# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.6167 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.219 0.106 0.142 0.165 0.155 0.103 0.064 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 2 K 0.548 0.187 0.107 0.073 0.042 0.021 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 D 0.604 0.213 0.088 0.044 0.028 0.011 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 V 0.159 0.121 0.158 0.197 0.165 0.105 0.052 0.025 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 5 V 0.246 0.153 0.164 0.175 0.130 0.072 0.034 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.603 0.211 0.085 0.046 0.027 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.207 0.186 0.169 0.159 0.118 0.077 0.043 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 8 C 0.099 0.081 0.127 0.157 0.182 0.145 0.097 0.061 0.028 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 9 S 0.245 0.177 0.125 0.130 0.111 0.076 0.054 0.034 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 10 T 0.117 0.070 0.083 0.113 0.131 0.130 0.107 0.092 0.072 0.039 0.023 0.013 0.007 0.003 11 K 0.062 0.053 0.072 0.107 0.133 0.132 0.130 0.108 0.079 0.054 0.034 0.020 0.010 0.005 12 G 0.032 0.022 0.030 0.045 0.076 0.108 0.118 0.142 0.125 0.107 0.091 0.064 0.026 0.012 13 C 0.022 0.024 0.032 0.048 0.073 0.103 0.121 0.148 0.126 0.115 0.095 0.054 0.024 0.013 14 A 0.025 0.025 0.036 0.072 0.100 0.112 0.114 0.145 0.123 0.094 0.083 0.043 0.018 0.012 15 I 0.016 0.018 0.024 0.039 0.062 0.087 0.130 0.143 0.140 0.115 0.105 0.070 0.032 0.017 16 D 0.024 0.033 0.057 0.104 0.134 0.139 0.135 0.129 0.103 0.059 0.040 0.023 0.013 0.008 17 I 0.007 0.006 0.010 0.015 0.027 0.060 0.117 0.146 0.177 0.174 0.129 0.075 0.038 0.018 18 G 0.023 0.032 0.048 0.072 0.100 0.123 0.130 0.142 0.122 0.092 0.058 0.033 0.017 0.009 19 T 0.035 0.027 0.040 0.052 0.071 0.092 0.107 0.133 0.120 0.131 0.089 0.062 0.026 0.013 20 V 0.020 0.026 0.041 0.065 0.104 0.120 0.122 0.153 0.122 0.098 0.070 0.034 0.015 0.008 21 I 0.039 0.043 0.058 0.096 0.142 0.148 0.132 0.136 0.098 0.050 0.031 0.016 0.008 0.004 22 D 0.116 0.115 0.143 0.160 0.142 0.118 0.105 0.045 0.029 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 23 N 0.179 0.170 0.183 0.150 0.119 0.078 0.057 0.027 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 24 D 0.480 0.230 0.111 0.075 0.048 0.026 0.015 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 N 0.312 0.246 0.168 0.104 0.070 0.044 0.031 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 C 0.099 0.086 0.133 0.169 0.174 0.140 0.090 0.057 0.030 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 27 T 0.134 0.126 0.119 0.147 0.182 0.113 0.080 0.048 0.029 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 28 S 0.109 0.065 0.077 0.094 0.129 0.140 0.114 0.102 0.072 0.042 0.031 0.016 0.007 0.002 29 K 0.119 0.123 0.120 0.167 0.164 0.098 0.083 0.060 0.036 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 30 F 0.032 0.020 0.030 0.048 0.091 0.122 0.146 0.153 0.133 0.099 0.064 0.041 0.016 0.005 31 S 0.120 0.102 0.115 0.157 0.165 0.125 0.085 0.061 0.036 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 32 R 0.198 0.112 0.106 0.126 0.118 0.097 0.073 0.059 0.049 0.031 0.018 0.007 0.004 0.001 33 F 0.060 0.060 0.081 0.139 0.195 0.175 0.115 0.093 0.045 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 34 F 0.073 0.068 0.106 0.159 0.190 0.155 0.116 0.065 0.039 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 35 A 0.424 0.212 0.138 0.105 0.059 0.027 0.022 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.425 0.174 0.124 0.110 0.067 0.044 0.037 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 R 0.131 0.154 0.234 0.198 0.147 0.076 0.042 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.729 0.201 0.047 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.203 0.298 0.189 0.141 0.103 0.041 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.020 0.011 0.021 0.065 0.165 0.225 0.214 0.179 0.072 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 41 E 0.054 0.176 0.246 0.316 0.132 0.057 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.853 0.113 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.033 0.060 0.127 0.259 0.246 0.158 0.079 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.019 0.019 0.043 0.106 0.262 0.227 0.170 0.101 0.043 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.587 0.271 0.095 0.029 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.291 0.319 0.209 0.110 0.044 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.013 0.009 0.018 0.064 0.188 0.243 0.221 0.159 0.065 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 48 K 0.036 0.095 0.193 0.283 0.211 0.124 0.036 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.719 0.199 0.053 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.036 0.048 0.107 0.241 0.277 