# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.004 0.031 0.030 0.079 0.004 0.146 0.058 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.029 0.155 0.080 0.129 0.208 0.001 2 K 0.003 0.004 0.036 0.033 0.073 0.010 0.121 0.056 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.042 0.022 0.258 0.119 0.093 0.118 0.001 3 D 0.004 0.005 0.044 0.038 0.077 0.015 0.112 0.091 0.006 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.023 0.028 0.109 0.068 0.165 0.206 0.001 4 V 0.003 0.004 0.028 0.029 0.105 0.004 0.064 0.089 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.057 0.035 0.230 0.086 0.118 0.134 0.001 5 V 0.004 0.007 0.031 0.034 0.076 0.008 0.133 0.144 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.048 0.030 0.205 0.059 0.083 0.120 0.001 6 D 0.007 0.009 0.044 0.039 0.057 0.027 0.143 0.212 0.007 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.036 0.021 0.184 0.062 0.059 0.078 0.001 7 K 0.007 0.010 0.025 0.039 0.131 0.017 0.107 0.205 0.008 0.003 0.002 0.002 0.006 0.005 0.029 0.026 0.176 0.069 0.060 0.073 0.002 8 C 0.007 0.012 0.032 0.034 0.124 0.004 0.090 0.225 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.043 0.031 0.099 0.045 0.076 0.160 0.001 9 S 0.009 0.011 0.059 0.066 0.066 0.015 0.125 0.118 0.014 0.006 0.002 0.002 0.004 0.004 0.047 0.013 0.258 0.051 0.055 0.074 0.001 10 T 0.009 0.008 0.029 0.050 0.118 0.021 0.217 0.056 0.036 0.015 0.003 0.002 0.004 0.003 0.016 0.018 0.177 0.067 0.071 0.080 0.001 11 K 0.008 0.015 0.047 0.049 0.088 0.004 0.210 0.030 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.035 0.019 0.190 0.076 0.068 0.142 0.002 12 G 0.015 0.022 0.055 0.048 0.171 0.005 0.085 0.016 0.003 0.002 0.003 0.002 0.005 0.005 0.033 0.038 0.126 0.134 0.101 0.127 0.003 13 C 0.036 0.052 0.150 0.093 0.169 0.004 0.036 0.017 0.003 0.001 0.004 0.005 0.013 0.014 0.056 0.036 0.073 0.031 0.067 0.133 0.008 14 A 0.071 0.098 0.078 0.066 0.215 0.002 0.032 0.017 0.001 0.001 0.015 0.014 0.025 0.038 0.102 0.066 0.050 0.023 0.031 0.034 0.021 15 I 0.144 0.157 0.151 0.132 0.090 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.018 0.017 0.048 0.057 0.072 0.027 0.012 0.007 0.015 0.018 0.015 16 D 0.149 0.155 0.078 0.087 0.154 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.033 0.027 0.061 0.074 0.054 0.041 0.011 0.007 0.019 0.021 0.018 17 I 0.146 0.196 0.043 0.056 0.094 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.020 0.027 0.062 0.115 0.105 0.041 0.025 0.005 0.007 0.012 0.033 18 G 0.181 0.238 0.037 0.045 0.072 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.038 0.029 0.078 0.108 0.057 0.042 0.007 0.009 0.006 0.006 0.027 19 T 0.213 0.254 0.056 0.049 0.071 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.029 0.025 0.093 0.090 0.034 0.031 0.003 0.005 0.005 0.006 0.029 20 V 0.204 0.233 0.034 0.033 0.088 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.037 0.038 0.090 0.097 0.049 0.032 0.004 0.004 0.007 0.004 0.039 21 I 0.208 0.169 0.074 0.089 0.064 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.024 0.027 0.070 0.081 0.108 0.030 0.007 0.004 0.009 0.010 0.017 22 D 0.103 0.128 0.089 0.152 0.173 0.001 0.006 0.003 0.004 0.001 0.012 0.013 0.022 0.031 0.073 0.043 0.022 0.010 0.035 0.072 0.005 23 N 0.028 0.030 0.041 0.077 0.239 0.002 0.032 0.005 0.004 0.001 0.004 0.004 0.009 0.013 0.076 0.053 0.204 0.030 0.036 0.110 0.003 24 D 0.015 0.022 0.072 0.108 0.101 0.006 0.201 0.011 0.004 0.002 0.002 0.002 0.006 0.004 0.043 0.017 0.119 0.095 0.058 0.111 0.002 25 N 0.021 0.022 0.071 0.054 0.212 0.006 0.102 0.014 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.014 0.030 0.069 0.125 0.102 0.142 0.002 26 C 0.033 0.039 0.210 0.161 0.136 0.005 0.030 0.021 0.002 0.001 0.006 0.003 0.008 0.002 0.039 0.013 0.081 0.067 0.061 0.079 0.003 27 T 0.086 0.129 0.062 0.086 0.299 0.005 0.036 0.047 0.003 0.001 0.015 0.008 0.022 0.005 0.023 0.025 0.042 0.030 0.033 0.032 0.011 28 S 0.146 0.223 0.176 0.194 0.067 0.005 0.013 0.033 0.002 0.001 0.018 0.009 0.026 0.005 0.024 0.006 0.016 0.008 0.010 0.011 0.006 29 K 0.173 0.248 0.038 0.063 0.272 0.003 0.011 0.031 0.002 0.001 