# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.066 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.021 0.078 0.598 2 K 0.045 0.052 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.013 0.152 0.638 3 D 0.062 0.029 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.020 0.079 0.711 4 V 0.135 0.054 0.011 0.002 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.018 0.143 0.445 5 V 0.058 0.060 0.008 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.180 0.012 0.117 0.542 6 D 0.041 0.074 0.004 0.001 0.006 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.005 0.004 0.317 0.015 0.070 0.429 7 K 0.064 0.064 0.007 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.002 0.002 0.005 0.002 0.012 0.010 0.008 0.005 0.194 0.016 0.085 0.508 8 C 0.051 0.074 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.006 0.005 0.002 0.009 0.005 0.003 0.003 0.434 0.011 0.096 0.280 9 S 0.049 0.090 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 0.007 0.003 0.004 0.003 0.002 0.002 0.238 0.018 0.130 0.418 10 T 0.077 0.045 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.027 0.106 0.544 11 K 0.115 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.025 0.166 0.420 12 G 0.162 0.022 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.039 0.189 0.412 13 C 0.093 0.019 0.016 0.005 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.252 0.030 0.162 0.404 14 A 0.027 0.009 0.008 0.002 0.007 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.362 0.005 0.104 0.460 15 I 0.008 0.008 0.002 0.001 0.011 0.019 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.725 0.003 0.058 0.137 16 D 0.008 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.746 0.003 0.053 0.166 17 I 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.732 0.001 0.064 0.182 18 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.897 0.003 0.019 0.057 19 T 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.044 0.026 0.014 0.694 0.003 0.081 0.104 20 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.215 0.354 0.191 0.023 0.145 0.002 0.015 0.038 21 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.002 0.029 0.014 0.003 0.002 0.888 0.001 0.018 0.026 22 D 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.452 0.157 0.176 0.009 0.024 0.006 0.002 0.004 0.072 0.002 0.047 0.040 23 N 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 0.006 0.047 0.672 24 D 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 0.594 0.356 25 N 0.370 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.191 0.120 0.251 26 C 0.115 0.025 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.037 0.258 0.414 27 T 0.016 0.005 0.033 0.005 0.432 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.009 0.157 0.232 28 S 0.005 0.005 0.001 0.001 0.015 0.182 0.039 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.606 0.003 0.037 0.093 29 K 0.008 0.009 0.003 0.001 0.017 0.041 0.083 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.503 0.004 0.097 0.214 30 F 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.840 0.001 0.028 0.100 31 S 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.741 0.002 0.060 0.168 32 R 0.013 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.682 0.005 0.046 0.211 33 F 0.031 0.046 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.578 0.009 0.075 0.249 34 F 0.072 0.096 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.419 0.015 0.086 0.289 35 A 0.056 0.047 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.017 0.128 0.599 36 T 0.084 0.053 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.016 0.233 0.554 37 R 0.077 0.054 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.009 0.085 0.737 38 E 0.002 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.272 0.673 39 E 0.046 0.093 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.565 0.283 40 A 0.013 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 41 E 0.007 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 42 S 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.032 43 F 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 44 M 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 45 T 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 46 K 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 47 L 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 48 K 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 49 E 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 50 L 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 51 A 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 52 A 0.011 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 53 A 0.042 0.872 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 0.046 54 A 0.210 0.677 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.002 0.049 55 S 0.141 0.545 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.022 0.189 56 S 0.077 0.305 0.102 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.045 0.048 0.394 57 A 0.177 0.142 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.034 0.059 0.512 58 D 0.123 0.087 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.015 0.237 0.474 59 E 0.138 0.051 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.034 0.221 0.459 60 G 0.135 0.058 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.034 0.122 0.495 61 A 0.221 0.026 0.062 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.024 0.140 0.367 62 S 0.015 0.013 0.005 0.003 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.456 0.005 0.109 0.380 63 V 0.009 0.009 0.006 0.002 0.009 0.006 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.469 0.004 0.050 0.416 64 A 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.820 0.002 0.042 0.104 65 Y 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.645 0.002 0.042 0.278 66 K 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.004 0.741 0.003 0.040 0.180 67 I 0.029 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.032 0.042 0.013 0.373 0.005 0.048 0.418 68 K 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.005 0.116 0.066 0.011 0.004 0.453 0.004 0.053 0.228 69 D 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.164 0.081 0.004 0.017 0.004 0.003 0.002 0.080 0.004 0.073 0.539 70 L 0.050 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.219 0.006 0.084 0.412 71 E 0.012 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.006 0.433 0.439 72 G 0.330 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.200 0.102 0.264 73 Q 0.528 0.022 0.082 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.038 0.121 0.166 74 V 0.037 0.008 0.011 0.005 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.547 0.013 0.133 0.234 75 E 0.004 0.003 0.005 0.004 0.162 0.117 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.003 0.090 0.244 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.047 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.859 0.001 0.013 0.035 77 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.872 0.001 0.024 0.083 78 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.001 0.012 0.042 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.013 0.020 80 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.892 0.001 0.028 0.069 81 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.001 0.026 0.040 82 F 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.752 0.002 0.063 0.169 83 S 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.653 0.004 0.088 0.234 84 C 0.018 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.468 0.005 0.159 0.320 85 Q 0.037 0.050 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.014 0.146 0.637 86 A 0.085 0.213 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.006 0.119 0.407 87 E 0.030 0.394 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.006 0.117 0.395 88 M 0.039 0.652 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.057 0.226 89 I 0.014 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.003 0.049 90 I 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.008 91 F 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.004 92 E 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.001 0.003 93 L 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.004 94 S 0.021 0.872 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.021 0.007 0.044 95 L 0.040 0.718 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.027 0.016 0.154 96 R 0.102 0.601 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.041 0.026 0.196 97 S 0.233 0.526 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.020 0.023 0.167 98 L 0.187 0.533 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.022 0.027 0.178 99 A 0.167 0.484 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.018 0.043 0.235