# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.025 0.004 0.023 0.019 0.048 0.028 0.002 0.001 0.002 0.814 2 K 0.031 0.028 0.004 0.026 0.045 0.091 0.064 0.002 0.001 0.003 0.707 3 D 0.057 0.026 0.003 0.016 0.027 0.045 0.059 0.002 0.001 0.005 0.759 4 V 0.126 0.047 0.006 0.020 0.024 0.043 0.051 0.001 0.001 0.002 0.679 5 V 0.044 0.068 0.004 0.022 0.047 0.078 0.128 0.002 0.001 0.004 0.603 6 D 0.079 0.055 0.003 0.018 0.036 0.047 0.073 0.002 0.001 0.004 0.683 7 K 0.068 0.156 0.004 0.019 0.026 0.041 0.085 0.002 0.001 0.003 0.596 8 C 0.133 0.199 0.007 0.023 0.043 0.070 0.164 0.008 0.001 0.009 0.344 9 S 0.262 0.218 0.007 0.021 0.032 0.049 0.063 0.009 0.001 0.009 0.330 10 T 0.157 0.245 0.022 0.022 0.033 0.044 0.053 0.007 0.001 0.006 0.412 11 K 0.099 0.137 0.015 0.034 0.033 0.054 0.090 0.012 0.001 0.008 0.518 12 G 0.183 0.092 0.023 0.058 0.055 0.080 0.084 0.011 0.001 0.013 0.400 13 C 0.104 0.097 0.035 0.086 0.099 0.129 0.104 0.005 0.001 0.007 0.335 14 A 0.044 0.050 0.009 0.080 0.069 0.158 0.050 0.003 0.001 0.004 0.533 15 I 0.034 0.042 0.003 0.108 0.223 0.295 0.030 0.001 0.001 0.004 0.259 16 D 0.024 0.057 0.004 0.084 0.108 0.210 0.093 0.003 0.001 0.006 0.412 17 I 0.046 0.047 0.006 0.121 0.154 0.291 0.057 0.002 0.001 0.003 0.275 18 G 0.019 0.040 0.003 0.130 0.260 0.387 0.040 0.001 0.001 0.006 0.114 19 T 0.026 0.039 0.004 0.093 0.308 0.248 0.066 0.002 0.001 0.003 0.211 20 V 0.057 0.024 0.001 0.078 0.249 0.383 0.019 0.001 0.001 0.001 0.188 21 I 0.010 0.049 0.002 0.078 0.327 0.433 0.023 0.001 0.001 0.006 0.073 22 D 0.012 0.048 0.002 0.047 0.284 0.309 0.083 0.004 0.001 0.004 0.207 23 N 0.030 0.033 0.007 0.055 0.075 0.204 0.113 0.005 0.001 0.015 0.462 24 D 0.080 0.008 0.006 0.014 0.023 0.027 0.271 0.003 0.001 0.047 0.520 25 N 0.217 0.003 0.023 0.007 0.013 0.010 0.260 0.001 0.001 0.112 0.353 26 C 0.143 0.008 0.030 0.023 0.029 0.041 0.403 0.001 0.001 0.034 0.288 27 T 0.027 0.012 0.007 0.034 0.101 0.255 0.227 0.001 0.001 0.018 0.318 28 S 0.015 0.008 0.003 0.036 0.357 0.415 0.045 0.001 0.001 0.004 0.117 29 K 0.010 0.016 0.002 0.031 0.164 0.372 0.072 0.001 0.001 0.003 0.329 30 F 0.026 0.014 0.001 0.050 0.247 0.488 0.022 0.001 0.001 0.001 0.151 31 S 0.010 0.042 0.001 0.068 0.261 0.354 0.044 0.001 0.001 0.003 0.216 32 R 0.025 0.058 0.003 0.065 0.206 0.207 0.063 0.001 0.001 0.003 0.369 33 F 0.058 0.088 0.001 0.086 0.123 0.304 0.069 0.001 0.001 0.002 0.267 34 F 0.054 0.194 0.003 0.060 0.114 0.286 0.087 0.003 0.001 0.008 0.192 35 A 0.062 0.220 0.006 0.026 0.035 0.073 0.112 0.005 0.001 0.004 0.459 36 T 0.062 0.193 0.005 0.009 0.008 0.028 0.240 0.012 0.001 0.005 0.438 37 R 0.077 0.215 0.005 0.004 0.004 0.007 0.083 0.004 0.001 0.004 0.597 38 E 0.007 0.191 0.001 0.001 0.001 0.002 0.225 0.001 0.001 0.001 0.570 39 E 0.027 0.181 0.002 0.001 0.001 0.001 0.573 0.001 0.001 0.001 0.214 40 A 0.015 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.033 41 E 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.025 42 S 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 43 F 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 44 M 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 45 T 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 46 K 0.011 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.018 47 L 0.022 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 48 K 0.004 0.973 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 49 E 0.005 0.945 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.036 50 L 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 