# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.133 0.082 0.044 0.186 0.027 0.030 0.108 0.076 0.140 0.066 2 K 0.057 0.247 0.135 0.050 0.133 0.044 0.047 0.132 0.074 0.056 0.026 3 D 0.092 0.164 0.111 0.028 0.175 0.020 0.038 0.141 0.076 0.104 0.053 4 V 0.119 0.141 0.044 0.012 0.183 0.013 0.037 0.235 0.106 0.069 0.040 5 V 0.111 0.154 0.045 0.018 0.188 0.025 0.034 0.233 0.088 0.054 0.050 6 D 0.092 0.149 0.078 0.024 0.185 0.030 0.047 0.221 0.074 0.063 0.039 7 K 0.120 0.132 0.055 0.016 0.181 0.016 0.034 0.224 0.083 0.088 0.051 8 C 0.107 0.146 0.046 0.022 0.224 0.033 0.039 0.196 0.079 0.069 0.039 9 S 0.080 0.107 0.077 0.031 0.096 0.037 0.085 0.282 0.106 0.065 0.033 10 T 0.070 0.037 0.047 0.040 0.067 0.050 0.099 0.264 0.115 0.150 0.060 11 K 0.032 0.329 0.154 0.120 0.095 0.055 0.072 0.052 0.027 0.049 0.016 12 G 0.059 0.042 0.058 0.171 0.042 0.043 0.023 0.044 0.043 0.309 0.167 13 C 0.060 0.312 0.139 0.029 0.230 0.014 0.020 0.058 0.044 0.060 0.035 14 A 0.286 0.116 0.015 0.006 0.384 0.012 0.018 0.053 0.034 0.035 0.042 15 I 0.176 0.198 0.048 0.013 0.413 0.026 0.020 0.045 0.021 0.015 0.025 16 D 0.288 0.099 0.050 0.016 0.377 0.024 0.028 0.034 0.012 0.024 0.047 17 I 0.178 0.137 0.051 0.039 0.183 0.034 0.048 0.099 0.098 0.064 0.070 18 G 0.098 0.137 0.095 0.107 0.119 0.059 0.052 0.072 0.062 0.135 0.064 19 T 0.119 0.251 0.055 0.008 0.442 0.005 0.014 0.030 0.019 0.027 0.031 20 V 0.324 0.103 0.013 0.004 0.401 0.006 0.011 0.021 0.011 0.018 0.089 21 I 0.154 0.215 0.075 0.046 0.292 0.052 0.039 0.027 0.012 0.026 0.062 22 D 0.073 0.134 0.220 0.203 0.074 0.091 0.067 0.049 0.022 0.032 0.035 23 N 0.030 0.037 0.092 0.168 0.039 0.071 0.064 0.185 0.169 0.110 0.033 24 D 0.033 0.088 0.069 0.084 0.054 0.071 0.088 0.175 0.144 0.167 0.028 25 N 0.088 0.084 0.053 0.030 0.099 0.025 0.023 0.047 0.055 0.380 0.116 26 C 0.104 0.231 0.072 0.013 0.273 0.022 0.043 0.073 0.056 0.067 0.045 27 T 0.340 0.106 0.013 0.008 0.347 0.013 0.031 0.036 0.027 0.024 0.054 28 S 0.175 0.152 0.023 0.007 0.573 0.013 0.014 0.012 0.006 0.009 0.017 29 K 0.296 0.097 0.009 0.003 0.524 0.005 0.011 0.011 0.003 0.008 0.033 30 F 0.415 0.077 0.010 0.004 0.402 0.003 0.003 0.012 0.006 0.010 0.058 31 S 0.144 0.178 0.033 0.016 0.396 0.042 0.035 0.054 0.025 0.027 0.050 32 R 0.258 0.123 0.031 0.007 0.386 0.007 0.015 0.056 0.033 0.032 0.053 33 F 0.124 0.129 0.035 0.026 0.187 0.038 0.075 0.150 0.074 0.100 0.062 34 F 0.101 0.186 0.090 0.030 0.192 0.026 0.033 0.129 0.079 0.085 0.049 35 A 0.022 0.086 0.050 0.033 0.038 0.051 0.093 0.391 0.133 0.083 0.021 36 T 0.030 0.300 0.131 0.011 0.070 0.006 0.011 0.259 0.059 0.103 0.020 37 R 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.808 0.161 0.011 0.002 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.066 0.002 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.023 0.006 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.024 0.002 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.040 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.012 0.002 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.034 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.009 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.020 0.003 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.061 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.026 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.956 0.027 0.002 0.001 51 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.868 0.099 0.019 0.003 52 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.842 