# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.047 0.011 0.025 0.040 0.086 0.060 0.644 2 K 0.063 0.049 0.013 0.030 0.047 0.110 0.044 0.644 3 D 0.050 0.070 0.013 0.033 0.051 0.098 0.039 0.646 4 V 0.070 0.081 0.015 0.043 0.062 0.100 0.048 0.581 5 V 0.072 0.052 0.022 0.040 0.056 0.096 0.112 0.549 6 D 0.040 0.037 0.023 0.079 0.076 0.089 0.198 0.458 7 K 0.031 0.035 0.028 0.053 0.084 0.115 0.135 0.519 8 C 0.069 0.027 0.029 0.056 0.078 0.107 0.066 0.567 9 S 0.195 0.025 0.017 0.039 0.059 0.095 0.073 0.498 10 T 0.071 0.024 0.011 0.018 0.031 0.092 0.055 0.699 11 K 0.050 0.021 0.022 0.027 0.086 0.165 0.034 0.595 12 G 0.027 0.013 0.036 0.061 0.125 0.115 0.062 0.561 13 C 0.010 0.017 0.082 0.182 0.258 0.101 0.060 0.289 14 A 0.005 0.013 0.174 0.110 0.259 0.063 0.069 0.307 15 I 0.013 0.010 0.187 0.231 0.155 0.073 0.111 0.221 16 D 0.032 0.021 0.232 0.126 0.112 0.071 0.191 0.215 17 I 0.027 0.028 0.140 0.069 0.129 0.130 0.093 0.383 18 G 0.016 0.012 0.261 0.087 0.235 0.065 0.104 0.220 19 T 0.016 0.011 0.260 0.163 0.241 0.042 0.117 0.150 20 V 0.010 0.007 0.178 0.184 0.225 0.063 0.082 0.251 21 I 0.025 0.004 0.231 0.123 0.139 0.095 0.077 0.307 22 D 0.282 0.009 0.040 0.029 0.047 0.124 0.101 0.368 23 N 0.092 0.006 0.012 0.006 0.013 0.108 0.042 0.722 24 D 0.029 0.008 0.014 0.010 0.040 0.153 0.041 0.705 25 N 0.021 0.024 0.038 0.043 0.096 0.133 0.074 0.570 26 C 0.017 0.054 0.038 0.179 0.243 0.071 0.034 0.363 27 T 0.009 0.041 0.068 0.130 0.258 0.051 0.065 0.378 28 S 0.007 0.041 0.080 0.303 0.314 0.037 0.088 0.131 29 K 0.025 0.127 0.090 0.216 0.287 0.030 0.092 0.132 30 F 0.019 0.146 0.067 0.214 0.284 0.031 0.087 0.151 31 S 0.030 0.111 0.086 0.175 0.350 0.036 0.056 0.157 32 R 0.021 0.043 0.052 0.262 0.289 0.036 0.155 0.143 33 F 0.032 0.153 0.058 0.097 0.148 0.077 0.112 0.322 34 F 0.067 0.263 0.028 0.088 0.106 0.069 0.049 0.329 35 A 0.018 0.300 0.015 0.021 0.017 0.063 0.032 0.534 36 T 0.019 0.933 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.024 37 R 0.029 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.013 38 E 0.015 0.689 0.004 0.002 0.001 0.011 0.223 0.055 39 E 0.008 0.868 0.002 0.001 0.001 0.004 0.104 0.013 40 A 0.017 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.006 41 E 0.003 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.006 42 S 0.004 0.484 0.001 0.001 0.001 0.007 0.475 0.028 43 F 0.012 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.013 44 M 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.015 45 T 0.008 0.936 0.002 0.001 0.001 0.004 0.030 0.021 46 K 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 47 L 0.011 0.958 0.010 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 48 K 0.020 0.948 0.009 0.001 0.001 0.002 0.012 0.009 49 E 0.008 