# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.145 0.086 0.029 0.011 0.179 0.013 0.027 0.193 0.136 0.116 0.065 2 K 0.058 0.125 0.050 0.039 0.119 0.055 0.090 0.248 0.115 0.069 0.033 3 D 0.135 0.150 0.071 0.015 0.224 0.012 0.032 0.158 0.056 0.103 0.044 4 V 0.143 0.119 0.027 0.005 0.234 0.009 0.025 0.214 0.098 0.081 0.044 5 V 0.097 0.189 0.058 0.018 0.203 0.025 0.035 0.212 0.068 0.056 0.039 6 D 0.123 0.125 0.042 0.011 0.178 0.013 0.028 0.277 0.093 0.066 0.042 7 K 0.078 0.077 0.026 0.007 0.115 0.012 0.041 0.377 0.155 0.080 0.033 8 C 0.085 0.140 0.042 0.010 0.164 0.017 0.050 0.298 0.094 0.069 0.032 9 S 0.128 0.090 0.064 0.019 0.135 0.021 0.058 0.222 0.085 0.110 0.068 10 T 0.094 0.147 0.091 0.049 0.126 0.050 0.057 0.196 0.058 0.087 0.046 11 K 0.040 0.194 0.097 0.137 0.075 0.090 0.134 0.088 0.043 0.067 0.035 12 G 0.056 0.053 0.065 0.155 0.056 0.043 0.021 0.044 0.036 0.338 0.134 13 C 0.118 0.290 0.095 0.017 0.327 0.013 0.020 0.033 0.026 0.035 0.027 14 A 0.314 0.083 0.020 0.008 0.417 0.008 0.017 0.026 0.022 0.030 0.055 15 I 0.182 0.212 0.066 0.020 0.362 0.027 0.032 0.027 0.020 0.019 0.034 16 D 0.239 0.123 0.044 0.013 0.392 0.014 0.017 0.023 0.013 0.040 0.083 17 I 0.255 0.088 0.030 0.020 0.211 0.022 0.046 0.053 0.064 0.077 0.134 18 G 0.030 0.096 0.107 0.215 0.064 0.200 0.119 0.035 0.026 0.070 0.037 19 T 0.131 0.293 0.058 0.005 0.464 0.002 0.004 0.011 0.008 0.014 0.010 20 V 0.351 0.042 0.003 0.001 0.540 0.002 0.006 0.013 0.011 0.014 0.017 21 I 0.086 0.288 0.154 0.060 0.242 0.046 0.034 0.020 0.012 0.016 0.042 22 D 0.173 0.111 0.090 0.101 0.173 0.062 0.059 0.052 0.039 0.058 0.082 23 N 0.086 0.083 0.092 0.070 0.120 0.033 0.045 0.116 0.136 0.180 0.039 24 D 0.035 0.071 0.054 0.060 0.067 0.045 0.070 0.155 0.216 0.190 0.039 25 N 0.108 0.105 0.066 0.034 0.148 0.029 0.039 0.112 0.085 0.195 0.079 26 C 0.109 0.171 0.092 0.022 0.199 0.026 0.033 0.114 0.074 0.102 0.057 27 T 0.256 0.113 0.027 0.014 0.347 0.014 0.021 0.066 0.032 0.051 0.059 28 S 0.149 0.229 0.044 0.007 0.459 0.012 0.015 0.044 0.012 0.013 0.016 29 K 0.240 0.129 0.014 0.004 0.466 0.007 0.012 0.042 0.010 0.025 0.051 30 F 0.411 0.070 0.007 0.002 0.400 0.003 0.009 0.023 0.018 0.008 0.048 31 S 0.164 0.124 0.023 0.014 0.360 0.054 0.058 0.106 0.033 0.020 0.045 32 R 0.188 0.165 0.023 0.005 0.353 0.009 0.020 0.126 0.036 0.039 0.036 33 F 0.175 0.111 0.020 0.006 0.300 0.015 0.040 0.117 0.055 0.102 0.060 34 F 0.079 0.248 0.103 0.022 0.184 0.018 0.020 0.175 0.056 0.047 0.048 35 A 0.033 0.096 0.037 0.018 0.059 0.025 0.060 0.475 0.089 0.080 0.028 36 T 0.028 0.201 0.102 0.011 0.062 0.007 0.013 0.359 0.104 0.094 0.020 37 R 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.829 0.142 0.008 0.003 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.050 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.015 0.010 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.028 0.002 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.003 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.039 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.019 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.008 0.002 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.077 0.003 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.936 0.039 0.016 0.001 51 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.735 0.242 0.011 0.002 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.766 0.187 0.005 0.001 53 A 0.008 0.014 0.008 0.001 0.012 