# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.007 0.076 0.064 0.070 0.005 0.070 0.049 0.008 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.056 0.021 0.161 0.093 0.128 0.171 0.002 2 K 0.005 0.005 0.035 0.040 0.107 0.008 0.104 0.056 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.030 0.021 0.226 0.042 0.101 0.204 0.001 3 D 0.005 0.007 0.038 0.041 0.106 0.013 0.207 0.071 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.026 0.028 0.085 0.110 0.109 0.136 0.002 4 V 0.009 0.009 0.097 0.070 0.087 0.006 0.062 0.069 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.054 0.026 0.174 0.070 0.119 0.126 0.003 5 V 0.012 0.017 0.048 0.062 0.194 0.006 0.082 0.080 0.004 0.001 0.004 0.005 0.010 0.009 0.045 0.041 0.109 0.046 0.133 0.089 0.003 6 D 0.014 0.019 0.119 0.105 0.108 0.011 0.071 0.105 0.004 0.001 0.004 0.005 0.009 0.010 0.078 0.028 0.089 0.047 0.077 0.095 0.003 7 K 0.016 0.020 0.046 0.089 0.267 0.009 0.056 0.081 0.004 0.001 0.002 0.003 0.007 0.006 0.058 0.036 0.121 0.041 0.055 0.080 0.003 8 C 0.019 0.020 0.064 0.077 0.227 0.005 0.082 0.067 0.004 0.001 0.005 0.004 0.009 0.008 0.086 0.036 0.098 0.041 0.080 0.063 0.003 9 S 0.025 0.020 0.133 0.147 0.111 0.006 0.053 0.050 0.007 0.002 0.004 0.004 0.008 0.008 0.076 0.021 0.102 0.047 0.079 0.094 0.003 10 T 0.014 0.014 0.040 0.064 0.222 0.006 0.079 0.024 0.011 0.005 0.003 0.003 0.006 0.007 0.039 0.048 0.166 0.042 0.077 0.125 0.002 11 K 0.010 0.015 0.060 0.072 0.114 0.007 0.191 0.021 0.004 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.062 0.026 0.152 0.058 0.066 0.122 0.002 12 G 0.020 0.027 0.069 0.060 0.194 0.006 0.148 0.020 0.003 0.001 0.005 0.004 0.009 0.007 0.029 0.038 0.068 0.137 0.066 0.086 0.005 13 C 0.050 0.056 0.195 0.125 0.183 0.004 0.025 0.013 0.002 0.001 0.008 0.007 0.017 0.010 0.048 0.032 0.038 0.032 0.068 0.077 0.010 14 A 0.083 0.100 0.087 0.082 0.318 0.002 0.016 0.008 0.002 0.001 0.012 0.011 0.030 0.017 0.060 0.036 0.039 0.023 0.041 0.022 0.012 15 I 0.099 0.130 0.144 0.248 0.088 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.014 0.015 0.034 0.019 0.087 0.013 0.018 0.007 0.025 0.027 0.011 16 D 0.080 0.123 0.045 0.077 0.313 0.001 0.014 0.006 0.002 0.001 0.020 0.019 0.033 0.034 0.063 0.048 0.025 0.014 0.027 0.042 0.015 17 I 0.081 0.141 0.081 0.100 0.093 0.001 0.018 0.005 0.001 0.001 0.021 0.014 0.037 0.043 0.235 0.026 0.042 0.008 0.013 0.024 0.018 18 G 0.171 0.251 0.038 0.040 0.194 0.001 0.029 0.006 0.001 0.001 0.026 0.023 0.050 0.045 0.030 0.034 0.007 0.012 0.011 0.007 0.022 19 T 0.279 0.218 0.134 0.100 0.037 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.015 0.021 0.063 0.038 0.044 0.008 0.003 0.003 0.007 0.006 0.019 20 V 0.215 0.189 0.031 0.050 0.202 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.030 0.028 0.065 0.045 0.027 0.025 0.005 0.005 0.013 0.005 0.059 21 I 0.179 0.176 0.074 0.108 0.076 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.018 0.026 0.079 0.066 0.111 0.022 0.008 0.007 0.015 0.009 0.017 22 D 0.083 0.092 0.085 0.187 0.153 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.020 0.018 0.032 0.037 0.053 0.049 0.023 0.021 0.050 0.071 0.012 23 N 0.025 0.026 0.050 0.046 0.253 0.002 0.032 0.005 0.004 0.002 0.004 0.004 0.006 0.007 0.076 0.062 0.208 0.038 0.039 0.108 0.002 24 D 0.016 0.023 0.067 0.060 0.097 0.005 0.298 0.009 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 0.054 0.021 0.119 0.060 0.041 0.112 0.002 25 N 0.034 0.032 0.126 0.061 0.206 0.005 0.117 0.013 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.019 0.026 0.083 0.118 0.056 0.083 0.002 26 C 0.056 0.087 0.180 0.166 0.155 0.005 0.038 0.020 0.002 0.001 0.003 0.005 0.013 0.004 0.028 0.017 0.080 0.035 0.043 0.057 0.004 27 T 0.112 0.175 0.044 0.066 0.385 0.002 0.031 0.022 0.002 0.001 0.007 0.008 0.016 0.004 0.017 0.016 0.042 0.016 0.016 0.015 0.004 28 S 0.173 0.288 0.098 0.187 0.087 0.002 0.016 0.023 0.001 0.001 0.006 0.008 0.030 0.005 0.032 0.005 0.012 0.005 0.007 0.011 0.004 