# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.015 0.565 0.005 0.037 0.112 0.001 0.001 0.012 0.105 0.050 0.056 0.038 2 K 0.003 0.011 0.395 0.005 0.102 0.249 0.001 0.001 0.009 0.090 0.066 0.017 0.053 3 D 0.003 0.009 0.152 0.003 0.174 0.437 0.001 0.001 0.007 0.058 0.092 0.033 0.031 4 V 0.004 0.012 0.137 0.004 0.155 0.467 0.001 0.001 0.010 0.040 0.093 0.018 0.058 5 V 0.006 0.012 0.242 0.009 0.101 0.402 0.001 0.001 0.012 0.065 0.065 0.050 0.032 6 D 0.005 0.008 0.163 0.005 0.110 0.451 0.001 0.001 0.011 0.048 0.133 0.018 0.046 7 K 0.011 0.013 0.145 0.008 0.099 0.405 0.002 0.001 0.010 0.058 0.164 0.037 0.048 8 C 0.015 0.022 0.224 0.009 0.075 0.257 0.002 0.002 0.015 0.117 0.132 0.063 0.068 9 S 0.014 0.015 0.354 0.011 0.053 0.132 0.002 0.002 0.013 0.141 0.143 0.048 0.073 10 T 0.020 0.014 0.267 0.015 0.069 0.110 0.004 0.002 0.015 0.137 0.212 0.050 0.086 11 K 0.035 0.012 0.282 0.038 0.042 0.046 0.007 0.002 0.022 0.163 0.237 0.043 0.072 12 G 0.055 0.011 0.296 0.043 0.025 0.034 0.008 0.004 0.024 0.185 0.139 0.086 0.089 13 C 0.123 0.014 0.295 0.027 0.019 0.027 0.029 0.008 0.041 0.073 0.062 0.123 0.159 14 A 0.239 0.024 0.082 0.020 0.018 0.022 0.041 0.028 0.057 0.033 0.031 0.115 0.291 15 I 0.350 0.019 0.074 0.055 0.009 0.011 0.052 0.021 0.032 0.023 0.018 0.166 0.169 16 D 0.249 0.007 0.114 0.037 0.009 0.006 0.029 0.010 0.042 0.030 0.014 0.174 0.280 17 I 0.104 0.006 0.177 0.107 0.023 0.012 0.028 0.012 0.077 0.076 0.116 0.060 0.202 18 G 0.119 0.006 0.142 0.169 0.019 0.010 0.021 0.007 0.039 0.103 0.145 0.167 0.053 19 T 0.216 0.011 0.120 0.016 0.027 0.009 0.050 0.010 0.049 0.048 0.034 0.148 0.263 20 V 0.311 0.052 0.058 0.013 0.010 0.005 0.053 0.021 0.052 0.021 0.020 0.110 0.273 21 I 0.176 0.112 0.141 0.027 0.004 0.003 0.023 0.013 0.029 0.035 0.015 0.266 0.154 22 D 0.013 0.017 0.561 0.005 0.009 0.004 0.003 0.001 0.017 0.113 0.039 0.039 0.179 23 N 0.002 0.006 0.182 0.021 0.035 0.010 0.001 0.001 0.004 0.213 0.485 0.016 0.025 24 D 0.001 0.002 0.031 0.018 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.133 0.771 0.007 0.004 25 N 0.006 0.013 0.197 0.007 0.048 0.009 0.001 0.001 0.004 0.272 0.388 0.016 0.039 26 C 0.033 0.037 0.388 0.020 0.024 0.011 0.006 0.001 0.016 0.160 0.120 0.091 0.093 27 T 0.113 0.034 0.180 0.025 0.010 0.012 0.014 0.003 0.041 0.056 0.027 0.090 0.395 28 S 0.315 0.010 0.086 0.045 0.002 0.007 0.030 0.004 0.019 0.022 0.006 0.277 0.177 29 K 0.455 0.003 0.021 0.022 0.001 0.004 0.028 0.003 0.009 0.004 0.002 0.154 0.295 30 F 0.547 0.001 0.011 0.010 0.002 0.010 0.032 0.005 0.009 0.002 0.002 0.092 0.276 31 S 0.483 0.002 0.018 0.069 0.006 0.026 0.028 0.009 0.026 0.005 0.006 0.206 0.116 32 R 0.280 0.004 0.046 0.011 0.022 0.104 0.036 0.013 0.038 0.010 0.025 0.142 0.267 33 F 0.144 0.011 0.115 0.020 0.027 0.169 0.030 0.011 0.078 0.038 0.103 0.060 0.195 34 F 0.054 0.018 0.233 0.014 0.028 0.168 0.006 0.002 0.026 0.103 0.113 0.172 0.062 35 A 0.006 0.013 0.248 0.002 0.023 0.328 0.001 0.001 0.006 0.143 0.169 0.013 0.047 36 T 0.001 0.005 0.339 0.001 0.017 0.448 0.001 0.001 0.002 0.120 0.056 0.005 0.005 37 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.014 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.025 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.029 0.838 0.001 0.001 0.001 0.008 0.109 0.001 0.001 54 A 0.001 0.002 0.106 0.001 0.027 0.623 0.001 0.001 0.002 0.112 0.125 0.001 0.001 55 S 0.001 0.006 0.380 0.001 0.048 0.283 0.001 0.001 0.003 0.119 0.157 0.001 0.002 56 S 0.001 0.006 0.198 0.001 0.117 0.210 0.001 0.001 0.002 0.103 0.360 0.001 0.003 57 A 0.001 0.008 0.204 0.002 0.098 0.132 0.001 0.001 0.004 0.188 0.358 