# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.012 0.044 0.042 0.099 0.006 0.064 0.130 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.034 0.015 0.143 0.135 0.147 0.103 0.001 2 K 0.007 0.005 0.062 0.057 0.060 0.009 0.074 0.189 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 0.008 0.288 0.027 0.048 0.122 0.001 3 D 0.007 0.008 0.025 0.028 0.092 0.024 0.253 0.180 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.009 0.118 0.107 0.060 0.063 0.001 4 V 0.005 0.006 0.036 0.042 0.053 0.007 0.100 0.164 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 0.018 0.268 0.067 0.105 0.087 0.001 5 V 0.009 0.009 0.086 0.041 0.078 0.007 0.060 0.223 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.044 0.013 0.160 0.067 0.073 0.118 0.001 6 D 0.011 0.009 0.030 0.039 0.094 0.012 0.065 0.227 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 0.022 0.225 0.038 0.104 0.093 0.001 7 K 0.007 0.009 0.027 0.037 0.053 0.016 0.134 0.238 0.004 0.002 0.002 0.002 0.006 0.006 0.062 0.011 0.258 0.051 0.036 0.038 0.001 8 C 0.011 0.012 0.045 0.041 0.048 0.013 0.181 0.204 0.004 0.002 0.003 0.002 0.005 0.007 0.029 0.027 0.142 0.060 0.110 0.053 0.001 9 S 0.015 0.014 0.053 0.053 0.102 0.010 0.106 0.116 0.007 0.003 0.003 0.003 0.006 0.013 0.051 0.040 0.155 0.077 0.084 0.085 0.003 10 T 0.015 0.019 0.050 0.047 0.103 0.011 0.174 0.052 0.017 0.003 0.007 0.005 0.013 0.016 0.049 0.028 0.192 0.052 0.058 0.086 0.003 11 K 0.014 0.018 0.048 0.076 0.069 0.005 0.163 0.031 0.006 0.002 0.005 0.006 0.012 0.016 0.050 0.056 0.150 0.052 0.092 0.123 0.006 12 G 0.047 0.052 0.053 0.040 0.198 0.008 0.086 0.033 0.004 0.001 0.010 0.009 0.015 0.029 0.070 0.071 0.073 0.079 0.052 0.062 0.008 13 C 0.060 0.057 0.088 0.086 0.109 0.010 0.048 0.038 0.005 0.002 0.012 0.014 0.025 0.045 0.100 0.061 0.052 0.038 0.075 0.060 0.015 14 A 0.051 0.071 0.054 0.072 0.207 0.006 0.033 0.019 0.005 0.001 0.021 0.023 0.045 0.063 0.071 0.088 0.045 0.030 0.053 0.023 0.018 15 I 0.104 0.113 0.087 0.084 0.085 0.004 0.025 0.013 0.005 0.001 0.016 0.020 0.031 0.076 0.138 0.041 0.020 0.018 0.051 0.047 0.022 16 D 0.116 0.090 0.039 0.058 0.188 0.003 0.023 0.007 0.005 0.001 0.018 0.025 0.035 0.089 0.085 0.059 0.030 0.019 0.037 0.051 0.020 17 I 0.061 0.109 0.057 0.080 0.084 0.002 0.031 0.005 0.002 0.001 0.018 0.017 0.033 0.104 0.122 0.139 0.050 0.011 0.022 0.026 0.024 18 G 0.096 0.168 0.051 0.028 0.111 0.003 0.045 0.006 0.002 0.001 0.023 0.027 0.051 0.081 0.146 0.072 0.017 0.011 0.013 0.009 0.038 19 T 0.187 0.196 0.088 0.061 0.062 0.002 0.007 0.004 0.002 0.001 0.030 0.033 0.064 0.109 0.046 0.039 0.004 0.005 0.008 0.005 0.046 20 V 0.151 0.140 0.029 0.032 0.323 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.016 0.028 0.046 0.084 0.034 0.048 0.004 0.006 0.010 0.005 0.036 21 I 0.149 0.189 0.089 0.098 0.091 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.019 0.026 0.052 0.050 0.129 0.016 0.008 0.007 0.022 0.023 0.022 22 D 0.112 0.080 0.062 0.097 0.275 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.009 0.013 0.026 0.015 0.041 0.054 0.034 0.019 0.049 0.089 0.010 23 N 0.028 0.041 0.123 0.110 0.136 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.004 0.089 0.017 0.163 0.021 0.043 0.149 0.002 24 D 0.007 0.013 0.067 0.059 0.084 0.001 0.306 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.021 0.015 0.218 0.043 0.033 0.122 0.001 25 N 0.025 0.027 0.136 0.039 0.172 0.001 0.280 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.022 0.010 0.067 0.082 0.027 0.094 0.002 26 C 0.043 0.055 0.198 0.129 0.307 0.001 0.051 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.019 0.011 0.033 0.042 0.033 0.055 0.004 27 T 0.083 0.128 0.092 0.091 0.457 0.001 0.021 0.005 0.001 0.001 0.005 0.007 0.017 0.002 0.023 0.008 0.016 0.013 0.013 0.013 0.005 28 S 0.146 0.150 0.208 0.254 0.110 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.008 0.008 0.023 0.003 0.034 0.004 0.005 0.004 0.007 0.013 0.006 29 K 0.159 0.184 0.030 0.086 0.426 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.007 0.009 