# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.123 0.011 0.014 0.022 0.079 0.077 0.536 2 K 0.056 0.129 0.012 0.021 0.025 0.089 0.045 0.622 3 D 0.033 0.192 0.015 0.019 0.033 0.075 0.061 0.572 4 V 0.061 0.345 0.011 0.019 0.026 0.064 0.064 0.411 5 V 0.139 0.189 0.019 0.022 0.023 0.060 0.278 0.271 6 D 0.073 0.089 0.023 0.014 0.020 0.066 0.453 0.263 7 K 0.080 0.094 0.043 0.020 0.028 0.106 0.211 0.417 8 C 0.103 0.089 0.082 0.036 0.037 0.102 0.166 0.385 9 S 0.128 0.065 0.030 0.028 0.052 0.105 0.078 0.513 10 T 0.069 0.057 0.029 0.029 0.051 0.115 0.065 0.585 11 K 0.032 0.059 0.055 0.054 0.121 0.141 0.064 0.474 12 G 0.028 0.043 0.072 0.054 0.110 0.112 0.069 0.512 13 C 0.026 0.082 0.118 0.133 0.155 0.079 0.064 0.342 14 A 0.031 0.025 0.154 0.079 0.151 0.077 0.123 0.360 15 I 0.040 0.017 0.143 0.129 0.132 0.096 0.101 0.342 16 D 0.049 0.025 0.181 0.087 0.169 0.092 0.117 0.281 17 I 0.025 0.024 0.094 0.064 0.113 0.119 0.074 0.486 18 G 0.021 0.017 0.150 0.097 0.250 0.098 0.066 0.302 19 T 0.013 0.010 0.169 0.176 0.189 0.080 0.090 0.273 20 V 0.012 0.004 0.179 0.122 0.187 0.101 0.079 0.315 21 I 0.024 0.004 0.138 0.080 0.115 0.123 0.060 0.455 22 D 0.339 0.023 0.031 0.025 0.031 0.096 0.106 0.349 23 N 0.165 0.026 0.012 0.010 0.017 0.106 0.104 0.559 24 D 0.035 0.015 0.017 0.028 0.053 0.143 0.088 0.622 25 N 0.038 0.032 0.026 0.075 0.099 0.123 0.111 0.496 26 C 0.032 0.054 0.030 0.159 0.184 0.096 0.101 0.344 27 T 0.027 0.032 0.027 0.139 0.253 0.066 0.118 0.337 28 S 0.007 0.022 0.034 0.255 0.479 0.029 0.037 0.138 29 K 0.011 0.090 0.038 0.215 0.338 0.037 0.052 0.219 30 F 0.017 0.085 0.042 0.283 0.342 0.030 0.048 0.153 31 S 0.045 0.099 0.053 0.146 0.226 0.053 0.122 0.256 32 R 0.034 0.026 0.074 0.181 0.305 0.047 0.163 0.170 33 F 0.036 0.036 0.073 0.085 0.096 0.073 0.149 0.453 34 F 0.066 0.105 0.039 0.035 0.049 0.112 0.061 0.534 35 A 0.011 0.155 0.023 0.010 0.018 0.093 0.097 0.592 36 T 0.013 0.772 0.001 0.001 0.001 0.007 0.153 0.052 37 R 0.008 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.012 38 E 0.009 0.631 0.001 0.001 0.001 0.005 0.331 0.022 39 E 0.002 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.008 40 A 0.002 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.003 41 E 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 42 S 0.001 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.002 43 F 0.002 0.775 0.009 0.001 0.001 0.001 0.208 0.004 44 M 0.012 0.877 0.016 0.001 0.001 0.003 0.084 0.007 45 T 0.008 0.925 0.002 0.001 0.001 0.006 0.018 0.041 46 K 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.023 47 L 0.002 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 48 K 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 49 E 0.020 0.921 