# TARGET T0440 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0440.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1436 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.497 0.211 0.168 0.072 0.035 0.014 0.002 2 K 0.269 0.250 0.222 0.147 0.069 0.035 0.008 3 R 0.121 0.153 0.165 0.216 0.187 0.126 0.031 4 D 0.080 0.118 0.143 0.189 0.208 0.180 0.082 5 G 0.020 0.030 0.031 0.067 0.143 0.372 0.336 6 H 0.014 0.021 0.034 0.067 0.130 0.290 0.443 7 T 0.004 0.006 0.008 0.021 0.056 0.237 0.667 8 H 0.006 0.009 0.018 0.044 0.103 0.276 0.545 9 T 0.007 0.012 0.019 0.047 0.126 0.282 0.507 10 E 0.015 0.041 0.079 0.149 0.203 0.282 0.231 11 F 0.016 0.022 0.039 0.091 0.241 0.379 0.212 12 C 0.043 0.098 0.127 0.222 0.240 0.206 0.063 13 P 0.254 0.262 0.240 0.129 0.068 0.038 0.009 14 H 0.147 0.162 0.183 0.241 0.172 0.083 0.011 15 G 0.307 0.307 0.185 0.120 0.051 0.027 0.004 16 T 0.346 0.316 0.168 0.094 0.058 0.016 0.002 17 H 0.417 0.388 0.098 0.075 0.017 0.005 0.001 18 D 0.189 0.246 0.202 0.199 0.135 0.028 0.001 19 D 0.120 0.306 0.239 0.210 0.088 0.034 0.003 20 V 0.009 0.024 0.078 0.200 0.419 0.247 0.024 21 E 0.034 0.237 0.318 0.294 0.091 0.023 0.002 22 E 0.010 0.100 0.276 0.313 0.229 0.066 0.006 23 M 0.002 0.006 0.017 0.059 0.279 0.542 0.095 24 V 0.002 0.008 0.044 0.153 0.400 0.333 0.060 25 L 0.036 0.321 0.385 0.187 0.054 0.014 0.002 26 K 0.009 0.119 0.299 0.369 0.169 0.033 0.002 27 A 0.004 0.009 0.025 0.112 0.467 0.360 0.023 28 I 0.024 0.164 0.282 0.316 0.173 0.040 0.002 29 E 0.231 0.514 0.171 0.065 0.015 0.003 0.001 30 L 0.075 0.228 0.238 0.323 0.114 0.021 0.001 31 D 0.224 0.387 0.259 0.088 0.031 0.010 0.001 32 F 0.010 0.061 0.135 0.378 0.302 0.105 0.008 33 D 0.083 0.244 0.328 0.212 0.094 0.036 0.003 34 E 0.004 0.030 0.087 0.230 0.408 0.216 0.026 35 Y 0.001 0.002 0.005 0.014 0.080 0.566 0.333 36 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.235 0.738 37 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.156 0.828 38 V 0.001 0.003 0.006 0.032 0.104 0.223 0.632 39 E 0.002 0.008 0.022 0.053 0.114 0.285 0.515 40 H 0.002 0.005 0.012 0.037 0.131 0.425 0.387 41 A 0.007 0.029 0.050 0.120 0.212 0.385 0.197 42 P 0.037 0.100 0.149 0.197 0.224 0.193 0.100 43 L 0.039 0.078 0.112 0.191 0.211 0.247 0.123 44 S 0.048 0.096 0.110 0.162 0.202 0.251 0.132 45 S 0.042 0.069 0.110 0.187 0.259 0.229 0.104 46 E 0.127 0.225 0.221 0.188 0.116 0.089 0.034 47 F 0.043 0.086 0.158 0.246 0.249 0.180 0.038 48 M 0.032 0.046 0.067 0.157 0.311 0.321 0.067 49 K 0.098 0.206 0.243 0.232 0.144 0.065 0.011 50 N 0.270 0.335 0.177 0.133 0.058 0.024 0.004 51 T 0.223 0.215 0.201 0.203 0.107 0.046 0.004 52 A 0.350 0.223 0.185 0.144 0.067 0.027 0.003 53 G 0.502 0.267 0.142 