# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.045 0.025 0.026 0.054 0.070 0.008 0.711 2 K 0.032 0.044 0.018 0.026 0.044 0.119 0.007 0.711 3 D 0.074 0.053 0.018 0.022 0.033 0.175 0.014 0.612 4 V 0.125 0.173 0.034 0.028 0.060 0.099 0.014 0.467 5 V 0.074 0.185 0.035 0.035 0.062 0.158 0.011 0.439 6 D 0.051 0.132 0.018 0.022 0.032 0.105 0.014 0.627 7 K 0.093 0.248 0.027 0.026 0.052 0.073 0.017 0.463 8 C 0.150 0.274 0.037 0.043 0.055 0.104 0.021 0.316 9 S 0.114 0.240 0.052 0.046 0.055 0.108 0.023 0.362 10 T 0.103 0.216 0.054 0.049 0.088 0.052 0.026 0.412 11 K 0.148 0.106 0.072 0.052 0.073 0.124 0.033 0.393 12 G 0.139 0.049 0.117 0.061 0.063 0.091 0.030 0.449 13 C 0.077 0.032 0.215 0.140 0.127 0.104 0.012 0.292 14 A 0.029 0.021 0.149 0.085 0.144 0.064 0.006 0.502 15 I 0.014 0.009 0.312 0.208 0.274 0.041 0.004 0.139 16 D 0.017 0.009 0.184 0.159 0.180 0.075 0.005 0.371 17 I 0.019 0.008 0.192 0.136 0.305 0.039 0.006 0.294 18 G 0.019 0.006 0.253 0.193 0.239 0.132 0.008 0.150 19 T 0.042 0.008 0.274 0.174 0.160 0.084 0.010 0.249 20 V 0.015 0.006 0.200 0.248 0.354 0.027 0.003 0.146 21 I 0.006 0.003 0.244 0.237 0.335 0.033 0.002 0.141 22 D 0.004 0.006 0.080 0.291 0.302 0.132 0.003 0.182 23 N 0.011 0.007 0.058 0.066 0.200 0.147 0.007 0.505 24 D 0.010 0.002 0.007 0.008 0.011 0.693 0.023 0.246 25 N 0.544 0.001 0.010 0.005 0.006 0.143 0.161 0.130 26 C 0.280 0.019 0.029 0.025 0.020 0.361 0.022 0.244 27 T 0.017 0.004 0.030 0.073 0.072 0.486 0.003 0.315 28 S 0.011 0.005 0.045 0.161 0.362 0.104 0.002 0.311 29 K 0.016 0.009 0.038 0.173 0.411 0.074 0.002 0.277 30 F 0.018 0.019 0.059 0.180 0.438 0.053 0.003 0.230 31 S 0.010 0.048 0.132 0.226 0.342 0.047 0.004 0.190 32 R 0.029 0.128 0.064 0.116 0.177 0.076 0.009 0.401 33 F 0.057 0.190 0.111 0.086 0.187 0.066 0.013 0.290 34 F 0.078 0.288 0.106 0.057 0.153 0.044 0.016 0.257 35 A 0.063 0.193 0.064 0.023 0.052 0.115 0.020 0.470 36 T 0.063 0.189 0.040 0.006 0.031 0.147 0.019 0.505 37 R 0.046 0.219 0.024 0.002 0.013 0.047 0.006 0.644 38 E 0.004 0.057 0.003 0.001 0.001 0.281 0.002 0.653 39 E 0.040 0.167 0.004 0.001 0.001 0.550 0.005 0.232 40 A 0.041 0.910 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 41 E 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 42 S 0.008 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.030 43 F 0.012 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 44 M 0.022 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 45 T 0.029 0.922 0.004 0.001 0.001 0.008 0.010 0.027 46 K 0.049 0.877 0.003 0.001 0.001 0.003 0.017 0.051 47 L 0.032 0.919 0.003 0.001 0.001 0.003 0.010 0.034 48 K 0.011 0.925 0.006 0.001 0.001 0.007 0.005 0.045 49 E 0.007 0.917 0.004 0.001 0.001 0.018 0.003 0.050 50 