0.001 0.003 0.106 0.021 31 D 0.689 0.047 0.010 0.001 0.001 0.002 0.211 0.040 32 F 0.029 0.020 0.874 0.008 0.002 0.007 0.006 0.053 33 D 0.011 0.016 0.457 0.148 0.038 0.125 0.006 0.201 34 E 0.066 0.017 0.341 0.031 0.057 0.073 0.005 0.410 35 Y 0.015 0.010 0.873 0.018 0.029 0.017 0.002 0.037 36 S 0.003 0.003 0.916 0.031 0.023 0.010 0.001 0.013 37 I 0.002 0.002 0.912 0.025 0.024 0.011 0.001 0.024 38 V 0.002 0.002 0.770 0.055 0.082 0.034 0.001 0.054 39 E 0.004 0.002 0.293 0.033 0.081 0.079 0.003 0.504 40 H 0.029 0.003 0.159 0.017 0.051 0.182 0.012 0.547 41 A 0.138 0.004 0.065 0.014 0.024 0.187 0.019 0.549 42 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991 43 L 0.080 0.015 0.060 0.031 0.064 0.190 0.009 0.552 44 S 0.135 0.020 0.030 0.012 0.019 0.135 0.007 0.641 45 S 0.085 0.053 0.029 0.013 0.027 0.088 0.006 0.699 46 E 0.032 0.055 0.015 0.006 0.012 0.126 0.004 0.751 47 F 0.040 0.091 0.009 0.004 0.008 0.492 0.005 0.351 48 M 0.150 0.455 0.013 0.005 0.012 0.102 0.013 0.250 49 K 0.063 0.767 0.023 0.004 0.009 0.028 0.007 0.100 50 N 0.084 0.601 0.015 0.005 0.009 0.032 0.014 0.240 51 T 0.116 0.687 0.011 0.004 0.007 0.021 0.019 0.133 52 A 0.125 0.559 0.009 0.007 0.011 0.047 0.041 0.199 53 G 0.168 0.349 0.012 0.006 0.006 0.145 0.064 0.250 54 D 0.244 0.211 0.034 0.008 0.006 0.052 0.063 0.382 55 K 0.108 0.182 0.065 0.010 0.007 0.078 0.024 0.526 56 E 0.056 0.115 0.029 0.013 0.011 0.350 0.014 0.412 57 A 0.146 0.167 0.049 0.018 0.030 0.071 0.013 0.506 58 V 0.061 0.199 0.116 0.043 0.052 0.121 0.008 0.400 59 T 0.030 0.118 0.070 0.031 0.040 0.056 0.004 0.652 60 T 0.029 0.331 0.140 0.043 0.088 0.052 0.005 0.311 61 A 0.060 0.345 0.073 0.034 0.066 0.104 0.009 0.310 62 S 0.083 0.393 0.048 0.026 0.049 0.080 0.017 0.305 63 M 0.125 0.396 0.057 0.021 0.037 0.056 0.020 0.288 64 A 0.097 0.408 0.031 0.018 0.029 0.118 0.025 0.274 65 M 0.187 0.428 0.030 0.015 0.029 0.045 0.036 0.230 66 S 0.204 0.303 0.022 0.012 0.015 0.086 0.055 0.303 67 D 0.292 0.116 0.016 0.006 0.009 0.060 0.084 0.418 68 L 0.301 0.086 0.054 0.015 0.017 0.084 0.043 0.399 69 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.989 70 Y 0.047 0.024 0.037 0.044 0.057 0.127 0.006 0.658 71 Y 0.264 0.062 0.095 0.038 0.042 0.075 0.007 0.417 72 F 0.075 0.129 0.089 0.068 0.103 0.040 0.006 0.490 73 K 0.046 0.114 0.136 0.121 0.167 0.070 0.005 0.340 74 K 0.033 0.057 0.041 0.032 0.064 0.051 0.005 0.716 75 M 0.062 0.175 0.114 0.078 0.185 0.037 0.018 0.330 76 N 0.084 0.137 0.131 0.122 0.119 0.092 0.013 0.303 77 H 0.051 0.111 0.074 0.069 0.085 0.113 0.011 0.486 78 I 0.048 0.153 0.100 0.152 0.308 0.042 0.008 0.189 79 K 0.034 0.175 0.060 0.121 0.197 0.090 0.009 0.314 80 K 0.067 0.155 0.040 0.118 0.163 0.050 0.013 0.394 81 K 0.108 