# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.224 0.228 0.305 0.089 0.049 0.047 0.018 0.002 0.033 0.003 0.002 2 K 0.437 0.167 0.236 0.079 0.030 0.016 0.011 0.002 0.017 0.002 0.002 3 D 0.300 0.146 0.256 0.114 0.065 0.051 0.035 0.005 0.023 0.004 0.001 4 V 0.271 0.234 0.251 0.138 0.032 0.037 0.012 0.002 0.020 0.001 0.002 5 V 0.277 0.371 0.208 0.054 0.033 0.020 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 6 D 0.279 0.160 0.334 0.060 0.047 0.069 0.021 0.001 0.025 0.002 0.002 7 K 0.460 0.186 0.147 0.113 0.040 0.022 0.009 0.002 0.020 0.001 0.001 8 C 0.419 0.224 0.139 0.095 0.060 0.020 0.011 0.003 0.026 0.003 0.001 9 S 0.311 0.211 0.209 0.112 0.061 0.040 0.023 0.003 0.027 0.004 0.001 10 T 0.311 0.243 0.181 0.134 0.049 0.028 0.019 0.003 0.027 0.003 0.001 11 K 0.174 0.160 0.252 0.227 0.067 0.021 0.062 0.008 0.020 0.008 0.001 12 G 0.054 0.059 0.106 0.045 0.195 0.016 0.090 0.269 0.009 0.156 0.001 13 C 0.156 0.388 0.281 0.065 0.058 0.027 0.006 0.001 0.015 0.002 0.001 14 A 0.127 0.316 0.339 0.069 0.047 0.068 0.008 0.001 0.022 0.001 0.002 15 I 0.093 0.600 0.151 0.034 0.058 0.018 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 16 D 0.052 0.185 0.478 0.046 0.048 0.139 0.020 0.001 0.027 0.001 0.005 17 I 0.096 0.496 0.175 0.114 0.061 0.010 0.014 0.002 0.028 0.001 0.002 18 G 0.037 0.174 0.111 0.025 0.439 0.015 0.037 0.092 0.011 0.058 0.001 19 T 0.031 0.666 0.177 0.019 0.064 0.028 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 20 V 0.039 0.629 0.214 0.017 0.034 0.051 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 21 I 0.055 0.681 0.130 0.027 0.041 0.036 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 22 D 0.078 0.190 0.323 0.086 0.054 0.158 0.066 0.001 0.040 0.002 0.002 23 N 0.239 0.109 0.095 0.299 0.065 0.041 0.071 0.026 0.029 0.024 0.002 24 D 0.209 0.097 0.121 0.330 0.038 0.029 0.119 0.022 0.021 0.014 0.001 25 N 0.127 0.152 0.164 0.217 0.072 0.033 0.143 0.039 0.027 0.024 0.002 26 C 0.141 0.236 0.291 0.155 0.060 0.038 0.040 0.008 0.023 0.006 0.003 27 T 0.100 0.543 0.193 0.066 0.050 0.019 0.007 0.002 0.017 0.001 0.001 28 S 0.040 0.609 0.198 0.020 0.085 0.023 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 29 K 0.031 0.616 0.233 0.015 0.042 0.048 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 30 F 0.032 0.670 0.174 0.011 0.057 0.027 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 31 S 0.067 0.568 0.228 0.015 0.064 0.035 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 32 R 0.062 0.546 0.170 0.023 0.132 0.039 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 33 F 0.133 0.567 0.154 0.038 0.052 0.031 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 34 F 0.166 0.315 0.199 0.060 0.132 0.051 0.022 0.003 0.047 0.004 0.001 35 A 0.299 0.106 0.291 0.132 0.054 0.068 0.025 0.003 0.017 0.004 0.002 36 T 0.186 0.158 0.294 0.137 0.061 0.093 0.015 0.002 0.047 0.006 0.001 37 R 0.938 0.003 0.037 0.008 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.980 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.988 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.975 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.834 0.009 0.021 0.114 0.004 0.006 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 54 A 0.682 0.050 0.074 0.164 0.006 0.008 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 55 S 0.448 0.092 0.175 0.119 0.038 0.041 0.043 0.002 0.037 0.003 0.001 56 S 0.588 0.056 0.163 0.133 0.011 0.027 0.008 0.001 0.011 0.001 0.002 57 A 0.530 0.053 0.114 0.217 