# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.207 0.185 0.243 0.167 0.069 0.034 0.047 0.011 0.026 0.010 0.001 2 K 0.271 0.202 0.301 0.096 0.057 0.021 0.024 0.005 0.017 0.006 0.001 3 D 0.174 0.169 0.265 0.112 0.063 0.103 0.064 0.015 0.028 0.004 0.002 4 V 0.206 0.394 0.234 0.079 0.040 0.027 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 5 V 0.303 0.285 0.241 0.059 0.044 0.032 0.007 0.001 0.024 0.002 0.001 6 D 0.289 0.140 0.203 0.111 0.057 0.095 0.053 0.011 0.034 0.004 0.002 7 K 0.254 0.378 0.119 0.120 0.071 0.025 0.012 0.002 0.018 0.002 0.001 8 C 0.203 0.302 0.290 0.077 0.051 0.041 0.009 0.002 0.023 0.003 0.001 9 S 0.299 0.157 0.247 0.090 0.067 0.054 0.041 0.008 0.023 0.012 0.001 10 T 0.324 0.242 0.137 0.160 0.068 0.022 0.019 0.004 0.016 0.007 0.001 11 K 0.126 0.140 0.214 0.363 0.049 0.021 0.061 0.004 0.019 0.004 0.001 12 G 0.029 0.014 0.040 0.014 0.110 0.007 0.072 0.463 0.003 0.248 0.001 13 C 0.138 0.313 0.323 0.062 0.097 0.029 0.016 0.003 0.013 0.007 0.001 14 A 0.098 0.365 0.229 0.075 0.079 0.086 0.030 0.005 0.026 0.003 0.003 15 I 0.048 0.678 0.157 0.018 0.059 0.016 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 16 D 0.101 0.189 0.431 0.051 0.027 0.149 0.008 0.002 0.039 0.001 0.002 17 I 0.188 0.414 0.183 0.120 0.054 0.018 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 18 G 0.099 0.078 0.083 0.017 0.522 0.009 0.023 0.059 0.008 0.102 0.001 19 T 0.089 0.493 0.225 0.024 0.121 0.025 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 20 V 0.085 0.541 0.248 0.025 0.028 0.048 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 21 I 0.058 0.602 0.238 0.031 0.022 0.026 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 22 D 0.083 0.219 0.413 0.043 0.067 0.087 0.020 0.003 0.058 0.005 0.002 23 N 0.513 0.074 0.145 0.118 0.037 0.038 0.037 0.017 0.011 0.008 0.003 24 D 0.245 0.084 0.085 0.384 0.025 0.025 0.105 0.022 0.019 0.005 0.001 25 N 0.141 0.100 0.114 0.305 0.035 0.041 0.196 0.036 0.027 0.005 0.001 26 C 0.179 0.237 0.224 0.207 0.055 0.027 0.041 0.011 0.013 0.006 0.001 27 T 0.078 0.534 0.172 0.088 0.090 0.016 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 28 S 0.020 0.663 0.145 0.019 0.115 0.016 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 29 K 0.014 0.785 0.109 0.007 0.050 0.022 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 30 F 0.017 0.733 0.150 0.008 0.044 0.028 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 31 S 0.044 0.685 0.126 0.009 0.083 0.031 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 32 R 0.085 0.530 0.126 0.021 0.097 0.105 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 33 F 0.148 0.465 0.140 0.082 0.062 0.066 0.008 0.001 0.028 0.001 0.001 34 F 0.191 0.255 0.150 0.103 0.167 0.057 0.031 0.004 0.033 0.008 0.001 35 A 0.379 0.081 0.217 0.201 0.044 0.048 0.013 0.003 0.011 0.003 0.001 36 T 0.270 0.143 0.284 0.113 0.091 0.048 0.014 0.001 0.027 0.009 0.001 37 R 0.980 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.993 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.982 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.973 0.002 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 52 A 0.967 0.001 0.007 0.020 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.824 0.007 0.011 0.139 0.001 0.008 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 54 A 0.524 0.027 0.094 0.334 0.004 0.006 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 55 S 0.318 0.069 0.167 0.306 0.025 0.026 0.068 0.005 0.013 0.002 0.001 56 S 0.164 0.163 0.370 0.087 0.086 0.036 0.030 0.011 0.030 0.023 0.001 