# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.230 0.120 0.139 0.153 0.146 0.097 0.051 0.028 0.020 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 2 K 0.492 0.187 0.124 0.088 0.059 0.024 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 D 0.462 0.185 0.124 0.100 0.069 0.030 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 V 0.220 0.126 0.136 0.160 0.157 0.095 0.051 0.030 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 5 V 0.217 0.107 0.129 0.159 0.165 0.099 0.052 0.037 0.019 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 6 D 0.504 0.172 0.106 0.098 0.059 0.029 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.322 0.181 0.134 0.140 0.109 0.055 0.026 0.013 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 C 0.155 0.093 0.110 0.169 0.167 0.122 0.079 0.055 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 9 S 0.439 0.209 0.143 0.088 0.047 0.035 0.020 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 10 T 0.291 0.126 0.128 0.112 0.123 0.092 0.051 0.030 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 11 K 0.121 0.101 0.106 0.160 0.167 0.114 0.084 0.071 0.034 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 12 G 0.177 0.146 0.126 0.115 0.113 0.096 0.083 0.068 0.039 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 13 C 0.029 0.027 0.045 0.091 0.140 0.163 0.132 0.122 0.092 0.087 0.041 0.017 0.011 0.004 14 A 0.034 0.041 0.057 0.106 0.146 0.156 0.147 0.085 0.086 0.058 0.039 0.026 0.010 0.009 15 I 0.018 0.013 0.024 0.044 0.056 0.104 0.139 0.108 0.129 0.145 0.109 0.063 0.033 0.017 16 D 0.018 0.026 0.041 0.071 0.099 0.113 0.148 0.150 0.120 0.071 0.071 0.037 0.018 0.016 17 I 0.004 0.003 0.007 0.012 0.022 0.044 0.065 0.093 0.119 0.152 0.203 0.148 0.085 0.043 18 G 0.007 0.008 0.013 0.029 0.045 0.056 0.116 0.167 0.171 0.142 0.091 0.079 0.044 0.030 19 T 0.005 0.005 0.008 0.017 0.028 0.051 0.072 0.140 0.153 0.175 0.150 0.095 0.063 0.039 20 V 0.008 0.006 0.009 0.021 0.044 0.068 0.088 0.140 0.157 0.153 0.112 0.100 0.063 0.032 21 I 0.014 0.013 0.019 0.048 0.067 0.108 0.140 0.123 0.123 0.127 0.099 0.068 0.036 0.015 22 D 0.047 0.062 0.089 0.145 0.170 0.153 0.134 0.072 0.065 0.027 0.022 0.009 0.003 0.003 23 N 0.053 0.073 0.097 0.139 0.166 0.153 0.114 0.087 0.056 0.030 0.021 0.007 0.003 0.001 24 D 0.181 0.194 0.147 0.137 0.126 0.081 0.053 0.038 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 25 N 0.087 0.107 0.116 0.140 0.172 0.125 0.090 0.072 0.050 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 26 C 0.088 0.057 0.091 0.129 0.160 0.151 0.123 0.083 0.054 0.035 0.018 0.007 0.003 0.002 27 T 0.116 0.094 0.119 0.123 0.162 0.122 0.093 0.062 0.049 0.028 0.018 0.007 0.004 0.003 28 S 0.098 0.031 0.041 0.063 0.083 0.111 0.112 0.099 0.094 0.112 0.067 0.049 0.030 0.010 29 K 0.091 0.088 0.092 0.152 0.152 0.104 0.111 0.085 0.057 0.028 0.020 0.012 0.005 0.003 30 F 0.020 0.013 0.019 0.038 0.057 0.120 0.126 0.133 0.137 0.141 0.111 0.055 0.023 0.008 31 S 0.071 0.077 0.102 0.145 0.164 0.125 0.112 0.084 0.060 0.029 0.019 0.008 0.003 0.002 32 R 0.081 0.086 0.101 0.142 0.143 0.120 0.091 0.082 0.060 0.046 0.032 0.011 0.004 0.002 33 F 0.047 0.049 0.074 0.118 0.168 0.182 0.141 0.117 0.061 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 34 F 0.071 0.066 0.087 0.137 0.179 0.146 0.115 0.096 0.054 0.029 0.013 0.004 0.002 0.001 35 A 0.309 0.224 0.171 0.146 0.075 0.037 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.348 0.202 0.147 0.124 0.086 0.052 0.019 0.007 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 37 R 0.201 0.214 0.167 0.205 0.124 0.047 0.019 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.771 0.181 0.037 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.284 0.291 0.229 0.106 0.063 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.012 0.011 0.025 0.095 0.219 0.266 0.192 0.108 0.058 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 41 E 0.259 0.330 0.200 0.135 0.054 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.758 0.203 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.013 0.034 0.069 0.177 0.307 0.233 0.106 0.044 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.006 0.015 0.057 0.143 0.230 0.201 0.204 0.094 0.038 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.688 0.243 0.053 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.139 0.283 0.275 0.173 0.084 0.027 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.002 0.002 0.011 0.037 0.115 0.238 0.314 0.219 0.052 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.032 0.101 0.217 0.274 0.232 0.083 0.039 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.815 0.154 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.017 0.057 0.105 0.255 0.312 0.146 0.067 