0.004 0.002 58 D 0.001 0.016 0.368 0.002 0.092 0.100 0.001 0.001 0.008 0.214 0.179 0.003 0.016 59 E 0.001 0.014 0.314 0.009 0.047 0.123 0.001 0.001 0.013 0.215 0.230 0.021 0.009 60 G 0.008 0.016 0.312 0.008 0.099 0.100 0.003 0.002 0.027 0.103 0.209 0.011 0.103 61 A 0.035 0.019 0.330 0.036 0.033 0.074 0.008 0.002 0.034 0.126 0.115 0.132 0.056 62 S 0.099 0.021 0.193 0.022 0.023 0.056 0.014 0.004 0.040 0.066 0.042 0.078 0.342 63 V 0.200 0.010 0.113 0.023 0.012 0.044 0.026 0.005 0.027 0.025 0.020 0.272 0.225 64 A 0.245 0.006 0.073 0.052 0.011 0.036 0.014 0.004 0.033 0.018 0.018 0.161 0.327 65 Y 0.331 0.004 0.053 0.029 0.010 0.037 0.015 0.002 0.012 0.017 0.015 0.197 0.279 66 K 0.275 0.004 0.049 0.021 0.010 0.025 0.016 0.002 0.014 0.011 0.012 0.361 0.200 67 I 0.243 0.005 0.041 0.010 0.014 0.035 0.010 0.002 0.016 0.010 0.016 0.084 0.513 68 K 0.158 0.014 0.062 0.031 0.008 0.032 0.006 0.002 0.012 0.026 0.017 0.510 0.122 69 D 0.072 0.015 0.120 0.006 0.029 0.048 0.004 0.001 0.012 0.032 0.045 0.094 0.522 70 L 0.031 0.016 0.217 0.015 0.057 0.085 0.002 0.001 0.013 0.072 0.208 0.123 0.159 71 E 0.021 0.008 0.081 0.067 0.038 0.029 0.002 0.001 0.003 0.119 0.494 0.062 0.075 72 G 0.014 0.004 0.059 0.021 0.022 0.010 0.001 0.001 0.002 0.165 0.603 0.052 0.044 73 Q 0.053 0.015 0.315 0.033 0.015 0.005 0.003 0.001 0.010 0.141 0.140 0.058 0.212 74 V 0.177 0.014 0.158 0.031 0.004 0.001 0.008 0.001 0.012 0.061 0.014 0.365 0.154 75 E 0.424 0.003 0.017 0.011 0.002 0.001 0.025 0.002 0.009 0.006 0.002 0.047 0.451 76 L 0.657 0.001 0.004 0.035 0.001 0.001 0.034 0.004 0.004 0.002 0.001 0.209 0.050 77 D 0.763 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.033 0.004 0.005 0.001 0.001 0.043 0.133 78 A 0.761 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.032 0.005 0.007 0.001 0.001 0.103 0.079 79 A 0.797 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.037 0.004 0.010 0.001 0.001 0.043 0.095 80 F 0.731 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.049 0.008 0.011 0.002 0.001 0.119 0.065 81 T 0.639 0.001 0.012 0.012 0.001 0.001 0.059 0.015 0.028 0.005 0.001 0.087 0.141 82 F 0.528 0.002 0.032 0.016 0.001 0.001 0.054 0.010 0.027 0.010 0.003 0.150 0.167 83 S 0.293 0.004 0.093 0.020 0.002 0.007 0.027 0.006 0.067 0.026 0.012 0.207 0.236 84 C 0.170 0.005 0.138 0.014 0.005 0.020 0.017 0.002 0.034 0.053 0.028 0.114 0.399 85 Q 0.064 0.006 0.154 0.027 0.013 0.086 0.006 0.002 0.031 0.071 0.048 0.386 0.106 86 A 0.054 0.003 0.088 0.008 0.040 0.243 0.004 0.001 0.022 0.027 0.061 0.030 0.418 87 E 0.061 0.003 0.041 0.043 0.023 0.479 0.004 0.002 0.014 0.034 0.051 0.198 0.047 88 M 0.156 0.002 0.028 0.007 0.032 0.430 0.011 0.003 0.014 0.011 0.026 0.031 0.249 89 I 0.191 0.002 0.021 0.016 0.016 0.511 0.017 0.011 0.023 0.007 0.026 0.109 0.048 90 I 0.175 0.002 0.022 0.012 0.016 0.573 0.018 0.017 0.020 0.005 0.032 0.020 0.088 91 F 0.256 0.002 0.018 0.024 0.014 0.465 0.026 0.014 0.015 0.008 0.045 0.079 0.033 92 E 0.134 0.003 0.063 0.008 0.019 0.423 0.024 0.013 0.041 0.015 0.108 0.032 0.118 93 L 0.132 0.009 0.140 0.017 0.015 0.310 0.019 0.011 0.029 0.062 0.104 0.082 0.069 94 S 0.030 0.011 0.417 0.013 0.022 0.188 0.006 0.004 0.033 0.089 0.082 0.053 0.053 95 L 0.007 0.008 0.204 0.003 0.103 0.452 0.003 0.003 0.011 0.054 0.097 0.005 0.050 96 R 0.003 0.007 0.106 0.009 0.189 0.490 0.001 0.002 0.009 0.068 0.092 0.018 0.006 97 S 0.002 0.009 0.123 0.001 0.205 0.414 0.002 0.002 0.013 0.052 0.161 0.004 0.014 98 L 0.001 0.014 0.212 0.003 0.092 0.373 0.002 0.005 0.012 0.115 0.158 0.005 0.009 99 A 0.001 0.010 0.303 0.003 0.148 0.277 0.001 0.002 0.009 0.143 0.092 0.007 0.005