# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.723 0.179 0.062 0.027 0.008 0.001 0.001 2 K 0.773 0.180 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 3 D 0.733 0.222 0.035 0.009 0.001 0.001 0.001 4 V 0.406 0.263 0.196 0.106 0.026 0.003 0.001 5 V 0.511 0.265 0.144 0.061 0.016 0.002 0.001 6 D 0.637 0.266 0.067 0.022 0.007 0.001 0.001 7 K 0.464 0.301 0.141 0.070 0.020 0.004 0.001 8 C 0.234 0.202 0.229 0.195 0.114 0.025 0.001 9 S 0.383 0.319 0.179 0.084 0.025 0.008 0.001 10 T 0.278 0.206 0.223 0.180 0.078 0.030 0.004 11 K 0.171 0.207 0.234 0.213 0.107 0.059 0.010 12 G 0.110 0.083 0.097 0.162 0.215 0.242 0.091 13 C 0.060 0.073 0.087 0.137 0.207 0.282 0.154 14 A 0.064 0.100 0.128 0.179 0.194 0.211 0.124 15 I 0.029 0.042 0.061 0.116 0.210 0.308 0.234 16 D 0.029 0.073 0.115 0.165 0.198 0.225 0.195 17 I 0.006 0.010 0.019 0.047 0.144 0.382 0.394 18 G 0.017 0.043 0.064 0.120 0.226 0.329 0.201 19 T 0.013 0.034 0.058 0.107 0.221 0.391 0.175 20 V 0.011 0.024 0.053 0.123 0.219 0.391 0.181 21 I 0.017 0.042 0.090 0.180 0.299 0.308 0.065 22 D 0.082 0.195 0.286 0.263 0.131 0.039 0.003 23 N 0.333 0.321 0.182 0.109 0.044 0.011 0.001 24 D 0.566 0.298 0.080 0.039 0.014 0.003 0.001 25 N 0.426 0.307 0.157 0.079 0.025 0.006 0.001 26 C 0.174 0.234 0.283 0.217 0.074 0.017 0.001 27 T 0.220 0.346 0.248 0.126 0.047 0.013 0.001 28 S 0.075 0.109 0.200 0.302 0.234 0.076 0.005 29 K 0.097 0.269 0.291 0.209 0.102 0.030 0.002 30 F 0.032 0.058 0.079 0.185 0.327 0.288 0.031 31 S 0.062 0.214 0.273 0.258 0.147 0.044 0.002 32 R 0.070 0.212 0.274 0.270 0.129 0.043 0.002 33 F 0.035 0.105 0.230 0.284 0.248 0.095 0.003 34 F 0.044 0.098 0.254 0.329 0.225 0.048 0.001 35 A 0.405 0.399 0.132 0.048 0.014 0.002 0.001 36 T 0.528 0.318 0.100 0.041 0.011 0.002 0.001 37 R 0.462 0.310 0.137 0.069 0.019 0.003 0.001 38 E 0.638 0.307 0.044 0.009 0.002 0.001 0.001 39 E 0.182 0.399 0.283 0.119 0.016 0.001 0.001 40 A 0.032 0.050 0.117 0.201 0.445 0.151 0.004 41 E 0.045 0.230 0.361 0.297 0.061 0.007 0.001 42 S 0.350 0.528 0.089 0.025 0.007 0.001 0.001 43 F 0.012 0.070 0.255 0.443 0.182 0.038 0.001 44 M 0.010 0.035 0.102 0.258 0.429 0.163 0.003 45 T 0.278 0.510 0.162 0.038 0.011 0.002 0.001 46 K 0.091 0.296 0.360 0.215 0.033 0.004 0.001 47 L 0.011 0.023 0.053 0.125 0.433 0.336 0.018 48 K 0.028 0.159 0.323 0.363 0.107 0.019 0.001 49 E 0.249 0.478 0.179 0.067 0.023 