# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.031 0.001 0.016 0.012 0.019 0.091 0.005 0.001 0.034 0.679 2 K 0.044 0.041 0.002 0.021 0.030 0.031 0.129 0.004 0.001 0.031 0.667 3 D 0.045 0.060 0.002 0.037 0.026 0.050 0.108 0.005 0.001 0.037 0.629 4 V 0.088 0.081 0.004 0.032 0.092 0.094 0.084 0.010 0.001 0.058 0.455 5 V 0.110 0.042 0.002 0.034 0.038 0.056 0.093 0.007 0.001 0.109 0.507 6 D 0.027 0.022 0.002 0.035 0.063 0.116 0.105 0.003 0.001 0.166 0.460 7 K 0.020 0.029 0.002 0.035 0.060 0.094 0.092 0.004 0.001 0.060 0.604 8 C 0.052 0.023 0.009 0.033 0.093 0.088 0.095 0.007 0.004 0.067 0.529 9 S 0.191 0.021 0.003 0.031 0.052 0.073 0.089 0.008 0.002 0.070 0.461 10 T 0.121 0.012 0.002 0.025 0.025 0.049 0.096 0.004 0.001 0.055 0.610 11 K 0.020 0.009 0.001 0.032 0.031 0.060 0.130 0.002 0.001 0.028 0.686 12 G 0.016 0.011 0.001 0.035 0.044 0.084 0.136 0.002 0.001 0.053 0.617 13 C 0.015 0.010 0.001 0.076 0.227 0.186 0.098 0.002 0.001 0.060 0.325 14 A 0.012 0.010 0.002 0.126 0.114 0.230 0.080 0.002 0.001 0.078 0.346 15 I 0.014 0.008 0.002 0.174 0.160 0.198 0.078 0.002 0.001 0.091 0.274 16 D 0.028 0.020 0.002 0.232 0.116 0.205 0.061 0.004 0.001 0.132 0.200 17 I 0.023 0.023 0.002 0.138 0.109 0.175 0.093 0.006 0.001 0.073 0.357 18 G 0.016 0.023 0.001 0.191 0.106 0.248 0.083 0.004 0.001 0.052 0.273 19 T 0.017 0.008 0.001 0.194 0.147 0.364 0.055 0.002 0.001 0.070 0.142 20 V 0.018 0.004 0.002 0.162 0.131 0.214 0.106 0.002 0.001 0.099 0.261 21 I 0.019 0.004 0.004 0.153 0.133 0.231 0.119 0.002 0.003 0.057 0.276 22 D 0.219 0.011 0.003 0.045 0.035 0.089 0.108 0.007 0.002 0.067 0.416 23 N 0.242 0.008 0.001 0.011 0.007 0.018 0.120 0.005 0.001 0.084 0.504 24 D 0.010 0.006 0.001 0.006 0.011 0.035 0.147 0.001 0.001 0.024 0.758 25 N 0.012 0.014 0.001 0.018 0.057 0.113 0.137 0.002 0.001 0.036 0.610 26 C 0.007 0.014 0.001 0.021 0.273 0.379 0.049 0.002 0.001 0.036 0.219 27 T 0.012 0.015 0.001 0.022 0.191 0.325 0.052 0.002 0.001 0.055 0.325 28 S 0.003 0.011 0.001 0.027 0.339 0.449 0.023 0.001 0.001 0.031 0.116 29 K 0.010 0.032 0.002 0.061 0.243 0.382 0.036 0.002 0.001 0.066 0.166 30 F 0.016 0.047 0.003 0.038 0.279 0.297 0.039 0.005 0.001 0.079 0.197 31 S 0.022 0.081 0.003 0.053 0.282 0.218 0.049 0.003 0.001 0.081 0.206 32 R 0.014 0.041 0.002 0.032 0.111 0.189 0.040 0.001 0.001 0.412 0.157 33 F 0.024 0.184 0.004 0.036 0.062 0.063 0.066 0.005 0.001 0.226 0.328 34 F 0.058 0.334 0.005 0.028 0.065 0.061 0.063 0.008 0.001 0.055 0.322 35 A 0.013 0.421 0.006 0.021 0.019 0.014 0.060 0.003 0.001 0.039 0.404 36 T 0.007 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.021 0.016 37 R 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.004 38 E 0.006 0.272 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.692 0.015 39 E 0.002 0.528 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.422 0.025 40 A 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.003 41 E 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.004 42 S 0.001 0.640 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.323 0.021 43 F 0.008 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.003 44 M 0.005 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.019 0.006 45 T 0.002 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.031 0.027 46 K 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.015 47 L 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.002 48 K 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.005 49 E 0.005 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 0.023 50 L 0.023 0.885 0.007 