57 A 0.635 0.041 0.181 0.089 0.016 0.016 0.007 0.003 0.005 0.005 0.002 58 D 0.318 0.083 0.118 0.339 0.030 0.024 0.049 0.015 0.017 0.006 0.001 59 E 0.223 0.087 0.211 0.240 0.031 0.025 0.124 0.025 0.021 0.009 0.002 60 G 0.188 0.053 0.217 0.090 0.068 0.025 0.107 0.178 0.011 0.062 0.001 61 A 0.060 0.518 0.280 0.050 0.058 0.010 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 62 S 0.038 0.413 0.349 0.024 0.062 0.063 0.018 0.002 0.030 0.001 0.002 63 V 0.018 0.749 0.164 0.009 0.026 0.021 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 64 A 0.070 0.467 0.301 0.027 0.042 0.050 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 65 Y 0.053 0.552 0.111 0.029 0.215 0.017 0.006 0.002 0.014 0.001 0.001 66 K 0.062 0.528 0.193 0.030 0.087 0.058 0.017 0.002 0.021 0.001 0.001 67 I 0.055 0.551 0.296 0.023 0.024 0.029 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 68 K 0.122 0.520 0.189 0.031 0.085 0.028 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 69 D 0.156 0.180 0.331 0.056 0.076 0.097 0.027 0.005 0.063 0.006 0.001 70 L 0.459 0.225 0.141 0.092 0.032 0.025 0.010 0.002 0.011 0.002 0.001 71 E 0.260 0.107 0.197 0.296 0.038 0.025 0.046 0.005 0.020 0.004 0.002 72 G 0.059 0.010 0.029 0.050 0.073 0.005 0.180 0.469 0.003 0.122 0.001 73 Q 0.066 0.232 0.253 0.165 0.085 0.031 0.118 0.016 0.026 0.007 0.001 74 V 0.014 0.801 0.128 0.011 0.032 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 75 E 0.018 0.666 0.202 0.007 0.039 0.043 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 76 L 0.022 0.655 0.225 0.015 0.042 0.024 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 77 D 0.025 0.673 0.149 0.017 0.067 0.038 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 78 A 0.016 0.748 0.112 0.009 0.088 0.015 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 79 A 0.037 0.668 0.173 0.012 0.063 0.025 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 80 F 0.023 0.682 0.110 0.012 0.109 0.036 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 81 T 0.019 0.785 0.087 0.007 0.059 0.025 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 82 F 0.049 0.608 0.129 0.017 0.116 0.059 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 83 S 0.115 0.447 0.191 0.039 0.073 0.083 0.008 0.001 0.043 0.001 0.001 84 C 0.193 0.355 0.109 0.109 0.154 0.039 0.021 0.003 0.015 0.003 0.001 85 Q 0.138 0.491 0.098 0.058 0.183 0.015 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 86 A 0.357 0.271 0.143 0.034 0.120 0.049 0.013 0.002 0.009 0.001 0.001 87 E 0.668 0.172 0.092 0.023 0.019 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 88 M 0.538 0.311 0.056 0.020 0.056 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 89 I 0.602 0.306 0.034 0.009 0.023 0.019 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 90 I 0.635 0.223 0.028 0.010 0.012 0.060 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 91 F 0.671 0.152 0.030 0.061 0.042 0.028 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 92 E 0.502 0.181 0.053 0.055 0.021 0.111 0.015 0.001 0.062 0.001 0.001 93 L 0.589 0.079 0.079 0.143 0.011 0.068 0.015 0.001 0.016 0.001 0.001 94 S 0.484 0.076 0.050 0.296 0.038 0.026 0.019 0.001 0.008 0.001 0.001 95 L 0.590 0.058 0.075 0.199 0.025 0.022 0.021 0.001 0.009 0.001 0.001 96 R 0.617 0.065 0.066 0.135 0.046 0.019 0.034 0.005 0.009 0.004 0.001 97 S 0.565 0.104 0.104 0.136 0.033 0.033 0.012 0.001 0.011 0.001 0.001 98 L 0.574 0.100 0.137 0.112 0.022 0.030 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 99 A 0.572 0.103 0.139 0.101 0.029 0.024 0.014 0.002 0.013 0.002 0.001