# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.186 0.133 0.064 0.103 0.097 0.093 0.138 0.083 0.054 0.034 0.015 2 K 0.343 0.146 0.115 0.149 0.092 0.057 0.055 0.024 0.012 0.006 0.003 3 D 0.334 0.220 0.165 0.158 0.065 0.025 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 4 V 0.034 0.042 0.037 0.063 0.079 0.111 0.195 0.148 0.137 0.101 0.053 5 V 0.107 0.155 0.117 0.187 0.140 0.097 0.097 0.053 0.026 0.016 0.005 6 D 0.143 0.159 0.325 0.210 0.080 0.041 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 7 K 0.193 0.122 0.156 0.199 0.125 0.071 0.069 0.039 0.015 0.008 0.004 8 C 0.035 0.033 0.033 0.058 0.064 0.093 0.187 0.176 0.145 0.114 0.062 9 S 0.055 0.102 0.174 0.209 0.164 0.101 0.087 0.056 0.029 0.016 0.008 10 T 0.108 0.090 0.202 0.154 0.112 0.091 0.100 0.067 0.038 0.025 0.013 11 K 0.069 0.057 0.066 0.123 0.122 0.120 0.185 0.123 0.075 0.039 0.022 12 G 0.109 0.064 0.049 0.091 0.085 0.078 0.139 0.123 0.116 0.084 0.061 13 C 0.018 0.019 0.029 0.052 0.075 0.078 0.140 0.159 0.169 0.138 0.124 14 A 0.038 0.051 0.064 0.126 0.144 0.116 0.153 0.110 0.093 0.063 0.041 15 I 0.016 0.014 0.028 0.051 0.072 0.078 0.176 0.177 0.171 0.125 0.094 16 D 0.025 0.063 0.066 0.174 0.176 0.117 0.139 0.098 0.072 0.045 0.026 17 I 0.002 0.003 0.005 0.009 0.013 0.020 0.061 0.108 0.250 0.286 0.244 18 G 0.020 0.034 0.034 0.114 0.154 0.153 0.168 0.107 0.099 0.068 0.049 19 T 0.012 0.014 0.034 0.043 0.055 0.051 0.107 0.153 0.170 0.204 0.158 20 V 0.003 0.004 0.007 0.018 0.036 0.092 0.133 0.112 0.225 0.227 0.143 21 I 0.002 0.003 0.004 0.008 0.017 0.019 0.071 0.113 0.223 0.248 0.291 22 D 0.026 0.138 0.144 0.254 0.170 0.104 0.080 0.035 0.026 0.015 0.007 23 N 0.159 0.172 0.081 0.171 0.126 0.098 0.102 0.043 0.026 0.013 0.009 24 D 0.669 0.130 0.024 0.068 0.036 0.022 0.024 0.015 0.007 0.004 0.002 25 N 0.292 0.211 0.054 0.153 0.094 0.061 0.057 0.035 0.020 0.015 0.009 26 C 0.029 0.040 0.021 0.047 0.064 0.163 0.186 0.119 0.144 0.123 0.066 27 T 0.109 0.183 0.093 0.204 0.152 0.103 0.080 0.039 0.021 0.011 0.006 28 S 0.073 0.036 0.059 0.076 0.079 0.126 0.185 0.135 0.112 0.075 0.043 29 K 0.125 0.221 0.100 0.284 0.138 0.054 0.041 0.020 0.010 0.004 0.002 30 F 0.003 0.003 0.004 0.010 0.018 0.032 0.090 0.136 0.224 0.237 0.244 31 S 0.090 0.138 0.178 0.264 0.185 0.068 0.039 0.021 0.009 0.005 0.003 32 R 0.074 0.069 0.161 0.181 0.148 0.129 0.125 0.063 0.029 0.016 0.006 33 F 0.045 0.058 0.056 0.100 0.109 0.146 0.203 0.121 0.084 0.054 0.026 34 F 0.041 0.029 0.032 0.060 0.073 0.099 0.252 0.157 0.134 0.087 0.035 35 A 0.209 0.158 0.266 0.207 0.090 0.032 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 36 T 0.032 0.332 0.192 0.154 0.092 0.073 0.075 0.029 0.012 0.007 0.002 37 R 0.087 0.074 0.053 0.130 0.177 0.177 0.177 0.079 0.029 0.012 0.004 38 E 0.895 0.031 0.048 0.017 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.015 0.054 0.202 0.298 0.183 0.127 0.090 0.022 0.007 0.002 0.001 40 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.009 0.052 0.085 0.238 0.302 0.305 41 E 0.006 0.017 0.337 0.193 0.220 0.125 0.074 0.019 0.005 0.002 0.001 42 S 0.002 0.011 0.914 0.055 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.002 0.006 0.036 0.041 0.089 0.168 0.338 0.204 0.068 0.038 0.010 44 M 0.002 0.002 0.007 0.009 0.020 0.076 0.318 0.223 0.185 0.127 0.030 45 T 0.014 0.015 0.893 0.062 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.007 0.025 0.481 0.191 0.153 0.075 0.055 0.011 0.002 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.006 0.045 0.091 0.232 0.293 0.323 48 K 0.012 0.019 0.140 0.138 0.258 0.196 0.176 0.044 0.012 0.004 0.001 49 E 0.010 0.009 0.934 0.038 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.003 0.005 0.047 