51 A 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 52 A 0.035 0.908 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.030 53 A 0.111 0.812 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.033 54 A 0.176 0.684 0.017 0.002 0.003 0.002 0.003 0.048 0.001 0.001 0.065 55 S 0.145 0.407 0.052 0.007 0.011 0.011 0.028 0.102 0.001 0.002 0.236 56 S 0.059 0.220 0.106 0.012 0.009 0.013 0.042 0.016 0.001 0.003 0.522 57 A 0.064 0.078 0.006 0.014 0.010 0.015 0.194 0.023 0.001 0.005 0.589 58 D 0.274 0.024 0.013 0.010 0.008 0.008 0.057 0.009 0.001 0.026 0.571 59 E 0.274 0.040 0.068 0.031 0.015 0.015 0.141 0.002 0.001 0.010 0.403 60 G 0.021 0.012 0.010 0.029 0.016 0.024 0.121 0.001 0.001 0.005 0.760 61 A 0.073 0.016 0.006 0.113 0.149 0.221 0.082 0.001 0.001 0.011 0.328 62 S 0.023 0.022 0.003 0.060 0.079 0.126 0.062 0.002 0.001 0.004 0.619 63 V 0.035 0.016 0.002 0.082 0.238 0.379 0.036 0.001 0.001 0.002 0.209 64 A 0.016 0.028 0.002 0.097 0.140 0.289 0.057 0.001 0.001 0.004 0.365 65 Y 0.020 0.023 0.002 0.072 0.206 0.228 0.030 0.001 0.001 0.002 0.417 66 K 0.034 0.028 0.003 0.110 0.145 0.314 0.087 0.002 0.001 0.005 0.270 67 I 0.043 0.032 0.004 0.056 0.160 0.273 0.044 0.001 0.001 0.003 0.384 68 K 0.023 0.039 0.001 0.048 0.260 0.335 0.054 0.001 0.001 0.004 0.235 69 D 0.040 0.054 0.003 0.025 0.106 0.152 0.088 0.003 0.001 0.007 0.521 70 L 0.091 0.129 0.002 0.035 0.105 0.158 0.081 0.003 0.001 0.005 0.391 71 E 0.073 0.101 0.004 0.022 0.054 0.092 0.145 0.009 0.001 0.015 0.486 72 G 0.217 0.040 0.013 0.018 0.035 0.057 0.100 0.008 0.001 0.030 0.482 73 Q 0.420 0.023 0.045 0.020 0.034 0.049 0.072 0.004 0.001 0.023 0.309 74 V 0.040 0.014 0.030 0.049 0.248 0.257 0.078 0.002 0.001 0.011 0.272 75 E 0.007 0.005 0.005 0.041 0.263 0.436 0.034 0.001 0.001 0.004 0.203 76 L 0.006 0.002 0.001 0.035 0.353 0.551 0.004 0.001 0.001 0.001 0.048 77 D 0.002 0.002 0.001 0.036 0.323 0.563 0.008 0.001 0.001 0.001 0.065 78 A 0.004 0.001 0.001 0.027 0.443 0.482 0.004 0.001 0.001 0.001 0.039 79 A 0.001 0.001 0.001 0.038 0.306 0.593 0.007 0.001 0.001 0.001 0.053 80 F 0.003 0.001 0.001 0.022 0.348 0.582 0.004 0.001 0.001 0.001 0.040 81 T 0.002 0.002 0.001 0.032 0.296 0.586 0.011 0.001 0.001 0.001 0.070 82 F 0.004 0.002 0.001 0.018 0.322 0.566 0.010 0.001 0.001 0.001 0.077 83 S 0.006 0.009 0.001 0.024 0.172 0.469 0.036 0.001 0.001 0.002 0.282 84 C 0.017 0.007 0.001 0.017 0.207 0.397 0.023 0.001 0.001 0.001 0.329 85 Q 0.013 0.039 0.001 0.018 0.117 0.297 0.110 0.001 0.001 0.005 0.398 86 A 0.043 0.072 0.005 0.021 0.160 0.237 0.107 0.001 0.001 0.003 0.351 87 E 0.025 0.230 0.002 0.016 0.210 0.228 0.071 0.001 0.001 0.002 0.215 88 M 0.021 0.370 0.002 0.012 0.123 0.097 0.049 0.001 0.001 0.002 0.321 89 I 0.060 0.380 0.001 0.017 0.092 0.107 0.014 0.001 0.001 0.001 0.328 90 I 0.007 0.745 0.004 0.014 0.066 0.071 0.010 0.001 0.001 0.002 0.081 91 F 0.015 0.652 0.006 0.018 0.120 0.096 0.010 0.002 0.001 0.001 0.081 92 E 0.019 0.657 0.008 0.019 0.059 0.110 0.014 0.003 0.001 0.001 0.109 93 L 0.039 0.647 0.006 0.015 0.069 0.056 0.015 0.003 0.001 0.001 0.148 94 S 0.045 0.507 0.004 0.009 0.021 0.031 0.046 0.011 0.001 0.003 0.324 95 L 0.133 0.473 0.030 0.015 0.014 0.023 0.046 0.017 0.001 0.004 0.245 96 R 0.127 0.470 0.012 0.013 0.014 0.026 0.049 0.016 0.001 0.003 0.269 97 S 0.103 0.307 0.028 0.011 0.012 0.017 0.111 0.013 0.001 0.005 0.393 98 L 0.085 0.568 0.018 0.009 0.009 0.014 0.040 0.008 0.001 0.003 0.245 99 A 0.119 0.508 0.008 0.013 0.011 0.027 0.065 0.019 0.001 0.003 0.227