# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.019 0.083 0.104 0.022 0.175 0.058 0.007 0.004 0.003 0.156 0.036 0.260 0.021 0.010 0.011 2 K 0.014 0.214 0.100 0.114 0.002 0.036 0.003 0.052 0.005 0.002 0.073 0.146 0.180 0.001 0.039 0.017 3 D 0.018 0.058 0.054 0.253 0.004 0.093 0.013 0.002 0.042 0.008 0.023 0.067 0.200 0.005 0.002 0.158 4 V 0.079 0.029 0.380 0.125 0.003 0.037 0.017 0.004 0.001 0.001 0.045 0.019 0.240 0.003 0.006 0.012 5 V 0.006 0.073 0.155 0.151 0.006 0.253 0.014 0.009 0.003 0.002 0.024 0.063 0.220 0.006 0.007 0.009 6 D 0.013 0.063 0.037 0.176 0.004 0.100 0.004 0.012 0.006 0.002 0.170 0.040 0.340 0.004 0.009 0.019 7 K 0.018 0.107 0.088 0.207 0.007 0.033 0.016 0.004 0.012 0.003 0.048 0.146 0.247 0.013 0.007 0.044 8 C 0.027 0.031 0.204 0.156 0.010 0.045 0.047 0.009 0.003 0.001 0.023 0.031 0.363 0.010 0.021 0.016 9 S 0.011 0.053 0.137 0.100 0.059 0.141 0.049 0.022 0.007 0.005 0.040 0.027 0.279 0.023 0.014 0.035 10 T 0.021 0.033 0.030 0.103 0.138 0.055 0.099 0.059 0.008 0.010 0.154 0.034 0.099 0.125 0.021 0.012 11 K 0.027 0.138 0.108 0.160 0.006 0.020 0.017 0.098 0.044 0.010 0.025 0.053 0.061 0.004 0.186 0.045 12 G 0.057 0.037 0.189 0.200 0.006 0.019 0.019 0.003 0.082 0.051 0.013 0.016 0.065 0.003 0.005 0.235 13 C 0.271 0.031 0.258 0.229 0.002 0.106 0.003 0.006 0.002 0.003 0.009 0.013 0.054 0.001 0.004 0.009 14 A 0.014 0.104 0.252 0.412 0.011 0.066 0.004 0.003 0.007 0.003 0.063 0.014 0.036 0.002 0.002 0.008 15 I 0.012 0.059 0.053 0.790 0.007 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.031 0.016 0.001 0.001 0.002 16 D 0.003 0.014 0.061 0.323 0.281 0.185 0.052 0.005 0.001 0.002 0.007 0.008 0.025 0.030 0.001 0.002 17 I 0.009 0.100 0.044 0.465 0.007 0.021 0.004 0.200 0.005 0.001 0.061 0.005 0.020 0.001 0.053 0.002 18 G 0.005 0.044 0.037 0.584 0.004 0.026 0.002 0.002 0.099 0.082 0.005 0.035 0.020 0.001 0.001 0.053 19 T 0.247 0.013 0.102 0.508 0.006 0.050 0.002 0.003 0.002 0.001 0.010 0.008 0.040 0.001 0.001 0.007 20 V 0.007 0.060 0.260 0.541 0.019 0.051 0.005 0.003 0.002 0.001 0.017 0.009 0.016 0.003 0.001 0.006 21 I 0.006 0.155 0.070 0.654 0.025 0.038 0.007 0.011 0.001 0.002 0.003 0.010 0.009 0.002 0.002 0.005 22 D 0.002 0.012 0.013 0.041 0.048 0.821 0.008 0.016 0.003 0.003 0.009 0.005 0.012 0.002 0.002 0.004 23 N 0.003 0.020 0.003 0.004 0.020 0.024 0.006 0.009 0.001 0.001 0.891 0.004 0.004 0.003 0.002 0.004 24 D 0.011 0.170 0.009 0.011 0.004 0.012 0.006 0.055 0.015 0.005 0.048 0.582 0.007 0.010 0.050 0.005 25 N 0.038 0.083 0.215 0.030 0.001 0.018 0.013 0.012 0.095 0.010 0.016 0.037 0.062 0.002 0.109 0.258 26 C 0.267 0.035 0.366 0.039 0.001 0.037 0.012 0.003 0.010 0.004 0.016 0.015 0.062 0.002 0.005 0.129 27 T 0.107 0.088 0.588 0.098 0.001 0.048 0.004 0.002 0.002 0.001 0.014 0.012 0.022 0.001 0.005 0.007 28 S 0.013 0.050 0.287 0.493 0.004 0.070 0.002 0.002 0.003 0.001 0.018 0.025 0.024 0.001 0.001 0.005 29 K 0.009 0.066 0.090 0.772 0.004 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.001 