0.200 0.044 0.076 0.147 0.059 0.019 0.347 82 Y 0.107 0.203 0.024 0.081 0.143 0.069 0.025 0.346 83 A 0.085 0.208 0.032 0.068 0.134 0.085 0.025 0.363 84 S 0.050 0.054 0.016 0.014 0.022 0.057 0.019 0.769 85 D 0.201 0.049 0.038 0.032 0.035 0.128 0.071 0.446 86 L 0.374 0.043 0.095 0.073 0.054 0.104 0.035 0.223 87 L 0.038 0.039 0.229 0.205 0.209 0.091 0.007 0.183 88 I 0.016 0.015 0.185 0.315 0.322 0.030 0.002 0.115 89 H 0.010 0.015 0.370 0.191 0.265 0.022 0.001 0.126 90 I 0.006 0.009 0.261 0.217 0.360 0.022 0.002 0.124 91 G 0.007 0.007 0.280 0.101 0.279 0.035 0.004 0.286 92 F 0.027 0.006 0.370 0.177 0.227 0.055 0.004 0.134 93 E 0.013 0.005 0.255 0.118 0.202 0.048 0.004 0.356 94 V 0.017 0.005 0.240 0.083 0.175 0.053 0.003 0.423 95 D 0.019 0.007 0.135 0.089 0.146 0.113 0.004 0.487 96 Y 0.063 0.014 0.099 0.044 0.085 0.118 0.008 0.568 97 L 0.064 0.031 0.054 0.026 0.052 0.337 0.010 0.428 98 I 0.087 0.033 0.021 0.011 0.022 0.232 0.014 0.581 99 G 0.077 0.045 0.024 0.005 0.010 0.114 0.015 0.711 100 Y 0.158 0.084 0.046 0.007 0.015 0.142 0.016 0.532 101 E 0.085 0.148 0.025 0.007 0.010 0.152 0.009 0.565 102 D 0.073 0.178 0.011 0.003 0.008 0.114 0.008 0.604 103 F 0.172 0.263 0.014 0.001 0.004 0.162 0.012 0.371 104 T 0.084 0.517 0.011 0.002 0.004 0.130 0.008 0.245 105 R 0.070 0.635 0.007 0.001 0.002 0.061 0.006 0.217 106 D 0.026 0.718 0.006 0.001 0.001 0.036 0.004 0.210 107 F 0.042 0.821 0.005 0.001 0.001 0.031 0.007 0.093 108 L 0.041 0.904 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.041 109 N 0.059 0.902 0.006 0.001 0.001 0.004 0.008 0.021 110 E 0.218 0.693 0.004 0.001 0.001 0.003 0.046 0.036 111 Y 0.329 0.460 0.007 0.001 0.001 0.008 0.092 0.102 112 G 0.165 0.290 0.034 0.008 0.003 0.066 0.067 0.367 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 114 Q 0.082 0.031 0.065 0.015 0.010 0.118 0.012 0.667 115 T 0.260 0.049 0.037 0.013 0.009 0.081 0.011 0.539 116 D 0.101 0.109 0.041 0.014 0.017 0.079 0.008 0.632 117 D 0.078 0.091 0.054 0.016 0.022 0.146 0.009 0.585 118 G 0.159 0.164 0.098 0.070 0.078 0.144 0.015 0.271 119 V 0.079 0.322 0.132 0.110 0.137 0.056 0.010 0.155 120 L 0.034 0.251 0.166 0.164 0.200 0.038 0.006 0.140 121 S 0.037 0.226 0.132 0.108 0.206 0.037 0.012 0.242 122 L 0.066 0.180 0.112 0.123 0.229 0.036 0.018 0.236 123 H 0.051 0.124 0.105 0.146 0.194 0.090 0.019 0.270 124 F 0.070 0.076 0.097 0.086 0.126 0.078 0.020 0.447 125 L 0.097 0.088 0.153 0.110 0.166 0.089 0.019 0.279 126 E 0.064 0.044 0.068 0.053 0.069 0.117 0.017 0.567 127 G 0.061 0.026 0.053 0.024 0.044 0.089 0.015 0.688 128 Q 0.087 0.021 0.044 0.021 0.034 0.170 0.018 0.605 129 G 0.109 0.017 0.044 0.028 0.037 0.123 0.017 0.624 130 G 0.120 0.020 0.056 0.025 0.038 0.125 0.013 0.602 131 F 