# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.166 0.334 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.059 0.057 0.353 2 K 0.074 0.259 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.045 0.079 0.499 3 D 0.101 0.274 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.062 0.063 0.437 4 V 0.118 0.379 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.055 0.071 0.331 5 V 0.097 0.183 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.266 0.066 0.323 6 D 0.048 0.104 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.500 0.050 0.247 7 K 0.087 0.122 0.033 0.001 0.008 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.277 0.085 0.302 8 C 0.064 0.065 0.047 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.130 0.092 0.517 9 S 0.235 0.028 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.057 0.070 0.533 10 T 0.069 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.035 0.093 0.743 11 K 0.034 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.031 0.098 0.675 12 G 0.035 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.060 0.091 0.604 13 C 0.028 0.033 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.011 0.010 0.009 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.400 0.125 0.077 0.286 14 A 0.010 0.013 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.009 0.004 0.004 0.003 0.418 0.092 0.079 0.345 15 I 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.006 0.004 0.639 0.034 0.062 0.216 16 D 0.046 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.005 0.602 0.055 0.062 0.182 17 I 0.007 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.487 0.031 0.099 0.340 18 G 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.853 0.021 0.019 0.082 19 T 0.017 0.012 0.003 0.001 0.008 0.021 0.021 0.008 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.686 0.073 0.028 0.102 20 V 0.014 0.008 0.008 0.003 0.060 0.100 0.095 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.482 0.059 0.037 0.109 21 I 0.021 0.008 0.013 0.003 0.082 0.027 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.374 0.059 0.074 0.307 22 D 0.133 0.007 0.012 0.001 0.033 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.098 0.097 0.467 23 N 0.197 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.049 0.099 0.615 24 D 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.040 0.114 0.766 25 N 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.049 0.121 0.691 26 C 0.010 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.064 0.026 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.220 0.111 0.093 0.372 27 T 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.031 0.052 0.005 0.038 0.010 0.005 0.005 0.166 0.107 0.080 0.440 28 S 0.005 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.058 0.060 0.024 0.008 0.441 0.059 0.061 0.240 29 K 0.021 0.096 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.048 0.060 0.018 0.317 0.090 0.050 0.264 30 F 0.032 0.100 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.584 0.075 0.037 0.145 31 S 0.053 0.123 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.387 0.086 0.053 0.287 32 R 0.027 0.033 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.486 0.178 0.042 0.222 33 F 0.029 0.095 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.224 0.131 0.089 0.421 34 F 0.094 0.232 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.038 0.082 0.410 35 A 0.014 0.525 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.036 0.039 0.369 36 T 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 37 R 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 38 E 0.003 0.474 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.513 0.002 0.008 39 E 0.001 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.003 40 A 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 41 E 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.001 42 S 0.001 0.739 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.004 0.014 43 F 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 44 M 0.005 0.887 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.002 0.010 45 T 0.003 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 0.028 46 K 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.021 47 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 48 K 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.005 49 E 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.017 50 L 0.029 0.879 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.006 0.030 51 A 0.125 0.262 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.482 0.027 0.080 52 A 0.143 0.116 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.166 0.080 0.486 53 A 0.026 0.069 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.043 0.111 0.732 54 A 0.065 0.047 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.069 0.136 0.635 55 S 0.497 0.042 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.063 0.070 0.317 56 S 0.082 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.092 0.785 57 A 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.085 0.836 58 D 0.231 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.069 0.072 0.569 59 E 0.080 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.077 0.103 0.638 60 G 0.022 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.102 0.035 0.076 0.721 61 A 0.017 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.002 0.007 0.007 0.004 0.002 0.485 0.053 0.060 0.298 62 S 0.023 0.045 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.006 0.006 0.008 0.007 0.319 0.095 0.069 0.403 63 V 0.019 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.003 0.620 0.046 0.043 0.208 64 A 0.022 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.449 0.051 0.055 0.338 65 Y 0.021 0.035 0.007 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.517 0.048 0.060 0.299 66 K 0.051 0.110 0.006 0.002 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.394 0.061 0.056 0.304 67 I 0.207 0.141 0.005 0.003 0.006 0.038 0.047 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.050 0.062 0.310 68 K 0.057 0.048 0.038 0.004 0.150 0.070 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.079 0.052 0.375 69 D 0.096 0.028 0.050 0.001 0.053 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.079 0.055 0.544 70 L 0.841 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.010 0.105 71 E 0.135 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.050 0.059 0.735 72 G 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.018 0.065 0.780 73 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.062 0.029 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.172 0.089 0.063 0.408 74 V 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.066 0.033 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.468 0.077 0.053 0.206 75 E 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.019 0.005 0.158 0.063 0.024 0.009 0.383 0.072 0.029 0.221 76 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.108 0.062 0.010 0.615 0.052 0.013 0.082 77 D 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.036 0.017 0.590 0.135 0.021 0.167 78 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.888 0.028 0.013 0.066 79 A 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.657 0.045 0.026 0.259 80 F 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.820 0.043 0.023 0.097 81 T 0.014 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.467 0.118 0.041 0.311 82 F 0.028 0.249 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.365 0.066 0.042 0.244 83 S 0.037 0.606 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.087 0.023 0.158 84 C 0.012 0.778 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.052 0.017 0.084 85 Q 0.012 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.030 0.004 0.015 86 A 0.012 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.047 0.005 0.014 87 E 0.012 0.896 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.035 0.005 0.020 88 M 0.004 0.793 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.063 0.012 0.039 89 I 0.025 0.829 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.041 0.008 0.025 90 I 0.019 0.430 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.229 0.029 0.080 91 F 0.047 0.341 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.149 0.040 0.260 92 E 0.041 0.422 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.059 0.058 0.233 93 L 0.025 0.154 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.171 0.098 0.404 94 S 0.045 0.322 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.150 0.074 0.290 95 L 0.186 0.254 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.027 0.091 0.401 96 R 0.130 0.056 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.070 0.089 0.564 97 S 0.111 0.050 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.066 0.087 0.633 98 L 0.205 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.035 0.105 0.610 99 A 0.042 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.026 0.136 0.753