# TARGET T0437 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.700 0.200 0.071 0.025 0.004 0.001 0.001 2 K 0.791 0.154 0.040 0.012 0.002 0.001 0.001 3 D 0.787 0.152 0.039 0.015 0.006 0.001 0.001 4 V 0.587 0.226 0.111 0.055 0.017 0.003 0.001 5 V 0.690 0.222 0.069 0.017 0.002 0.001 0.001 6 D 0.743 0.210 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 7 K 0.517 0.309 0.127 0.040 0.006 0.001 0.001 8 C 0.421 0.268 0.162 0.110 0.036 0.005 0.001 9 S 0.473 0.298 0.142 0.066 0.018 0.003 0.001 10 T 0.562 0.262 0.101 0.052 0.018 0.004 0.001 11 K 0.306 0.254 0.170 0.148 0.084 0.033 0.006 12 G 0.244 0.169 0.166 0.176 0.136 0.082 0.026 13 C 0.258 0.229 0.168 0.154 0.105 0.061 0.025 14 A 0.173 0.181 0.170 0.185 0.147 0.101 0.044 15 I 0.049 0.059 0.083 0.158 0.208 0.235 0.209 16 D 0.081 0.097 0.119 0.155 0.171 0.180 0.197 17 I 0.028 0.031 0.043 0.092 0.149 0.308 0.349 18 G 0.023 0.038 0.064 0.124 0.199 0.298 0.255 19 T 0.028 0.053 0.077 0.115 0.163 0.314 0.248 20 V 0.033 0.056 0.090 0.175 0.258 0.308 0.080 21 I 0.028 0.061 0.093 0.200 0.303 0.268 0.048 22 D 0.147 0.280 0.267 0.208 0.078 0.019 0.002 23 N 0.312 0.378 0.173 0.088 0.038 0.009 0.001 24 D 0.439 0.326 0.153 0.065 0.013 0.002 0.001 25 N 0.291 0.322 0.196 0.131 0.048 0.011 0.001 26 C 0.207 0.264 0.229 0.180 0.096 0.022 0.001 27 T 0.213 0.365 0.265 0.121 0.030 0.006 0.001 28 S 0.077 0.134 0.200 0.289 0.235 0.063 0.002 29 K 0.075 0.317 0.356 0.197 0.050 0.006 0.001 30 F 0.012 0.028 0.071 0.263 0.455 0.165 0.007 31 S 0.085 0.322 0.375 0.174 0.040 0.005 0.001 32 R 0.157 0.292 0.220 0.198 0.106 0.025 0.001 33 F 0.121 0.302 0.300 0.196 0.069 0.012 0.001 34 F 0.071 0.118 0.189 0.369 0.220 0.033 0.001 35 A 0.535 0.357 0.088 0.017 0.003 0.001 0.001 36 T 0.548 0.302 0.107 0.037 0.005 0.001 0.001 37 R 0.544 0.291 0.111 0.042 0.009 0.001 0.001 38 E 0.826 0.151 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 39 E 0.422 0.384 0.150 0.039 0.005 0.001 0.001 40 A 0.071 0.124 0.198 0.328 0.234 0.044 0.001 41 E 0.127 0.349 0.328 0.155 0.038 0.004 0.001 42 S 0.358 0.478 0.132 0.028 0.004 0.001 0.001 43 F 0.040 0.120 0.259 0.366 0.184 0.031 0.001 44 M 0.011 0.026 0.064 0.219 0.402 0.264 0.013 45 T 0.122 0.398 0.323 0.125 0.027 0.003 0.001 46 K 0.119 0.390 0.324 0.135 0.029 0.003 0.001 47 L 0.021 0.030 0.046 0.161 0.393 0.333 0.017 48 K 0.018 0.103 0.245 0.388 0.211 0.033 0.001 49 E 0.172 0.546 