0.075 0.028 0.099 0.046 0.066 0.146 0.008 0.534 132 R 0.047 0.024 0.058 0.045 0.082 0.166 0.007 0.571 133 S 0.044 0.016 0.037 0.021 0.048 0.092 0.007 0.734 134 I 0.114 0.027 0.073 0.032 0.051 0.152 0.014 0.538 135 D 0.083 0.034 0.046 0.036 0.040 0.178 0.012 0.570 136 F 0.092 0.054 0.075 0.044 0.076 0.150 0.009 0.501 137 S 0.065 0.063 0.035 0.020 0.041 0.453 0.013 0.309 138 A 0.138 0.072 0.037 0.020 0.037 0.130 0.016 0.549 139 E 0.026 0.039 0.012 0.004 0.007 0.185 0.006 0.723 140 D 0.111 0.078 0.015 0.009 0.013 0.204 0.018 0.553 141 Y 0.279 0.226 0.025 0.005 0.012 0.100 0.020 0.333 142 N 0.041 0.329 0.008 0.006 0.009 0.318 0.009 0.282 143 E 0.086 0.387 0.009 0.003 0.008 0.118 0.016 0.372 144 G 0.112 0.447 0.021 0.004 0.005 0.077 0.017 0.318 145 I 0.055 0.719 0.034 0.006 0.006 0.040 0.010 0.131 146 V 0.027 0.813 0.019 0.009 0.014 0.012 0.004 0.100 147 Q 0.040 0.839 0.019 0.008 0.012 0.010 0.006 0.067 148 F 0.135 0.669 0.014 0.004 0.008 0.008 0.031 0.129 149 Y 0.214 0.565 0.026 0.007 0.009 0.014 0.041 0.124 150 G 0.064 0.322 0.040 0.011 0.009 0.086 0.034 0.433 151 G 0.074 0.061 0.016 0.003 0.005 0.074 0.017 0.750 152 F 0.076 0.105 0.045 0.005 0.006 0.077 0.007 0.679 153 E 0.016 0.136 0.014 0.004 0.005 0.252 0.003 0.569 154 Q 0.032 0.229 0.007 0.001 0.003 0.201 0.002 0.525 155 A 0.027 0.849 0.012 0.001 0.002 0.030 0.002 0.079 156 Q 0.008 0.951 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.028 157 L 0.012 0.958 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 158 A 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 159 Y 0.032 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.015 160 L 0.026 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 161 E 0.015 0.934 0.005 0.001 0.001 0.007 0.007 0.031 162 G 0.058 0.763 0.003 0.001 0.001 0.014 0.031 0.130 163 V 0.160 0.718 0.020 0.001 0.001 0.005 0.020 0.076 164 K 0.025 0.789 0.051 0.006 0.003 0.024 0.007 0.096 165 Q 0.038 0.711 0.018 0.005 0.005 0.023 0.010 0.188 166 S 0.073 0.814 0.028 0.002 0.003 0.006 0.009 0.066 167 I 0.045 0.793 0.036 0.007 0.007 0.012 0.011 0.089 168 E 0.043 0.654 0.060 0.019 0.022 0.029 0.013 0.160 169 A 0.098 0.552 0.073 0.020 0.029 0.029 0.021 0.178 170 D 0.113 0.489 0.066 0.026 0.030 0.038 0.032 0.207 171 L 0.093 0.252 0.076 0.020 0.022 0.061 0.034 0.442 172 G 0.146 0.108 0.045 0.016 0.018 0.167 0.047 0.454 173 L 0.383 0.065 0.047 0.024 0.024 0.078 0.040 0.339 174 F 0.109 0.098 0.106 0.034 0.054 0.075 0.019 0.505 175 K 0.037 0.023 0.049 0.027 0.039 0.126 0.005 0.694 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 177 R 0.052 0.021 0.056 0.041 0.083 0.200 0.008 0.539 178 R 0.396 0.039 0.046 0.021 0.023 0.098 0.009 0.367 179 M 0.136 0.191 0.086 0.030 0.054 0.062 