0.001 0.129 0.638 0.104 0.083 0.003 54 A 0.047 0.250 0.072 0.004 0.116 0.008 0.038 0.195 0.070 0.167 0.033 55 S 0.112 0.209 0.113 0.016 0.182 0.012 0.019 0.151 0.067 0.069 0.050 56 S 0.042 0.050 0.023 0.008 0.062 0.011 0.045 0.426 0.232 0.078 0.022 57 A 0.035 0.063 0.040 0.015 0.062 0.020 0.124 0.312 0.191 0.116 0.022 58 D 0.078 0.063 0.052 0.036 0.093 0.032 0.048 0.172 0.093 0.267 0.068 59 E 0.077 0.262 0.117 0.033 0.178 0.028 0.043 0.097 0.055 0.075 0.035 60 G 0.096 0.095 0.073 0.065 0.113 0.044 0.038 0.109 0.079 0.195 0.094 61 A 0.112 0.284 0.077 0.011 0.317 0.012 0.027 0.059 0.040 0.035 0.026 62 S 0.319 0.081 0.012 0.004 0.455 0.008 0.015 0.026 0.012 0.028 0.039 63 V 0.157 0.264 0.051 0.007 0.442 0.009 0.011 0.017 0.009 0.009 0.025 64 A 0.294 0.082 0.015 0.007 0.429 0.013 0.018 0.034 0.016 0.023 0.069 65 Y 0.159 0.215 0.046 0.012 0.366 0.015 0.021 0.064 0.033 0.029 0.039 66 K 0.209 0.144 0.021 0.004 0.442 0.009 0.021 0.051 0.020 0.033 0.047 67 I 0.302 0.087 0.014 0.003 0.360 0.006 0.013 0.069 0.041 0.042 0.063 68 K 0.076 0.270 0.068 0.031 0.255 0.053 0.059 0.099 0.032 0.025 0.031 69 D 0.295 0.116 0.078 0.008 0.277 0.007 0.023 0.070 0.022 0.053 0.050 70 L 0.082 0.088 0.082 0.046 0.086 0.055 0.046 0.241 0.127 0.091 0.055 71 E 0.015 0.148 0.067 0.179 0.030 0.177 0.254 0.074 0.029 0.019 0.008 72 G 0.037 0.027 0.043 0.116 0.034 0.032 0.015 0.021 0.029 0.495 0.151 73 Q 0.201 0.195 0.046 0.013 0.311 0.011 0.023 0.027 0.030 0.061 0.082 74 V 0.205 0.149 0.018 0.004 0.568 0.010 0.019 0.005 0.004 0.004 0.014 75 E 0.425 0.036 0.002 0.002 0.497 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.025 76 L 0.264 0.049 0.005 0.001 0.660 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 77 D 0.371 0.030 0.002 0.001 0.537 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.047 78 A 0.302 0.066 0.004 0.001 0.602 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 79 A 0.315 0.028 0.002 0.001 0.614 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 0.026 80 F 0.233 0.117 0.009 0.001 0.608 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.023 81 T 0.377 0.024 0.002 0.001 0.546 0.006 0.005 0.002 0.001 0.005 0.031 82 F 0.115 0.343 0.081 0.014 0.396 0.011 0.006 0.005 0.004 0.006 0.020 83 S 0.349 0.062 0.013 0.009 0.397 0.012 0.016 0.021 0.011 0.028 0.081 84 C 0.128 0.266 0.087 0.016 0.277 0.020 0.023 0.063 0.047 0.037 0.035 85 Q 0.133 0.108 0.024 0.012 0.197 0.023 0.056 0.187 0.067 0.087 0.106 86 A 0.213 0.058 0.011 0.004 0.148 0.010 0.040 0.225 0.194 0.021 0.077 87 E 0.056 0.048 0.010 0.006 0.100 0.046 0.088 0.530 0.072 0.024 0.020 88 M 0.238 0.074 0.004 0.001 0.266 0.004 0.010 0.327 0.029 0.026 0.021 89 I 0.163 0.066 0.004 0.001 0.311 0.005 0.016 0.375 0.031 0.010 0.018 90 I 0.149 0.037 0.004 0.003 0.182 0.010 0.018 0.514 0.033 0.017 0.033 91 F 0.113 0.104 0.008 0.002 0.177 0.006 0.013 0.489 0.040 0.025 0.023 92 E 0.115 0.047 0.006 0.003 0.137 0.007 0.022 0.544 0.041 0.050 0.031 93 L 0.044 0.099 0.019 0.008 0.084 0.012 0.027 0.566 0.104 0.020 0.016 94 S 0.042 0.043 0.009 0.004 0.064 0.010 0.044 0.609 0.117 0.040 0.019 95 L 0.046 0.026 0.007 0.002 0.044 0.004 0.028 0.599 0.143 0.080 0.022 96 R 0.023 0.093 0.033 0.016 0.054 0.032 0.088 0.480 0.118 0.047 0.016 97 S 0.061 0.091 0.036 0.009 0.083 0.010 0.043 0.418 0.127 0.094 0.027 98 L 0.031 0.043 0.019 0.006 0.043 0.009 0.052 0.414 0.269 0.090 0.024 99 A 0.037 0.082 0.043 0.019 0.067 0.029 0.109 0.326 0.176 0.086 0.025