# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.6167 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.012 0.044 0.041 0.101 0.006 0.064 0.130 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.033 0.015 0.139 0.137 0.148 0.103 0.001 2 K 0.006 0.005 0.059 0.055 0.060 0.009 0.071 0.190 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 0.008 0.296 0.027 0.048 0.125 0.001 3 D 0.006 0.008 0.024 0.027 0.084 0.025 0.249 0.187 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.009 0.122 0.111 0.061 0.063 0.001 4 V 0.004 0.005 0.036 0.039 0.052 0.007 0.103 0.165 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 0.018 0.260 0.069 0.108 0.092 0.001 5 V 0.008 0.008 0.083 0.039 0.076 0.006 0.059 0.217 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.042 0.013 0.165 0.068 0.079 0.124 0.001 6 D 0.009 0.007 0.029 0.037 0.084 0.011 0.063 0.228 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.021 0.261 0.035 0.093 0.091 0.001 7 K 0.006 0.008 0.026 0.035 0.050 0.017 0.145 0.256 0.003 0.002 0.002 0.001 0.005 0.006 0.057 0.010 0.246 0.051 0.035 0.038 0.001 8 C 0.010 0.011 0.041 0.038 0.049 0.012 0.167 0.215 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.006 0.027 0.027 0.141 0.067 0.117 0.055 0.001 9 S 0.014 0.013 0.056 0.051 0.096 0.010 0.095 0.131 0.007 0.003 0.003 0.002 0.006 0.011 0.052 0.036 0.161 0.077 0.086 0.088 0.002 10 T 0.013 0.017 0.048 0.047 0.099 0.011 0.180 0.058 0.016 0.003 0.006 0.004 0.011 0.013 0.043 0.025 0.218 0.047 0.053 0.084 0.002 11 K 0.013 0.016 0.043 0.070 0.070 0.006 0.202 0.034 0.006 0.002 0.004 0.005 0.010 0.013 0.046 0.045 0.152 0.055 0.086 0.116 0.005 12 G 0.041 0.044 0.057 0.045 0.185 0.008 0.090 0.036 0.004 0.002 0.008 0.007 0.012 0.022 0.064 0.066 0.078 0.091 0.060 0.075 0.006 13 C 0.051 0.048 0.087 0.086 0.125 0.010 0.048 0.039 0.004 0.002 0.009 0.011 0.019 0.032 0.090 0.062 0.059 0.046 0.087 0.072 0.013 14 A 0.044 0.063 0.063 0.081 0.202 0.007 0.037 0.020 0.005 0.002 0.018 0.019 0.039 0.047 0.074 0.080 0.055 0.034 0.063 0.030 0.015 15 I 0.091 0.098 0.091 0.092 0.098 0.004 0.030 0.014 0.005 0.001 0.014 0.017 0.027 0.060 0.128 0.042 0.024 0.022 0.062 0.059 0.020 16 D 0.112 0.086 0.043 0.063 0.196 0.003 0.026 0.008 0.004 0.001 0.016 0.021 0.029 0.075 0.084 0.056 0.033 0.022 0.042 0.062 0.018 17 I 0.062 0.108 0.062 0.090 0.092 0.002 0.033 0.005 0.002 0.001 0.016 0.015 0.031 0.088 0.116 0.136 0.057 0.012 0.022 0.027 0.022 18 G 0.098 0.176 0.054 0.030 0.115 0.003 0.049 0.007 0.001 0.001 0.023 0.026 0.051 0.072 0.139 0.067 0.017 0.012 0.013 0.009 0.038 19 T 0.196 0.213 0.093 0.062 0.062 0.002 0.007 0.004 0.002 0.001 0.029 0.031 0.062 0.096 0.040 0.036 0.003 0.005 0.008 0.005 0.044 20 V 0.158 0.148 0.026 0.028 0.345 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.027 0.047 0.072 0.029 0.040 0.003 0.005 0.008 0.004 0.038 21 I 0.162 0.199 0.090 0.107 0.084 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.019 0.024 0.053 0.047 0.120 0.014 0.007 0.005 0.019 0.019 0.020 22 D 0.112 0.085 0.061 0.100 0.299 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.010 0.013 0.029 0.016 0.043 0.050 0.039 0.017 0.036 0.064 0.009 23 N 0.034 0.050 0.145 0.111 0.125 0.001 0.077 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.004 0.096 0.015 0.115 0.025 0.043 0.141 0.002 24 D 0.008 0.012 0.067 0.066 0.093 0.001 0.231 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.018 0.017 0.250 0.047 0.039 0.142 0.001 25 N 0.026 0.030 0.133 0.038 0.186 0.001 0.278 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.022 0.010 0.069 0.085 0.023 0.084 0.002 26 C 0.049 0.058 0.202 0.125 0.301 0.001 0.054 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.001 0.020 0.009 0.030 0.039 0.033 0.055 0.003 27 T 0.082 0.126 0.085 0.092 0.471 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.002 0.023 0.007 0.015 0.013 0.013 0.014 0.005 28 S 0.152 0.156 0.200 0.238 0.118 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.008 0.008 0.023 0.003 0.035 0.004 0.006 0.004 0.007 0.013 0.006 29 