# TARGET T0437 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.794 0.139 0.041 0.018 0.006 0.001 0.001 2 K 0.794 0.143 0.042 0.016 0.004 0.001 0.001 3 D 0.621 0.242 0.096 0.034 0.006 0.001 0.001 4 V 0.548 0.280 0.112 0.046 0.011 0.001 0.001 5 V 0.364 0.235 0.203 0.137 0.053 0.008 0.001 6 D 0.531 0.257 0.127 0.061 0.020 0.004 0.001 7 K 0.515 0.312 0.116 0.045 0.010 0.002 0.001 8 C 0.267 0.188 0.191 0.206 0.120 0.028 0.002 9 S 0.534 0.297 0.113 0.041 0.012 0.003 0.001 10 T 0.482 0.282 0.134 0.069 0.024 0.007 0.001 11 K 0.311 0.225 0.194 0.156 0.082 0.029 0.004 12 G 0.291 0.215 0.158 0.142 0.106 0.070 0.017 13 C 0.143 0.154 0.157 0.205 0.185 0.118 0.038 14 A 0.073 0.140 0.175 0.206 0.185 0.151 0.069 15 I 0.037 0.050 0.081 0.162 0.239 0.283 0.148 16 D 0.035 0.075 0.152 0.213 0.228 0.210 0.087 17 I 0.015 0.020 0.034 0.070 0.183 0.438 0.241 18 G 0.017 0.039 0.087 0.189 0.288 0.281 0.101 19 T 0.010 0.019 0.033 0.078 0.211 0.467 0.182 20 V 0.010 0.028 0.050 0.142 0.292 0.370 0.109 21 I 0.005 0.022 0.073 0.226 0.377 0.272 0.026 22 D 0.122 0.363 0.297 0.154 0.052 0.011 0.002 23 N 0.298 0.384 0.209 0.084 0.021 0.003 0.001 24 D 0.548 0.286 0.110 0.041 0.012 0.002 0.001 25 N 0.310 0.310 0.206 0.117 0.045 0.010 0.001 26 C 0.064 0.126 0.215 0.301 0.220 0.070 0.005 27 T 0.109 0.307 0.282 0.190 0.078 0.029 0.005 28 S 0.046 0.107 0.174 0.258 0.245 0.148 0.022 29 K 0.059 0.248 0.338 0.223 0.094 0.034 0.005 30 F 0.022 0.020 0.049 0.185 0.399 0.295 0.031 31 S 0.064 0.220 0.332 0.248 0.104 0.030 0.002 32 R 0.162 0.308 0.231 0.166 0.096 0.034 0.003 33 F 0.085 0.168 0.241 0.271 0.170 0.060 0.005 34 F 0.081 0.116 0.212 0.300 0.224 0.064 0.003 35 A 0.384 0.358 0.164 0.069 0.020 0.005 0.001 36 T 0.484 0.347 0.118 0.041 0.009 0.001 0.001 37 R 0.316 0.376 0.208 0.078 0.019 0.003 0.001 38 E 0.725 0.221 0.041 0.010 0.002 0.001 0.001 39 E 0.087 0.336 0.349 0.177 0.044 0.007 0.001 40 A 0.014 0.021 0.058 0.311 0.456 0.137 0.003 41 E 0.088 0.335 0.385 0.164 0.026 0.002 0.001 42 S 0.285 0.534 0.153 0.025 0.003 0.001 0.001 43 F 0.008 0.022 0.083 0.272 0.436 0.174 0.005 44 M 0.005 0.022 0.084 0.268 0.410 0.205 0.006 45 T 0.126 0.465 0.293 0.098 0.016 0.002 0.001 46 K 0.017 0.093 0.326 0.412 0.135 0.016 0.001 47 L 0.002 0.004 0.006 0.034 0.272 0.641 0.042 48 K 0.009 0.081 0.289 0.435 0.160 0.025 0.001 49 E 0.094 0.450 0.286 0.125 0.037 0.006 