# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.262 0.136 0.039 0.096 0.095 0.092 0.114 0.074 0.046 0.028 0.017 2 K 0.453 0.251 0.061 0.111 0.064 0.023 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 3 D 0.512 0.178 0.058 0.094 0.055 0.034 0.033 0.018 0.010 0.006 0.002 4 V 0.174 0.181 0.056 0.143 0.128 0.096 0.106 0.053 0.034 0.020 0.009 5 V 0.054 0.066 0.042 0.126 0.124 0.172 0.188 0.104 0.069 0.036 0.019 6 D 0.263 0.147 0.159 0.149 0.091 0.076 0.059 0.028 0.015 0.009 0.003 7 K 0.154 0.164 0.117 0.251 0.147 0.085 0.051 0.016 0.009 0.004 0.002 8 C 0.023 0.013 0.014 0.025 0.035 0.051 0.122 0.184 0.194 0.166 0.172 9 S 0.143 0.186 0.143 0.261 0.145 0.058 0.035 0.014 0.008 0.005 0.002 10 T 0.124 0.100 0.161 0.159 0.103 0.095 0.093 0.051 0.052 0.039 0.024 11 K 0.114 0.102 0.054 0.169 0.169 0.146 0.130 0.049 0.036 0.020 0.010 12 G 0.197 0.167 0.050 0.168 0.127 0.099 0.094 0.042 0.033 0.015 0.008 13 C 0.012 0.011 0.014 0.026 0.032 0.047 0.109 0.148 0.218 0.200 0.184 14 A 0.056 0.075 0.054 0.143 0.142 0.117 0.161 0.083 0.075 0.048 0.046 15 I 0.006 0.009 0.013 0.026 0.026 0.044 0.099 0.127 0.218 0.229 0.203 16 D 0.037 0.069 0.053 0.164 0.162 0.128 0.140 0.083 0.073 0.052 0.039 17 I 0.005 0.006 0.006 0.015 0.020 0.032 0.085 0.167 0.212 0.236 0.216 18 G 0.081 0.088 0.041 0.157 0.145 0.143 0.121 0.069 0.069 0.055 0.032 19 T 0.014 0.023 0.023 0.064 0.079 0.090 0.162 0.150 0.166 0.140 0.089 20 V 0.008 0.013 0.014 0.032 0.033 0.042 0.095 0.145 0.197 0.219 0.202 21 I 0.007 0.010 0.015 0.031 0.037 0.052 0.117 0.159 0.184 0.203 0.186 22 D 0.037 0.194 0.097 0.192 0.148 0.099 0.089 0.054 0.038 0.032 0.019 23 N 0.183 0.143 0.048 0.147 0.157 0.099 0.098 0.055 0.034 0.023 0.014 24 D 0.636 0.169 0.033 0.074 0.042 0.017 0.013 0.007 0.005 0.003 0.001 25 N 0.200 0.176 0.046 0.185 0.134 0.089 0.074 0.039 0.029 0.020 0.009 26 C 0.026 0.043 0.027 0.078 0.078 0.121 0.189 0.145 0.136 0.092 0.063 27 T 0.084 0.151 0.097 0.262 0.196 0.089 0.064 0.025 0.017 0.010 0.004 28 S 0.037 0.039 0.055 0.077 0.088 0.135 0.167 0.130 0.121 0.089 0.062 29 K 0.109 0.193 0.121 0.300 0.163 0.055 0.032 0.011 0.008 0.006 0.002 30 F 0.004 0.004 0.008 0.013 0.015 0.029 0.089 0.198 0.230 0.222 0.188 31 S 0.061 0.089 0.145 0.266 0.205 0.086 0.069 0.032 0.023 0.019 0.005 32 R 0.048 0.073 0.176 0.169 0.129 0.110 0.137 0.061 0.050 0.034 0.013 33 F 0.027 0.063 0.075 0.114 0.125 0.146 0.207 0.092 0.079 0.052 0.020 34 F 0.026 0.024 0.041 0.057 0.068 0.104 0.248 0.179 0.124 0.089 0.040 35 A 0.249 0.159 0.288 0.150 0.064 0.030 0.026 0.018 0.008 0.006 0.002 36 T 0.085 0.309 0.179 0.137 0.072 0.073 0.090 0.026 0.015 0.010 0.003 37 R 0.071 0.067 0.053 0.131 0.161 0.187 0.209 0.077 0.028 0.011 0.005 38 E 0.798 0.029 0.125 0.028 0.007 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 39 E 0.015 0.056 0.305 0.286 0.152 0.113 0.057 0.010 0.004 0.002 0.001 40 A 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.018 0.111 0.213 0.254 0.197 0.193 41 E 0.018 0.014 0.448 0.171 0.164 0.104 0.060 0.014 0.004 0.003 0.001 42 S 0.008 0.009 0.900 0.056 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.001 0.008 0.047 0.024 0.026 0.097 0.358 0.153 0.148 0.097 0.040 44 M 0.002 0.002 0.014 0.010 0.021 0.078 0.301 0.224 0.188 0.100 0.061 45 T 0.031 0.012 0.883 0.048 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.002 0.011 0.274 0.177 0.218 0.168 0.125 0.017 0.005 0.002 0.001 47 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.058 0.113 0.264 0.303 0.249 48 K 0.003 0.005 0.091 0.099 0.217 0.234 0.261 0.053 0.022 0.012 0.003 49 E 0.010 0.010 0.919 0.042 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.002 