# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.160 0.237 0.004 0.013 0.019 0.022 0.066 0.012 0.002 0.042 0.423 2 K 0.046 0.209 0.004 0.010 0.026 0.042 0.083 0.005 0.001 0.063 0.511 3 D 0.047 0.401 0.003 0.011 0.011 0.024 0.047 0.005 0.001 0.051 0.400 4 V 0.064 0.549 0.004 0.007 0.012 0.015 0.041 0.011 0.001 0.043 0.254 5 V 0.129 0.257 0.010 0.009 0.020 0.030 0.058 0.016 0.004 0.199 0.266 6 D 0.130 0.091 0.014 0.018 0.018 0.032 0.069 0.006 0.005 0.312 0.305 7 K 0.082 0.093 0.016 0.039 0.018 0.026 0.098 0.009 0.004 0.143 0.472 8 C 0.122 0.072 0.024 0.038 0.022 0.035 0.112 0.016 0.004 0.106 0.450 9 S 0.092 0.040 0.007 0.025 0.014 0.034 0.118 0.005 0.002 0.068 0.596 10 T 0.033 0.043 0.003 0.046 0.020 0.037 0.107 0.003 0.001 0.035 0.673 11 K 0.027 0.042 0.003 0.103 0.043 0.093 0.154 0.004 0.001 0.058 0.473 12 G 0.030 0.024 0.003 0.144 0.063 0.104 0.141 0.002 0.001 0.091 0.398 13 C 0.016 0.018 0.001 0.391 0.096 0.135 0.064 0.002 0.001 0.034 0.242 14 A 0.022 0.014 0.003 0.288 0.062 0.136 0.079 0.003 0.001 0.056 0.335 15 I 0.024 0.006 0.002 0.237 0.137 0.151 0.104 0.002 0.001 0.081 0.254 16 D 0.068 0.025 0.003 0.225 0.098 0.193 0.070 0.004 0.001 0.081 0.233 17 I 0.014 0.012 0.001 0.069 0.094 0.172 0.148 0.002 0.001 0.039 0.450 18 G 0.017 0.012 0.002 0.083 0.158 0.302 0.084 0.003 0.001 0.051 0.286 19 T 0.018 0.005 0.001 0.071 0.183 0.414 0.055 0.002 0.001 0.059 0.190 20 V 0.009 0.002 0.002 0.062 0.211 0.327 0.054 0.001 0.001 0.055 0.277 21 I 0.039 0.002 0.004 0.050 0.224 0.246 0.065 0.001 0.001 0.057 0.313 22 D 0.281 0.003 0.002 0.018 0.047 0.055 0.066 0.003 0.001 0.052 0.473 23 N 0.249 0.002 0.001 0.008 0.015 0.014 0.089 0.002 0.001 0.057 0.563 24 D 0.016 0.002 0.002 0.015 0.023 0.026 0.124 0.001 0.001 0.040 0.752 25 N 0.012 0.003 0.001 0.015 0.060 0.058 0.105 0.001 0.001 0.046 0.698 26 C 0.012 0.006 0.001 0.035 0.290 0.256 0.065 0.002 0.001 0.050 0.283 27 T 0.005 0.008 0.001 0.041 0.160 0.258 0.060 0.001 0.001 0.113 0.355 28 S 0.001 0.004 0.001 0.053 0.385 0.407 0.022 0.001 0.001 0.033 0.094 29 K 0.007 0.032 0.001 0.048 0.284 0.443 0.022 0.001 0.001 0.028 0.136 30 F 0.015 0.030 0.001 0.040 0.317 0.352 0.038 0.002 0.001 0.031 0.175 31 S 0.030 0.059 0.002 0.068 0.170 0.303 0.051 0.003 0.001 0.063 0.251 32 R 0.028 0.030 0.004 0.120 0.112 0.218 0.075 0.003 0.001 0.165 0.245 33 F 0.039 0.045 0.003 0.088 0.075 0.100 0.103 0.004 0.001 0.101 0.442 34 F 0.101 0.139 0.003 0.058 0.063 0.046 0.085 0.005 0.001 0.080 0.420 35 A 0.009 0.223 0.001 0.012 0.009 0.017 0.060 0.004 0.001 0.136 0.529 36 T 0.008 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 0.026 37 R 0.007 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.007 38 E 0.002 0.395 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.590 0.007 39 E 0.002 0.614 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.377 0.004 40 A 0.001 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 41 E 0.001 0.130 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.860 0.003 42 S 0.009 0.653 0.009 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.005 0.273 0.036 43 F 0.020 0.871 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.002 0.064 0.021 44 M 0.018 0.892 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.002 0.049 0.016 45 T 0.006 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.023 0.074 46 K 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 0.027 47 L 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.005 48 K 0.017 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.011 49 E 0.013 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.027 