# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.043 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.039 0.110 0.702 2 K 0.043 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.041 0.112 0.663 3 D 0.076 0.125 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.073 0.069 0.105 0.536 4 V 0.096 0.110 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.096 0.076 0.099 0.504 5 V 0.092 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.103 0.096 0.104 0.536 6 D 0.060 0.030 0.003 0.001 0.004 0.011 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.212 0.130 0.107 0.400 7 K 0.028 0.027 0.006 0.002 0.026 0.073 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.115 0.115 0.121 0.448 8 C 0.076 0.015 0.028 0.002 0.108 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.138 0.082 0.416 9 S 0.412 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.064 0.071 0.378 10 T 0.094 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.039 0.119 0.716 11 K 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.019 0.123 0.766 12 G 0.018 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.043 0.129 0.699 13 C 0.011 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.133 0.059 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.241 0.054 0.071 0.305 14 A 0.012 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.004 0.022 0.011 0.005 0.003 0.354 0.061 0.081 0.410 15 I 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.049 0.101 0.024 0.005 0.363 0.065 0.080 0.286 16 D 0.020 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.024 0.011 0.582 0.092 0.049 0.162 17 I 0.023 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.488 0.082 0.063 0.271 18 G 0.014 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.654 0.044 0.049 0.205 19 T 0.010 0.004 0.001 0.001 0.008 0.021 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.687 0.054 0.034 0.128 20 V 0.006 0.002 0.005 0.001 0.138 0.095 0.094 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.067 0.055 0.165 21 I 0.066 0.004 0.006 0.001 0.069 0.018 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.077 0.076 0.306 22 D 0.371 0.014 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.112 0.075 0.344 23 N 0.037 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.120 0.141 0.657 24 D 0.036 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.163 0.142 0.567 25 N 0.022 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.085 0.153 0.502 26 C 0.012 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.064 0.029 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.346 0.067 0.084 0.312 27 T 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.052 0.008 0.095 0.023 0.011 0.004 0.246 0.097 0.078 0.360 28 S 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.004 0.042 0.116 0.029 0.006 0.592 0.045 0.026 0.114 29 K 0.012 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.014 0.025 0.012 0.508 0.064 0.058 0.267 30 F 0.009 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.004 0.731 0.053 0.024 0.143 31 S 0.020 0.026 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.454 0.053 0.058 0.371 32 R 0.007 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.658 0.090 0.045 0.179 33 F 0.036 0.049 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.202 0.074 0.404 34 F 0.101 0.231 0.005 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.118 0.069 0.341 35 A 0.006 0.269 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.064 0.058 0.560 36 T 0.016 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 0.019 37 R 0.018 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.011 38 E 0.003 0.413 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.554 0.004 0.025 39 E 0.002 0.827 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.004 0.015 40 A 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 41 E 0.004 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.001 0.004 42 S 0.001 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.257 0.006 0.029 43 F 0.002 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.003 0.009 44 M 0.010 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.006 45 T 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.020 46 K 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.023 47 L 0.002 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 48 K 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.010 49 E 0.006 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.037 50 L 0.035 0.889 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.005 0.033 51 A 0.085 0.375 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.422 0.032 0.070 52 A 0.119 0.124 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.239 0.072 0.437 53 A 0.098 0.053 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.077 0.066 0.694 54 A 0.076 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.065 0.127 0.684 55 S 0.042 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.029 0.153 0.741 56 S 0.105 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.045 0.087 0.720 57 A 0.125 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.059 0.096 0.670 58 D 0.133 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.082 0.106 0.644 59 E 0.074 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.057 0.128 0.631 60 G 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.025 0.116 0.743 61 A 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.462 0.035 0.079 0.391 62 S 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.437 0.043 0.073 0.410 63 V 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.539 0.051 0.052 0.322 64 A 0.035 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.445 0.057 0.052 0.377 65 Y 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.421 0.028 0.072 0.444 66 K 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.604 0.022 0.050 0.291 67 I 0.032 0.007 0.001 0.001 0.008 0.030 0.063 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.035 0.076 0.538 68 K 0.018 0.006 0.003 0.001 0.103 0.056 0.028 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.322 0.042 0.073 0.336 69 D 0.089 0.007 0.009 0.001 0.048 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.078 0.071 0.606 70 L 0.556 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.058 0.044 0.295 71 E 0.062 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.023 0.106 0.772 72 G 0.012 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.028 0.111 0.670 73 Q 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.035 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.074 0.104 0.462 74 V 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.071 0.045 0.004 0.006 0.004 0.003 0.002 0.486 0.064 0.040 0.212 75 E 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.006 0.112 0.050 0.014 0.006 0.392 0.051 0.049 0.286 76 L 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.092 0.035 0.008 0.663 0.037 0.025 0.098 77 D 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.007 0.656 0.108 0.039 0.156 78 A 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.742 0.058 0.044 0.134 79 A 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.684 0.058 0.052 0.187 80 F 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.785 0.052 0.031 0.101 81 T 0.016 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.508 0.076 0.081 0.282 82 F 0.030 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.588 0.093 0.044 0.146 83 S 0.040 0.303 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.059 0.082 0.276 84 C 0.015 0.590 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.034 0.045 0.152 85 Q 0.022 0.833 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.046 0.012 0.039 86 A 0.006 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 0.007 0.022 87 E 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.003 0.009 88 M 0.003 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.002 0.008 89 I 0.010 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.004 90 I 0.027 0.488 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.398 0.008 0.026 91 F 0.014 0.557 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.178 0.024 0.055 92 E 0.089 0.447 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.154 0.037 0.120 93 L 0.092 0.228 0.060 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.323 0.042 0.186 94 S 0.063 0.226 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.166 0.086 0.379 95 L 0.203 0.146 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.132 0.086 0.392 96 R 0.105 0.053 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.083 0.132 0.543 97 S 0.043 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.050 0.120 0.701 98 L 0.061 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.049 0.128 0.667 99 A 0.069 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.047 0.133 0.660