K 0.167 0.200 0.034 0.100 0.383 0.001 0.014 0.009 0.001 0.001 0.007 0.009 0.021 0.004 0.013 0.008 0.007 0.005 0.005 0.008 0.006 30 F 0.184 0.278 0.090 0.159 0.124 0.001 0.011 0.017 0.001 0.001 0.009 0.008 0.023 0.007 0.040 0.010 0.009 0.010 0.007 0.006 0.006 31 S 0.175 0.194 0.073 0.082 0.218 0.002 0.015 0.053 0.001 0.001 0.009 0.009 0.027 0.010 0.059 0.017 0.014 0.010 0.012 0.014 0.005 32 R 0.216 0.182 0.080 0.114 0.141 0.004 0.023 0.054 0.002 0.001 0.010 0.007 0.021 0.016 0.053 0.011 0.019 0.016 0.014 0.011 0.003 33 F 0.086 0.105 0.044 0.064 0.255 0.010 0.064 0.088 0.006 0.002 0.010 0.008 0.032 0.016 0.056 0.022 0.050 0.034 0.024 0.020 0.003 34 F 0.035 0.034 0.070 0.096 0.065 0.008 0.077 0.127 0.008 0.002 0.005 0.004 0.011 0.007 0.082 0.012 0.106 0.074 0.099 0.076 0.001 35 A 0.010 0.009 0.040 0.040 0.132 0.007 0.095 0.106 0.006 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.028 0.024 0.240 0.075 0.049 0.121 0.001 36 T 0.002 0.003 0.011 0.014 0.037 0.006 0.081 0.133 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.054 0.078 0.139 0.407 0.001 37 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.837 0.008 0.011 0.027 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 0.003 0.004 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.891 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.004 0.004 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.061 0.808 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.005 0.005 0.004 0.001 53 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.037 0.196 0.515 0.037 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.099 0.051 0.021 0.018 0.001 54 A 0.001 0.001 0.005 0.006 0.014 0.010 0.128 0.195 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.298 0.075 0.131 0.082 0.001 55 S 0.001 0.001 0.021 0.014 0.010 0.006 0.045 0.080 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 0.169 0.117 0.215 0.280 0.001 56 S 0.001 0.001 0.008 0.006 0.024 0.008 0.080 0.044 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.521 0.041 0.081 0.162 0.001 57 A 0.001 0.001 0.012 0.010 0.013 0.006 0.381 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.005 0.261 0.106 0.065 0.090 0.001 58 D 0.001 0.001 0.029 0.011 0.032 0.003 0.133 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.113 0.101 0.232 0.292 0.001 59 E 0.001 0.001 0.026 0.043 0.028 0.001 0.048 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.021 0.424 0.022 0.074 0.286 0.001 60 G 0.004 0.007 0.026 0.019 0.127 0.005 0.410 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.015 0.023 0.124 0.119 0.033 0.058 0.001 61 A 0.018 0.021 0.180 0.147 0.076 0.006 0.102 0.038 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.048 0.022 0.047 0.044 0.107 0.122 0.004 62 S 0.031 0.047 0.054 0.057 0.440 0.003 0.031 0.034 0.002 0.001 0.007 0.008 0.016 0.010 0.034 0.044 0.032 0.057 0.036 0.051 0.007 63 V 0.075 0.074 0.201 0.176 0.111 0.003 0.022 0.032 0.003 0.001 0.009 0.008 0.023 0.015 0.088 0.030 0.026 0.011 0.042 0.045 0.006 64 A 0.051 0.101 0.061 0.142 0.295 0.003 0.033 0.044 0.003 0.002 0.009 0.010 0.033 0.013 0.067 0.031 0.038 0.015 0.018 0.021 0.010 65 Y 0.143 0.144 0.126 0.130 0.131 0.005 0.063 0.036 0.002 0.001 0.012 0.010 0.019 0.014 0.065 0.020 0.025 0.015 0.015 0.020 0.004 66 K 0.115 0.135 0.100 0.151 0.238 0.004 0.045 0.025 0.001 0.001 0.005 0.006 0.016 0.011 0.043 0.020 0.015 0.025 0.018 0.020 0.006 67 I 0.118 0.125 0.049 0.075 0.364 0.003 0.020 0.024 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.008 0.030 0.038 0.024 0.036 0.031 0.025 0.006 68 K 0.063 0.058 0.286 0.175 0.109 0.005 0.018 0.021 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.004 0.105 0.008 0.033 0.019 0.027 0.044 0.003 69 D 0.044 0.064 0.038 0.051 0.508 0.004 0.049 0.022 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.002 0.013 0.018 0.040 0.025 0.040 0.059 0.003 70 L 0.034 0.024 0.131 0.204 0.104 0.002 0.032 0.015 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.079 0.007 0.087 0.059 0.106 0.100 0.002 71 E 