# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.006 0.001 0.013 0.018 0.048 0.061 0.001 0.001 0.002 0.815 2 K 0.019 0.006 0.001 0.013 0.014 0.028 0.109 0.001 0.001 0.003 0.807 3 D 0.033 0.004 0.001 0.008 0.008 0.012 0.108 0.001 0.001 0.003 0.822 4 V 0.108 0.014 0.003 0.023 0.022 0.042 0.103 0.001 0.001 0.003 0.681 5 V 0.064 0.044 0.003 0.049 0.046 0.087 0.141 0.001 0.001 0.006 0.561 6 D 0.079 0.060 0.002 0.043 0.064 0.098 0.103 0.002 0.001 0.009 0.540 7 K 0.110 0.077 0.004 0.044 0.043 0.066 0.092 0.004 0.001 0.004 0.556 8 C 0.118 0.097 0.005 0.057 0.067 0.113 0.098 0.004 0.001 0.005 0.437 9 S 0.083 0.074 0.005 0.061 0.089 0.111 0.114 0.005 0.001 0.007 0.452 10 T 0.056 0.039 0.005 0.037 0.054 0.076 0.095 0.006 0.001 0.004 0.629 11 K 0.129 0.038 0.005 0.059 0.059 0.129 0.143 0.004 0.001 0.009 0.426 12 G 0.166 0.023 0.011 0.057 0.040 0.048 0.145 0.005 0.001 0.025 0.480 13 C 0.120 0.011 0.022 0.108 0.077 0.077 0.172 0.003 0.001 0.006 0.404 14 A 0.043 0.007 0.006 0.195 0.101 0.182 0.071 0.001 0.001 0.004 0.390 15 I 0.016 0.007 0.002 0.354 0.175 0.291 0.037 0.001 0.001 0.005 0.112 16 D 0.012 0.008 0.001 0.265 0.201 0.219 0.064 0.001 0.001 0.005 0.224 17 I 0.016 0.010 0.001 0.313 0.133 0.258 0.054 0.001 0.001 0.005 0.207 18 G 0.016 0.005 0.002 0.342 0.168 0.283 0.065 0.001 0.001 0.013 0.106 19 T 0.035 0.003 0.005 0.411 0.148 0.166 0.052 0.001 0.001 0.006 0.172 20 V 0.019 0.003 0.002 0.291 0.188 0.339 0.024 0.001 0.001 0.003 0.129 21 I 0.009 0.005 0.002 0.376 0.180 0.261 0.043 0.001 0.001 0.005 0.118 22 D 0.008 0.005 0.001 0.132 0.186 0.259 0.083 0.001 0.001 0.004 0.321 23 N 0.008 0.002 0.001 0.053 0.048 0.127 0.083 0.001 0.001 0.004 0.673 24 D 0.014 0.001 0.001 0.023 0.015 0.027 0.478 0.001 0.001 0.011 0.428 25 N 0.298 0.004 0.003 0.022 0.026 0.033 0.218 0.001 0.001 0.060 0.335 26 C 0.178 0.010 0.007 0.030 0.070 0.081 0.189 0.001 0.001 0.016 0.418 27 T 0.064 0.009 0.007 0.050 0.142 0.238 0.181 0.001 0.001 0.007 0.302 28 S 0.028 0.009 0.001 0.034 0.307 0.446 0.042 0.001 0.001 0.003 0.130 29 K 0.011 0.014 0.001 0.034 0.245 0.429 0.061 0.001 0.001 0.002 0.203 30 F 0.007 0.018 0.001 0.039 0.331 0.510 0.016 0.001 0.001 0.001 0.077 31 S 0.006 0.018 0.001 0.034 0.307 0.512 0.026 0.001 0.001 0.001 0.095 32 R 0.013 0.028 0.002 0.033 0.296 0.349 0.041 0.001 0.001 0.003 0.233 33 F 0.036 0.041 0.002 0.053 0.196 0.370 0.050 0.002 0.001 0.003 0.247 34 F 0.089 0.074 0.004 0.065 0.151 0.251 0.063 0.003 0.001 0.005 0.295 35 A 0.045 0.082 0.008 0.032 0.057 0.078 0.113 0.003 0.001 0.005 0.578 36 T 0.038 0.054 0.005 0.015 0.016 0.048 0.334 0.002 0.001 0.006 0.483 37 R 0.086 0.097 0.007 0.029 0.004 0.019 0.084 0.001 0.001 0.011 0.661 38 E 0.007 0.092 0.003 0.002 0.001 0.002 0.314 0.001 0.001 0.003 0.576 39 E 0.037 0.230 0.002 0.001 0.001 0.001 0.539 0.001 0.001 0.004 0.184 40 A 0.015 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 41 E 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 42 S 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 43 F 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 44 M 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 45 T 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 46 K 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 47 L 0.013 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.014 48 K 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 49 E 0.002 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 50 L 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 51 A 