0.001 50 L 0.007 0.047 0.189 0.396 0.298 0.061 0.003 51 A 0.012 0.016 0.049 0.289 0.457 0.170 0.007 52 A 0.182 0.495 0.238 0.069 0.015 0.002 0.001 53 A 0.450 0.345 0.135 0.056 0.012 0.002 0.001 54 A 0.069 0.151 0.219 0.310 0.188 0.059 0.003 55 S 0.397 0.348 0.173 0.064 0.016 0.002 0.001 56 S 0.640 0.240 0.072 0.034 0.011 0.002 0.001 57 A 0.448 0.306 0.158 0.067 0.019 0.003 0.001 58 D 0.589 0.234 0.107 0.054 0.014 0.002 0.001 59 E 0.745 0.190 0.048 0.014 0.003 0.001 0.001 60 G 0.615 0.250 0.098 0.030 0.006 0.001 0.001 61 A 0.377 0.241 0.179 0.145 0.050 0.008 0.001 62 S 0.394 0.397 0.154 0.043 0.010 0.002 0.001 63 V 0.054 0.073 0.174 0.364 0.269 0.063 0.003 64 A 0.107 0.311 0.308 0.183 0.069 0.020 0.002 65 Y 0.114 0.166 0.209 0.254 0.190 0.061 0.005 66 K 0.179 0.304 0.288 0.162 0.056 0.011 0.001 67 I 0.042 0.087 0.204 0.343 0.263 0.058 0.002 68 K 0.381 0.391 0.162 0.053 0.011 0.002 0.001 69 D 0.475 0.335 0.127 0.049 0.012 0.002 0.001 70 L 0.392 0.270 0.193 0.111 0.030 0.004 0.001 71 E 0.729 0.192 0.052 0.020 0.006 0.001 0.001 72 G 0.649 0.220 0.091 0.033 0.006 0.001 0.001 73 Q 0.591 0.255 0.098 0.041 0.012 0.002 0.001 74 V 0.210 0.242 0.246 0.204 0.085 0.013 0.001 75 E 0.232 0.338 0.250 0.126 0.044 0.010 0.001 76 L 0.064 0.091 0.156 0.282 0.289 0.111 0.007 77 D 0.141 0.374 0.297 0.134 0.043 0.011 0.001 78 A 0.037 0.071 0.127 0.265 0.298 0.183 0.019 79 A 0.042 0.183 0.300 0.257 0.156 0.054 0.009 80 F 0.012 0.021 0.043 0.150 0.309 0.392 0.073 81 T 0.047 0.147 0.288 0.289 0.156 0.055 0.017 82 F 0.016 0.036 0.073 0.152 0.254 0.371 0.098 83 S 0.072 0.120 0.206 0.269 0.182 0.106 0.045 84 C 0.066 0.114 0.133 0.172 0.201 0.232 0.083 85 Q 0.068 0.129 0.207 0.275 0.170 0.101 0.049 86 A 0.047 0.046 0.058 0.138 0.216 0.333 0.161 87 E 0.042 0.095 0.114 0.169 0.190 0.232 0.160 88 M 0.048 0.143 0.210 0.240 0.166 0.132 0.061 89 I 0.013 0.031 0.062 0.127 0.203 0.364 0.200 90 I 0.014 0.032 0.043 0.104 0.211 0.386 0.210 91 F 0.015 0.038 0.065 0.140 0.229 0.376 0.136 92 E 0.013 0.080 0.164 0.271 0.225 0.202 0.046 93 L 0.012 0.019 0.049 0.150 0.323 0.364 0.083 94 S 0.067 0.171 0.215 0.242 0.177 0.111 0.016 95 L 0.215 0.192 0.167 0.186 0.146 0.080 0.014 96 R 0.208 0.240 0.236 0.188 0.090 0.036 0.003 97 S 0.290 0.220 0.190 0.160 0.097 0.039 0.005 98 L 0.364 0.190 0.142 0.137 0.104 0.055 0.008 99 A 0.542 0.228 0.124 0.067 0.028 0.009 0.002