# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.6167 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.139 0.123 0.011 0.014 0.022 0.079 0.078 0.534 2 K 0.058 0.128 0.011 0.020 0.023 0.088 0.045 0.626 3 D 0.032 0.185 0.015 0.018 0.031 0.076 0.062 0.581 4 V 0.060 0.348 0.011 0.019 0.026 0.063 0.064 0.409 5 V 0.143 0.192 0.018 0.021 0.022 0.059 0.277 0.269 6 D 0.072 0.084 0.024 0.014 0.020 0.068 0.453 0.266 7 K 0.073 0.092 0.043 0.020 0.028 0.106 0.216 0.422 8 C 0.103 0.092 0.081 0.036 0.036 0.103 0.166 0.383 9 S 0.131 0.064 0.032 0.029 0.051 0.104 0.085 0.505 10 T 0.068 0.056 0.030 0.029 0.051 0.113 0.064 0.590 11 K 0.032 0.057 0.056 0.053 0.116 0.138 0.059 0.489 12 G 0.028 0.040 0.074 0.055 0.106 0.113 0.066 0.519 13 C 0.028 0.077 0.117 0.125 0.147 0.081 0.067 0.357 14 A 0.033 0.024 0.147 0.077 0.148 0.080 0.119 0.373 15 I 0.041 0.017 0.137 0.126 0.127 0.099 0.100 0.354 16 D 0.049 0.024 0.170 0.083 0.168 0.095 0.119 0.292 17 I 0.024 0.023 0.094 0.066 0.116 0.118 0.073 0.486 18 G 0.019 0.016 0.148 0.101 0.263 0.095 0.063 0.295 19 T 0.012 0.009 0.170 0.188 0.197 0.076 0.087 0.262 20 V 0.014 0.004 0.184 0.122 0.189 0.095 0.083 0.310 21 I 0.030 0.004 0.136 0.084 0.116 0.121 0.065 0.444 22 D 0.281 0.020 0.035 0.027 0.036 0.106 0.090 0.406 23 N 0.166 0.027 0.012 0.011 0.017 0.105 0.103 0.558 24 D 0.038 0.017 0.017 0.027 0.053 0.146 0.091 0.612 25 N 0.039 0.038 0.025 0.078 0.099 0.122 0.111 0.489 26 C 0.034 0.078 0.028 0.145 0.173 0.098 0.103 0.342 27 T 0.027 0.045 0.025 0.133 0.240 0.066 0.140 0.325 28 S 0.007 0.036 0.032 0.244 0.466 0.030 0.045 0.141 29 K 0.011 0.129 0.034 0.205 0.346 0.034 0.051 0.191 30 F 0.016 0.124 0.038 0.273 0.330 0.027 0.049 0.144 31 S 0.042 0.142 0.046 0.146 0.238 0.045 0.119 0.223 32 R 0.032 0.033 0.073 0.176 0.289 0.044 0.196 0.158 33 F 0.039 0.044 0.073 0.091 0.101 0.068 0.176 0.407 34 F 0.073 0.114 0.040 0.037 0.049 0.105 0.068 0.515 35 A 0.011 0.155 0.024 0.010 0.018 0.091 0.092 0.599 36 T 0.011 0.766 0.001 0.001 0.001 0.007 0.153 0.060 37 R 0.008 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.012 38 E 0.009 0.599 0.001 0.001 0.001 0.004 0.366 0.020 39 E 0.002 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.008 40 A 0.002 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.003 41 E 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 42 S 0.001 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.002 43 F 0.002 0.747 0.010 0.001 0.001 0.001 0.235 0.005 44 M 0.013 0.836 0.022 0.001 0.001 0.003 0.118 0.008 45 T 0.010 0.909 0.002 0.001 0.001 0.007 0.022 0.049 46 K 0.002 0.953 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.032 47 L 0.002 0.978 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.006 48 K 0.019 