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.007 0.009 0.033 0.083 0.157 0.209 0.284 0.150 0.052 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 52 A 0.367 0.262 0.177 0.099 0.056 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.602 0.203 0.105 0.051 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.070 0.066 0.099 0.207 0.280 0.152 0.067 0.034 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.302 0.189 0.183 0.133 0.095 0.050 0.028 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 S 0.608 0.166 0.103 0.061 0.033 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.379 0.156 0.121 0.138 0.105 0.056 0.025 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.340 0.212 0.149 0.124 0.094 0.037 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.499 0.209 0.126 0.073 0.039 0.028 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 G 0.248 0.146 0.180 0.122 0.140 0.078 0.044 0.017 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 61 A 0.069 0.034 0.043 0.101 0.155 0.173 0.137 0.117 0.060 0.067 0.027 0.010 0.006 0.002 62 S 0.123 0.135 0.116 0.153 0.154 0.094 0.087 0.059 0.038 0.019 0.012 0.007 0.002 0.001 63 V 0.020 0.011 0.021 0.046 0.070 0.135 0.129 0.160 0.123 0.151 0.079 0.034 0.015 0.004 64 A 0.065 0.068 0.108 0.145 0.182 0.127 0.096 0.068 0.064 0.036 0.021 0.016 0.004 0.003 65 Y 0.115 0.053 0.058 0.096 0.100 0.114 0.090 0.117 0.080 0.095 0.049 0.020 0.009 0.003 66 K 0.087 0.112 0.100 0.178 0.179 0.114 0.086 0.061 0.049 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 67 I 0.032 0.031 0.055 0.098 0.124 0.173 0.161 0.144 0.092 0.055 0.026 0.006 0.003 0.001 68 K 0.252 0.198 0.198 0.145 0.101 0.054 0.027 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 69 D 0.401 0.195 0.169 0.099 0.071 0.032 0.015 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.126 0.105 0.103 0.199 0.208 0.124 0.065 0.036 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 71 E 0.326 0.259 0.166 0.112 0.064 0.031 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 G 0.388 0.218 0.164 0.097 0.061 0.038 0.018 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.149 0.130 0.145 0.155 0.182 0.102 0.065 0.033 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 74 V 0.030 0.026 0.046 0.092 0.144 0.169 0.150 0.160 0.076 0.062 0.026 0.009 0.007 0.002 75 E 0.041 0.057 0.060 0.123 0.176 0.138 0.126 0.121 0.075 0.044 0.018 0.013 0.005 0.004 76 L 0.018 0.008 0.015 0.028 0.041 0.088 0.098 0.112 0.133 0.184 0.125 0.086 0.049 0.016 77 D 0.026 0.030 0.045 0.115 0.172 0.126 0.129 0.101 0.105 0.068 0.033 0.029 0.010 0.011 78 A 0.011 0.005 0.009 0.016 0.021 0.057 0.075 0.093 0.139 0.174 0.179 0.125 0.071 0.025 79 A 0.019 0.024 0.035 0.086 0.148 0.122 0.148 0.172 0.116 0.064 0.027 0.020 0.011 0.008 80 F 0.017 0.010 0.012 0.023 0.030 0.070 0.093 0.119 0.128 0.172 0.162 0.091 0.053 0.019 81 T 0.031 0.034 0.051 0.110 0.181 0.162 0.146 0.108 0.090 0.049 0.018 0.013 0.004 0.004 82 F 0.031 0.020 0.025 0.047 0.061 0.108 0.127 0.133 0.144 0.123 0.101 0.047 0.024 0.010 83 S 0.035 0.042 0.061 0.129 0.186 0.170 0.139 0.103 0.080 0.035 0.010 0.006 0.003 0.002 84 C 0.055 0.054 0.060 0.091 0.105 0.127 0.131 0.136 0.098 0.073 0.043 0.016 0.009 0.003 85 Q 0.064 0.066 0.098 0.134 0.165 0.173 0.134 0.092 0.042 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 86 A 0.038 0.026 0.041 0.066 0.112 0.140 0.178 0.163 0.116 0.066 0.033 0.013 0.006 0.002 87 E 0.055 0.068 0.092 0.139 0.180 0.185 0.130 0.083 0.040 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 88 M 0.104 0.116 0.135 0.142 0.178 0.106 0.082 0.067 0.035 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 89 I 0.029 0.023 0.044 0.098 0.128 0.169 0.189 0.183 0.072 0.044 0.012 0.006 0.002 0.001 90 I 0.045 0.031 0.053 0.099 0.174 0.166 0.144 0.102 0.106 0.052 0.013 0.009 0.003 0.001 91 F 0.101 0.074 0.084 0.149 0.148 0.132 0.108 0.094 0.054 0.031 0.013 0.007 0.004 0.001 92 E 0.137 0.122 0.108 0.162 0.146 0.125 0.090 0.049 0.035 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 93 L 0.060 0.039 0.071 0.113 0.146 0.189 0.163 0.099 0.061 0.033 0.017 0.005 0.002 0.001 94 S 0.201 0.147 0.153 0.146 0.146 0.089 0.053 0.029 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 95 L 0.117 0.084 0.099 0.156 0.180 0.140 0.085 0.060 0.041 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 96 R 0.255 0.154 0.128 0.143 0.120 0.080 0.051 0.034 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 97 S 0.167 0.097 0.109 0.140 0.159 0.124 0.086 0.055 0.035 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 98 L 0.092 0.048 0.064 0.113 0.151 0.169 0.141 0.096 0.064 0.034 0.015 0.007 0.003 0.001 99 A 0.237 0.145 0.152 0.148 0.118 0.086 0.055 0.025 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001