0.024 0.013 0.040 0.008 0.013 0.014 0.015 0.008 0.006 0.006 0.012 30 F 0.184 0.310 0.060 0.115 0.111 0.001 0.009 0.043 0.001 0.001 0.016 0.017 0.043 0.010 0.023 0.007 0.009 0.006 0.009 0.013 0.013 31 S 0.182 0.305 0.044 0.056 0.156 0.003 0.013 0.066 0.002 0.001 0.018 0.012 0.039 0.009 0.021 0.013 0.025 0.009 0.006 0.008 0.012 32 R 0.172 0.178 0.077 0.171 0.087 0.013 0.018 0.077 0.006 0.002 0.026 0.018 0.043 0.009 0.022 0.010 0.022 0.010 0.016 0.014 0.009 33 F 0.062 0.109 0.018 0.031 0.403 0.002 0.037 0.088 0.004 0.002 0.007 0.008 0.024 0.012 0.024 0.027 0.069 0.026 0.017 0.022 0.007 34 F 0.036 0.045 0.114 0.127 0.054 0.006 0.071 0.124 0.005 0.002 0.006 0.007 0.014 0.009 0.083 0.025 0.083 0.030 0.057 0.100 0.003 35 A 0.008 0.008 0.020 0.020 0.140 0.004 0.048 0.079 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.024 0.029 0.288 0.068 0.043 0.204 0.001 36 T 0.001 0.002 0.013 0.014 0.039 0.002 0.065 0.195 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.089 0.056 0.163 0.328 0.001 37 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.124 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.824 0.008 0.009 0.014 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.003 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.967 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.942 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.004 0.001 0.002 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.942 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 0.002 0.004 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.053 0.886 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.033 0.194 0.579 0.074 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.023 0.006 0.006 0.001 54 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 0.004 0.199 0.325 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.165 0.081 0.073 0.097 0.001 55 S 0.001 0.001 0.008 0.005 0.017 0.011 0.188 0.131 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.232 0.207 0.082 0.086 0.001 56 S 0.001 0.001 0.012 0.009 0.026 0.017 0.147 0.125 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.120 0.099 0.147 0.254 0.001 57 A 0.001 0.001 0.017 0.014 0.046 0.004 0.096 0.055 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.011 0.388 0.098 0.121 0.109 0.001 58 D 0.001 0.001 0.031 0.029 0.035 0.011 0.175 0.049 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.014 0.215 0.072 0.185 0.139 0.001 59 E 0.002 0.003 0.022 0.024 0.072 0.004 0.177 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.023 0.287 0.086 0.076 0.177 0.001 60 G 0.003 0.007 0.020 0.025 0.145 0.004 0.291 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.052 0.083 0.139 0.091 0.093 0.001 61 A 0.016 0.018 0.180 0.120 0.089 0.005 0.046 0.014 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.057 0.036 0.056 0.062 0.122 0.162 0.002 62 S 0.037 0.055 0.095 0.068 0.380 0.003 0.025 0.011 0.001 0.001 0.007 0.005 0.013 0.006 0.044 0.050 0.041 0.040 0.063 0.046 0.008 63 V 0.091 0.078 0.131 0.121 0.198 0.001 0.018 0.013 0.001 0.001 0.015 0.014 0.034 0.014 0.088 0.055 0.017 0.014 0.042 0.042 0.012 64 A 0.090 0.154 0.110 0.147 0.160 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.015 0.015 0.027 0.019 0.103 0.040 0.019 0.014 0.023 0.028 0.013 65 Y 0.115 0.127 0.040 0.078 0.259 0.003 0.016 0.018 0.001 0.001 0.028 0.024 0.049 0.026 0.039 0.098 0.016 0.012 0.020 0.019 0.012 66 K 0.103 0.137 0.148 0.198 0.122 0.002 0.016 0.018 0.001 0.001 0.015 0.013 0.037 0.014 0.087 0.017 0.017 0.014 0.016 0.016 0.007 67 I 0.085 0.086 0.031 0.057 0.444 0.002 0.030 0.019 0.001 0.001 0.010 0.010 0.026 0.006 0.026 0.061 0.022 0.018 0.031 0.022 0.010 68 K 0.061 0.069 0.259 0.228 0.075 0.003 0.030 0.017 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.003 0.079 0.008 0.041 0.021 0.025 0.057 0.002 69 D 0.021 0.027 0.025 0.054 0.477 0.004 0.037 0.020 0.003 0.002 0.003 0.002 0.006 0.001 0.008 0.037 0.033 0.050 0.078 0.112 0.001 70 L 0.015 0.016 0.144 0.191 0.108 0.002 0.024 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.068 0.006 0.186 0.028 0.097 