0.002 0.001 0.002 0.009 0.010 0.001 0.036 0.026 51 A 0.044 0.368 0.031 0.007 0.002 0.006 0.033 0.015 0.008 0.412 0.073 52 A 0.059 0.163 0.025 0.007 0.007 0.009 0.080 0.007 0.009 0.360 0.273 53 A 0.066 0.059 0.007 0.005 0.005 0.006 0.085 0.009 0.002 0.059 0.697 54 A 0.089 0.030 0.017 0.010 0.010 0.014 0.131 0.011 0.003 0.050 0.635 55 S 0.052 0.026 0.004 0.006 0.005 0.011 0.095 0.004 0.001 0.030 0.765 56 S 0.065 0.014 0.002 0.004 0.004 0.005 0.094 0.003 0.001 0.033 0.775 57 A 0.050 0.021 0.003 0.012 0.010 0.012 0.127 0.006 0.001 0.031 0.728 58 D 0.083 0.012 0.003 0.012 0.006 0.010 0.116 0.004 0.001 0.046 0.706 59 E 0.060 0.017 0.002 0.042 0.032 0.048 0.131 0.003 0.001 0.043 0.622 60 G 0.019 0.010 0.001 0.038 0.016 0.047 0.094 0.002 0.001 0.025 0.747 61 A 0.011 0.012 0.002 0.092 0.139 0.167 0.095 0.002 0.001 0.028 0.452 62 S 0.016 0.025 0.002 0.096 0.094 0.160 0.075 0.002 0.001 0.062 0.468 63 V 0.024 0.026 0.002 0.071 0.186 0.183 0.070 0.003 0.001 0.048 0.386 64 A 0.030 0.044 0.002 0.095 0.140 0.273 0.058 0.006 0.001 0.050 0.303 65 Y 0.027 0.044 0.003 0.047 0.152 0.223 0.055 0.003 0.001 0.057 0.388 66 K 0.045 0.072 0.002 0.063 0.182 0.253 0.052 0.005 0.001 0.053 0.272 67 I 0.079 0.087 0.003 0.045 0.133 0.173 0.065 0.007 0.002 0.041 0.365 68 K 0.040 0.042 0.030 0.068 0.193 0.220 0.057 0.006 0.024 0.056 0.262 69 D 0.255 0.028 0.007 0.017 0.043 0.089 0.058 0.008 0.006 0.057 0.431 70 L 0.430 0.010 0.002 0.012 0.031 0.033 0.054 0.008 0.001 0.037 0.381 71 E 0.049 0.003 0.001 0.012 0.012 0.022 0.083 0.001 0.001 0.015 0.802 72 G 0.007 0.005 0.001 0.017 0.022 0.090 0.090 0.001 0.001 0.013 0.754 73 Q 0.008 0.003 0.001 0.016 0.140 0.212 0.072 0.001 0.001 0.027 0.520 74 V 0.002 0.001 0.001 0.029 0.452 0.349 0.021 0.001 0.001 0.012 0.133 75 E 0.004 0.002 0.001 0.050 0.176 0.382 0.031 0.001 0.001 0.033 0.320 76 L 0.001 0.001 0.001 0.024 0.516 0.365 0.008 0.001 0.001 0.013 0.071 77 D 0.003 0.001 0.001 0.058 0.260 0.443 0.018 0.001 0.001 0.051 0.164 78 A 0.001 0.001 0.001 0.024 0.555 0.349 0.006 0.001 0.001 0.013 0.051 79 A 0.001 0.001 0.001 0.075 0.327 0.412 0.012 0.001 0.001 0.041 0.131 80 F 0.001 0.001 0.001 0.030 0.603 0.293 0.007 0.001 0.001 0.012 0.053 81 T 0.004 0.007 0.001 0.089 0.359 0.309 0.024 0.001 0.001 0.048 0.157 82 F 0.005 0.031 0.001 0.054 0.380 0.249 0.032 0.001 0.001 0.044 0.202 83 S 0.021 0.359 0.002 0.040 0.115 0.111 0.040 0.006 0.001 0.084 0.222 84 C 0.013 0.596 0.002 0.021 0.072 0.104 0.022 0.002 0.001 0.071 0.097 85 Q 0.005 0.809 0.001 0.005 0.022 0.021 0.010 0.001 0.001 0.082 0.042 86 A 0.005 0.908 0.001 0.003 0.008 0.012 0.007 0.001 0.001 0.035 0.020 87 E 0.002 0.926 0.001 0.004 0.008 0.013 0.005 0.001 0.001 0.025 0.015 88 M 0.003 0.930 0.001 0.005 0.006 0.015 0.004 0.001 0.001 0.018 0.017 89 I 0.005 0.896 0.002 0.012 0.012 0.020 0.007 0.001 0.001 0.027 0.019 90 I 0.013 0.599 0.006 0.038 0.015 0.031 0.028 0.002 0.001 0.221 0.048 91 F 0.015 0.525 0.018 0.045 0.025 0.043 0.035 0.005 0.005 0.196 0.086 92 E 0.072 0.528 0.007 0.017 0.023 0.025 0.034 0.010 0.001 0.109 0.174 93 L 0.062 0.169 0.015 0.018 0.024 0.021 0.065 0.006 0.002 0.289 0.328 94 S 0.039 0.245 0.011 0.041 0.018 0.041 0.093 0.010 0.003 0.121 0.378 95 L 0.118 0.164 0.007 0.019 0.011 0.022 0.070 0.015 0.003 0.064 0.507 96 R 0.094 0.063 0.017 0.036 0.055 0.042 0.086 0.008 0.005 0.063 0.530 97 S 0.087 0.038 0.005 0.040 0.018 0.036 0.095 0.005 0.002 0.073 0.601 98 L 0.090 0.032 0.006 0.034 0.017 0.026 0.121 0.008 0.002 0.062 0.602 99 A 0.080 0.033 0.005 0.029 0.017 0.022 0.122 0.006 0.001 0.057 0.627