L 0.012 0.943 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.033 51 A 0.016 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 52 A 0.026 0.950 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 53 A 0.062 0.883 0.002 0.001 0.001 0.002 0.027 0.024 54 A 0.100 0.841 0.004 0.001 0.001 0.002 0.024 0.027 55 S 0.075 0.720 0.053 0.006 0.003 0.017 0.037 0.088 56 S 0.095 0.402 0.142 0.015 0.010 0.061 0.037 0.239 57 A 0.116 0.179 0.085 0.011 0.012 0.079 0.038 0.480 58 D 0.134 0.101 0.049 0.013 0.012 0.152 0.045 0.494 59 E 0.195 0.075 0.109 0.020 0.018 0.121 0.026 0.436 60 G 0.056 0.061 0.052 0.017 0.021 0.103 0.011 0.679 61 A 0.144 0.047 0.064 0.052 0.072 0.141 0.017 0.462 62 S 0.086 0.055 0.072 0.058 0.079 0.079 0.011 0.559 63 V 0.051 0.052 0.094 0.175 0.232 0.062 0.008 0.327 64 A 0.034 0.042 0.081 0.116 0.188 0.090 0.007 0.443 65 Y 0.031 0.050 0.070 0.160 0.218 0.062 0.008 0.401 66 K 0.046 0.048 0.076 0.129 0.184 0.106 0.011 0.399 67 I 0.048 0.065 0.068 0.127 0.242 0.053 0.009 0.387 68 K 0.022 0.071 0.080 0.193 0.282 0.073 0.007 0.273 69 D 0.041 0.068 0.019 0.083 0.104 0.131 0.016 0.538 70 L 0.092 0.120 0.049 0.086 0.188 0.106 0.017 0.342 71 E 0.035 0.072 0.025 0.041 0.064 0.197 0.019 0.546 72 G 0.172 0.039 0.027 0.044 0.068 0.178 0.073 0.398 73 Q 0.364 0.040 0.038 0.067 0.074 0.088 0.044 0.284 74 V 0.053 0.020 0.070 0.232 0.179 0.108 0.010 0.328 75 E 0.006 0.004 0.081 0.341 0.389 0.041 0.002 0.135 76 L 0.003 0.002 0.057 0.378 0.487 0.010 0.001 0.062 77 D 0.004 0.002 0.074 0.346 0.456 0.023 0.001 0.094 78 A 0.002 0.001 0.112 0.335 0.439 0.008 0.001 0.102 79 A 0.002 0.001 0.096 0.406 0.423 0.018 0.001 0.053 80 F 0.005 0.001 0.105 0.278 0.334 0.040 0.003 0.233 81 T 0.002 0.001 0.159 0.286 0.465 0.018 0.001 0.068 82 F 0.005 0.003 0.132 0.204 0.346 0.057 0.002 0.252 83 S 0.005 0.004 0.190 0.115 0.383 0.064 0.002 0.237 84 C 0.006 0.010 0.173 0.114 0.348 0.091 0.002 0.256 85 Q 0.009 0.041 0.066 0.051 0.115 0.237 0.003 0.478 86 A 0.016 0.125 0.075 0.053 0.118 0.224 0.005 0.384 87 E 0.016 0.433 0.068 0.073 0.130 0.102 0.004 0.174 88 M 0.014 0.789 0.012 0.013 0.037 0.033 0.004 0.097 89 I 0.008 0.946 0.004 0.006 0.010 0.003 0.001 0.021 90 I 0.002 0.973 0.003 0.004 0.010 0.001 0.001 0.008 91 F 0.005 0.933 0.012 0.013 0.020 0.002 0.002 0.013 92 E 0.015 0.853 0.033 0.012 0.035 0.007 0.009 0.036 93 L 0.031 0.882 0.018 0.012 0.022 0.003 0.007 0.024 94 S 0.031 0.667 0.062 0.015 0.024 0.022 0.022 0.157 95 L 0.073 0.438 0.168 0.016 0.047 0.028 0.027 0.203 96 R 0.092 0.537 0.045 0.014 0.029 0.060 0.017 0.206 97 S 0.105 0.284 0.017 0.010 0.016 0.131 0.026 0.410 98 L 0.190 0.374 0.045 0.010 0.022 0.063 0.018 0.277 99 A 0.240 0.309 0.019 0.011 0.017 0.091 0.033 0.280