# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.8244 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.223 0.105 0.141 0.164 0.153 0.103 0.064 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 2 K 0.547 0.185 0.107 0.075 0.043 0.022 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 D 0.598 0.210 0.091 0.047 0.029 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 V 0.161 0.121 0.158 0.195 0.162 0.106 0.053 0.025 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 5 V 0.249 0.155 0.162 0.170 0.128 0.072 0.036 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.574 0.216 0.092 0.052 0.031 0.016 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.187 0.169 0.164 0.165 0.129 0.087 0.049 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 C 0.100 0.085 0.128 0.157 0.177 0.141 0.096 0.061 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 9 S 0.220 0.164 0.122 0.130 0.117 0.084 0.062 0.041 0.031 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 10 T 0.080 0.052 0.067 0.099 0.126 0.136 0.120 0.111 0.091 0.053 0.032 0.018 0.010 0.004 11 K 0.048 0.043 0.060 0.093 0.122 0.128 0.134 0.119 0.092 0.069 0.045 0.026 0.014 0.007 12 G 0.026 0.018 0.024 0.038 0.064 0.094 0.107 0.138 0.132 0.122 0.109 0.079 0.032 0.016 13 C 0.016 0.019 0.025 0.039 0.060 0.090 0.113 0.145 0.135 0.130 0.113 0.067 0.031 0.017 14 A 0.018 0.019 0.029 0.062 0.090 0.106 0.113 0.150 0.132 0.103 0.093 0.049 0.020 0.014 15 I 0.012 0.015 0.020 0.033 0.054 0.078 0.124 0.141 0.146 0.127 0.117 0.077 0.037 0.020 16 D 0.019 0.028 0.051 0.096 0.130 0.138 0.136 0.135 0.110 0.064 0.044 0.025 0.015 0.009 17 I 0.006 0.005 0.008 0.013 0.023 0.053 0.110 0.140 0.180 0.183 0.138 0.080 0.041 0.019 18 G 0.019 0.028 0.043 0.067 0.096 0.120 0.130 0.146 0.129 0.097 0.061 0.035 0.018 0.010 19 T 0.031 0.025 0.036 0.047 0.065 0.087 0.104 0.132 0.124 0.139 0.096 0.069 0.029 0.015 20 V 0.019 0.025 0.040 0.062 0.100 0.115 0.121 0.152 0.126 0.102 0.075 0.037 0.017 0.009 21 I 0.037 0.041 0.055 0.093 0.139 0.145 0.131 0.139 0.103 0.054 0.033 0.017 0.009 0.004 22 D 0.101 0.105 0.136 0.159 0.147 0.126 0.113 0.050 0.032 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 23 N 0.163 0.162 0.181 0.153 0.124 0.084 0.061 0.031 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 24 D 0.456 0.232 0.116 0.080 0.053 0.029 0.017 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 N 0.281 0.235 0.173 0.113 0.079 0.052 0.037 0.014 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 26 C 0.094 0.081 0.126 0.162 0.175 0.144 0.097 0.062 0.033 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 27 T 0.136 0.130 0.120 0.147 0.179 0.110 0.078 0.048 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 28 S 0.102 0.059 0.072 0.089 0.126 0.140 0.115 0.108 0.079 0.047 0.035 0.019 0.009 0.002 29 K 0.111 0.115 0.116 0.167 0.167 0.102 0.087 0.063 0.038 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 30 F 0.031 0.019 0.029 0.046 0.086 0.117 0.145 0.154 0.137 0.104 0.068 0.043 0.017 0.006 31 S 0.115 0.099 0.114 0.156 0.166 0.127 0.087 0.063 0.037 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 32 R 0.185 0.106 0.103 0.126 0.119 0.100 0.078 0.063 0.052 0.034 0.020 0.008 0.005 0.001 33 F 0.058 0.059 0.081 0.139 0.195 0.175 0.116 0.095 0.046 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 34 F 0.073 0.067 0.104 0.156 0.188 0.155 0.117 0.067 0.041 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 35 A 0.401 0.212 0.144 0.113 0.064 0.030 0.023 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.412 0.171 0.126 0.113 0.070 0.047 0.040 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 R 0.139 0.162 0.236 0.193 0.139 0.072 0.041 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.737 0.198 0.044 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.193 0.293 0.189 0.145 0.110 0.043 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.020 0.011 0.021 0.066 0.168 0.224 0.218 0.179 0.069 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 41 E 0.062 0.186 0.247 0.310 0.124 0.053 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.866 0.104 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.038 0.068 0.137 0.266 0.233 0.146 0.076 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.019 0.019 0.048 0.118 0.274 0.226 0.159 0.090 0.037 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.648 0.239 0.076 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.297 0.325 0.206 0.106 0.042 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.013 0.009 0.018 0.063 0.187 0.243 0.223 0.160 0.064 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 48 K 0.036 0.097 0.205 0.290 0.204 0.116 0.032 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.749 0.182 0.045 0.014 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.033 