# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.072 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.008 0.051 0.766 2 K 0.061 0.113 0.008 0.002 0.008 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.014 0.081 0.524 3 D 0.039 0.048 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.009 0.051 0.804 4 V 0.105 0.161 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.019 0.078 0.529 5 V 0.094 0.237 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.121 0.016 0.084 0.421 6 D 0.060 0.123 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.076 0.014 0.041 0.666 7 K 0.081 0.188 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.012 0.005 0.002 0.002 0.057 0.025 0.098 0.509 8 C 0.105 0.260 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.079 0.025 0.111 0.386 9 S 0.125 0.280 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.018 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.062 0.035 0.061 0.386 10 T 0.156 0.189 0.028 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.047 0.052 0.443 11 K 0.162 0.106 0.017 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.067 0.100 0.437 12 G 0.227 0.044 0.127 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.058 0.074 0.363 13 C 0.107 0.033 0.025 0.007 0.004 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.299 0.017 0.127 0.360 14 A 0.044 0.012 0.014 0.002 0.011 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.377 0.009 0.060 0.452 15 I 0.042 0.010 0.008 0.005 0.009 0.020 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.710 0.004 0.047 0.115 16 D 0.016 0.011 0.003 0.001 0.002 0.004 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.625 0.002 0.114 0.211 17 I 0.013 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.761 0.004 0.036 0.160 18 G 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.681 0.004 0.101 0.169 19 T 0.047 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.005 0.004 0.549 0.004 0.193 0.157 20 V 0.019 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.149 0.190 0.162 0.028 0.263 0.003 0.017 0.137 21 I 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.025 0.018 0.007 0.003 0.775 0.002 0.025 0.106 22 D 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.227 0.250 0.010 0.022 0.008 0.002 0.004 0.116 0.003 0.042 0.143 23 N 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.286 0.004 0.079 0.558 24 D 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.007 0.466 0.422 25 N 0.569 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.119 0.097 0.183 26 C 0.132 0.063 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.017 0.321 0.394 27 T 0.042 0.014 0.041 0.002 0.144 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.022 0.176 0.347 28 S 0.046 0.013 0.009 0.004 0.043 0.211 0.041 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.006 0.102 0.239 29 K 0.027 0.015 0.006 0.001 0.026 0.058 0.084 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.387 0.004 0.117 0.261 30 F 0.026 0.034 0.006 0.001 0.004 0.010 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.571 0.004 0.061 0.261 31 S 0.013 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.673 0.004 0.069 0.188 32 R 0.031 0.062 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.508 0.009 0.083 0.292 33 F 0.070 0.127 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 0.011 0.090 0.325 34 F 0.054 0.116 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.403 0.012 0.092 0.313 35 A 0.110 0.098 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.019 0.143 0.555 36 T 0.170 0.089 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.021 0.255 0.441 37 R 0.109 0.118 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.073 0.671 38 E 0.008 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.202 0.708 39 E 0.016 0.096 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.557 0.327 40 A 0.024 0.807 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.137 41 E 0.004 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 42 S 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.053 43 F 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 44 M 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 45 T 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 46 K 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 47 L 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 48 K 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 49 E 0.002 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 50 L 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 51 A 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 52 A 0.017 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.023 53 A 0.037 0.881 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.046 54 A 0.117 0.781 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.002 0.048 55 S 0.161 0.616 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.052 0.011 0.128 56 S 0.069 0.340 0.064 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.037 0.057 0.409 57 A 0.093 0.106 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.034 0.048 0.680 58 D 0.245 0.053 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.029 0.101 0.508 59 E 0.049 0.039 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.009 0.195 0.654 60 G 0.060 0.022 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.012 0.127 0.713 61 A 0.239 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.021 0.123 0.411 62 S 0.062 0.028 0.010 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.008 0.112 0.590 63 V 0.052 0.021 0.009 0.003 0.014 0.009 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.541 0.008 0.066 0.254 64 A 0.020 0.021 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.425 0.003 0.063 0.451 65 Y 0.021 0.021 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.589 0.006 0.040 0.303 66 K 0.029 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.010 0.423 0.007 0.125 0.344 67 I 0.040 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.065 0.028 0.013 0.335 0.007 0.062 0.394 68 K 0.029 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.005 0.186 0.109 0.019 0.004 0.325 0.006 0.055 0.199 69 D 0.038 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.065 0.027 0.002 0.020 0.002 0.001 0.001 0.083 0.009 0.059 0.654 70 L 0.078 0.043 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.307 0.107 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.095 0.010 0.051 0.286 71 E 0.040 0.055 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.012 0.220 0.545 72 G 0.115 0.040 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.063 0.107 0.638 73 Q 0.368 0.021 0.058 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.080 0.121 0.307 74 V 0.088 0.009 0.027 0.006 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.010 0.172 0.348 75 E 0.018 0.005 0.006 0.003 0.133 0.045 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.369 0.003 0.060 0.324 76 L 0.011 0.002 0.001 0.001 0.025 0.103 0.066 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.696 0.001 0.017 0.057 77 D 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.728 0.001 0.060 0.183 78 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.001 0.005 0.024 79 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.823 0.001 0.045 0.121 80 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.001 0.009 0.051 81 T 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.781 0.001 0.039 0.164 82 F 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.764 0.002 0.029 0.187 83 S 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.465 0.003 0.091 0.415 84 C 0.013 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.336 0.005 0.068 0.559 85 Q 0.046 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.257 0.008 0.166 0.499 86 A 0.023 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.005 0.163 0.591 87 E 0.084 0.119 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.327 0.010 0.120 0.329 88 M 0.030 0.278 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.215 0.004 0.148 0.322 89 I 0.030 0.305 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.501 0.006 0.021 0.129 90 I 0.012 0.648 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.002 0.089 0.116 91 F 0.016 0.492 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.394 0.005 0.018 0.068 92 E 0.022 0.618 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.008 0.020 0.104 93 L 0.063 0.431 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.024 0.015 0.160 94 S 0.079 0.416 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.031 0.059 0.291 95 L 0.079 0.406 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.046 0.028 0.271 96 R 0.099 0.342 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.029 0.068 0.355 97 S 0.106 0.325 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.033 0.070 0.400 98 L 0.226 0.422 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.038 0.019 0.233 99 A 0.120 0.471 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.020 0.040 0.271