0.944 0.020 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 50 L 0.027 0.893 0.038 0.001 0.001 0.004 0.012 0.026 51 A 0.163 0.380 0.060 0.001 0.001 0.022 0.277 0.097 52 A 0.052 0.164 0.033 0.002 0.001 0.035 0.378 0.335 53 A 0.079 0.142 0.031 0.001 0.002 0.062 0.120 0.562 54 A 0.109 0.068 0.040 0.008 0.006 0.119 0.079 0.570 55 S 0.074 0.020 0.012 0.004 0.005 0.088 0.028 0.770 56 S 0.088 0.015 0.009 0.003 0.003 0.073 0.039 0.769 57 A 0.090 0.015 0.011 0.006 0.007 0.137 0.044 0.691 58 D 0.119 0.009 0.013 0.005 0.007 0.098 0.058 0.690 59 E 0.065 0.013 0.021 0.017 0.026 0.137 0.037 0.684 60 G 0.014 0.007 0.034 0.012 0.035 0.086 0.029 0.782 61 A 0.012 0.013 0.121 0.112 0.176 0.126 0.038 0.403 62 S 0.010 0.013 0.121 0.097 0.180 0.069 0.060 0.450 63 V 0.027 0.036 0.091 0.204 0.182 0.056 0.059 0.346 64 A 0.037 0.044 0.103 0.146 0.256 0.050 0.081 0.283 65 Y 0.025 0.038 0.058 0.190 0.227 0.056 0.055 0.352 66 K 0.018 0.042 0.062 0.211 0.256 0.055 0.043 0.313 67 I 0.035 0.035 0.038 0.151 0.172 0.069 0.054 0.446 68 K 0.027 0.019 0.043 0.219 0.199 0.069 0.103 0.321 69 D 0.153 0.020 0.019 0.057 0.067 0.070 0.092 0.522 70 L 0.457 0.019 0.007 0.023 0.026 0.049 0.079 0.341 71 E 0.053 0.009 0.008 0.019 0.039 0.080 0.022 0.771 72 G 0.018 0.009 0.012 0.029 0.154 0.099 0.036 0.643 73 Q 0.006 0.004 0.033 0.145 0.249 0.073 0.041 0.449 74 V 0.007 0.003 0.045 0.347 0.449 0.027 0.028 0.094 75 E 0.007 0.002 0.075 0.206 0.344 0.024 0.048 0.294 76 L 0.004 0.001 0.072 0.382 0.429 0.017 0.019 0.076 77 D 0.005 0.001 0.112 0.189 0.386 0.025 0.042 0.239 78 A 0.003 0.002 0.059 0.330 0.469 0.020 0.020 0.097 79 A 0.002 0.002 0.104 0.231 0.462 0.018 0.033 0.147 80 F 0.002 0.006 0.064 0.383 0.397 0.019 0.028 0.101 81 T 0.006 0.049 0.121 0.273 0.326 0.022 0.042 0.161 82 F 0.012 0.279 0.047 0.209 0.170 0.028 0.071 0.185 83 S 0.005 0.700 0.038 0.059 0.067 0.014 0.056 0.060 84 C 0.003 0.888 0.007 0.016 0.017 0.005 0.044 0.019 85 Q 0.003 0.956 0.002 0.004 0.005 0.001 0.028 0.002 86 A 0.001 0.982 0.001 0.002 0.003 0.001 0.009 0.002 87 E 0.001 0.957 0.001 0.005 0.009 0.001 0.019 0.007 88 M 0.002 0.934 0.002 0.011 0.013 0.002 0.031 0.005 89 I 0.003 0.935 0.002 0.007 0.009 0.003 0.032 0.008 90 I 0.010 0.635 0.013 0.028 0.034 0.009 0.247 0.023 91 F 0.006 0.799 0.007 0.030 0.027 0.008 0.102 0.022 92 E 0.051 0.762 0.017 0.017 0.035 0.015 0.053 0.050 93 L 0.086 0.251 0.057 0.093 0.061 0.051 0.258 0.144 94 S 0.039 0.352 0.017 0.019 0.024 0.050 0.211 0.288 95 L 0.161 0.300 0.014 0.008 0.013 0.050 0.060 0.393 96 R 0.068 0.108 0.032 0.046 0.035 0.127 0.137 0.448 97 S 0.054 0.055 0.018 0.012 0.018 0.092 0.131 0.621 98 L 0.120 0.068 0.026 0.019 0.024 0.110 0.145 0.489 99 A 0.076 0.036 0.023 0.024 0.030 0.114 0.074 0.623