# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.018 0.027 0.028 0.056 0.087 0.008 0.712 2 K 0.043 0.020 0.022 0.026 0.040 0.115 0.010 0.723 3 D 0.058 0.017 0.018 0.021 0.027 0.082 0.012 0.766 4 V 0.075 0.015 0.020 0.017 0.028 0.095 0.007 0.743 5 V 0.027 0.023 0.036 0.040 0.059 0.117 0.005 0.694 6 D 0.048 0.050 0.063 0.119 0.139 0.124 0.009 0.447 7 K 0.054 0.041 0.041 0.052 0.104 0.108 0.006 0.594 8 C 0.085 0.080 0.069 0.109 0.197 0.119 0.009 0.331 9 S 0.060 0.105 0.057 0.116 0.143 0.131 0.016 0.371 10 T 0.069 0.081 0.038 0.057 0.095 0.096 0.022 0.543 11 K 0.112 0.049 0.051 0.048 0.079 0.161 0.029 0.470 12 G 0.185 0.045 0.041 0.064 0.058 0.138 0.049 0.420 13 C 0.129 0.030 0.140 0.080 0.094 0.113 0.019 0.395 14 A 0.021 0.014 0.078 0.098 0.131 0.072 0.007 0.579 15 I 0.022 0.012 0.097 0.156 0.234 0.068 0.005 0.405 16 D 0.013 0.011 0.127 0.206 0.256 0.120 0.006 0.260 17 I 0.021 0.011 0.072 0.098 0.222 0.087 0.004 0.487 18 G 0.014 0.017 0.148 0.390 0.307 0.037 0.007 0.080 19 T 0.045 0.006 0.125 0.171 0.261 0.106 0.008 0.277 20 V 0.012 0.009 0.209 0.328 0.321 0.024 0.004 0.094 21 I 0.018 0.011 0.165 0.223 0.374 0.060 0.004 0.145 22 D 0.011 0.019 0.112 0.272 0.364 0.047 0.006 0.170 23 N 0.023 0.011 0.061 0.068 0.199 0.117 0.015 0.507 24 D 0.049 0.003 0.010 0.014 0.026 0.492 0.030 0.375 25 N 0.331 0.008 0.014 0.025 0.014 0.198 0.086 0.326 26 C 0.139 0.017 0.080 0.077 0.067 0.360 0.033 0.227 27 T 0.049 0.004 0.044 0.090 0.213 0.190 0.006 0.404 28 S 0.020 0.004 0.038 0.347 0.449 0.046 0.002 0.094 29 K 0.009 0.003 0.028 0.224 0.370 0.038 0.002 0.327 30 F 0.007 0.004 0.068 0.278 0.557 0.020 0.001 0.064 31 S 0.007 0.014 0.039 0.312 0.473 0.024 0.002 0.129 32 R 0.016 0.017 0.046 0.236 0.481 0.037 0.004 0.164 33 F 0.066 0.030 0.056 0.097 0.294 0.100 0.007 0.350 34 F 0.086 0.077 0.064 0.182 0.233 0.073 0.017 0.267 35 A 0.078 0.041 0.043 0.039 0.062 0.199 0.017 0.521 36 T 0.114 0.044 0.015 0.011 0.025 0.271 0.014 0.506 37 R 0.048 0.084 0.014 0.003 0.020 0.048 0.005 0.777 38 E 0.009 0.056 0.003 0.001 0.004 0.204 0.003 0.720 39 E 0.016 0.081 0.001 0.001 0.001 0.648 0.002 0.250 40 A 0.019 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.059 41 E 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 42 S 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 43 F 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 44 M 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 45 T 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 46 K 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 47 L 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 48 K 0.002 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 49 E 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 