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 52 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 53 A 0.022 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.019 54 A 0.144 0.760 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 0.019 55 S 0.160 0.614 0.043 0.004 0.002 0.002 0.006 0.087 0.001 0.001 0.082 56 S 0.090 0.242 0.147 0.015 0.006 0.005 0.027 0.078 0.001 0.002 0.389 57 A 0.117 0.098 0.037 0.038 0.008 0.011 0.029 0.020 0.001 0.006 0.636 58 D 0.077 0.054 0.030 0.027 0.008 0.011 0.325 0.007 0.001 0.006 0.454 59 E 0.220 0.047 0.012 0.046 0.028 0.032 0.220 0.005 0.001 0.029 0.360 60 G 0.059 0.027 0.009 0.032 0.012 0.016 0.201 0.004 0.001 0.005 0.635 61 A 0.130 0.045 0.012 0.082 0.095 0.123 0.176 0.002 0.001 0.011 0.324 62 S 0.119 0.040 0.005 0.134 0.115 0.129 0.097 0.004 0.001 0.012 0.346 63 V 0.027 0.027 0.009 0.087 0.198 0.207 0.074 0.001 0.001 0.003 0.368 64 A 0.016 0.021 0.001 0.194 0.190 0.338 0.058 0.001 0.001 0.004 0.178 65 Y 0.016 0.027 0.001 0.056 0.144 0.215 0.079 0.001 0.001 0.003 0.457 66 K 0.028 0.028 0.001 0.147 0.180 0.258 0.064 0.002 0.001 0.003 0.289 67 I 0.035 0.035 0.004 0.102 0.110 0.224 0.065 0.001 0.001 0.003 0.422 68 K 0.039 0.050 0.002 0.143 0.192 0.278 0.067 0.001 0.001 0.006 0.222 69 D 0.016 0.034 0.001 0.024 0.063 0.061 0.064 0.002 0.001 0.002 0.734 70 L 0.060 0.100 0.003 0.070 0.148 0.305 0.035 0.003 0.001 0.003 0.274 71 E 0.053 0.064 0.002 0.039 0.092 0.149 0.166 0.003 0.001 0.008 0.422 72 G 0.217 0.048 0.006 0.019 0.046 0.061 0.066 0.007 0.001 0.018 0.511 73 Q 0.433 0.038 0.031 0.027 0.046 0.063 0.093 0.003 0.001 0.011 0.255 74 V 0.061 0.023 0.014 0.045 0.260 0.169 0.090 0.003 0.001 0.004 0.332 75 E 0.020 0.007 0.003 0.031 0.216 0.541 0.032 0.001 0.001 0.001 0.148 76 L 0.016 0.007 0.001 0.027 0.370 0.479 0.014 0.001 0.001 0.001 0.085 77 D 0.007 0.004 0.001 0.025 0.360 0.445 0.027 0.001 0.001 0.001 0.129 78 A 0.002 0.002 0.001 0.011 0.386 0.488 0.011 0.001 0.001 0.001 0.099 79 A 0.003 0.001 0.001 0.023 0.279 0.554 0.026 0.001 0.001 0.001 0.114 80 F 0.010 0.002 0.001 0.017 0.379 0.398 0.020 0.001 0.001 0.001 0.172 81 T 0.008 0.002 0.001 0.026 0.286 0.517 0.020 0.001 0.001 0.001 0.139 82 F 0.007 0.002 0.001 0.011 0.369 0.411 0.023 0.001 0.001 0.001 0.175 83 S 0.014 0.004 0.001 0.019 0.241 0.426 0.041 0.001 0.001 0.001 0.254 84 C 0.012 0.008 0.001 0.012 0.259 0.356 0.058 0.001 0.001 0.002 0.292 85 Q 0.020 0.017 0.001 0.016 0.193 0.285 0.185 0.001 0.001 0.003 0.280 86 A 0.008 0.044 0.001 0.010 0.134 0.211 0.123 0.001 0.001 0.003 0.468 87 E 0.012 0.235 0.001 0.011 0.157 0.273 0.105 0.001 0.001 0.003 0.203 88 M 0.015 0.578 0.001 0.003 0.075 0.064 0.078 0.001 0.001 0.002 0.183 89 I 0.010 0.896 0.001 0.001 0.029 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 90 I 0.005 0.933 0.001 0.001 0.031 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 91 F 0.007 0.922 0.001 0.002 0.043 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 92 E 0.020 0.933 0.001 0.002 0.011 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 93 L 0.019 0.912 0.002 0.003 0.026 0.013 0.002 0.006 0.001 0.001 0.018 94 S 0.027 0.716 0.013 0.009 0.024 0.043 0.022 0.018 0.001 0.001 0.126 95 L 0.073 0.614 0.042 0.023 0.019 0.031 0.018 0.013 0.001 0.001 0.165 96 R 0.059 0.619 0.019 0.018 0.025 0.031 0.029 0.010 0.001 0.002 0.189 97 S 0.145 0.518 0.041 0.018 0.018 0.019 0.042 0.013 0.001 0.003 0.183 98 L 0.136 0.587 0.022 0.020 0.020 0.032 0.015 0.012 0.001 0.001 0.154 99 A 0.094 0.406 0.016 0.017 0.030 0.042 0.046 0.015 0.001 0.003 0.331