0.022 0.024 0.021 0.005 0.011 0.004 0.001 58 D 0.292 0.131 0.173 0.218 0.038 0.048 0.043 0.006 0.043 0.007 0.001 59 E 0.317 0.060 0.260 0.218 0.020 0.023 0.076 0.005 0.013 0.005 0.003 60 G 0.154 0.064 0.127 0.123 0.088 0.029 0.123 0.211 0.010 0.070 0.001 61 A 0.225 0.263 0.312 0.092 0.053 0.021 0.012 0.003 0.015 0.002 0.001 62 S 0.115 0.427 0.286 0.050 0.053 0.040 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 63 V 0.051 0.721 0.138 0.013 0.038 0.017 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 64 A 0.087 0.336 0.415 0.020 0.038 0.083 0.004 0.001 0.015 0.001 0.002 65 Y 0.127 0.544 0.130 0.044 0.105 0.017 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 66 K 0.108 0.498 0.161 0.038 0.123 0.028 0.011 0.001 0.030 0.001 0.001 67 I 0.147 0.432 0.250 0.047 0.050 0.045 0.007 0.001 0.019 0.001 0.002 68 K 0.186 0.480 0.174 0.044 0.050 0.027 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 69 D 0.116 0.190 0.460 0.054 0.055 0.078 0.013 0.001 0.030 0.002 0.001 70 L 0.293 0.253 0.257 0.082 0.026 0.028 0.009 0.002 0.044 0.003 0.002 71 E 0.337 0.090 0.280 0.160 0.029 0.020 0.058 0.003 0.012 0.007 0.003 72 G 0.054 0.015 0.045 0.118 0.051 0.013 0.218 0.392 0.005 0.088 0.001 73 Q 0.060 0.277 0.320 0.110 0.113 0.020 0.053 0.024 0.014 0.009 0.001 74 V 0.020 0.586 0.306 0.020 0.028 0.019 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 75 E 0.013 0.679 0.221 0.011 0.030 0.034 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 76 L 0.005 0.826 0.087 0.006 0.049 0.011 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 77 D 0.004 0.581 0.276 0.006 0.051 0.067 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 78 A 0.006 0.782 0.092 0.005 0.083 0.013 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 79 A 0.006 0.771 0.141 0.004 0.033 0.037 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 80 F 0.009 0.699 0.157 0.007 0.062 0.047 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 81 T 0.023 0.717 0.165 0.009 0.036 0.031 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 82 F 0.037 0.513 0.199 0.019 0.148 0.048 0.010 0.001 0.024 0.002 0.001 83 S 0.138 0.488 0.228 0.026 0.048 0.045 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 84 C 0.309 0.302 0.171 0.042 0.119 0.030 0.007 0.002 0.015 0.003 0.001 85 Q 0.692 0.109 0.089 0.025 0.044 0.020 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 86 A 0.935 0.021 0.020 0.008 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.986 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 M 0.985 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.989 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 I 0.985 0.007 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.932 0.017 0.003 0.031 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 92 E 0.892 0.029 0.023 0.033 0.009 0.004 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 93 L 0.836 0.026 0.047 0.070 0.008 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 94 S 0.740 0.051 0.059 0.082 0.020 0.022 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 95 L 0.753 0.049 0.090 0.069 0.008 0.022 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 96 R 0.809 0.041 0.034 0.077 0.013 0.008 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 97 S 0.595 0.065 0.084 0.128 0.044 0.028 0.034 0.003 0.016 0.002 0.001 98 L 0.533 0.117 0.098 0.185 0.021 0.015 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 99 A 0.570 0.090 0.134 0.091 0.043 0.019 0.025 0.005 0.015 0.005 0.001