0.005 0.043 0.048 0.072 0.202 0.442 0.096 0.055 0.025 0.010 51 A 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.008 0.061 0.139 0.244 0.264 0.268 52 A 0.002 0.006 0.335 0.158 0.290 0.100 0.073 0.022 0.008 0.006 0.001 53 A 0.005 0.016 0.711 0.098 0.084 0.041 0.031 0.008 0.004 0.002 0.001 54 A 0.015 0.017 0.066 0.064 0.092 0.149 0.358 0.111 0.069 0.044 0.016 55 S 0.094 0.043 0.064 0.048 0.055 0.084 0.226 0.156 0.121 0.068 0.041 56 S 0.200 0.218 0.282 0.123 0.064 0.041 0.032 0.018 0.011 0.008 0.004 57 A 0.287 0.153 0.127 0.138 0.098 0.074 0.069 0.030 0.014 0.007 0.004 58 D 0.591 0.181 0.046 0.064 0.043 0.024 0.022 0.013 0.008 0.006 0.003 59 E 0.201 0.258 0.065 0.146 0.112 0.092 0.075 0.026 0.013 0.008 0.004 60 G 0.304 0.193 0.079 0.150 0.095 0.066 0.056 0.027 0.017 0.008 0.005 61 A 0.020 0.021 0.020 0.038 0.062 0.145 0.237 0.162 0.129 0.097 0.068 62 S 0.126 0.299 0.148 0.263 0.095 0.035 0.019 0.006 0.004 0.003 0.001 63 V 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.028 0.082 0.196 0.208 0.203 0.260 64 A 0.128 0.265 0.130 0.304 0.119 0.025 0.013 0.006 0.004 0.004 0.001 65 Y 0.058 0.046 0.069 0.105 0.118 0.134 0.168 0.095 0.082 0.075 0.049 66 K 0.134 0.249 0.144 0.271 0.134 0.035 0.018 0.006 0.004 0.003 0.001 67 I 0.003 0.006 0.008 0.019 0.021 0.070 0.183 0.164 0.233 0.169 0.125 68 K 0.116 0.186 0.222 0.241 0.141 0.038 0.029 0.014 0.007 0.005 0.001 69 D 0.247 0.232 0.190 0.168 0.088 0.036 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 70 L 0.046 0.047 0.045 0.097 0.095 0.170 0.200 0.103 0.092 0.060 0.044 71 E 0.356 0.250 0.092 0.123 0.071 0.038 0.037 0.016 0.009 0.005 0.002 72 G 0.310 0.183 0.144 0.160 0.084 0.053 0.037 0.016 0.008 0.004 0.001 73 Q 0.092 0.102 0.102 0.184 0.175 0.149 0.089 0.040 0.034 0.024 0.011 74 V 0.021 0.038 0.041 0.084 0.095 0.175 0.256 0.127 0.086 0.048 0.028 75 E 0.024 0.094 0.137 0.282 0.223 0.117 0.064 0.026 0.016 0.011 0.004 76 L 0.002 0.003 0.013 0.009 0.012 0.024 0.069 0.157 0.203 0.238 0.270 77 D 0.023 0.093 0.113 0.406 0.289 0.044 0.020 0.006 0.004 0.003 0.001 78 A 0.003 0.005 0.014 0.011 0.010 0.025 0.060 0.083 0.208 0.281 0.300 79 A 0.042 0.114 0.078 0.385 0.288 0.050 0.025 0.008 0.006 0.003 0.001 80 F 0.014 0.013 0.021 0.017 0.015 0.033 0.083 0.107 0.244 0.256 0.199 81 T 0.068 0.162 0.094 0.353 0.243 0.046 0.020 0.007 0.004 0.003 0.001 82 F 0.047 0.037 0.046 0.039 0.036 0.065 0.139 0.144 0.201 0.155 0.091 83 S 0.145 0.209 0.124 0.253 0.159 0.048 0.030 0.014 0.009 0.007 0.002 84 C 0.086 0.055 0.071 0.074 0.072 0.118 0.191 0.128 0.110 0.066 0.031 85 Q 0.219 0.126 0.192 0.194 0.126 0.050 0.041 0.022 0.016 0.010 0.003 86 A 0.065 0.052 0.112 0.120 0.124 0.149 0.199 0.078 0.062 0.029 0.011 87 E 0.045 0.032 0.136 0.104 0.115 0.107 0.160 0.095 0.104 0.071 0.032 88 M 0.026 0.031 0.170 0.131 0.183 0.138 0.170 0.063 0.054 0.026 0.009 89 I 0.015 0.021 0.165 0.069 0.084 0.099 0.188 0.123 0.126 0.076 0.034 90 I 0.018 0.021 0.129 0.076 0.099 0.100 0.199 0.113 0.125 0.084 0.037 91 F 0.016 0.019 0.127 0.057 0.081 0.081 0.201 0.155 0.139 0.084 0.040 92 E 0.021 0.029 0.175 0.116 0.129 0.098 0.173 0.094 0.083 0.054 0.027 93 L 0.015 0.013 0.070 0.039 0.046 0.082 0.203 0.147 0.175 0.133 0.078 94 S 0.046 0.066 0.195 0.187 0.184 0.085 0.108 0.054 0.041 0.023 0.011 95 L 0.033 0.028 0.078 0.084 0.093 0.128 0.217 0.122 0.111 0.069 0.038 96 R 0.096 0.066 0.171 0.166 0.156 0.086 0.112 0.057 0.046 0.030 0.014 97 S 0.056 0.073 0.113 0.117 0.100 0.111 0.186 0.098 0.079 0.044 0.024 98 L 0.020 0.018 0.040 0.043 0.039 0.074 0.149 0.129 0.187 0.159 0.143 99 A 0.152 0.109 0.158 0.188 0.138 0.085 0.081 0.040 0.028 0.016 0.007