0.001 0.004 30 F 0.006 0.010 0.056 0.611 0.017 0.221 0.006 0.005 0.001 0.001 0.021 0.009 0.033 0.001 0.001 0.001 31 S 0.002 0.233 0.040 0.641 0.002 0.017 0.001 0.011 0.003 0.001 0.011 0.013 0.021 0.001 0.001 0.002 32 R 0.005 0.008 0.015 0.812 0.006 0.071 0.002 0.001 0.005 0.003 0.010 0.020 0.039 0.001 0.001 0.004 33 F 0.021 0.057 0.241 0.449 0.017 0.051 0.007 0.007 0.002 0.001 0.020 0.021 0.093 0.003 0.002 0.009 34 F 0.005 0.025 0.034 0.324 0.015 0.404 0.011 0.008 0.003 0.003 0.026 0.020 0.110 0.003 0.003 0.006 35 A 0.005 0.352 0.097 0.188 0.007 0.057 0.004 0.022 0.003 0.006 0.084 0.042 0.089 0.002 0.007 0.034 36 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.807 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.097 0.064 0.001 0.001 0.001 37 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.010 0.068 0.001 0.001 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.958 0.031 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.002 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.003 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.005 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.003 0.006 53 A 0.004 0.004 0.004 0.007 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.735 0.068 0.005 0.150 54 A 0.012 0.007 0.264 0.006 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.480 0.017 0.112 0.048 55 S 0.008 0.045 0.182 0.028 0.002 0.057 0.047 0.003 0.001 0.002 0.006 0.015 0.452 0.024 0.022 0.106 56 S 0.038 0.031 0.044 0.040 0.006 0.152 0.017 0.014 0.003 0.002 0.119 0.015 0.419 0.045 0.030 0.027 57 A 0.016 0.156 0.062 0.043 0.005 0.029 0.013 0.010 0.009 0.002 0.229 0.130 0.188 0.014 0.035 0.059 58 D 0.025 0.071 0.100 0.055 0.045 0.034 0.194 0.006 0.006 0.003 0.028 0.105 0.151 0.131 0.017 0.030 59 E 0.033 0.043 0.237 0.067 0.006 0.045 0.045 0.090 0.004 0.002 0.032 0.016 0.152 0.008 0.194 0.027 60 G 0.029 0.079 0.151 0.126 0.007 0.061 0.020 0.013 0.102 0.041 0.043 0.036 0.105 0.008 0.019 0.160 61 A 0.348 0.053 0.111 0.307 0.001 0.020 0.003 0.005 0.010 0.003 0.022 0.041 0.051 0.001 0.006 0.020 62 S 0.021 0.054 0.470 0.353 0.004 0.035 0.006 0.001 0.004 0.001 0.004 0.011 0.021 0.001 0.001 0.012 63 V 0.014 0.020 0.120 0.734 0.003 0.066 0.002 0.004 0.001 0.001 0.009 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 64 A 0.003 0.070 0.065 0.689 0.012 0.107 0.002 0.004 0.004 0.001 0.008 0.013 0.019 0.001 0.001 0.003 65 Y 0.008 0.017 0.015 0.870 0.003 0.021 0.001 0.005 0.002 0.001 0.027 0.010 0.019 0.001 0.001 0.001 66 K 0.004 0.050 0.063 0.662 0.006 0.100 0.002 0.003 0.006 0.002 0.007 0.041 0.046 0.001 0.001 0.007 67 I 0.013 0.018 0.051 0.460 0.042 0.157 0.012 0.006 0.002 0.002 0.087 0.015 0.125 0.006 0.002 0.002 68 K 0.003 0.175 0.052 0.355 0.007 0.076 0.003 0.049 0.004 0.002 0.036 0.095 0.126 0.002 0.010 0.005 69 D 0.007 0.050 0.014 0.176 0.030 0.187 0.016 0.006 0.029 0.008 0.077 0.046 0.281 0.004 0.002 0.066 70 L 0.018 0.014 0.044 