# TARGET T0437 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.119 0.049 0.018 0.167 0.012 0.017 0.198 0.137 0.120 0.052 2 K 0.044 0.145 0.066 0.028 0.099 0.038 0.056 0.320 0.129 0.057 0.018 3 D 0.138 0.117 0.040 0.008 0.209 0.006 0.021 0.213 0.075 0.119 0.055 4 V 0.094 0.147 0.051 0.024 0.132 0.027 0.035 0.249 0.117 0.090 0.034 5 V 0.064 0.240 0.107 0.019 0.179 0.007 0.016 0.213 0.084 0.048 0.024 6 D 0.089 0.081 0.031 0.008 0.108 0.007 0.023 0.450 0.139 0.039 0.025 7 K 0.041 0.123 0.047 0.012 0.099 0.022 0.060 0.457 0.097 0.031 0.012 8 C 0.095 0.077 0.020 0.013 0.165 0.017 0.033 0.343 0.137 0.061 0.038 9 S 0.050 0.070 0.076 0.041 0.060 0.039 0.060 0.323 0.196 0.063 0.021 10 T 0.026 0.039 0.029 0.038 0.038 0.058 0.131 0.370 0.169 0.085 0.018 11 K 0.032 0.219 0.157 0.129 0.105 0.032 0.042 0.080 0.069 0.106 0.028 12 G 0.071 0.093 0.087 0.140 0.089 0.042 0.028 0.052 0.066 0.225 0.108 13 C 0.108 0.206 0.054 0.025 0.278 0.018 0.030 0.093 0.071 0.070 0.047 14 A 0.182 0.071 0.021 0.017 0.192 0.019 0.066 0.085 0.097 0.159 0.093 15 I 0.140 0.240 0.074 0.023 0.378 0.012 0.017 0.034 0.020 0.036 0.027 16 D 0.276 0.085 0.031 0.013 0.349 0.023 0.024 0.041 0.018 0.054 0.086 17 I 0.146 0.084 0.046 0.105 0.180 0.047 0.034 0.066 0.068 0.127 0.096 18 G 0.084 0.121 0.117 0.142 0.168 0.045 0.035 0.068 0.053 0.111 0.055 19 T 0.160 0.240 0.076 0.009 0.354 0.011 0.021 0.063 0.023 0.016 0.026 20 V 0.292 0.126 0.024 0.005 0.357 0.007 0.015 0.059 0.015 0.022 0.078 21 I 0.153 0.176 0.049 0.041 0.297 0.052 0.041 0.061 0.019 0.053 0.058 22 D 0.042 0.315 0.268 0.112 0.116 0.033 0.021 0.037 0.018 0.025 0.013 23 N 0.030 0.054 0.062 0.063 0.040 0.039 0.076 0.324 0.204 0.082 0.025 24 D 0.022 0.078 0.045 0.032 0.040 0.042 0.112 0.225 0.215 0.156 0.033 25 N 0.141 0.140 0.034 0.014 0.219 0.013 0.025 0.057 0.073 0.174 0.111 26 C 0.147 0.175 0.031 0.009 0.291 0.016 0.044 0.079 0.064 0.097 0.046 27 T 0.356 0.075 0.010 0.003 0.415 0.004 0.011 0.019 0.016 0.035 0.058 28 S 0.191 0.197 0.019 0.007 0.544 0.006 0.004 0.006 0.002 0.007 0.016 29 K 0.464 0.034 0.003 0.001 0.430 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.058 30 F 0.239 0.138 0.009 0.006 0.577 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.024 31 S 0.214 0.114 0.010 0.003 0.623 0.005 0.004 0.003 0.001 0.002 0.021 32 R 0.394 0.063 0.003 0.001 0.502 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 33 F 0.291 0.053 0.011 0.013 0.311 0.022 0.017 0.012 0.011 0.074 0.187 34 F 0.207 0.272 0.072 0.010 0.304 0.003 0.002 0.005 0.004 0.024 0.097 35 A 0.039 0.138 0.064 0.070 0.104 0.143 0.133 0.141 0.077 0.067 0.026 36 T 0.042 0.455 0.387 0.013 0.058 0.001 0.001 0.008 0.004 0.017 0.016 37 R 0.008 0.003 0.002 0.002 0.008 0.005 0.002 0.739 0.198 0.026 0.007 38 E 0.002 0.015 0.005 0.003 0.005 0.003 0.004 0.903 0.055 0.003 0.002 39 E 0.001 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.885 0.066 0.028 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.047 0.011 0.001 41 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.937 0.048 0.003 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.947 0.034 0.003 0.001 43 F 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.916 0.048 0.019 0.001 44 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.916 0.065 0.011 0.001 45 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.938 0.042 0.003 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.936 0.040 0.013 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.920 0.066 0.008 0.001 48 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.920 0.065 0.003 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.907 0.065 0.005 0.001 50 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.893 