0.007 0.010 0.070 0.113 0.132 0.002 0.144 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.010 0.329 0.015 0.025 0.115 0.001 72 G 0.012 0.016 0.040 0.033 0.067 0.002 0.614 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.005 0.040 0.083 0.020 0.049 0.001 73 Q 0.052 0.063 0.124 0.071 0.328 0.001 0.082 0.007 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.002 0.016 0.016 0.043 0.090 0.033 0.047 0.004 74 V 0.103 0.136 0.241 0.139 0.242 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.029 0.011 0.010 0.010 0.018 0.020 0.009 75 E 0.157 0.202 0.053 0.076 0.381 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.010 0.013 0.027 0.008 0.026 0.009 0.004 0.003 0.005 0.004 0.011 76 L 0.202 0.257 0.084 0.248 0.080 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 0.026 0.010 0.036 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 77 D 0.221 0.308 0.018 0.056 0.276 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.012 0.021 0.011 0.015 0.017 0.001 0.003 0.002 0.002 0.022 78 A 0.308 0.296 0.088 0.136 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.015 0.015 0.053 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 79 A 0.223 0.323 0.020 0.045 0.236 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.028 0.020 0.023 0.026 0.002 0.003 0.002 0.002 0.019 80 F 0.272 0.341 0.073 0.074 0.058 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.022 0.021 0.071 0.013 0.001 0.004 0.004 0.002 0.021 81 T 0.186 0.271 0.047 0.057 0.220 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.050 0.031 0.036 0.026 0.002 0.004 0.004 0.005 0.024 82 F 0.232 0.262 0.046 0.061 0.158 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.014 0.018 0.044 0.043 0.063 0.017 0.004 0.004 0.005 0.005 0.015 83 S 0.150 0.170 0.060 0.124 0.186 0.001 0.008 0.005 0.002 0.001 0.012 0.018 0.041 0.041 0.111 0.024 0.008 0.007 0.008 0.013 0.010 84 C 0.174 0.223 0.045 0.080 0.185 0.002 0.015 0.017 0.001 0.001 0.009 0.010 0.020 0.021 0.096 0.032 0.022 0.015 0.013 0.016 0.005 85 Q 0.177 0.176 0.054 0.082 0.119 0.003 0.024 0.070 0.001 0.001 0.008 0.010 0.024 0.019 0.118 0.022 0.024 0.025 0.017 0.019 0.004 86 A 0.158 0.208 0.052 0.071 0.111 0.003 0.017 0.181 0.002 0.001 0.007 0.005 0.018 0.013 0.048 0.017 0.055 0.012 0.012 0.007 0.003 87 E 0.130 0.142 0.018 0.038 0.072 0.004 0.016 0.454 0.002 0.001 0.003 0.003 0.011 0.010 0.037 0.007 0.034 0.005 0.006 0.005 0.003 88 M 0.190 0.153 0.012 0.038 0.028 0.005 0.010 0.469 0.005 0.001 0.004 0.003 0.010 0.013 0.016 0.003 0.028 0.005 0.004 0.002 0.001 89 I 0.071 0.065 0.004 0.013 0.028 0.003 0.008 0.741 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.007 0.005 0.030 0.003 0.003 0.001 0.001 90 I 0.087 0.073 0.004 0.014 0.011 0.006 0.009 0.727 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.006 0.013 0.002 0.022 0.007 0.006 0.001 0.001 91 F 0.052 0.047 0.005 0.013 0.014 0.010 0.025 0.729 0.014 0.004 0.002 0.001 0.007 0.008 0.006 0.004 0.044 0.005 0.006 0.002 0.001 92 E 0.038 0.045 0.007 0.017 0.025 0.015 0.072 0.549 0.050 0.012 0.003 0.002 0.009 0.015 0.014 0.006 0.076 0.026 0.013 0.005 0.001 93 L 0.031 0.033 0.020 0.027 0.023 0.015 0.123 0.352 0.060 0.011 0.004 0.003 0.009 0.015 0.028 0.010 0.143 0.032 0.028 0.031 0.002 94 S 0.024 0.030 0.015 0.019 0.057 0.018 0.120 0.301 0.040 0.007 0.003 0.002 0.008 0.012 0.019 0.019 0.143 0.073 0.038 0.048 0.002 95 L 0.015 0.021 0.014 0.022 0.040 0.012 0.080 0.233 0.028 0.006 0.003 0.002 0.007 0.011 0.031 0.018 0.238 0.076 0.087 0.054 0.002 96 R 0.013 0.014 0.034 0.030 0.030 0.017 0.085 0.301 0.018 0.006 0.003 0.002 0.006 0.009 0.035 0.012 0.200 0.041 0.066 0.077 0.001 97 S 0.012 0.014 0.013 0.020 0.061 0.019 0.142 0.292 0.011 0.004 0.002 0.002 0.004 0.008 0.016 0.016 0.172 0.053 0.070 0.068 0.001 98 L 0.011 0.013 0.022 0.027 0.039 0.016 0.125 0.259 0.015 0.005 0.003 0.002 0.006 0.008 0.028 0.012 0.236 0.057 0.061 0.052 0.001 99 A 0.010 0.013 0.032 0.034 0.041 0.014 0.150 0.229 0.013 0.005 0.003 0.002 0.006 0.006 0.020 0.014 0.245 0.035 0.061 0.067 0.001