0.021 0.004 0.012 0.008 0.007 0.006 0.005 0.008 0.006 30 F 0.170 0.253 0.109 0.173 0.118 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 0.009 0.008 0.024 0.007 0.049 0.012 0.010 0.012 0.009 0.008 0.006 31 S 0.158 0.177 0.070 0.074 0.260 0.002 0.015 0.042 0.001 0.001 0.009 0.010 0.027 0.011 0.060 0.020 0.016 0.012 0.013 0.017 0.005 32 R 0.197 0.162 0.095 0.125 0.139 0.004 0.027 0.045 0.002 0.001 0.010 0.007 0.021 0.016 0.067 0.012 0.022 0.017 0.016 0.013 0.003 33 F 0.072 0.090 0.044 0.063 0.268 0.011 0.075 0.077 0.005 0.002 0.010 0.008 0.031 0.016 0.058 0.024 0.053 0.038 0.027 0.025 0.003 34 F 0.029 0.028 0.067 0.092 0.063 0.008 0.074 0.119 0.007 0.002 0.005 0.003 0.010 0.007 0.079 0.013 0.112 0.082 0.114 0.086 0.001 35 A 0.009 0.009 0.042 0.040 0.133 0.007 0.085 0.110 0.005 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.029 0.025 0.239 0.074 0.050 0.125 0.001 36 T 0.002 0.003 0.010 0.014 0.036 0.005 0.070 0.142 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 0.047 0.068 0.143 0.429 0.001 37 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.857 0.006 0.008 0.020 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.002 0.003 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.916 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.003 0.003 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.052 0.839 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.004 0.004 0.003 0.001 53 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.039 0.201 0.535 0.039 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.039 0.016 0.015 0.001 54 A 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.011 0.153 0.208 0.030 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.274 0.075 0.124 0.077 0.001 55 S 0.001 0.001 0.019 0.013 0.009 0.006 0.045 0.077 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.170 0.134 0.226 0.257 0.001 56 S 0.001 0.001 0.009 0.006 0.023 0.009 0.091 0.040 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.467 0.043 0.094 0.195 0.001 57 A 0.001 0.001 0.011 0.010 0.013 0.006 0.366 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.244 0.116 0.075 0.109 0.001 58 D 0.001 0.001 0.025 0.011 0.031 0.002 0.113 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.102 0.099 0.246 0.317 0.001 59 E 0.001 0.001 0.031 0.044 0.027 0.001 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.027 0.392 0.022 0.079 0.309 0.001 60 G 0.005 0.009 0.028 0.020 0.146 0.006 0.379 0.019 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.018 0.034 0.116 0.111 0.035 0.057 0.002 61 A 0.022 0.026 0.188 0.144 0.075 0.006 0.095 0.040 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.007 0.068 0.027 0.043 0.041 0.097 0.097 0.005 62 S 0.036 0.052 0.057 0.059 0.413 0.003 0.029 0.035 0.002 0.001 0.010 0.011 0.021 0.016 0.040 0.054 0.031 0.046 0.035 0.042 0.009 63 V 0.083 0.080 0.184 0.161 0.110 0.003 0.022 0.030 0.003 0.001 0.011 0.010 0.028 0.023 0.100 0.034 0.024 0.010 0.037 0.039 0.007 64 A 0.056 0.105 0.057 0.133 0.285 0.003 0.034 0.036 0.003 0.002 0.011 0.012 0.037 0.017 0.070 0.035 0.037 0.016 0.020 0.021 0.011 65 Y 0.135 0.134 0.119 0.120 0.130 0.005 0.068 0.031 0.003 0.001 0.013 0.011 0.021 0.017 0.075 0.023 0.030 0.017 0.017 0.025 0.005 66 K 0.113 0.127 0.103 0.143 0.228 0.004 0.051 0.022 0.002 0.001 0.005 0.006 0.016 0.012 0.046 0.023 0.017 0.030 0.021 0.025 0.006 67 I 0.101 0.111 0.049 0.068 0.372 0.004 0.022 0.022 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.008 0.033 0.044 0.030 0.038 0.036 0.029 0.006 68 K 0.058 0.054 0.297 0.164 0.099 0.005 0.019 0.022 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.005 0.111 0.008 0.034 0.019 0.030 0.051 0.004 69 D 0.041 0.061 0.038 0.049 0.520 0.005 0.047 0.022 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.003 0.013 0.019 0.041 0.023 0.041 0.057 0.004 70 L 0.035 0.026 0.127 0.208 0.101 0.002 0.035 0.017 0.003 0.004 0.002 0.002 0.003 0.002 0.083 0.007 0.087 0.053 0.103 0.097 0.002 71 E 0.008 0.011 0.078 0.121 0.142 0.002 0.146 