0.088 0.001 71 E 0.010 0.010 0.032 0.047 0.170 0.005 0.164 0.023 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.011 0.343 0.027 0.031 0.103 0.001 72 G 0.015 0.032 0.041 0.055 0.125 0.006 0.442 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.008 0.053 0.118 0.026 0.046 0.002 73 Q 0.049 0.081 0.059 0.045 0.400 0.002 0.054 0.016 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.003 0.020 0.061 0.020 0.078 0.047 0.045 0.004 74 V 0.134 0.161 0.360 0.186 0.057 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.014 0.003 0.035 0.003 0.006 0.003 0.008 0.007 0.006 75 E 0.247 0.293 0.025 0.035 0.268 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.019 0.013 0.033 0.007 0.009 0.014 0.002 0.002 0.003 0.003 0.019 76 L 0.277 0.430 0.072 0.106 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.028 0.006 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 77 D 0.293 0.404 0.015 0.034 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.016 0.035 0.009 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 78 A 0.329 0.435 0.037 0.073 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.031 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 79 A 0.327 0.453 0.014 0.020 0.096 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 0.010 0.031 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 80 F 0.352 0.335 0.086 0.128 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.020 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 81 T 0.234 0.334 0.021 0.033 0.289 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 0.021 0.003 0.008 0.012 0.005 0.003 0.003 0.003 0.007 82 F 0.223 0.199 0.160 0.239 0.064 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.010 0.008 0.024 0.002 0.020 0.005 0.006 0.004 0.007 0.015 0.004 83 S 0.138 0.166 0.042 0.070 0.421 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.007 0.007 0.014 0.002 0.013 0.016 0.026 0.018 0.015 0.023 0.005 84 C 0.163 0.155 0.108 0.124 0.185 0.002 0.016 0.035 0.001 0.001 0.008 0.009 0.019 0.003 0.024 0.015 0.030 0.019 0.027 0.054 0.004 85 Q 0.135 0.170 0.103 0.087 0.185 0.002 0.011 0.130 0.001 0.001 0.006 0.006 0.014 0.003 0.021 0.009 0.050 0.017 0.014 0.034 0.003 86 A 0.106 0.166 0.013 0.020 0.210 0.002 0.019 0.368 0.001 0.001 0.005 0.005 0.016 0.003 0.007 0.011 0.028 0.007 0.004 0.006 0.004 87 E 0.118 0.275 0.037 0.045 0.022 0.001 0.014 0.434 0.001 0.001 0.005 0.004 0.013 0.004 0.011 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 88 M 0.223 0.349 0.007 0.018 0.051 0.002 0.006 0.289 0.002 0.001 0.006 0.004 0.022 0.004 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 89 I 0.171 0.506 0.009 0.022 0.055 0.001 0.003 0.182 0.002 0.001 0.004 0.006 0.016 0.008 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 90 I 0.250 0.392 0.007 0.012 0.069 0.001 0.009 0.202 0.002 0.001 0.004 0.006 0.017 0.006 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 91 F 0.191 0.344 0.022 0.029 0.058 0.001 0.007 0.283 0.003 0.001 0.005 0.005 0.015 0.008 0.007 0.003 0.005 0.003 0.001 0.004 0.005 92 E 0.119 0.189 0.011 0.018 0.088 0.003 0.018 0.442 0.008 0.003 0.010 0.008 0.025 0.013 0.006 0.007 0.011 0.005 0.004 0.004 0.010 93 L 0.135 0.171 0.053 0.061 0.038 0.005 0.024 0.339 0.013 0.004 0.009 0.007 0.025 0.012 0.029 0.006 0.039 0.008 0.008 0.006 0.008 94 S 0.065 0.089 0.019 0.040 0.161 0.006 0.063 0.265 0.027 0.006 0.008 0.008 0.016 0.011 0.020 0.025 0.089 0.032 0.020 0.025 0.006 95 L 0.032 0.053 0.034 0.040 0.080 0.005 0.073 0.294 0.011 0.003 0.003 0.004 0.008 0.008 0.042 0.017 0.157 0.038 0.027 0.069 0.003 96 R 0.013 0.020 0.027 0.024 0.033 0.024 0.085 0.466 0.013 0.004 0.003 0.002 0.005 0.004 0.014 0.006 0.170 0.033 0.018 0.035 0.002 97 S 0.014 0.014 0.018 0.025 0.076 0.040 0.120 0.369 0.032 0.013 0.003 0.002 0.006 0.002 0.008 0.009 0.141 0.044 0.034 0.027 0.002 98 L 0.010 0.018 0.024 0.022 0.067 0.007 0.138 0.336 0.010 0.005 0.002 0.002 0.003 0.004 0.032 0.014 0.177 0.040 0.035 0.052 0.002 99 A 0.013 0.018 0.032 0.034 0.069 0.016 0.135 0.216 0.012 0.004 0.003 0.003 0.005 0.005 0.031 0.017 0.193 0.071 0.045 0.078 0.002