0.005 0.001 50 L 0.015 0.071 0.211 0.432 0.215 0.054 0.001 51 A 0.034 0.051 0.112 0.223 0.401 0.173 0.006 52 A 0.200 0.388 0.267 0.108 0.032 0.005 0.001 53 A 0.477 0.399 0.082 0.030 0.010 0.002 0.001 54 A 0.118 0.171 0.266 0.284 0.132 0.028 0.001 55 S 0.254 0.237 0.271 0.172 0.058 0.009 0.001 56 S 0.629 0.265 0.077 0.022 0.006 0.001 0.001 57 A 0.566 0.251 0.106 0.057 0.018 0.003 0.001 58 D 0.599 0.255 0.086 0.041 0.016 0.003 0.001 59 E 0.482 0.301 0.134 0.061 0.018 0.004 0.001 60 G 0.520 0.299 0.119 0.044 0.014 0.003 0.001 61 A 0.173 0.187 0.258 0.236 0.118 0.027 0.001 62 S 0.222 0.310 0.265 0.138 0.051 0.013 0.001 63 V 0.062 0.079 0.133 0.245 0.304 0.166 0.012 64 A 0.197 0.346 0.228 0.145 0.066 0.018 0.001 65 Y 0.161 0.245 0.253 0.207 0.101 0.032 0.001 66 K 0.155 0.329 0.275 0.175 0.054 0.011 0.001 67 I 0.047 0.075 0.183 0.309 0.289 0.095 0.002 68 K 0.306 0.375 0.205 0.085 0.025 0.003 0.001 69 D 0.561 0.351 0.067 0.017 0.004 0.001 0.001 70 L 0.209 0.198 0.239 0.264 0.080 0.010 0.001 71 E 0.583 0.300 0.084 0.025 0.008 0.001 0.001 72 G 0.562 0.327 0.081 0.025 0.004 0.001 0.001 73 Q 0.441 0.364 0.142 0.041 0.011 0.002 0.001 74 V 0.078 0.155 0.261 0.331 0.148 0.027 0.001 75 E 0.064 0.242 0.362 0.220 0.088 0.023 0.001 76 L 0.022 0.047 0.100 0.246 0.322 0.243 0.020 77 D 0.053 0.244 0.339 0.252 0.088 0.024 0.001 78 A 0.013 0.045 0.078 0.228 0.309 0.294 0.032 79 A 0.024 0.149 0.310 0.303 0.152 0.058 0.004 80 F 0.011 0.030 0.064 0.231 0.345 0.291 0.028 81 T 0.079 0.302 0.294 0.184 0.105 0.033 0.003 82 F 0.023 0.042 0.083 0.260 0.293 0.256 0.042 83 S 0.128 0.263 0.225 0.168 0.144 0.063 0.008 84 C 0.100 0.131 0.178 0.264 0.204 0.107 0.017 85 Q 0.247 0.285 0.197 0.125 0.092 0.044 0.010 86 A 0.078 0.085 0.128 0.234 0.201 0.193 0.081 87 E 0.092 0.096 0.126 0.167 0.243 0.198 0.078 88 M 0.186 0.221 0.205 0.178 0.118 0.070 0.023 89 I 0.094 0.081 0.102 0.175 0.234 0.224 0.090 90 I 0.104 0.108 0.111 0.173 0.170 0.228 0.106 91 F 0.077 0.065 0.096 0.200 0.257 0.221 0.083 92 E 0.156 0.235 0.205 0.179 0.117 0.087 0.022 93 L 0.144 0.124 0.190 0.251 0.183 0.093 0.015 94 S 0.376 0.328 0.160 0.089 0.031 0.014 0.002 95 L 0.240 0.162 0.158 0.194 0.156 0.080 0.010 96 R 0.260 0.157 0.176 0.190 0.144 0.065 0.009 97 S 0.493 0.283 0.123 0.062 0.025 0.012 0.001 98 L 0.369 0.171 0.160 0.163 0.089 0.041 0.007 99 A 0.657 0.188 0.073 0.045 0.024 0.010 0.002