0.060 0.021 0.007 0.001 54 D 0.579 0.243 0.106 0.049 0.017 0.005 0.001 55 K 0.586 0.228 0.097 0.061 0.021 0.006 0.001 56 E 0.681 0.194 0.074 0.034 0.012 0.004 0.001 57 A 0.563 0.208 0.117 0.064 0.034 0.011 0.002 58 V 0.409 0.274 0.132 0.110 0.051 0.020 0.004 59 T 0.309 0.235 0.147 0.146 0.108 0.046 0.010 60 T 0.293 0.223 0.146 0.162 0.104 0.058 0.014 61 A 0.224 0.177 0.166 0.169 0.158 0.081 0.024 62 S 0.216 0.200 0.174 0.189 0.130 0.074 0.018 63 M 0.179 0.147 0.175 0.192 0.178 0.106 0.022 64 A 0.169 0.213 0.213 0.191 0.129 0.074 0.011 65 M 0.149 0.155 0.199 0.210 0.190 0.086 0.013 66 S 0.252 0.318 0.170 0.164 0.067 0.025 0.004 67 D 0.301 0.299 0.178 0.131 0.061 0.026 0.004 68 L 0.113 0.122 0.166 0.267 0.224 0.098 0.010 69 P 0.284 0.320 0.214 0.126 0.037 0.017 0.003 70 Y 0.113 0.197 0.219 0.215 0.172 0.075 0.009 71 Y 0.052 0.106 0.177 0.262 0.231 0.151 0.021 72 F 0.044 0.072 0.136 0.225 0.270 0.214 0.039 73 K 0.144 0.251 0.240 0.189 0.109 0.055 0.012 74 K 0.108 0.230 0.239 0.218 0.122 0.065 0.018 75 M 0.030 0.038 0.079 0.163 0.311 0.312 0.067 76 N 0.095 0.227 0.240 0.232 0.122 0.070 0.014 77 H 0.095 0.203 0.243 0.231 0.153 0.065 0.010 78 I 0.040 0.058 0.093 0.216 0.343 0.224 0.025 79 K 0.111 0.232 0.258 0.232 0.114 0.048 0.004 80 K 0.250 0.322 0.194 0.146 0.065 0.021 0.002 81 K 0.332 0.315 0.187 0.114 0.039 0.012 0.001 82 Y 0.171 0.143 0.187 0.257 0.186 0.052 0.004 83 A 0.411 0.277 0.181 0.096 0.026 0.008 0.001 84 S 0.652 0.207 0.102 0.026 0.009 0.003 0.001 85 D 0.328 0.325 0.175 0.109 0.042 0.018 0.003 86 L 0.078 0.107 0.144 0.220 0.263 0.166 0.022 87 L 0.070 0.113 0.162 0.220 0.216 0.173 0.047 88 I 0.025 0.031 0.052 0.096 0.191 0.378 0.227 89 H 0.026 0.047 0.077 0.127 0.202 0.280 0.242 90 I 0.017 0.033 0.045 0.096 0.166 0.320 0.322 91 G 0.024 0.038 0.068 0.109 0.177 0.269 0.316 92 F 0.011 0.015 0.024 0.052 0.123 0.358 0.418 93 E 0.030 0.056 0.085 0.149 0.209 0.264 0.207 94 V 0.035 0.048 0.063 0.121 0.211 0.320 0.203 95 D 0.086 0.138 0.180 0.207 0.172 0.145 0.071 96 Y 0.071 0.084 0.111 0.177 0.232 0.240 0.086 97 L 0.126 0.138 0.151 0.191 0.197 0.154 0.044 98 I 0.267 0.228 0.185 0.152 0.094 0.058 0.015 99 G 0.237 0.248 0.210 0.152 0.087 0.052 0.013 100 Y 0.131 0.140 0.148 0.196 0.194 0.160 0.031 101 E 0.159 0.188 0.215 0.213 0.137 0.072 0.017 102 D 0.270 0.297 0.203 0.131 0.062 0.031 0.006 103 F 0.053 0.090 0.188 0.279 0.251 0.122 0.017 104 T 0.041 0.054 0.090 0.171 0.289 0.312 0.043 105 R 0.118 0.265 0.300 0.203 0.084 0.027 0.004 106 D 0.146 0.384 0.252 0.153 0.048 0.016 0.002 107 F 0.022 0.039 0.097 0.260 0.380 0.191 0.011 108 L 0.055 0.127 0.215 0.307 0.215 0.076 0.006 109 N 0.403 0.381 0.150 0.051 0.012 0.003 0.001 110 E 