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 49 E 0.030 0.884 0.003 0.001 0.001 0.005 0.017 0.060 50 L 0.070 0.763 0.009 0.001 0.001 0.015 0.057 0.084 51 A 0.155 0.157 0.022 0.001 0.001 0.037 0.495 0.132 52 A 0.056 0.139 0.013 0.002 0.002 0.092 0.252 0.445 53 A 0.023 0.190 0.022 0.003 0.005 0.081 0.077 0.599 54 A 0.089 0.142 0.103 0.009 0.010 0.090 0.152 0.406 55 S 0.439 0.087 0.023 0.006 0.007 0.064 0.070 0.304 56 S 0.138 0.050 0.009 0.003 0.004 0.057 0.031 0.709 57 A 0.042 0.021 0.013 0.002 0.004 0.117 0.029 0.772 58 D 0.071 0.028 0.019 0.007 0.008 0.142 0.078 0.648 59 E 0.057 0.044 0.016 0.009 0.019 0.094 0.072 0.689 60 G 0.077 0.042 0.019 0.014 0.021 0.101 0.049 0.678 61 A 0.036 0.053 0.091 0.068 0.107 0.102 0.050 0.493 62 S 0.028 0.036 0.067 0.027 0.058 0.086 0.078 0.621 63 V 0.042 0.063 0.099 0.143 0.118 0.083 0.067 0.384 64 A 0.048 0.067 0.068 0.049 0.118 0.080 0.074 0.497 65 Y 0.043 0.045 0.056 0.143 0.137 0.092 0.060 0.424 66 K 0.028 0.062 0.061 0.095 0.238 0.068 0.051 0.397 67 I 0.056 0.035 0.034 0.086 0.082 0.100 0.072 0.535 68 K 0.021 0.018 0.062 0.114 0.164 0.088 0.054 0.480 69 D 0.109 0.012 0.017 0.031 0.051 0.073 0.083 0.624 70 L 0.443 0.009 0.007 0.018 0.014 0.055 0.085 0.369 71 E 0.037 0.004 0.005 0.007 0.013 0.087 0.021 0.825 72 G 0.022 0.006 0.011 0.027 0.059 0.112 0.027 0.736 73 Q 0.006 0.004 0.034 0.074 0.205 0.099 0.038 0.539 74 V 0.003 0.002 0.039 0.427 0.273 0.039 0.046 0.172 75 E 0.004 0.004 0.065 0.194 0.409 0.035 0.040 0.248 76 L 0.003 0.002 0.053 0.433 0.391 0.017 0.025 0.076 77 D 0.004 0.002 0.075 0.256 0.435 0.024 0.058 0.146 78 A 0.001 0.001 0.032 0.395 0.502 0.011 0.011 0.047 79 A 0.003 0.003 0.092 0.314 0.318 0.034 0.054 0.182 80 F 0.004 0.003 0.047 0.348 0.449 0.024 0.024 0.101 81 T 0.012 0.016 0.067 0.205 0.263 0.049 0.088 0.299 82 F 0.011 0.024 0.043 0.296 0.428 0.029 0.030 0.139 83 S 0.011 0.104 0.031 0.158 0.211 0.053 0.068 0.363 84 C 0.011 0.335 0.030 0.100 0.159 0.048 0.100 0.218 85 Q 0.013 0.622 0.010 0.059 0.090 0.017 0.109 0.080 86 A 0.006 0.757 0.008 0.034 0.072 0.014 0.045 0.064 87 E 0.004 0.406 0.022 0.083 0.223 0.012 0.192 0.058 88 M 0.002 0.753 0.014 0.041 0.127 0.004 0.024 0.036 89 I 0.003 0.704 0.010 0.089 0.166 0.002 0.007 0.019 90 I 0.013 0.153 0.079 0.176 0.109 0.014 0.369 0.087 91 F 0.018 0.305 0.056 0.160 0.238 0.014 0.147 0.062 92 E 0.062 0.357 0.052 0.081 0.095 0.038 0.104 0.210 93 L 0.083 0.150 0.095 0.100 0.083 0.054 0.230 0.205 94 S 0.080 0.247 0.042 0.033 0.056 0.066 0.154 0.323 95 L 0.095 0.201 0.042 0.033 0.044 0.094 0.075 0.416 96 R 0.087 0.134 0.060 0.036 0.043 0.115 0.079 0.446 97 S 0.177 0.087 0.024 0.018 0.036 0.092 0.090 0.476 98 L 0.116 0.028 0.028 0.016 0.028 0.118 0.113 0.553 99 A 0.049 0.019 0.029 0.015 0.025 0.154 0.071 0.638