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.017 0.010 0.305 0.015 0.024 0.104 0.001 72 G 0.014 0.020 0.043 0.037 0.072 0.002 0.613 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.006 0.035 0.070 0.019 0.047 0.001 73 Q 0.063 0.077 0.118 0.072 0.338 0.001 0.074 0.006 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.002 0.016 0.017 0.036 0.085 0.029 0.040 0.004 74 V 0.116 0.161 0.238 0.150 0.213 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.002 0.027 0.010 0.007 0.007 0.014 0.016 0.011 75 E 0.172 0.239 0.043 0.067 0.360 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.010 0.012 0.027 0.008 0.021 0.009 0.003 0.002 0.003 0.003 0.014 76 L 0.227 0.296 0.070 0.223 0.067 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.009 0.024 0.010 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 77 D 0.243 0.348 0.014 0.051 0.233 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.020 0.011 0.012 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 78 A 0.344 0.346 0.061 0.108 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.014 0.015 0.040 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 79 A 0.259 0.367 0.016 0.039 0.188 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.025 0.019 0.018 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 80 F 0.292 0.381 0.059 0.064 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.020 0.019 0.060 0.010 0.001 0.003 0.002 0.001 0.022 81 T 0.211 0.310 0.035 0.047 0.201 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.048 0.030 0.030 0.022 0.001 0.002 0.003 0.003 0.024 82 F 0.248 0.282 0.043 0.061 0.141 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.042 0.041 0.065 0.014 0.002 0.003 0.003 0.004 0.014 83 S 0.162 0.187 0.056 0.118 0.192 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.011 0.017 0.038 0.038 0.107 0.023 0.006 0.006 0.006 0.011 0.009 84 C 0.183 0.235 0.047 0.084 0.176 0.001 0.013 0.014 0.001 0.001 0.008 0.009 0.019 0.018 0.100 0.028 0.019 0.014 0.011 0.014 0.005 85 Q 0.184 0.184 0.051 0.080 0.128 0.003 0.023 0.069 0.001 0.001 0.008 0.010 0.023 0.017 0.112 0.021 0.023 0.025 0.016 0.019 0.004 86 A 0.158 0.202 0.055 0.071 0.105 0.003 0.016 0.198 0.002 0.001 0.007 0.005 0.017 0.011 0.047 0.014 0.057 0.012 0.011 0.007 0.002 87 E 0.116 0.123 0.015 0.033 0.070 0.004 0.014 0.515 0.002 0.001 0.002 0.003 0.009 0.008 0.031 0.006 0.033 0.004 0.006 0.004 0.002 88 M 0.162 0.125 0.011 0.033 0.022 0.004 0.009 0.547 0.004 0.001 0.003 0.002 0.008 0.009 0.015 0.002 0.031 0.005 0.004 0.002 0.001 89 I 0.047 0.042 0.002 0.009 0.021 0.002 0.007 0.810 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.003 0.032 0.002 0.002 0.001 0.001 90 I 0.061 0.048 0.003 0.009 0.007 0.005 0.008 0.804 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.001 0.021 0.007 0.005 0.001 0.001 91 F 0.031 0.027 0.003 0.008 0.010 0.009 0.021 0.806 0.011 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.003 0.002 0.043 0.005 0.004 0.002 0.001 92 E 0.025 0.028 0.005 0.012 0.017 0.014 0.068 0.621 0.048 0.011 0.002 0.001 0.005 0.009 0.010 0.004 0.080 0.023 0.012 0.004 0.001 93 L 0.018 0.020 0.014 0.019 0.017 0.015 0.131 0.411 0.058 0.010 0.002 0.002 0.006 0.010 0.019 0.007 0.160 0.028 0.024 0.028 0.001 94 S 0.015 0.020 0.011 0.014 0.041 0.019 0.132 0.357 0.041 0.007 0.002 0.002 0.005 0.008 0.014 0.014 0.145 0.072 0.034 0.044 0.001 95 L 0.010 0.014 0.012 0.017 0.031 0.011 0.079 0.265 0.031 0.006 0.002 0.002 0.005 0.008 0.023 0.015 0.250 0.073 0.088 0.056 0.001 96 R 0.009 0.010 0.027 0.023 0.024 0.017 0.084 0.341 0.018 0.006 0.002 0.002 0.004 0.006 0.028 0.010 0.209 0.040 0.065 0.075 0.001 97 S 0.009 0.010 0.011 0.017 0.047 0.020 0.150 0.322 0.011 0.004 0.002 0.002 0.004 0.007 0.013 0.013 0.178 0.052 0.064 0.063 0.001 98 L 0.009 0.011 0.019 0.023 0.035 0.018 0.138 0.285 0.015 0.005 0.003 0.002 0.005 0.007 0.023 0.011 0.221 0.058 0.061 0.051 0.001 99 A 0.009 0.011 0.029 0.031 0.037 0.014 0.144 0.247 0.013 0.005 0.002 0.002 0.005 0.005 0.018 0.013 0.247 0.036 0.064 0.068 0.001