0.265 0.359 0.204 0.115 0.046 0.009 0.001 111 Y 0.107 0.142 0.192 0.276 0.194 0.083 0.005 112 G 0.265 0.258 0.242 0.165 0.054 0.014 0.001 113 P 0.548 0.293 0.104 0.039 0.012 0.004 0.001 114 Q 0.211 0.226 0.214 0.175 0.118 0.050 0.006 115 T 0.157 0.180 0.197 0.203 0.158 0.086 0.019 116 D 0.237 0.327 0.165 0.160 0.068 0.034 0.009 117 D 0.096 0.141 0.173 0.201 0.219 0.136 0.033 118 G 0.021 0.042 0.066 0.132 0.239 0.341 0.159 119 V 0.012 0.023 0.051 0.094 0.177 0.303 0.340 120 L 0.013 0.032 0.055 0.094 0.160 0.318 0.327 121 S 0.011 0.032 0.068 0.151 0.236 0.263 0.239 122 L 0.004 0.006 0.014 0.033 0.132 0.379 0.431 123 H 0.010 0.029 0.056 0.093 0.181 0.365 0.266 124 F 0.019 0.049 0.091 0.181 0.260 0.283 0.118 125 L 0.027 0.058 0.089 0.194 0.289 0.256 0.086 126 E 0.168 0.235 0.225 0.170 0.100 0.076 0.027 127 G 0.169 0.203 0.176 0.190 0.150 0.089 0.023 128 Q 0.298 0.258 0.174 0.140 0.073 0.045 0.013 129 G 0.296 0.241 0.164 0.143 0.092 0.051 0.012 130 G 0.243 0.228 0.184 0.166 0.103 0.063 0.014 131 F 0.127 0.134 0.153 0.213 0.205 0.137 0.032 132 R 0.172 0.216 0.181 0.190 0.133 0.080 0.027 133 S 0.178 0.231 0.184 0.188 0.124 0.072 0.024 134 I 0.091 0.124 0.152 0.225 0.219 0.154 0.035 135 D 0.096 0.147 0.173 0.211 0.195 0.143 0.035 136 F 0.067 0.109 0.159 0.235 0.230 0.163 0.036 137 S 0.104 0.180 0.184 0.209 0.181 0.112 0.031 138 A 0.097 0.163 0.185 0.262 0.175 0.098 0.021 139 E 0.284 0.285 0.211 0.127 0.056 0.031 0.007 140 D 0.138 0.207 0.232 0.205 0.137 0.069 0.013 141 Y 0.048 0.074 0.095 0.189 0.274 0.255 0.066 142 N 0.082 0.180 0.205 0.243 0.173 0.095 0.022 143 E 0.222 0.307 0.219 0.151 0.064 0.029 0.009 144 G 0.060 0.124 0.176 0.254 0.222 0.132 0.033 145 I 0.034 0.051 0.079 0.139 0.251 0.342 0.104 146 V 0.046 0.089 0.150 0.236 0.287 0.150 0.041 147 Q 0.131 0.324 0.225 0.182 0.083 0.044 0.011 148 F 0.035 0.073 0.145 0.237 0.296 0.190 0.023 149 Y 0.056 0.099 0.180 0.253 0.251 0.136 0.025 150 G 0.214 0.364 0.220 0.129 0.051 0.019 0.003 151 G 0.125 0.293 0.214 0.194 0.126 0.042 0.006 152 F 0.030 0.052 0.129 0.252 0.303 0.211 0.023 153 E 0.122 0.312 0.298 0.179 0.066 0.021 0.003 154 Q 0.055 0.246 0.269 0.267 0.129 0.032 0.003 155 A 0.008 0.014 0.034 0.105 0.380 0.410 0.049 156 Q 0.022 0.092 0.189 0.293 0.223 0.156 0.025 157 L 0.104 0.325 0.286 0.185 0.074 0.021 0.004 158 A 0.032 0.186 0.281 0.290 0.148 0.055 0.009 159 Y 0.005 0.013 0.032 0.109 0.329 0.435 0.078 160 L 0.010 0.045 0.135 0.269 0.340 0.172 0.028 161 E 0.107 0.369 0.299 0.141 0.056 0.024 0.005 162 G 0.015 0.085 0.202 0.315 0.256 0.106 0.020 163 V 0.005 0.010 0.024 0.073 0.265 0.479 0.144 164 K 0.031 0.144 0.248 0.285 0.190 0.083 0.019 165 Q 0.091 0.267 0.245 0.214 0.116 0.051 