# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.022 0.778 0.003 0.007 0.015 0.001 0.001 0.017 0.077 0.012 0.039 0.027 2 K 0.002 0.016 0.719 0.007 0.019 0.027 0.001 0.001 0.020 0.078 0.049 0.015 0.046 3 D 0.003 0.028 0.459 0.012 0.070 0.062 0.001 0.002 0.025 0.132 0.145 0.027 0.033 4 V 0.005 0.026 0.466 0.011 0.073 0.086 0.002 0.002 0.047 0.114 0.072 0.039 0.056 5 V 0.008 0.024 0.441 0.013 0.076 0.081 0.003 0.003 0.045 0.091 0.081 0.029 0.107 6 D 0.010 0.023 0.393 0.018 0.049 0.084 0.003 0.004 0.048 0.119 0.072 0.126 0.051 7 K 0.024 0.036 0.299 0.010 0.047 0.107 0.006 0.005 0.036 0.088 0.082 0.046 0.215 8 C 0.022 0.044 0.355 0.013 0.043 0.102 0.007 0.005 0.033 0.085 0.089 0.107 0.094 9 S 0.012 0.027 0.415 0.016 0.042 0.076 0.004 0.004 0.020 0.112 0.110 0.056 0.107 10 T 0.006 0.016 0.299 0.016 0.045 0.078 0.002 0.001 0.010 0.174 0.263 0.038 0.052 11 K 0.002 0.007 0.144 0.015 0.036 0.038 0.001 0.001 0.004 0.188 0.530 0.013 0.020 12 G 0.007 0.010 0.259 0.014 0.029 0.030 0.002 0.002 0.006 0.337 0.246 0.025 0.031 13 C 0.027 0.020 0.342 0.017 0.022 0.035 0.005 0.005 0.019 0.250 0.073 0.112 0.073 14 A 0.106 0.027 0.128 0.008 0.022 0.049 0.042 0.023 0.052 0.051 0.050 0.045 0.397 15 I 0.148 0.034 0.181 0.084 0.028 0.044 0.052 0.033 0.049 0.056 0.039 0.157 0.095 16 D 0.100 0.014 0.235 0.063 0.015 0.024 0.018 0.012 0.054 0.094 0.040 0.149 0.182 17 I 0.071 0.008 0.175 0.079 0.035 0.044 0.030 0.018 0.065 0.105 0.191 0.030 0.149 18 G 0.134 0.004 0.161 0.098 0.025 0.018 0.022 0.026 0.037 0.164 0.099 0.169 0.041 19 T 0.376 0.004 0.064 0.010 0.014 0.012 0.071 0.027 0.065 0.036 0.016 0.083 0.221 20 V 0.506 0.017 0.041 0.004 0.007 0.008 0.094 0.053 0.057 0.009 0.008 0.066 0.129 21 I 0.326 0.036 0.169 0.012 0.005 0.009 0.072 0.044 0.070 0.031 0.009 0.135 0.083 22 D 0.017 0.012 0.566 0.006 0.004 0.004 0.004 0.003 0.039 0.068 0.018 0.046 0.213 23 N 0.001 0.002 0.066 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.174 0.726 0.005 0.006 24 D 0.001 0.005 0.119 0.004 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.279 0.539 0.015 0.007 25 N 0.006 0.009 0.239 0.006 0.051 0.009 0.001 0.001 0.002 0.381 0.228 0.012 0.055 26 C 0.057 0.022 0.282 0.020 0.039 0.022 0.003 0.001 0.004 0.242 0.122 0.116 0.071 27 T 0.215 0.016 0.103 0.018 0.021 0.038 0.020 0.003 0.006 0.034 0.035 0.043 0.449 28 S 0.380 0.005 0.035 0.042 0.006 0.010 0.025 0.003 0.007 0.010 0.007 0.356 0.114 29 K 0.518 0.003 0.024 0.029 0.003 0.013 0.038 0.003 0.007 0.004 0.005 0.112 0.242 30 F 0.464 0.002 0.034 0.031 0.004 0.017 0.023 0.002 0.012 0.006 0.005 0.237 0.163 31 S 0.431 0.002 0.044 0.088 0.006 0.022 0.032 0.003 0.010 0.010 0.010 0.127 0.213 32 R 0.410 0.002 0.026 0.009 0.008 0.022 0.033 0.005 0.017 0.008 0.011 0.255 0.193 33 F 0.324 0.008 0.053 0.015 0.022 0.042 0.032 0.005 0.021 0.023 0.033 0.066 0.357 34 F 0.082 0.016 0.252 0.011 0.030 0.053 0.007 0.002 0.025 0.082 0.071 0.264 0.106 35 A 0.009 0.023 0.334 0.005 0.021 0.056 0.002 0.001 0.014 0.226 0.155 0.041 0.114 36 T 0.001 0.016 0.505 0.002 0.018 0.162 0.001 0.001 0.002 0.203 0.061 0.008 0.020 37 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.933 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.045 0.001 0.021 0.788 0.001 0.001 0.001 0.025 0.111 0.003 0.004 55 S 0.002 0.007 0.205 0.001 0.026 0.325 0.001 0.001 0.003 0.107 0.304 0.007 0.013 56 S 0.001 0.007 0.501 0.002 0.028 0.104 0.001 0.001 0.003 0.141 0.200 0.007 0.007 57 A 0.001 0.007 0.312 0.002 0.059 0.090 0.001 0.001 0.003 0.150 0.354 0.009 0.012 58 D 0.001 0.008 0.280 0.006 0.065 0.038 0.001 0.001 