50 L 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 51 A 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 52 A 0.008 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 53 A 0.037 0.922 0.003 0.002 0.001 0.002 0.013 0.020 54 A 0.076 0.842 0.014 0.003 0.004 0.003 0.017 0.041 55 S 0.109 0.631 0.026 0.017 0.017 0.024 0.041 0.135 56 S 0.116 0.235 0.053 0.026 0.022 0.031 0.041 0.476 57 A 0.091 0.072 0.042 0.015 0.024 0.057 0.023 0.676 58 D 0.082 0.056 0.029 0.017 0.025 0.291 0.023 0.477 59 E 0.150 0.059 0.046 0.030 0.036 0.225 0.024 0.430 60 G 0.028 0.028 0.015 0.014 0.016 0.127 0.011 0.761 61 A 0.284 0.027 0.081 0.064 0.069 0.125 0.028 0.322 62 S 0.043 0.017 0.056 0.055 0.059 0.119 0.006 0.646 63 V 0.019 0.014 0.062 0.138 0.259 0.065 0.005 0.438 64 A 0.028 0.015 0.094 0.176 0.376 0.070 0.003 0.237 65 Y 0.025 0.017 0.051 0.215 0.283 0.058 0.007 0.344 66 K 0.046 0.019 0.115 0.206 0.259 0.071 0.009 0.274 67 I 0.046 0.021 0.054 0.145 0.320 0.066 0.004 0.344 68 K 0.027 0.023 0.053 0.238 0.330 0.069 0.006 0.254 69 D 0.030 0.027 0.023 0.122 0.205 0.063 0.010 0.519 70 L 0.092 0.033 0.042 0.082 0.238 0.087 0.019 0.407 71 E 0.044 0.023 0.015 0.050 0.075 0.290 0.020 0.482 72 G 0.092 0.033 0.014 0.047 0.042 0.093 0.079 0.600 73 Q 0.472 0.016 0.029 0.046 0.049 0.128 0.038 0.222 74 V 0.105 0.008 0.061 0.180 0.196 0.137 0.011 0.302 75 E 0.016 0.002 0.027 0.246 0.479 0.048 0.003 0.179 76 L 0.008 0.001 0.029 0.421 0.499 0.012 0.001 0.027 77 D 0.005 0.001 0.024 0.412 0.429 0.018 0.002 0.110 78 A 0.006 0.001 0.040 0.329 0.575 0.016 0.001 0.032 79 A 0.009 0.001 0.026 0.318 0.577 0.030 0.001 0.038 80 F 0.008 0.001 0.032 0.395 0.500 0.019 0.002 0.043 81 T 0.010 0.001 0.054 0.261 0.495 0.032 0.002 0.146 82 F 0.004 0.001 0.034 0.445 0.422 0.019 0.001 0.074 83 S 0.003 0.001 0.017 0.128 0.272 0.036 0.001 0.542 84 C 0.005 0.005 0.024 0.340 0.471 0.039 0.002 0.113 85 Q 0.046 0.008 0.019 0.166 0.347 0.159 0.004 0.252 86 A 0.042 0.028 0.016 0.211 0.366 0.103 0.005 0.229 87 E 0.047 0.092 0.039 0.305 0.338 0.063 0.006 0.110 88 M 0.034 0.137 0.026 0.254 0.253 0.067 0.011 0.219 89 I 0.020 0.242 0.072 0.181 0.332 0.032 0.006 0.116 90 I 0.006 0.306 0.057 0.250 0.318 0.017 0.004 0.043 91 F 0.007 0.505 0.046 0.156 0.202 0.014 0.005 0.066 92 E 0.027 0.468 0.073 0.100 0.213 0.026 0.012 0.081 93 L 0.039 0.625 0.044 0.092 0.105 0.021 0.010 0.065 94 S 0.067 0.560 0.032 0.053 0.082 0.038 0.038 0.130 95 L 0.192 0.372 0.049 0.029 0.062 0.034 0.051 0.211 96 R 0.203 0.426 0.034 0.033 0.031 0.040 0.048 0.185 97 S 0.175 0.254 0.047 0.024 0.033 0.081 0.061 0.324 98 L 0.184 0.317 0.065 0.033 0.060 0.053 0.033 0.255 99 A 0.080 0.245 0.069 0.029 0.054 0.098 0.020 0.405