0.015 166 S 0.020 0.040 0.067 0.138 0.257 0.378 0.101 167 I 0.029 0.063 0.095 0.208 0.293 0.238 0.075 168 E 0.115 0.271 0.219 0.203 0.116 0.060 0.017 169 A 0.109 0.166 0.182 0.240 0.178 0.101 0.024 170 D 0.120 0.158 0.156 0.187 0.183 0.150 0.044 171 L 0.155 0.185 0.194 0.222 0.151 0.074 0.020 172 G 0.256 0.266 0.189 0.141 0.085 0.051 0.013 173 L 0.109 0.153 0.203 0.228 0.179 0.108 0.019 174 F 0.093 0.102 0.130 0.197 0.246 0.184 0.048 175 K 0.164 0.247 0.202 0.190 0.113 0.064 0.021 176 P 0.125 0.210 0.199 0.195 0.144 0.090 0.038 177 R 0.035 0.083 0.122 0.196 0.215 0.246 0.104 178 R 0.014 0.043 0.074 0.171 0.270 0.299 0.130 179 M 0.010 0.024 0.057 0.108 0.216 0.330 0.256 180 G 0.001 0.004 0.008 0.017 0.058 0.373 0.538 181 H 0.001 0.003 0.007 0.024 0.068 0.284 0.613 182 I 0.001 0.002 0.007 0.021 0.099 0.321 0.550 183 S 0.006 0.045 0.118 0.204 0.204 0.214 0.208 184 L 0.002 0.010 0.036 0.104 0.252 0.417 0.179 185 C 0.003 0.007 0.017 0.055 0.217 0.497 0.204 186 Q 0.031 0.135 0.213 0.260 0.199 0.125 0.037 187 K 0.058 0.204 0.230 0.230 0.156 0.091 0.030 188 F 0.026 0.056 0.111 0.225 0.248 0.264 0.071 189 Q 0.079 0.172 0.179 0.227 0.176 0.122 0.045 190 Q 0.134 0.241 0.212 0.183 0.135 0.074 0.021 191 F 0.046 0.073 0.121 0.200 0.248 0.235 0.076 192 F 0.031 0.055 0.097 0.165 0.235 0.304 0.113 193 G 0.068 0.135 0.156 0.204 0.200 0.167 0.071 194 E 0.122 0.163 0.171 0.193 0.158 0.130 0.065 195 D 0.080 0.108 0.128 0.188 0.204 0.205 0.088 196 T 0.081 0.108 0.119 0.179 0.224 0.218 0.071 197 S 0.160 0.197 0.171 0.198 0.148 0.097 0.029 198 D 0.236 0.264 0.197 0.150 0.085 0.054 0.015 199 F 0.136 0.163 0.153 0.219 0.181 0.119 0.028 200 S 0.163 0.181 0.202 0.218 0.147 0.073 0.016 201 E 0.403 0.300 0.165 0.084 0.032 0.014 0.003 202 E 0.159 0.242 0.237 0.198 0.110 0.048 0.006 203 V 0.039 0.059 0.083 0.167 0.310 0.298 0.044 204 M 0.053 0.159 0.286 0.287 0.156 0.050 0.008 205 E 0.165 0.435 0.202 0.130 0.049 0.017 0.003 206 K 0.013 0.088 0.196 0.312 0.278 0.099 0.013 207 F 0.001 0.003 0.013 0.064 0.298 0.511 0.109 208 R 0.009 0.129 0.379 0.293 0.148 0.037 0.005 209 V 0.004 0.081 0.234 0.388 0.234 0.052 0.007 210 I 0.001 0.001 0.004 0.016 0.146 0.661 0.173 211 L 0.001 0.002 0.018 0.087 0.341 0.442 0.110 212 A 0.009 0.233 0.406 0.240 0.080 0.027 0.005 213 L 0.003 0.053 0.210 0.420 0.243 0.066 0.005 214 V 0.002 0.004 0.012 0.059 0.398 0.474 0.051 215 K 0.024 0.170 0.311 0.331 0.136 0.026 0.001 216 K 0.272 0.505 0.160 0.047 0.013 0.003 0.001 217 R 0.060 0.230 0.343 0.224 0.108 0.032 0.003 218 D 0.084 0.367 0.210 0.221 0.073 0.036 0.007 219 Y 0.004 0.027 0.066 0.212 0.501 0.180 0.010 220 E 0.005 0.020 0.066 0.175 0.273 0.342 0.120 221 