0.003 0.204 0.373 0.006 0.015 59 E 0.001 0.008 0.280 0.011 0.034 0.026 0.001 0.001 0.006 0.375 0.217 0.033 0.007 60 G 0.004 0.018 0.498 0.010 0.021 0.016 0.002 0.001 0.015 0.117 0.190 0.008 0.101 61 A 0.016 0.021 0.495 0.013 0.008 0.009 0.003 0.002 0.033 0.100 0.020 0.225 0.055 62 S 0.061 0.017 0.278 0.027 0.004 0.006 0.021 0.008 0.083 0.031 0.008 0.111 0.345 63 V 0.169 0.014 0.074 0.030 0.006 0.008 0.051 0.017 0.122 0.011 0.004 0.218 0.277 64 A 0.163 0.008 0.082 0.212 0.008 0.009 0.045 0.016 0.107 0.014 0.011 0.130 0.195 65 Y 0.171 0.004 0.082 0.045 0.013 0.010 0.035 0.014 0.088 0.020 0.014 0.162 0.343 66 K 0.118 0.004 0.067 0.033 0.006 0.010 0.017 0.006 0.089 0.016 0.011 0.464 0.159 67 I 0.162 0.007 0.073 0.012 0.012 0.012 0.020 0.006 0.037 0.013 0.009 0.051 0.589 68 K 0.055 0.009 0.081 0.031 0.009 0.015 0.010 0.004 0.042 0.021 0.009 0.664 0.049 69 D 0.049 0.017 0.080 0.004 0.011 0.016 0.006 0.003 0.015 0.020 0.016 0.035 0.727 70 L 0.040 0.011 0.223 0.051 0.036 0.018 0.004 0.002 0.009 0.059 0.081 0.286 0.182 71 E 0.013 0.002 0.063 0.057 0.038 0.009 0.001 0.001 0.001 0.092 0.596 0.038 0.089 72 G 0.015 0.003 0.056 0.032 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.288 0.440 0.094 0.052 73 Q 0.099 0.005 0.173 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.070 0.046 0.081 0.497 74 V 0.234 0.001 0.029 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.008 0.002 0.471 0.241 75 E 0.479 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.402 76 L 0.626 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.289 0.054 77 D 0.805 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.124 78 A 0.795 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.084 79 A 0.890 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.059 80 F 0.800 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.056 81 T 0.792 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.140 82 F 0.565 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.296 0.114 83 S 0.362 0.001 0.012 0.006 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.003 0.005 0.052 0.537 84 C 0.342 0.002 0.023 0.003 0.002 0.030 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.378 0.206 85 Q 0.198 0.003 0.048 0.026 0.011 0.329 0.003 0.001 0.001 0.015 0.021 0.052 0.293 86 A 0.059 0.001 0.007 0.004 0.019 0.852 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.015 0.025 87 E 0.043 0.001 0.002 0.004 0.016 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.025 88 M 0.099 0.001 0.001 0.001 0.010 0.849 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.024 89 I 0.094 0.001 0.001 0.002 0.003 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.014 90 I 0.104 0.001 0.001 0.005 0.004 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.016 91 F 0.073 0.001 0.003 0.002 0.004 0.870 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.014 0.011 92 E 0.077 0.001 0.004 0.003 0.009 0.847 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.007 0.033 93 L 0.064 0.002 0.023 0.004 0.009 0.737 0.001 0.001 0.001 0.017 0.036 0.061 0.045 94 S 0.021 0.003 0.067 0.008 0.014 0.634 0.001 0.001 0.002 0.031 0.154 0.021 0.042 95 L 0.005 0.003 0.064 0.003 0.032 0.743 0.001 0.001 0.002 0.036 0.086 0.008 0.018 96 R 0.005 0.003 0.063 0.006 0.067 0.614 0.001 0.001 0.004 0.063 0.130 0.032 0.013 97 S 0.009 0.011 0.080 0.003 0.137 0.464 0.001 0.001 0.004 0.057 0.162 0.013 0.058 98 L 0.007 0.021 0.183 0.009 0.105 0.391 0.001 0.001 0.010 0.091 0.136 0.020 0.025 99 A 0.006 0.019 0.395 0.007 0.073 0.185 0.001 0.001 0.008 0.130 0.117 0.024 0.034