0.168 0.064 0.036 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 51 A 0.033 0.020 0.040 0.078 0.144 0.224 0.219 0.155 0.060 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 52 A 0.194 0.278 0.206 0.129 0.093 0.049 0.028 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.435 0.259 0.128 0.089 0.048 0.021 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.063 0.053 0.107 0.177 0.215 0.185 0.125 0.047 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 55 S 0.192 0.148 0.170 0.176 0.148 0.082 0.050 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 56 S 0.649 0.198 0.066 0.040 0.026 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.571 0.204 0.091 0.066 0.034 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.329 0.172 0.155 0.140 0.093 0.053 0.034 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.321 0.188 0.147 0.123 0.100 0.056 0.033 0.014 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 G 0.141 0.113 0.121 0.151 0.155 0.130 0.082 0.050 0.033 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 61 A 0.059 0.047 0.067 0.101 0.143 0.160 0.139 0.111 0.074 0.047 0.029 0.014 0.006 0.002 62 S 0.058 0.076 0.084 0.120 0.150 0.129 0.118 0.103 0.069 0.041 0.027 0.014 0.008 0.003 63 V 0.014 0.012 0.017 0.021 0.044 0.071 0.089 0.131 0.146 0.156 0.131 0.106 0.048 0.013 64 A 0.044 0.049 0.064 0.117 0.149 0.120 0.142 0.129 0.079 0.049 0.032 0.015 0.007 0.003 65 Y 0.039 0.024 0.032 0.050 0.078 0.084 0.089 0.121 0.151 0.134 0.103 0.058 0.027 0.010 66 K 0.061 0.074 0.092 0.168 0.200 0.137 0.115 0.077 0.042 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 67 I 0.020 0.021 0.048 0.076 0.112 0.153 0.165 0.155 0.098 0.087 0.039 0.017 0.008 0.002 68 K 0.256 0.202 0.152 0.150 0.106 0.060 0.035 0.018 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 69 D 0.523 0.233 0.103 0.061 0.035 0.019 0.014 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.114 0.090 0.141 0.197 0.189 0.133 0.082 0.031 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 71 E 0.388 0.213 0.145 0.114 0.070 0.033 0.022 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 G 0.556 0.193 0.104 0.065 0.038 0.021 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.218 0.171 0.145 0.154 0.127 0.082 0.059 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 74 V 0.035 0.032 0.060 0.094 0.168 0.183 0.166 0.125 0.063 0.036 0.020 0.012 0.005 0.001 75 E 0.062 0.069 0.087 0.142 0.215 0.147 0.108 0.085 0.044 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 76 L 0.023 0.014 0.020 0.032 0.059 0.084 0.098 0.148 0.154 0.144 0.118 0.067 0.030 0.008 77 D 0.038 0.034 0.050 0.114 0.190 0.149 0.133 0.127 0.079 0.039 0.028 0.013 0.005 0.002 78 A 0.014 0.010 0.012 0.019 0.036 0.056 0.085 0.115 0.154 0.189 0.166 0.091 0.039 0.013 79 A 0.032 0.030 0.042 0.105 0.179 0.155 0.143 0.146 0.081 0.041 0.027 0.012 0.005 0.003 80 F 0.013 0.013 0.016 0.026 0.048 0.070 0.108 0.133 0.144 0.164 0.135 0.084 0.033 0.012 81 T 0.035 0.035 0.053 0.109 0.190 0.156 0.140 0.137 0.076 0.035 0.021 0.008 0.003 0.002 82 F 0.019 0.018 0.022 0.043 0.079 0.102 0.150 0.162 0.147 0.126 0.077 0.035 0.014 0.005 83 S 0.032 0.031 0.051 0.106 0.196 0.172 0.145 0.133 0.073 0.035 0.017 0.005 0.002 0.001 84 C 0.056 0.043 0.050 0.067 0.107 0.116 0.156 0.133 0.100 0.082 0.051 0.026 0.010 0.004 85 Q 0.063 0.063 0.083 0.127 0.162 0.159 0.129 0.109 0.056 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 86 A 0.036 0.022 0.029 0.049 0.087 0.137 0.182 0.186 0.130 0.078 0.039 0.017 0.006 0.003 87 E 0.054 0.051 0.065 0.109 0.164 0.174 0.148 0.120 0.061 0.032 0.014 0.005 0.002 0.001 88 M 0.102 0.091 0.113 0.128 0.152 0.137 0.111 0.077 0.043 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 89 I 0.048 0.034 0.047 0.077 0.131 0.168 0.181 0.145 0.081 0.047 0.022 0.011 0.004 0.002 90 I 0.073 0.050 0.065 0.100 0.142 0.165 0.141 0.134 0.071 0.033 0.017 0.007 0.003 0.001 91 F 0.097 0.068 0.069 0.102 0.148 0.150 0.146 0.107 0.059 0.030 0.014 0.006 0.003 0.001 92 E 0.087 0.074 0.114 0.168 0.203 0.154 0.089 0.061 0.028 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 93 L 0.124 0.062 0.070 0.101 0.146 0.142 0.145 0.096 0.060 0.032 0.013 0.006 0.003 0.001 94 S 0.139 0.127 0.174 0.192 0.135 0.113 0.062 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 95 L 0.103 0.051 0.072 0.117 0.177 0.175 0.126 0.087 0.054 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 96 R 0.156 0.140 0.154 0.177 0.151 0.113 0.054 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 97 S 0.292 0.197 0.175 0.129 0.089 0.056 0.032 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 98 L 0.105 0.059 0.086 0.121 0.189 0.172 0.117 0.080 0.041 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 99 A 0.238 0.136 0.128 0.145 0.140 0.100 0.056 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001