0.069 0.017 0.002 51 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.704 0.203 0.072 0.004 52 A 0.001 0.013 0.003 0.001 0.005 0.005 0.053 0.684 0.215 0.019 0.001 53 A 0.007 0.016 0.005 0.004 0.015 0.005 0.202 0.603 0.081 0.060 0.004 54 A 0.020 0.202 0.142 0.020 0.085 0.067 0.173 0.120 0.050 0.108 0.013 55 S 0.325 0.070 0.017 0.004 0.260 0.002 0.005 0.061 0.050 0.047 0.159 56 S 0.005 0.025 0.019 0.012 0.016 0.028 0.074 0.435 0.351 0.032 0.003 57 A 0.008 0.025 0.013 0.008 0.025 0.021 0.212 0.399 0.142 0.140 0.008 58 D 0.089 0.121 0.065 0.019 0.120 0.037 0.069 0.119 0.107 0.193 0.062 59 E 0.085 0.184 0.108 0.037 0.210 0.019 0.042 0.109 0.083 0.076 0.047 60 G 0.113 0.200 0.074 0.011 0.242 0.014 0.030 0.099 0.089 0.084 0.042 61 A 0.138 0.171 0.031 0.007 0.358 0.006 0.030 0.072 0.067 0.081 0.041 62 S 0.323 0.091 0.017 0.005 0.356 0.006 0.015 0.029 0.020 0.049 0.089 63 V 0.086 0.342 0.078 0.022 0.360 0.021 0.016 0.025 0.010 0.025 0.015 64 A 0.386 0.043 0.008 0.005 0.365 0.006 0.014 0.035 0.020 0.034 0.084 65 Y 0.170 0.199 0.062 0.056 0.284 0.058 0.026 0.050 0.025 0.029 0.041 66 K 0.119 0.267 0.033 0.002 0.519 0.002 0.005 0.014 0.005 0.013 0.021 67 I 0.619 0.024 0.003 0.001 0.253 0.002 0.002 0.005 0.003 0.009 0.080 68 K 0.027 0.539 0.119 0.025 0.250 0.014 0.007 0.010 0.002 0.003 0.004 69 D 0.365 0.158 0.032 0.004 0.252 0.004 0.004 0.034 0.015 0.024 0.107 70 L 0.095 0.170 0.342 0.079 0.103 0.041 0.019 0.071 0.037 0.019 0.026 71 E 0.008 0.060 0.084 0.228 0.019 0.174 0.152 0.187 0.066 0.018 0.005 72 G 0.020 0.147 0.176 0.215 0.032 0.030 0.028 0.050 0.040 0.218 0.044 73 Q 0.054 0.205 0.085 0.055 0.129 0.024 0.015 0.020 0.027 0.264 0.122 74 V 0.161 0.227 0.016 0.002 0.572 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.011 75 E 0.390 0.054 0.003 0.001 0.527 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 76 L 0.262 0.118 0.005 0.002 0.592 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 77 D 0.542 0.015 0.001 0.001 0.380 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 78 A 0.213 0.173 0.010 0.005 0.572 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 79 A 0.527 0.012 0.001 0.001 0.356 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.089 80 F 0.233 0.120 0.010 0.004 0.600 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 81 T 0.506 0.014 0.002 0.001 0.344 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.116 82 F 0.146 0.218 0.042 0.037 0.485 0.012 0.005 0.010 0.006 0.014 0.027 83 S 0.337 0.041 0.005 0.002 0.518 0.002 0.006 0.019 0.009 0.011 0.051 84 C 0.291 0.072 0.014 0.015 0.435 0.024 0.021 0.044 0.018 0.016 0.049 85 Q 0.207 0.131 0.041 0.016 0.339 0.013 0.036 0.079 0.022 0.037 0.079 86 A 0.278 0.081 0.015 0.005 0.265 0.004 0.014 0.118 0.069 0.055 0.097 87 E 0.035 0.097 0.029 0.042 0.104 0.061 0.184 0.327 0.090 0.022 0.010 88 M 0.175 0.115 0.019 0.004 0.454 0.013 0.047 0.132 0.020 0.010 0.013 89 I 0.298 0.030 0.003 0.004 0.433 0.007 0.019 0.123 0.023 0.008 0.052 90 I 0.219 0.029 0.006 0.013 0.243 0.034 0.061 0.242 0.054 0.036 0.063 91 F 0.100 0.137 0.031 0.007 0.366 0.011 0.035 0.200 0.049 0.034 0.029 92 E 0.224 0.064 0.023 0.012 0.226 0.015 0.039 0.178 0.069 0.065 0.085 93 L 0.061 0.137 0.053 0.045 0.124 0.055 0.082 0.224 0.126 0.068 0.026 94 S 0.071 0.116 0.062 0.037 0.133 0.029 0.070 0.233 0.095 0.108 0.046 95 L 0.126 0.104 0.036 0.013 0.170 0.016 0.040 0.279 0.115 0.063 0.040 96 R 0.027 0.062 0.037 0.051 0.060 0.089 0.080 0.328 0.153 0.085 0.029 97 S 0.123 0.120 0.059 0.018 0.195 0.010 0.023 0.270 0.097 0.048 0.038 98 L 0.015 0.022 0.012 0.008 0.020 0.007 0.018 0.417 0.288 0.177 0.017 99 A 0.025 0.095 0.041 0.020 0.051 0.022 0.073 0.422 0.151 0.083 0.016