0.132 0.008 0.001 53 A 0.005 0.006 0.004 0.001 0.008 0.004 0.064 0.733 0.100 0.066 0.007 54 A 0.050 0.098 0.037 0.007 0.089 0.011 0.069 0.397 0.117 0.097 0.028 55 S 0.045 0.069 0.034 0.015 0.057 0.027 0.054 0.290 0.134 0.214 0.061 56 S 0.075 0.125 0.064 0.018 0.150 0.020 0.043 0.230 0.114 0.123 0.039 57 A 0.053 0.120 0.050 0.012 0.077 0.019 0.076 0.340 0.159 0.067 0.027 58 D 0.063 0.047 0.048 0.033 0.069 0.046 0.078 0.198 0.118 0.228 0.073 59 E 0.039 0.330 0.169 0.071 0.120 0.046 0.072 0.059 0.036 0.042 0.015 60 G 0.121 0.041 0.028 0.074 0.060 0.031 0.028 0.048 0.054 0.256 0.260 61 A 0.067 0.361 0.112 0.017 0.306 0.016 0.022 0.024 0.018 0.033 0.025 62 S 0.254 0.118 0.010 0.002 0.574 0.003 0.006 0.006 0.003 0.005 0.018 63 V 0.344 0.094 0.011 0.005 0.470 0.008 0.006 0.009 0.005 0.007 0.040 64 A 0.274 0.105 0.021 0.015 0.340 0.036 0.036 0.028 0.013 0.020 0.111 65 Y 0.169 0.263 0.086 0.007 0.410 0.007 0.006 0.011 0.007 0.012 0.022 66 K 0.195 0.161 0.020 0.007 0.503 0.006 0.012 0.027 0.012 0.017 0.039 67 I 0.334 0.110 0.019 0.010 0.263 0.008 0.008 0.038 0.041 0.030 0.141 68 K 0.054 0.230 0.107 0.043 0.196 0.117 0.099 0.090 0.030 0.018 0.017 69 D 0.232 0.177 0.103 0.022 0.267 0.010 0.023 0.055 0.024 0.044 0.043 70 L 0.134 0.059 0.037 0.042 0.096 0.043 0.060 0.240 0.149 0.071 0.068 71 E 0.030 0.072 0.073 0.203 0.043 0.174 0.165 0.107 0.074 0.042 0.016 72 G 0.055 0.077 0.083 0.221 0.064 0.069 0.071 0.065 0.055 0.188 0.052 73 Q 0.244 0.091 0.022 0.019 0.250 0.010 0.017 0.037 0.035 0.132 0.143 74 V 0.151 0.158 0.016 0.002 0.598 0.009 0.020 0.015 0.010 0.007 0.013 75 E 0.395 0.038 0.002 0.001 0.531 0.004 0.008 0.002 0.002 0.002 0.014 76 L 0.266 0.080 0.008 0.002 0.615 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.016 77 D 0.444 0.041 0.003 0.002 0.443 0.004 0.007 0.001 0.001 0.003 0.051 78 A 0.316 0.067 0.007 0.002 0.582 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.020 79 A 0.299 0.072 0.003 0.004 0.563 0.008 0.011 0.001 0.001 0.004 0.035 80 F 0.276 0.090 0.009 0.002 0.594 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 81 T 0.338 0.081 0.006 0.005 0.498 0.009 0.008 0.002 0.001 0.005 0.047 82 F 0.240 0.202 0.037 0.008 0.421 0.008 0.004 0.004 0.003 0.008 0.066 83 S 0.340 0.115 0.024 0.018 0.300 0.030 0.025 0.032 0.013 0.026 0.077 84 C 0.122 0.285 0.089 0.014 0.286 0.017 0.010 0.094 0.032 0.017 0.035 85 Q 0.107 0.151 0.028 0.009 0.163 0.020 0.040 0.381 0.051 0.029 0.022 86 A 0.052 0.019 0.004 0.002 0.050 0.002 0.003 0.772 0.081 0.006 0.009 87 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.009 0.935 0.039 0.001 0.001 88 M 0.009 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.932 0.033 0.002 0.001 89 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.964 0.021 0.001 0.001 90 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.926 0.058 0.001 0.001 91 F 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.933 0.035 0.002 0.002 92 E 0.009 0.005 0.002 0.001 0.009 0.002 0.049 0.866 0.040 0.010 0.006 93 L 0.017 0.048 0.017 0.004 0.032 0.006 0.028 0.676 0.137 0.024 0.011 94 S 0.021 0.023 0.010 0.007 0.019 0.015 0.067 0.689 0.090 0.037 0.021 95 L 0.016 0.022 0.008 0.004 0.025 0.005 0.026 0.634 0.209 0.039 0.011 96 R 0.020 0.026 0.012 0.005 0.028 0.015 0.047 0.629 0.151 0.049 0.016 97 S 0.040 0.031 0.010 0.003 0.051 0.006 0.036 0.576 0.129 0.094 0.024 98 L 0.083 0.056 0.016 0.008 0.096 0.012 0.036 0.402 0.161 0.088 0.041 99 A 0.040 0.077 0.047 0.020 0.074 0.037 0.063 0.424 0.139 0.057 0.020