29 K 0.224 0.301 0.028 0.063 0.234 0.001 0.008 0.022 0.001 0.001 0.015 0.011 0.029 0.004 0.009 0.009 0.010 0.006 0.008 0.004 0.012 30 F 0.303 0.316 0.077 0.082 0.059 0.001 0.005 0.033 0.001 0.001 0.008 0.013 0.031 0.004 0.028 0.004 0.009 0.003 0.008 0.004 0.010 31 S 0.242 0.305 0.048 0.064 0.149 0.002 0.010 0.070 0.002 0.001 0.008 0.008 0.017 0.003 0.018 0.007 0.021 0.005 0.007 0.007 0.009 32 R 0.160 0.265 0.085 0.134 0.076 0.005 0.026 0.082 0.002 0.001 0.003 0.006 0.015 0.003 0.051 0.008 0.032 0.011 0.014 0.016 0.005 33 F 0.113 0.162 0.043 0.089 0.160 0.004 0.057 0.113 0.005 0.001 0.008 0.007 0.014 0.005 0.031 0.017 0.090 0.022 0.030 0.023 0.006 34 F 0.051 0.070 0.071 0.117 0.066 0.007 0.078 0.162 0.004 0.001 0.003 0.005 0.006 0.004 0.068 0.017 0.102 0.038 0.053 0.073 0.003 35 A 0.009 0.008 0.022 0.033 0.051 0.006 0.095 0.140 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.011 0.385 0.038 0.024 0.134 0.001 36 T 0.002 0.002 0.006 0.010 0.060 0.003 0.088 0.135 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.028 0.040 0.138 0.451 0.001 37 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.846 0.028 0.006 0.005 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.002 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.944 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.003 0.002 0.002 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.880 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.002 0.001 0.002 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.189 0.615 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.109 0.017 0.004 0.008 0.001 54 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.006 0.157 0.288 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.270 0.046 0.123 0.066 0.001 55 S 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.011 0.111 0.146 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 0.181 0.153 0.137 0.206 0.001 56 S 0.001 0.001 0.006 0.006 0.015 0.007 0.099 0.064 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.163 0.102 0.260 0.233 0.001 57 A 0.001 0.001 0.014 0.011 0.021 0.006 0.082 0.041 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.319 0.080 0.203 0.184 0.001 58 D 0.001 0.001 0.011 0.012 0.026 0.010 0.255 0.039 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 0.080 0.121 0.247 0.156 0.001 59 E 0.001 0.001 0.037 0.033 0.029 0.008 0.063 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.025 0.155 0.049 0.222 0.322 0.001 60 G 0.001 0.002 0.018 0.020 0.128 0.006 0.159 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.031 0.046 0.081 0.189 0.159 0.133 0.001 61 A 0.004 0.006 0.111 0.103 0.053 0.003 0.037 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.006 0.094 0.053 0.035 0.032 0.179 0.261 0.003 62 S 0.013 0.017 0.069 0.079 0.296 0.002 0.017 0.009 0.001 0.001 0.007 0.007 0.015 0.013 0.061 0.053 0.030 0.051 0.151 0.101 0.007 63 V 0.021 0.022 0.100 0.108 0.137 0.003 0.015 0.008 0.001 0.001 0.016 0.011 0.020 0.033 0.203 0.102 0.042 0.013 0.067 0.067 0.011 64 A 0.037 0.040 0.063 0.123 0.176 0.002 0.031 0.011 0.002 0.001 0.016 0.017 0.043 0.051 0.202 0.043 0.030 0.015 0.047 0.038 0.014 65 Y 0.045 0.055 0.048 0.080 0.243 0.002 0.022 0.008 0.001 0.001 0.021 0.021 0.044 0.058 0.105 0.121 0.018 0.018 0.040 0.039 0.009 66 K 0.058 0.059 0.160 0.210 0.098 0.002 0.013 0.013 0.001 0.001 0.019 0.016 0.043 0.038 0.123 0.028 0.016 0.020 0.034 0.035 0.014 67 I 0.058 0.054 0.023 0.041 0.531 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.008 0.010 0.020 0.016 0.040 0.088 0.019 0.016 0.032 0.018 0.008 68 K 0.060 0.051 0.235 0.227 0.066 0.002 0.015 0.013 0.001 0.001 0.008 0.009 0.026 0.019 0.144 0.011 0.020 0.013 0.036 0.039 0.006 69 D 0.021 0.022 0.022 0.045 0.634 0.002 0.012 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.018 0.045 0.038 0.024 0.047 0.044 0.002 70 L 0.026 0.018 0.152 0.162 0.114 0.003 0.033 0.012 0.007 0.005 0.002 0.002 0.005 0.003 0.149 0.009 0.172 0.029 