0.022 0.278 0.019 0.225 0.008 0.001 0.001 0.097 0.024 0.100 0.139 0.003 0.005 71 E 0.003 0.029 0.030 0.018 0.017 0.014 0.033 0.370 0.004 0.002 0.012 0.029 0.036 0.036 0.364 0.003 72 G 0.007 0.033 0.018 0.028 0.001 0.020 0.005 0.028 0.194 0.097 0.013 0.010 0.047 0.003 0.067 0.431 73 Q 0.524 0.042 0.104 0.050 0.001 0.003 0.004 0.001 0.045 0.005 0.005 0.005 0.013 0.001 0.004 0.194 74 V 0.149 0.014 0.732 0.084 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 75 E 0.006 0.055 0.553 0.348 0.005 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 76 L 0.003 0.018 0.018 0.939 0.002 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.001 0.035 0.037 0.915 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 A 0.005 0.003 0.019 0.907 0.017 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.001 0.068 0.019 0.902 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.001 0.003 0.005 0.827 0.026 0.126 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 T 0.004 0.105 0.031 0.828 0.010 0.007 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 F 0.003 0.004 0.005 0.832 0.024 0.098 0.001 0.007 0.004 0.007 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 83 S 0.008 0.147 0.050 0.676 0.034 0.031 0.003 0.010 0.006 0.003 0.011 0.014 0.004 0.001 0.001 0.003 84 C 0.013 0.011 0.016 0.652 0.028 0.137 0.003 0.029 0.012 0.010 0.050 0.022 0.014 0.001 0.002 0.001 85 Q 0.011 0.158 0.084 0.541 0.004 0.059 0.002 0.011 0.013 0.007 0.025 0.046 0.024 0.001 0.001 0.014 86 A 0.043 0.018 0.026 0.495 0.007 0.179 0.002 0.005 0.009 0.007 0.083 0.062 0.061 0.001 0.001 0.002 87 E 0.009 0.217 0.124 0.485 0.002 0.016 0.001 0.003 0.003 0.001 0.016 0.071 0.048 0.001 0.001 0.003 88 M 0.004 0.011 0.044 0.877 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.037 0.001 0.001 0.002 89 I 0.003 0.008 0.246 0.501 0.012 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.104 0.001 0.001 0.001 90 I 0.001 0.026 0.012 0.906 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.036 0.001 0.001 0.001 91 F 0.001 0.009 0.014 0.686 0.007 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.171 0.001 0.001 0.002 92 E 0.005 0.029 0.038 0.354 0.071 0.080 0.013 0.006 0.001 0.001 0.035 0.014 0.334 0.014 0.001 0.004 93 L 0.003 0.037 0.020 0.304 0.008 0.082 0.002 0.053 0.003 0.003 0.081 0.063 0.306 0.002 0.030 0.003 94 S 0.003 0.051 0.014 0.139 0.012 0.064 0.006 0.003 0.015 0.017 0.027 0.118 0.466 0.007 0.002 0.056 95 L 0.048 0.017 0.028 0.091 0.004 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.052 0.024 0.675 0.006 0.007 0.011 96 R 0.004 0.038 0.115 0.078 0.002 0.023 0.008 0.004 0.002 0.002 0.016 0.057 0.619 0.004 0.008 0.019 97 S 0.007 0.018 0.021 0.061 0.007 0.078 0.008 0.003 0.002 0.002 0.019 0.033 0.702 0.013 0.004 0.020 98 L 0.008 0.027 0.040 0.064 0.021 0.025 0.027 0.006 0.002 0.002 0.111 0.034 0.548 0.046 0.015 0.023 99 A 0.013 0.048 0.050 0.068 0.010 0.029 0.040 0.017 0.004 0.004 0.025 0.107 0.455 0.037 0.064 0.029