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.036 0.456 0.500 222 D 0.001 0.004 0.011 0.041 0.091 0.296 0.556 223 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.193 0.776 224 N 0.001 0.002 0.004 0.015 0.052 0.246 0.680 225 T 0.003 0.011 0.023 0.070 0.160 0.343 0.391 226 A 0.011 0.042 0.080 0.160 0.227 0.306 0.173 227 G 0.047 0.103 0.157 0.195 0.200 0.216 0.082 228 L 0.039 0.066 0.106 0.205 0.274 0.246 0.064 229 F 0.110 0.160 0.176 0.208 0.199 0.122 0.025 230 K 0.269 0.245 0.191 0.159 0.086 0.041 0.009 231 P 0.409 0.288 0.148 0.094 0.040 0.018 0.003 232 L 0.256 0.191 0.181 0.181 0.126 0.057 0.008 233 C 0.288 0.212 0.184 0.174 0.096 0.041 0.006 234 G 0.398 0.270 0.164 0.103 0.046 0.018 0.003 235 E 0.345 0.272 0.167 0.124 0.064 0.025 0.003 236 T 0.235 0.236 0.200 0.176 0.105 0.044 0.004 237 Y 0.155 0.208 0.217 0.225 0.133 0.057 0.005 238 P 0.149 0.219 0.198 0.195 0.149 0.077 0.012 239 P 0.068 0.143 0.196 0.271 0.189 0.113 0.019 240 K 0.175 0.280 0.283 0.166 0.069 0.023 0.004 241 K 0.034 0.163 0.287 0.314 0.153 0.043 0.006 242 I 0.004 0.008 0.015 0.054 0.258 0.563 0.098 243 V 0.006 0.025 0.115 0.260 0.371 0.192 0.030 244 T 0.050 0.357 0.357 0.169 0.046 0.018 0.004 245 L 0.008 0.052 0.200 0.389 0.268 0.080 0.004 246 A 0.007 0.014 0.031 0.116 0.409 0.381 0.044 247 S 0.066 0.286 0.330 0.214 0.085 0.019 0.001 248 E 0.238 0.474 0.177 0.079 0.025 0.006 0.001 249 L 0.034 0.129 0.223 0.346 0.195 0.067 0.005 250 Q 0.166 0.337 0.263 0.152 0.048 0.026 0.007 251 I 0.011 0.050 0.094 0.244 0.392 0.188 0.021 252 P 0.019 0.069 0.143 0.252 0.271 0.192 0.053 253 F 0.002 0.006 0.015 0.038 0.128 0.455 0.356 254 V 0.001 0.004 0.007 0.019 0.058 0.293 0.618 255 Y 0.001 0.001 0.002 0.009 0.034 0.224 0.729 256 G 0.001 0.001 0.003 0.011 0.039 0.167 0.778 257 S 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.200 0.770 258 D 0.001 0.002 0.005 0.018 0.057 0.253 0.665 259 S 0.001 0.002 0.004 0.013 0.051 0.271 0.657 260 H 0.005 0.010 0.020 0.051 0.124 0.347 0.443 261 G 0.016 0.041 0.081 0.163 0.221 0.280 0.197 262 V 0.020 0.031 0.071 0.160 0.267 0.338 0.112 263 Q 0.128 0.215 0.212 0.200 0.134 0.087 0.024 264 D 0.189 0.256 0.216 0.165 0.104 0.060 0.011 265 I 0.099 0.112 0.161 0.254 0.235 0.124 0.015 266 G 0.220 0.280 0.209 0.173 0.077 0.037 0.005 267 R 0.329 0.259 0.186 0.139 0.063 0.022 0.003 268 G 0.299 0.294 0.201 0.128 0.057 0.019 0.002 269 Y 0.110 0.109 0.161 0.244 0.241 0.125 0.010 270 S 0.339 0.304 0.188 0.120 0.036 0.011 0.001 271 T 0.271 0.312 0.237 0.118 0.047 0.014 0.001 272 Y 0.155 0.138 0.196 0.256 0.185 0.066 0.003 273 C 0.195 0.226 0.228 0.222 0.101 0.026 0.002 274 Q 0.627 0.287 0.064 0.017 0.004 0.001 0.001 275 K 0.366 0.278 0.159 0.129 0.057 0.010 0.001