# TARGET T0437 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.002 0.003 0.026 0.011 0.014 0.937 2 K 0.045 0.018 0.018 0.127 0.032 0.048 0.711 3 D 0.092 0.019 0.044 0.221 0.106 0.059 0.459 4 V 0.122 0.010 0.050 0.414 0.049 0.057 0.297 5 V 0.153 0.016 0.040 0.505 0.050 0.047 0.189 6 D 0.116 0.007 0.051 0.490 0.081 0.070 0.186 7 K 0.125 0.011 0.043 0.599 0.054 0.053 0.116 8 C 0.119 0.025 0.056 0.553 0.058 0.045 0.144 9 S 0.088 0.006 0.141 0.434 0.049 0.199 0.084 10 T 0.083 0.007 0.120 0.314 0.074 0.335 0.069 11 K 0.084 0.015 0.080 0.085 0.141 0.449 0.146 12 G 0.089 0.011 0.031 0.016 0.232 0.394 0.228 13 C 0.230 0.012 0.019 0.009 0.200 0.065 0.466 14 A 0.576 0.033 0.021 0.009 0.134 0.031 0.196 15 I 0.747 0.014 0.011 0.005 0.044 0.016 0.162 16 D 0.822 0.017 0.005 0.002 0.026 0.011 0.118 17 I 0.821 0.011 0.008 0.002 0.024 0.033 0.101 18 G 0.709 0.002 0.009 0.002 0.091 0.063 0.123 19 T 0.876 0.003 0.005 0.003 0.024 0.019 0.070 20 V 0.964 0.008 0.001 0.002 0.003 0.004 0.018 21 I 0.941 0.027 0.001 0.002 0.003 0.002 0.024 22 D 0.784 0.013 0.004 0.002 0.014 0.020 0.163 23 N 0.068 0.001 0.046 0.009 0.076 0.770 0.029 24 D 0.045 0.003 0.067 0.007 0.071 0.779 0.029 25 N 0.119 0.012 0.088 0.006 0.263 0.345 0.167 26 C 0.348 0.011 0.022 0.005 0.177 0.149 0.288 27 T 0.882 0.013 0.004 0.003 0.020 0.008 0.071 28 S 0.950 0.004 0.001 0.003 0.006 0.002 0.033 29 K 0.965 0.002 0.001 0.006 0.005 0.003 0.018 30 F 0.942 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.041 31 S 0.920 0.002 0.001 0.015 0.014 0.004 0.043 32 R 0.837 0.004 0.006 0.028 0.037 0.015 0.073 33 F 0.737 0.008 0.011 0.066 0.043 0.041 0.094 34 F 0.493 0.013 0.015 0.087 0.137 0.071 0.185 35 A 0.172 0.017 0.007 0.057 0.354 0.124 0.270 36 T 0.047 0.017 0.003 0.087 0.445 0.048 0.354 37 R 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.006 0.006 38 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 39 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.002 40 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.017 0.001 43 F 0.001 0.001 0.002 0.967 0.001 0.026 0.004 44 M 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.008 0.003 45 T 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.016 0.001 46 K 0.001 0.001 0.002 0.949 0.001 0.047 0.001 47 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.013 0.003 48 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 49 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.006 0.001 50 L 0.001 0.001 0.004 0.980 0.001 0.015 0.001 51 A 0.001 0.001 0.011 0.970 0.001 0.015 0.003 52 A 0.001 0.001 0.022 0.896 0.003 0.072 0.006 53 A 0.001 0.001 0.019 0.823 0.009 0.118 0.030 54 A 0.003 0.004 0.019 0.722 0.043 0.097 0.113 55 S 0.009 0.012 0.030 0.486 0.062 0.156 0.245 56 S 0.018 0.005 0.078 0.299 0.098 0.201 0.300 57 A 0.008 0.002 0.130 0.259 0.098 0.407 0.095 58 D 0.020 0.007 0.190 0.105 0.135 0.390 0.155 59 E 0.032 0.011 0.113 0.042 0.189 0.442 0.171 60 G 0.043 0.004 0.055 0.015 0.179 0.419 0.285 61 A 0.222 0.017 0.020 0.010 0.143 0.047 0.541 62 S 0.673 0.029 0.007 0.007 0.026 0.014 0.244 63 V 0.887 0.009 0.001 0.003 0.009 0.003 0.088 64 A 0.913 0.004 0.001 0.002 0.005 0.002 0.073 65 Y 0.926 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.062 66 K 0.945 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.041 67 I 0.951 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.038 68 K 0.889 0.005 0.003 0.004 0.019 0.003 0.077 69 D 0.781 0.006 0.015 0.010 0.029 0.019 0.140 70 L 0.537 0.014 0.041 0.017 0.088 0.104 0.199 71 E 0.238 0.009 0.078 0.010 0.155 0.377 0.132 72 G 0.119 0.002 0.024 0.001 0.306 0.454 0.095 73 Q 0.445 0.006 0.013 0.001 0.166 0.108 0.260 74 V 0.871 0.014 0.001 0.001 0.030 0.004 0.080 75 E 0.956 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 76 L 0.948 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.044 77 D 0.962 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.029 78 A 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.038 79 A 0.967 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.024 80 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 81 T 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 82 F 0.982 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 83 S 0.941 0.001 0.001 0.016 0.009 0.006 0.028 84 C 0.850 0.001 0.001 0.053 0.019 0.013 0.063 85 Q 0.671 0.002 0.001 0.209 0.032 0.016 0.068 86 A 0.282 0.001 0.002 0.666 0.011 0.007 0.032 87 E 0.226 0.001 0.003 0.739 0.007 0.004 0.020 88 M 0.144 0.001 0.002 0.843 0.003 0.003 0.005 89 I 0.068 0.001 0.001 0.928 0.001 0.001 0.001 90 I 0.016 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 91 F 0.005 0.001 0.001 0.990 0.001 0.004 0.001 92 E 0.005 0.001 0.001 0.984 0.001 0.009 0.001 93 L 0.006 0.001 0.002 0.962 0.003 0.025 0.003 94 S 0.006 0.001 0.006 0.803 0.010 0.151 0.023 95 L 0.006 0.002 0.031 0.764 0.014 0.130 0.052 96 R 0.014 0.004 0.140 0.433 0.078 0.233 0.098 97 S 0.028 0.013 0.227 0.222 0.079 0.285 0.147 98 L 0.030 0.019 0.055 0.212 0.091 0.066 0.528 99 A 0.012 0.004 0.020 0.046 0.017 0.021 0.880