0.049 0.111 0.249 0.285 0.165 0.057 0.032 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.033 0.020 0.042 0.080 0.149 0.230 0.220 0.148 0.054 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 52 A 0.223 0.323 0.201 0.113 0.073 0.034 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.520 0.247 0.105 0.067 0.035 0.014 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.094 0.082 0.137 0.202 0.199 0.147 0.092 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.220 0.149 0.167 0.169 0.143 0.076 0.046 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 S 0.651 0.198 0.064 0.040 0.026 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.552 0.199 0.097 0.074 0.039 0.019 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.275 0.157 0.153 0.157 0.111 0.069 0.045 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.221 0.148 0.150 0.147 0.136 0.089 0.053 0.027 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 60 G 0.116 0.093 0.105 0.141 0.161 0.142 0.096 0.065 0.044 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 61 A 0.046 0.037 0.052 0.083 0.127 0.149 0.138 0.127 0.095 0.068 0.044 0.022 0.010 0.003 62 S 0.047 0.059 0.068 0.108 0.143 0.130 0.123 0.115 0.082 0.053 0.036 0.020 0.011 0.005 63 V 0.012 0.010 0.014 0.016 0.033 0.057 0.080 0.119 0.143 0.168 0.149 0.124 0.057 0.016 64 A 0.042 0.045 0.059 0.109 0.143 0.118 0.144 0.135 0.085 0.053 0.037 0.017 0.008 0.003 65 Y 0.033 0.021 0.028 0.046 0.074 0.081 0.090 0.122 0.154 0.140 0.109 0.062 0.028 0.011 66 K 0.057 0.069 0.089 0.166 0.204 0.139 0.116 0.080 0.044 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 67 I 0.019 0.021 0.048 0.077 0.112 0.153 0.166 0.155 0.097 0.087 0.039 0.016 0.007 0.002 68 K 0.244 0.195 0.156 0.157 0.108 0.064 0.037 0.018 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 69 D 0.523 0.225 0.105 0.062 0.037 0.020 0.015 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.130 0.102 0.146 0.200 0.179 0.122 0.074 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 71 E 0.400 0.213 0.145 0.111 0.066 0.031 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 G 0.540 0.197 0.108 0.068 0.041 0.023 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.175 0.145 0.140 0.162 0.148 0.102 0.071 0.030 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 74 V 0.029 0.028 0.051 0.083 0.153 0.176 0.171 0.138 0.075 0.047 0.026 0.015 0.006 0.002 75 E 0.048 0.055 0.071 0.129 0.206 0.152 0.117 0.104 0.056 0.030 0.019 0.008 0.004 0.002 76 L 0.015 0.011 0.015 0.022 0.042 0.064 0.080 0.130 0.157 0.167 0.151 0.093 0.043 0.012 77 D 0.027 0.025 0.038 0.098 0.179 0.145 0.140 0.145 0.095 0.047 0.035 0.017 0.007 0.003 78 A 0.009 0.007 0.009 0.013 0.025 0.043 0.072 0.103 0.153 0.206 0.191 0.103 0.047 0.017 79 A 0.023 0.022 0.033 0.092 0.172 0.154 0.146 0.162 0.093 0.047 0.032 0.015 0.005 0.003 80 F 0.009 0.010 0.013 0.021 0.039 0.062 0.100 0.127 0.143 0.179 0.154 0.093 0.037 0.014 81 T 0.026 0.029 0.046 0.099 0.183 0.156 0.144 0.152 0.088 0.040 0.024 0.009 0.003 0.002 82 F 0.015 0.016 0.020 0.039 0.072 0.096 0.147 0.164 0.153 0.135 0.083 0.039 0.015 0.006 83 S 0.028 0.028 0.047 0.101 0.194 0.171 0.146 0.140 0.079 0.037 0.019 0.006 0.002 0.002 84 C 0.049 0.040 0.046 0.062 0.100 0.111 0.156 0.137 0.106 0.090 0.057 0.029 0.012 0.005 85 Q 0.057 0.058 0.077 0.123 0.162 0.160 0.132 0.116 0.061 0.031 0.015 0.005 0.003 0.001 86 A 0.033 0.021 0.027 0.046 0.083 0.131 0.180 0.187 0.134 0.084 0.043 0.020 0.007 0.003 87 E 0.052 0.049 0.063 0.106 0.161 0.172 0.150 0.125 0.064 0.034 0.015 0.005 0.002 0.002 88 M 0.095 0.087 0.108 0.125 0.152 0.138 0.115 0.081 0.046 0.027 0.013 0.007 0.003 0.002 89 I 0.049 0.035 0.048 0.077 0.131 0.167 0.180 0.145 0.082 0.048 0.022 0.011 0.004 0.002 90 I 0.075 0.052 0.067 0.101 0.141 0.163 0.140 0.131 0.069 0.033 0.017 0.007 0.003 0.001 91 F 0.095 0.065 0.068 0.101 0.147 0.152 0.148 0.109 0.060 0.030 0.014 0.006 0.003 0.001 92 E 0.084 0.073 0.112 0.168 0.205 0.155 0.091 0.061 0.028 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 93 L 0.137 0.067 0.074 0.106 0.148 0.139 0.136 0.089 0.055 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 94 S 0.139 0.130 0.179 0.193 0.133 0.110 0.060 0.030 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 95 L 0.096 0.048 0.069 0.115 0.179 0.180 0.129 0.090 0.055 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 96 R 0.164 0.147 0.158 0.176 0.146 0.108 0.051 0.027 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 97 S 0.303 0.213 0.179 0.124 0.081 0.048 0.027 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.100 0.055 0.084 0.120 0.193 0.177 0.118 0.082 0.041 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 99 A 0.228 0.135 0.129 0.149 0.144 0.102 0.057 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001