0.039 0.056 0.001 71 E 0.014 0.012 0.036 0.053 0.268 0.004 0.122 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.016 0.276 0.021 0.028 0.103 0.001 72 G 0.014 0.031 0.038 0.074 0.202 0.005 0.374 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.010 0.037 0.104 0.020 0.061 0.001 73 Q 0.081 0.127 0.157 0.116 0.281 0.002 0.038 0.007 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 0.002 0.012 0.014 0.032 0.057 0.025 0.030 0.003 74 V 0.229 0.242 0.134 0.140 0.159 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.023 0.002 0.010 0.003 0.007 0.004 0.013 0.007 0.008 75 E 0.256 0.362 0.038 0.048 0.226 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.018 0.002 0.006 0.004 0.002 0.002 0.004 0.002 0.009 76 L 0.320 0.457 0.040 0.096 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.024 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 77 D 0.308 0.489 0.020 0.041 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.009 0.022 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 78 A 0.327 0.567 0.013 0.026 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.021 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 79 A 0.365 0.541 0.014 0.022 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 80 F 0.431 0.439 0.020 0.034 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.018 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 81 T 0.399 0.419 0.027 0.030 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.026 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 82 F 0.375 0.414 0.032 0.070 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.026 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 83 S 0.323 0.365 0.039 0.074 0.116 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.008 0.020 0.003 0.009 0.004 0.004 0.002 0.004 0.004 0.010 84 C 0.308 0.352 0.047 0.077 0.123 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.005 0.006 0.017 0.003 0.017 0.004 0.011 0.003 0.004 0.005 0.005 85 Q 0.329 0.263 0.047 0.093 0.125 0.001 0.011 0.029 0.001 0.001 0.004 0.006 0.013 0.002 0.017 0.005 0.026 0.005 0.008 0.009 0.005 86 A 0.249 0.190 0.042 0.056 0.180 0.002 0.019 0.121 0.002 0.001 0.003 0.004 0.009 0.002 0.020 0.005 0.070 0.005 0.008 0.010 0.003 87 E 0.228 0.214 0.039 0.075 0.058 0.003 0.026 0.266 0.003 0.001 0.002 0.004 0.011 0.002 0.014 0.002 0.037 0.004 0.004 0.004 0.002 88 M 0.203 0.318 0.032 0.039 0.056 0.002 0.011 0.267 0.002 0.001 0.002 0.005 0.010 0.005 0.012 0.003 0.019 0.003 0.004 0.002 0.004 89 I 0.198 0.298 0.021 0.055 0.025 0.001 0.006 0.318 0.002 0.001 0.003 0.010 0.016 0.008 0.008 0.002 0.022 0.002 0.002 0.001 0.002 90 I 0.040 0.132 0.009 0.018 0.022 0.005 0.008 0.704 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.022 0.004 0.022 0.002 0.001 0.002 0.001 91 F 0.056 0.111 0.012 0.059 0.017 0.008 0.021 0.606 0.010 0.003 0.002 0.004 0.008 0.010 0.027 0.002 0.034 0.003 0.001 0.003 0.002 92 E 0.082 0.100 0.013 0.039 0.042 0.008 0.048 0.448 0.042 0.007 0.006 0.006 0.014 0.022 0.032 0.010 0.056 0.010 0.006 0.006 0.005 93 L 0.077 0.055 0.034 0.048 0.021 0.007 0.095 0.383 0.037 0.005 0.006 0.008 0.016 0.026 0.025 0.007 0.094 0.017 0.017 0.014 0.005 94 S 0.021 0.019 0.017 0.016 0.054 0.011 0.083 0.352 0.041 0.006 0.003 0.004 0.005 0.014 0.016 0.024 0.178 0.064 0.035 0.033 0.003 95 L 0.008 0.013 0.011 0.017 0.029 0.015 0.119 0.363 0.029 0.011 0.001 0.002 0.004 0.013 0.045 0.017 0.150 0.066 0.043 0.044 0.001 96 R 0.007 0.009 0.027 0.022 0.015 0.020 0.068 0.492 0.016 0.004 0.002 0.002 0.003 0.011 0.023 0.009 0.173 0.031 0.030 0.035 0.001 97 S 0.009 0.012 0.012 0.019 0.051 0.023 0.103 0.446 0.017 0.006 0.001 0.003 0.004 0.012 0.011 0.017 0.147 0.040 0.037 0.030 0.001 98 L 0.009 0.015 0.024 0.028 0.032 0.014 0.128 0.364 0.013 0.007 0.002 0.003 0.004 0.009 0.042 0.014 0.178 0.039 0.033 0.041 0.001 99 A 0.009 0.012 0.030 0.037 0.044 0.015 0.091 0.355 0.015 0.004 0.002 0.002 0.004 0.008 0.030 0.015 0.178 0.041 0.040 0.065 0.002