0.218 0.054 0.010 0.001 0.001 50 L 0.027 0.128 0.382 0.374 0.083 0.006 0.001 51 A 0.038 0.056 0.070 0.221 0.427 0.182 0.006 52 A 0.188 0.407 0.250 0.124 0.027 0.003 0.001 53 A 0.514 0.374 0.085 0.023 0.003 0.001 0.001 54 A 0.141 0.244 0.289 0.228 0.085 0.012 0.001 55 S 0.260 0.259 0.179 0.166 0.113 0.024 0.001 56 S 0.375 0.271 0.188 0.121 0.038 0.006 0.001 57 A 0.472 0.325 0.127 0.055 0.017 0.004 0.001 58 D 0.282 0.259 0.201 0.157 0.072 0.025 0.004 59 E 0.279 0.267 0.208 0.143 0.073 0.026 0.005 60 G 0.327 0.253 0.164 0.127 0.084 0.040 0.006 61 A 0.188 0.236 0.221 0.215 0.105 0.030 0.004 62 S 0.202 0.266 0.245 0.184 0.079 0.021 0.002 63 V 0.069 0.083 0.145 0.282 0.304 0.107 0.010 64 A 0.182 0.275 0.264 0.190 0.071 0.016 0.002 65 Y 0.234 0.272 0.205 0.165 0.094 0.028 0.003 66 K 0.226 0.361 0.253 0.116 0.036 0.007 0.001 67 I 0.076 0.142 0.198 0.315 0.221 0.047 0.002 68 K 0.380 0.348 0.191 0.066 0.013 0.002 0.001 69 D 0.645 0.257 0.069 0.024 0.005 0.001 0.001 70 L 0.601 0.244 0.099 0.044 0.011 0.002 0.001 71 E 0.642 0.222 0.083 0.039 0.011 0.002 0.001 72 G 0.704 0.217 0.057 0.018 0.003 0.001 0.001 73 Q 0.392 0.377 0.147 0.065 0.016 0.002 0.001 74 V 0.135 0.333 0.282 0.187 0.056 0.007 0.001 75 E 0.136 0.506 0.238 0.099 0.018 0.003 0.001 76 L 0.006 0.027 0.077 0.245 0.458 0.178 0.010 77 D 0.023 0.216 0.395 0.304 0.057 0.005 0.001 78 A 0.008 0.039 0.073 0.201 0.400 0.260 0.019 79 A 0.017 0.190 0.379 0.322 0.076 0.014 0.001 80 F 0.002 0.012 0.024 0.093 0.349 0.475 0.046 81 T 0.003 0.075 0.313 0.396 0.167 0.042 0.005 82 F 0.002 0.016 0.035 0.125 0.306 0.453 0.063 83 S 0.021 0.143 0.180 0.234 0.273 0.134 0.015 84 C 0.017 0.062 0.118 0.256 0.285 0.235 0.027 85 Q 0.146 0.367 0.254 0.151 0.058 0.021 0.004 86 A 0.095 0.240 0.257 0.252 0.103 0.042 0.010 87 E 0.040 0.069 0.086 0.184 0.329 0.264 0.028 88 M 0.046 0.140 0.189 0.270 0.246 0.090 0.019 89 I 0.050 0.102 0.146 0.191 0.190 0.226 0.095 90 I 0.064 0.104 0.126 0.173 0.239 0.223 0.072 91 F 0.191 0.138 0.096 0.143 0.173 0.195 0.064 92 E 0.121 0.108 0.142 0.205 0.176 0.183 0.065 93 L 0.313 0.178 0.138 0.110 0.112 0.105 0.043 94 S 0.261 0.193 0.162 0.191 0.108 0.062 0.023 95 L 0.299 0.120 0.125 0.159 0.164 0.114 0.018 96 R 0.389 0.235 0.176 0.128 0.057 0.014 0.001 97 S 0.459 0.260 0.124 0.092 0.046 0.017 0.002 98 L 0.212 0.152 0.184 0.196 0.167 0.082 0.008 99 A 0.349 0.151 0.099 0.136 0.155 0.099 0.011