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.041 50 L 0.049 0.822 0.008 0.001 0.001 0.010 0.052 0.059 51 A 0.138 0.172 0.020 0.001 0.001 0.027 0.547 0.094 52 A 0.058 0.152 0.013 0.001 0.001 0.079 0.313 0.382 53 A 0.027 0.206 0.023 0.002 0.004 0.078 0.082 0.578 54 A 0.113 0.145 0.107 0.008 0.009 0.082 0.161 0.375 55 S 0.411 0.067 0.022 0.005 0.006 0.071 0.058 0.360 56 S 0.107 0.037 0.007 0.002 0.004 0.058 0.025 0.758 57 A 0.036 0.019 0.012 0.002 0.004 0.121 0.027 0.779 58 D 0.069 0.027 0.018 0.007 0.007 0.144 0.081 0.646 59 E 0.052 0.041 0.018 0.011 0.022 0.096 0.074 0.686 60 G 0.060 0.040 0.024 0.015 0.026 0.101 0.051 0.682 61 A 0.032 0.045 0.113 0.077 0.124 0.098 0.054 0.456 62 S 0.025 0.029 0.087 0.033 0.067 0.084 0.082 0.592 63 V 0.037 0.047 0.118 0.165 0.135 0.077 0.064 0.358 64 A 0.043 0.050 0.076 0.053 0.126 0.078 0.072 0.503 65 Y 0.041 0.037 0.059 0.156 0.140 0.092 0.056 0.419 66 K 0.025 0.056 0.062 0.095 0.235 0.069 0.051 0.406 67 I 0.054 0.036 0.033 0.088 0.085 0.099 0.068 0.537 68 K 0.024 0.021 0.058 0.117 0.162 0.087 0.057 0.475 69 D 0.113 0.014 0.017 0.034 0.056 0.074 0.085 0.608 70 L 0.390 0.009 0.008 0.021 0.018 0.060 0.088 0.406 71 E 0.041 0.004 0.006 0.009 0.015 0.093 0.023 0.810 72 G 0.019 0.005 0.015 0.031 0.072 0.114 0.028 0.715 73 Q 0.005 0.003 0.039 0.073 0.201 0.100 0.035 0.544 74 V 0.002 0.001 0.047 0.432 0.283 0.037 0.043 0.155 75 E 0.003 0.003 0.079 0.197 0.397 0.036 0.045 0.240 76 L 0.002 0.001 0.059 0.448 0.384 0.016 0.024 0.066 77 D 0.003 0.001 0.086 0.260 0.442 0.022 0.053 0.133 78 A 0.001 0.001 0.036 0.398 0.503 0.010 0.011 0.041 79 A 0.003 0.002 0.105 0.328 0.317 0.032 0.050 0.164 80 F 0.003 0.003 0.050 0.340 0.471 0.022 0.022 0.090 81 T 0.012 0.013 0.069 0.213 0.265 0.049 0.090 0.289 82 F 0.008 0.019 0.042 0.303 0.454 0.025 0.026 0.122 83 S 0.010 0.099 0.031 0.168 0.214 0.053 0.068 0.358 84 C 0.009 0.339 0.030 0.106 0.171 0.044 0.098 0.203 85 Q 0.012 0.682 0.008 0.048 0.071 0.014 0.101 0.063 86 A 0.005 0.805 0.006 0.026 0.055 0.011 0.041 0.049 87 E 0.004 0.468 0.019 0.068 0.184 0.010 0.194 0.053 88 M 0.002 0.821 0.010 0.028 0.091 0.003 0.018 0.028 89 I 0.002 0.782 0.008 0.064 0.120 0.002 0.006 0.016 90 I 0.014 0.180 0.070 0.154 0.092 0.013 0.393 0.083 91 F 0.018 0.377 0.050 0.132 0.200 0.014 0.150 0.061 92 E 0.060 0.424 0.045 0.068 0.078 0.035 0.098 0.192 93 L 0.078 0.180 0.091 0.086 0.072 0.053 0.235 0.204 94 S 0.081 0.295 0.039 0.027 0.046 0.061 0.152 0.299 95 L 0.105 0.234 0.041 0.028 0.038 0.087 0.078 0.388 96 R 0.101 0.150 0.056 0.030 0.036 0.112 0.082 0.434 97 S 0.176 0.087 0.023 0.016 0.032 0.093 0.086 0.487 98 L 0.116 0.028 0.028 0.015 0.025 0.118 0.112 0.559 99 A 0.050 0.019 0.029 0.015 0.024 0.157 0.072 0.635