0.010 0.431 180 G 0.146 0.185 0.130 0.031 0.061 0.099 0.011 0.337 181 H 0.091 0.138 0.057 0.015 0.027 0.095 0.009 0.569 182 I 0.033 0.175 0.041 0.015 0.031 0.092 0.007 0.606 183 S 0.017 0.128 0.014 0.006 0.009 0.299 0.005 0.523 184 L 0.071 0.438 0.020 0.004 0.007 0.180 0.009 0.271 185 C 0.042 0.799 0.019 0.002 0.007 0.016 0.005 0.109 186 Q 0.030 0.894 0.013 0.003 0.005 0.011 0.003 0.041 187 K 0.050 0.866 0.005 0.001 0.003 0.006 0.010 0.059 188 F 0.069 0.843 0.008 0.002 0.003 0.006 0.024 0.046 189 Q 0.131 0.584 0.029 0.007 0.007 0.022 0.068 0.153 190 Q 0.156 0.335 0.137 0.015 0.013 0.036 0.050 0.258 191 F 0.146 0.209 0.180 0.022 0.017 0.059 0.032 0.335 192 F 0.077 0.098 0.071 0.021 0.027 0.083 0.015 0.608 193 G 0.065 0.062 0.060 0.015 0.025 0.096 0.012 0.666 194 E 0.150 0.067 0.080 0.050 0.056 0.126 0.015 0.457 195 D 0.106 0.063 0.036 0.015 0.022 0.153 0.019 0.586 196 T 0.198 0.090 0.039 0.021 0.027 0.137 0.026 0.462 197 S 0.019 0.017 0.006 0.002 0.003 0.083 0.004 0.867 198 D 0.017 0.019 0.004 0.002 0.002 0.651 0.004 0.301 199 F 0.282 0.058 0.004 0.001 0.001 0.431 0.020 0.203 200 S 0.108 0.460 0.011 0.002 0.003 0.189 0.009 0.218 201 E 0.048 0.544 0.016 0.001 0.002 0.080 0.006 0.302 202 E 0.046 0.446 0.006 0.001 0.002 0.116 0.006 0.377 203 V 0.060 0.747 0.003 0.001 0.001 0.073 0.006 0.109 204 M 0.028 0.917 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.042 205 E 0.012 0.912 0.004 0.001 0.001 0.012 0.003 0.056 206 K 0.016 0.894 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 0.064 207 F 0.011 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 208 R 0.007 0.951 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.031 209 V 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.030 210 I 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 211 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 212 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 213 L 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 214 V 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 215 K 0.007 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 216 K 0.040 0.907 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 0.019 217 R 0.143 0.613 0.010 0.002 0.001 0.006 0.179 0.046 218 D 0.405 0.092 0.052 0.006 0.003 0.009 0.306 0.128 219 Y 0.062 0.018 0.727 0.028 0.011 0.025 0.016 0.113 220 E 0.019 0.012 0.439 0.097 0.050 0.120 0.006 0.257 221 L 0.029 0.008 0.242 0.190 0.206 0.046 0.002 0.276 222 D 0.012 0.012 0.479 0.091 0.140 0.067 0.002 0.197 223 F 0.014 0.008 0.350 0.173 0.213 0.057 0.002 0.184 224 N 0.014 0.013 0.232 0.165 0.282 0.097 0.004 0.193 225 T 0.029 0.016 0.115 0.102 0.175 0.124 0.007 0.431 226 A 0.025 0.016 0.054 0.045 0.092 0.187 0.013 0.568 