# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.034 0.151 0.158 0.056 0.143 0.074 0.011 0.019 0.033 0.048 0.030 0.097 0.024 0.006 0.044 2 K 0.057 0.153 0.142 0.175 0.006 0.112 0.010 0.069 0.007 0.004 0.085 0.057 0.075 0.003 0.037 0.009 3 D 0.020 0.108 0.094 0.228 0.006 0.095 0.006 0.009 0.057 0.027 0.076 0.121 0.089 0.003 0.005 0.056 4 V 0.120 0.062 0.139 0.238 0.019 0.082 0.020 0.006 0.006 0.003 0.070 0.087 0.119 0.010 0.005 0.015 5 V 0.012 0.063 0.263 0.206 0.012 0.115 0.018 0.019 0.003 0.002 0.044 0.064 0.147 0.005 0.016 0.010 6 D 0.009 0.097 0.090 0.304 0.015 0.102 0.017 0.021 0.015 0.009 0.060 0.049 0.164 0.007 0.009 0.031 7 K 0.037 0.105 0.103 0.414 0.009 0.035 0.012 0.015 0.017 0.004 0.048 0.033 0.122 0.007 0.010 0.029 8 C 0.028 0.039 0.306 0.282 0.024 0.067 0.030 0.008 0.009 0.007 0.018 0.037 0.104 0.006 0.009 0.025 9 S 0.024 0.047 0.124 0.153 0.082 0.244 0.024 0.025 0.004 0.008 0.060 0.027 0.149 0.009 0.007 0.014 10 T 0.008 0.042 0.021 0.053 0.316 0.079 0.086 0.028 0.006 0.006 0.145 0.030 0.047 0.120 0.005 0.008 11 K 0.009 0.090 0.031 0.062 0.010 0.016 0.011 0.302 0.016 0.005 0.040 0.048 0.032 0.008 0.308 0.012 12 G 0.030 0.043 0.087 0.081 0.002 0.007 0.007 0.010 0.282 0.067 0.006 0.014 0.030 0.003 0.015 0.316 13 C 0.672 0.014 0.108 0.073 0.002 0.039 0.010 0.003 0.008 0.007 0.010 0.014 0.026 0.001 0.003 0.010 14 A 0.034 0.119 0.466 0.275 0.005 0.025 0.004 0.005 0.003 0.001 0.025 0.008 0.015 0.001 0.002 0.012 15 I 0.010 0.015 0.087 0.855 0.003 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 16 D 0.008 0.032 0.103 0.512 0.167 0.137 0.016 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 0.004 0.001 0.002 17 I 0.004 0.032 0.021 0.549 0.003 0.073 0.001 0.248 0.001 0.001 0.056 0.001 0.005 0.001 0.006 0.001 18 G 0.003 0.140 0.065 0.609 0.002 0.016 0.001 0.003 0.080 0.025 0.012 0.024 0.006 0.001 0.001 0.011 19 T 0.107 0.004 0.049 0.798 0.003 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.010 0.001 0.001 0.002 20 V 0.006 0.026 0.380 0.480 0.031 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.002 0.001 0.010 21 I 0.003 0.037 0.022 0.803 0.090 0.026 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 22 D 0.001 0.014 0.004 0.049 0.045 0.832 0.002 0.034 0.002 0.006 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 23 N 0.002 0.060 0.002 0.010 0.010 0.028 0.002 0.038 0.010 0.012 0.810 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 24 D 0.030 0.096 0.011 0.016 0.003 0.017 0.005 0.021 0.044 0.007 0.064 0.645 0.007 0.005 0.024 0.005 25 N 0.056 0.075 0.365 0.033 0.001 0.027 0.014 0.009 0.025 0.006 0.033 0.069 0.080 0.002 0.086 0.119 26 C 0.151 0.090 0.346 0.069 0.001 0.041 0.008 0.003 0.021 0.004 0.022 0.042 0.054 0.002 0.004 0.142 27 T 0.120 0.082 0.446 0.194 0.002 0.053 0.008 0.003 0.003 0.001 0.020 0.019 0.040 0.001 0.002 0.009 28 S 0.009 0.066 0.345 0.491 0.001 0.032 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.009 0.026 0.001 0.001 0.004 29 K 0.003 0.028 0.083 0.851 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.003 30 F 0.005 0.006 0.089 0.817 0.003 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 31 S 0.001 0.049 0.076 0.781 0.008 0.041 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.006 0.020 0.001 0.001 0.001 32 R 0.002 0.014 0.010 0.856 0.016 0.052 0.001 0.004 0.001 0.001 0.020 0.003 0.019 0.001 0.001 0.002 33 F 0.007 0.141 0.085 0.590 0.023 0.056 0.011 0.011 0.003 0.002 0.009 0.015 0.030 0.003 0.004 0.009 34 F 0.011 0.042 0.038 0.248 0.025 0.500 0.013 0.011 0.006 0.009 0.021 0.011 0.045 0.002 0.005 0.013 35 A 0.016 0.406 0.086 0.215 0.003 0.029 0.002 0.033 0.004 0.007 0.130 0.022 0.028 0.001 0.004 0.014 36 T 0.004 0.007 0.002 0.008 0.001 0.831 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.097 0.032 0.001 0.001 0.001 37 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.895 0.010 0.074 0.001 0.001 0.001 38 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.931 0.050 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.982 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.987 0.001 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.008 0.002 0.015 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.004 0.002 52 A 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.966 0.005 0.005 0.011 53 A 0.004 0.002 0.007 0.003 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.845 0.033 0.015 0.072 54 A 0.005 0.008 0.246 0.004 