0.041 0.079 0.249 0.422 0.096 0.040 0.015 0.004 51 A 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.014 0.090 0.141 0.278 0.289 0.168 52 A 0.003 0.017 0.593 0.170 0.113 0.056 0.032 0.011 0.003 0.002 0.001 53 A 0.004 0.020 0.846 0.087 0.030 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.031 0.018 0.064 0.049 0.083 0.101 0.257 0.227 0.088 0.049 0.033 55 S 0.106 0.095 0.114 0.092 0.087 0.075 0.149 0.123 0.079 0.053 0.027 56 S 0.115 0.142 0.381 0.182 0.098 0.035 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 57 A 0.455 0.136 0.179 0.108 0.057 0.023 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 58 D 0.426 0.177 0.077 0.087 0.056 0.045 0.065 0.033 0.019 0.010 0.005 59 E 0.111 0.165 0.083 0.173 0.140 0.098 0.106 0.068 0.032 0.016 0.008 60 G 0.258 0.140 0.109 0.144 0.115 0.075 0.070 0.046 0.023 0.013 0.006 61 A 0.127 0.068 0.090 0.118 0.107 0.116 0.176 0.100 0.057 0.028 0.013 62 S 0.118 0.188 0.138 0.256 0.141 0.061 0.050 0.026 0.013 0.006 0.003 63 V 0.009 0.008 0.011 0.016 0.032 0.054 0.144 0.163 0.208 0.196 0.158 64 A 0.101 0.196 0.185 0.275 0.144 0.048 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 65 Y 0.079 0.030 0.073 0.090 0.100 0.128 0.214 0.134 0.080 0.049 0.022 66 K 0.108 0.249 0.183 0.281 0.109 0.034 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 67 I 0.009 0.008 0.010 0.016 0.028 0.048 0.150 0.163 0.209 0.201 0.158 68 K 0.128 0.146 0.219 0.243 0.149 0.054 0.033 0.016 0.007 0.004 0.001 69 D 0.141 0.202 0.274 0.204 0.084 0.041 0.032 0.013 0.005 0.003 0.001 70 L 0.053 0.055 0.047 0.071 0.084 0.134 0.197 0.127 0.106 0.080 0.046 71 E 0.319 0.229 0.077 0.136 0.085 0.050 0.052 0.028 0.013 0.007 0.003 72 G 0.240 0.199 0.170 0.189 0.089 0.047 0.037 0.018 0.007 0.003 0.001 73 Q 0.144 0.087 0.092 0.152 0.141 0.119 0.123 0.069 0.038 0.024 0.010 74 V 0.053 0.053 0.051 0.095 0.096 0.149 0.231 0.142 0.074 0.043 0.014 75 E 0.026 0.103 0.213 0.292 0.169 0.096 0.055 0.025 0.012 0.006 0.003 76 L 0.002 0.002 0.007 0.006 0.012 0.039 0.118 0.139 0.221 0.240 0.215 77 D 0.057 0.135 0.193 0.328 0.182 0.051 0.029 0.014 0.007 0.003 0.002 78 A 0.011 0.006 0.022 0.019 0.032 0.057 0.166 0.174 0.196 0.180 0.139 79 A 0.047 0.112 0.147 0.303 0.207 0.080 0.051 0.027 0.015 0.008 0.005 80 F 0.016 0.009 0.015 0.018 0.028 0.052 0.171 0.189 0.205 0.176 0.122 81 T 0.059 0.176 0.189 0.290 0.157 0.061 0.031 0.017 0.009 0.005 0.004 82 F 0.025 0.016 0.021 0.028 0.046 0.063 0.179 0.193 0.180 0.140 0.109 83 S 0.185 0.234 0.140 0.216 0.106 0.048 0.034 0.018 0.011 0.006 0.003 84 C 0.081 0.044 0.045 0.070 0.077 0.094 0.202 0.137 0.124 0.076 0.050 85 Q 0.185 0.189 0.139 0.220 0.111 0.058 0.047 0.024 0.015 0.007 0.004 86 A 0.033 0.037 0.058 0.079 0.089 0.084 0.184 0.147 0.141 0.086 0.062 87 E 0.021 0.033 0.078 0.116 0.121 0.132 0.175 0.130 0.093 0.065 0.036 88 M 0.023 0.055 0.148 0.152 0.130 0.110 0.151 0.096 0.074 0.043 0.018 89 I 0.007 0.010 0.035 0.040 0.053 0.074 0.177 0.193 0.184 0.152 0.076 90 I 0.009 0.014 0.039 0.055 0.069 0.080 0.149 0.161 0.180 0.152 0.092 91 F 0.011 0.015 0.050 0.044 0.055 0.080 0.157 0.155 0.189 0.157 0.087 92 E 0.008 0.013 0.052 0.064 0.111 0.086 0.184 0.202 0.135 0.092 0.054 93 L 0.009 0.008 0.025 0.024 0.032 0.052 0.129 0.156 0.221 0.222 0.122 94 S 0.068 0.113 0.164 0.226 0.158 0.084 0.092 0.045 0.030 0.013 0.008 95 L 0.049 0.053 0.077 0.080 0.098 0.085 0.179 0.157 0.106 0.071 0.047 96 R 0.071 0.067 0.085 0.145 0.135 0.118 0.155 0.100 0.065 0.037 0.021 97 S 0.423 0.248 0.128 0.090 0.039 0.024 0.025 0.011 0.006 0.003 0.002 98 L 0.105 0.086 0.074 0.137 0.144 0.104 0.150 0.096 0.055 0.029 0.019 99 A 0.396 0.159 0.081 0.103 0.068 0.045 0.063 0.039 0.025 0.015 0.007