227 G 0.082 0.014 0.018 0.019 0.031 0.266 0.022 0.548 228 L 0.241 0.047 0.046 0.040 0.051 0.145 0.030 0.401 229 F 0.099 0.090 0.049 0.047 0.108 0.094 0.015 0.499 230 K 0.057 0.043 0.036 0.059 0.103 0.086 0.007 0.609 231 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 232 L 0.096 0.048 0.040 0.072 0.143 0.124 0.013 0.464 233 C 0.244 0.051 0.040 0.044 0.052 0.056 0.016 0.498 234 G 0.171 0.051 0.042 0.040 0.057 0.051 0.022 0.566 235 E 0.198 0.023 0.049 0.036 0.033 0.099 0.012 0.550 236 T 0.031 0.009 0.017 0.010 0.020 0.036 0.004 0.874 237 Y 0.086 0.021 0.033 0.025 0.064 0.152 0.009 0.610 238 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.992 239 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 240 K 0.030 0.015 0.006 0.003 0.007 0.117 0.001 0.820 241 K 0.096 0.116 0.005 0.003 0.003 0.188 0.001 0.587 242 I 0.045 0.671 0.004 0.001 0.004 0.054 0.001 0.219 243 V 0.016 0.926 0.003 0.001 0.003 0.008 0.001 0.043 244 T 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 245 L 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 246 A 0.009 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 247 S 0.018 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 248 E 0.075 0.859 0.004 0.001 0.001 0.002 0.037 0.022 249 L 0.131 0.450 0.014 0.001 0.001 0.015 0.318 0.069 250 Q 0.594 0.028 0.073 0.003 0.001 0.006 0.206 0.088 251 I 0.004 0.001 0.972 0.004 0.001 0.004 0.001 0.014 252 P 0.001 0.001 0.251 0.015 0.006 0.019 0.001 0.707 253 F 0.009 0.001 0.412 0.010 0.035 0.021 0.001 0.511 254 V 0.009 0.001 0.894 0.005 0.009 0.037 0.001 0.045 255 Y 0.009 0.001 0.798 0.023 0.023 0.040 0.001 0.103 256 G 0.010 0.003 0.673 0.028 0.041 0.087 0.002 0.157 257 S 0.013 0.003 0.230 0.017 0.027 0.265 0.004 0.442 258 D 0.033 0.008 0.148 0.017 0.034 0.189 0.013 0.557 259 S 0.145 0.023 0.077 0.013 0.023 0.245 0.024 0.450 260 H 0.164 0.054 0.039 0.020 0.028 0.262 0.027 0.406 261 G 0.221 0.063 0.027 0.014 0.030 0.165 0.023 0.459 262 V 0.067 0.075 0.048 0.020 0.038 0.082 0.010 0.659 263 Q 0.052 0.085 0.037 0.033 0.051 0.138 0.013 0.592 264 D 0.128 0.092 0.026 0.019 0.028 0.122 0.017 0.569 265 I 0.173 0.184 0.046 0.018 0.032 0.088 0.028 0.431 266 G 0.139 0.160 0.040 0.024 0.035 0.125 0.024 0.452 267 R 0.117 0.137 0.060 0.034 0.043 0.096 0.014 0.499 268 G 0.090 0.113 0.043 0.020 0.035 0.110 0.018 0.570 269 Y 0.138 0.138 0.072 0.043 0.061 0.068 0.017 0.463 270 S 0.061 0.157 0.071 0.056 0.071 0.133 0.012 0.439 271 T 0.093 0.117 0.040 0.042 0.061 0.159 0.013 0.475 272 Y 0.133 0.223 0.080 0.058 0.096 0.063 0.014 0.333 273 C 0.051 0.219 0.053 0.085 0.108 0.131 0.010 0.342 274 Q 0.060 0.187 0.040 0.057 0.103 0.102 0.012 0.439 275 K 0.090 0.241 0.059 0.054 0.122 0.041 0.015 0.378