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.573 0.021 0.029 0.062 55 S 0.011 0.038 0.199 0.032 0.003 0.030 0.068 0.004 0.001 0.001 0.013 0.013 0.475 0.026 0.025 0.063 56 S 0.024 0.046 0.093 0.036 0.014 0.147 0.074 0.013 0.004 0.003 0.063 0.027 0.335 0.047 0.026 0.049 57 A 0.016 0.102 0.069 0.025 0.005 0.059 0.014 0.030 0.005 0.003 0.262 0.054 0.266 0.009 0.046 0.036 58 D 0.029 0.087 0.076 0.026 0.044 0.023 0.151 0.005 0.017 0.007 0.054 0.117 0.088 0.201 0.012 0.065 59 E 0.048 0.040 0.124 0.041 0.003 0.033 0.032 0.113 0.003 0.002 0.027 0.032 0.092 0.005 0.390 0.014 60 G 0.014 0.104 0.219 0.061 0.001 0.011 0.006 0.005 0.122 0.017 0.010 0.010 0.032 0.002 0.008 0.380 61 A 0.549 0.016 0.111 0.264 0.001 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 0.010 0.014 0.001 0.001 0.008 62 S 0.013 0.040 0.628 0.286 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 63 V 0.003 0.009 0.045 0.876 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 64 A 0.001 0.079 0.088 0.772 0.005 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.001 0.009 0.013 0.926 0.002 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 66 K 0.003 0.050 0.075 0.776 0.008 0.052 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.008 0.012 0.001 0.001 0.004 67 I 0.008 0.025 0.033 0.633 0.036 0.199 0.006 0.004 0.001 0.001 0.018 0.006 0.026 0.001 0.001 0.002 68 K 0.002 0.284 0.052 0.535 0.010 0.044 0.003 0.021 0.002 0.001 0.018 0.010 0.012 0.001 0.002 0.003 69 D 0.008 0.038 0.020 0.258 0.030 0.512 0.004 0.014 0.015 0.012 0.019 0.019 0.036 0.001 0.002 0.010 70 L 0.011 0.032 0.051 0.031 0.231 0.036 0.063 0.014 0.002 0.004 0.449 0.011 0.028 0.033 0.002 0.004 71 E 0.007 0.159 0.033 0.056 0.009 0.031 0.013 0.302 0.008 0.003 0.022 0.124 0.023 0.013 0.190 0.006 72 G 0.015 0.049 0.071 0.125 0.001 0.017 0.005 0.023 0.242 0.051 0.023 0.011 0.047 0.002 0.039 0.278 73 Q 0.603 0.038 0.138 0.126 0.001 0.003 0.002 0.001 0.026 0.002 0.002 0.005 0.008 0.001 0.001 0.046 74 V 0.107 0.011 0.557 0.307 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 75 E 0.002 0.010 0.190 0.790 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.001 0.003 0.011 0.978 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.001 0.014 0.014 0.968 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 A 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.001 0.087 0.047 0.853 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 T 0.001 0.058 0.071 0.799 0.019 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 F 0.001 0.011 0.005 0.899 0.005 0.040 0.001 0.008 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.005 0.097 0.041 0.762 0.022 0.044 0.001 0.003 0.005 0.001 0.006 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 84 C 0.012 0.025 0.025 0.579 0.006 0.264 0.001 0.013 0.001 0.005 0.031 0.012 0.026 0.001 0.001 0.001 85 Q 0.002 0.229 0.021 0.204 0.003 0.323 0.001 0.004 0.003 0.003 0.110 0.058 0.037 0.001 0.001 0.002 86 A 0.003 0.004 0.003 0.066 0.001 0.320 0.001 0.002 0.001 0.001 0.335 0.083 0.181 0.001 0.001 0.001 87 E 0.001 0.242 0.025 0.035 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.481 0.187 0.001 0.001 0.001 88 M 0.001 0.003 0.005 0.194 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 0.758 0.001 0.001 0.002 89 I 0.001 0.007 0.069 0.035 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.849 0.001 0.001 0.001 90 I 0.001 0.009 0.006 0.260 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.703 0.001 0.001 0.001 91 F 0.001 0.013 0.003 0.176 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.755 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.009 0.007 0.277 0.011 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.627 0.015 0.001 0.008 93 L 0.001 0.024 0.015 0.143 0.003 0.044 0.003 0.005 0.001 0.001 0.012 0.016 0.709 0.001 0.019 0.002 94 S 0.001 0.033 0.008 0.050 0.006 0.085 0.009 0.002 0.003 0.003 0.018 0.015 0.691 0.022 0.002 0.053 95 L 0.015 0.020 0.012 0.039 0.005 0.045 0.018 0.009 0.001 0.001 0.060 0.036 0.677 0.014 0.041 0.008 96 R 0.004 0.051 0.077 0.035 0.001 0.011 0.007 0.011 0.005 0.003 0.037 0.052 0.599 0.008 0.036 0.065 97 S 0.035 0.010 0.022 0.040 0.004 0.041 0.015 0.002 0.007 0.003 0.015 0.049 0.664 0.019 0.007 0.065 98 L 0.015 0.018 0.085 0.017 0.027 0.033 0.112 0.004 0.001 0.001 0.060 0.024 0.510 0.068 0.011 0.015 99 A 0.005 0.063 0.078 0.044 0.014 0.022 0.055 0.082 0.004 0.002 0.029 0.069 0.325 0.052 0.124 0.032