0.023 50 L 0.035 0.877 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.004 0.036 0.024 51 A 0.131 0.459 0.072 0.003 0.001 0.002 0.016 0.065 0.026 0.144 0.082 52 A 0.153 0.113 0.016 0.005 0.003 0.005 0.048 0.007 0.007 0.272 0.370 53 A 0.032 0.089 0.011 0.009 0.005 0.005 0.061 0.004 0.003 0.093 0.688 54 A 0.047 0.105 0.024 0.010 0.008 0.008 0.131 0.015 0.005 0.087 0.561 55 S 0.333 0.063 0.012 0.008 0.003 0.004 0.082 0.026 0.014 0.064 0.393 56 S 0.211 0.035 0.005 0.005 0.002 0.003 0.070 0.006 0.002 0.032 0.627 57 A 0.050 0.030 0.003 0.011 0.003 0.006 0.098 0.003 0.001 0.032 0.764 58 D 0.116 0.039 0.005 0.013 0.005 0.009 0.130 0.005 0.001 0.077 0.599 59 E 0.050 0.076 0.003 0.036 0.011 0.021 0.147 0.005 0.001 0.056 0.595 60 G 0.036 0.082 0.002 0.027 0.016 0.042 0.097 0.004 0.001 0.048 0.645 61 A 0.020 0.063 0.002 0.064 0.121 0.184 0.096 0.002 0.001 0.048 0.399 62 S 0.021 0.066 0.004 0.078 0.100 0.241 0.058 0.003 0.001 0.068 0.361 63 V 0.036 0.054 0.001 0.085 0.238 0.263 0.051 0.003 0.001 0.028 0.240 64 A 0.040 0.054 0.003 0.076 0.168 0.240 0.051 0.003 0.001 0.050 0.315 65 Y 0.010 0.022 0.001 0.037 0.258 0.314 0.056 0.001 0.001 0.030 0.270 66 K 0.053 0.081 0.002 0.053 0.143 0.289 0.048 0.004 0.001 0.032 0.294 67 I 0.094 0.030 0.003 0.019 0.122 0.142 0.077 0.005 0.001 0.040 0.468 68 K 0.025 0.009 0.010 0.026 0.196 0.267 0.069 0.002 0.002 0.048 0.346 69 D 0.222 0.012 0.008 0.015 0.058 0.099 0.049 0.005 0.002 0.051 0.478 70 L 0.549 0.009 0.003 0.007 0.030 0.020 0.044 0.003 0.001 0.023 0.312 71 E 0.036 0.010 0.002 0.006 0.022 0.029 0.072 0.002 0.001 0.019 0.803 72 G 0.024 0.014 0.002 0.019 0.055 0.109 0.073 0.001 0.001 0.021 0.682 73 Q 0.009 0.006 0.001 0.021 0.148 0.155 0.094 0.001 0.001 0.039 0.526 74 V 0.003 0.004 0.001 0.035 0.435 0.341 0.028 0.001 0.001 0.020 0.133 75 E 0.007 0.013 0.001 0.061 0.224 0.464 0.025 0.001 0.001 0.043 0.162 76 L 0.007 0.007 0.001 0.082 0.313 0.343 0.035 0.001 0.001 0.023 0.189 77 D 0.006 0.004 0.001 0.088 0.290 0.460 0.019 0.001 0.001 0.043 0.089 78 A 0.005 0.005 0.001 0.129 0.284 0.399 0.032 0.001 0.001 0.025 0.120 79 A 0.006 0.007 0.001 0.110 0.239 0.349 0.051 0.001 0.001 0.056 0.180 80 F 0.005 0.014 0.001 0.115 0.303 0.300 0.045 0.001 0.001 0.039 0.176 81 T 0.014 0.066 0.001 0.093 0.196 0.277 0.045 0.002 0.001 0.069 0.236 82 F 0.019 0.207 0.002 0.058 0.136 0.137 0.058 0.004 0.001 0.072 0.307 83 S 0.018 0.560 0.003 0.019 0.087 0.095 0.025 0.003 0.001 0.056 0.134 84 C 0.017 0.751 0.003 0.010 0.038 0.044 0.013 0.002 0.001 0.047 0.075 85 Q 0.009 0.904 0.001 0.003 0.012 0.027 0.004 0.001 0.001 0.016 0.022 86 A 0.013 0.935 0.001 0.001 0.007 0.013 0.003 0.002 0.001 0.007 0.017 87 E 0.011 0.760 0.003 0.004 0.052 0.098 0.005 0.001 0.001 0.042 0.023 88 M 0.011 0.786 0.002 0.006 0.019 0.077 0.007 0.001 0.001 0.046 0.045 89 I 0.018 0.654 0.004 0.012 0.123 0.108 0.010 0.002 0.001 0.031 0.036 90 I 0.020 0.226 0.010 0.030 0.112 0.236 0.017 0.005 0.002 0.279 0.063 91 F 0.031 0.328 0.006 0.051 0.172 0.146 0.029 0.003 0.001 0.104 0.128 92 E 0.043 0.493 0.006 0.020 0.100 0.099 0.018 0.008 0.001 0.065 0.148 93 L 0.077 0.157 0.014 0.035 0.091 0.078 0.055 0.010 0.003 0.309 0.172 94 S 0.044 0.192 0.015 0.029 0.082 0.100 0.069 0.007 0.004 0.100 0.359 95 L 0.122 0.180 0.008 0.024 0.031 0.039 0.062 0.015 0.002 0.042 0.474 96 R 0.138 0.044 0.017 0.016 0.043 0.041 0.107 0.013 0.006 0.094 0.481 97 S 0.169 0.053 0.007 0.014 0.014 0.025 0.078 0.006 0.002 0.043 0.588 98 L 0.110 0.027 0.003 0.010 0.007 0.011 0.088 0.004 0.001 0.025 0.714 99 A 0.041 0.012 0.003 0.012 0.014 0.024 0.163 0.003 0.001 0.026 0.702