# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.013 0.734 0.004 0.011 0.008 0.001 0.001 0.012 0.141 0.028 0.022 0.026 2 K 0.001 0.013 0.704 0.006 0.024 0.015 0.001 0.001 0.011 0.130 0.049 0.015 0.031 3 D 0.003 0.015 0.641 0.009 0.056 0.029 0.001 0.001 0.021 0.101 0.042 0.029 0.052 4 V 0.009 0.024 0.317 0.012 0.174 0.111 0.006 0.003 0.051 0.069 0.063 0.060 0.100 5 V 0.014 0.034 0.239 0.024 0.133 0.103 0.017 0.008 0.072 0.044 0.097 0.039 0.176 6 D 0.019 0.025 0.274 0.029 0.091 0.099 0.011 0.005 0.043 0.084 0.077 0.172 0.070 7 K 0.027 0.035 0.287 0.015 0.047 0.079 0.009 0.007 0.057 0.102 0.072 0.068 0.196 8 C 0.017 0.030 0.387 0.022 0.045 0.064 0.007 0.004 0.039 0.101 0.111 0.068 0.104 9 S 0.013 0.014 0.415 0.030 0.059 0.050 0.003 0.003 0.024 0.118 0.162 0.061 0.050 10 T 0.011 0.014 0.330 0.021 0.068 0.046 0.003 0.003 0.023 0.205 0.191 0.033 0.051 11 K 0.013 0.015 0.334 0.033 0.038 0.029 0.005 0.004 0.029 0.215 0.209 0.029 0.050 12 G 0.026 0.017 0.375 0.035 0.028 0.025 0.009 0.005 0.031 0.237 0.088 0.069 0.055 13 C 0.103 0.018 0.296 0.029 0.017 0.031 0.026 0.023 0.101 0.098 0.040 0.080 0.138 14 A 0.229 0.023 0.131 0.019 0.011 0.020 0.064 0.061 0.111 0.030 0.025 0.075 0.200 15 I 0.210 0.022 0.138 0.033 0.007 0.010 0.054 0.076 0.123 0.026 0.008 0.156 0.138 16 D 0.123 0.007 0.204 0.040 0.008 0.012 0.041 0.033 0.152 0.042 0.012 0.179 0.147 17 I 0.037 0.007 0.131 0.235 0.028 0.020 0.034 0.023 0.157 0.053 0.120 0.020 0.135 18 G 0.050 0.005 0.177 0.150 0.039 0.022 0.030 0.011 0.064 0.143 0.111 0.159 0.038 19 T 0.278 0.008 0.087 0.008 0.013 0.011 0.054 0.054 0.180 0.036 0.009 0.055 0.207 20 V 0.244 0.029 0.066 0.008 0.006 0.010 0.104 0.111 0.135 0.012 0.009 0.108 0.157 21 I 0.098 0.052 0.229 0.038 0.006 0.009 0.060 0.066 0.097 0.039 0.021 0.143 0.141 22 D 0.008 0.004 0.708 0.010 0.005 0.004 0.003 0.003 0.022 0.105 0.025 0.053 0.051 23 N 0.001 0.003 0.100 0.006 0.034 0.014 0.001 0.001 0.005 0.149 0.667 0.003 0.017 24 D 0.001 0.005 0.065 0.005 0.026 0.009 0.001 0.001 0.002 0.224 0.648 0.012 0.003 25 N 0.007 0.019 0.324 0.007 0.041 0.014 0.001 0.001 0.003 0.372 0.142 0.018 0.053 26 C 0.027 0.028 0.406 0.023 0.020 0.026 0.002 0.001 0.011 0.152 0.081 0.095 0.128 27 T 0.139 0.020 0.145 0.037 0.011 0.037 0.011 0.002 0.021 0.029 0.051 0.124 0.374 28 S 0.477 0.006 0.034 0.022 0.004 0.016 0.021 0.004 0.008 0.009 0.007 0.195 0.198 29 K 0.577 0.002 0.011 0.018 0.001 0.012 0.036 0.003 0.007 0.003 0.003 0.160 0.166 30 F 0.598 0.002 0.011 0.023 0.002 0.017 0.041 0.004 0.009 0.003 0.005 0.110 0.177 31 S 0.486 0.003 0.024 0.054 0.004 0.041 0.045 0.004 0.015 0.008 0.010 0.131 0.175 32 R 0.494 0.003 0.019 0.013 0.012 0.043 0.030 0.004 0.016 0.011 0.011 0.223 0.123 33 F 0.289 0.009 0.044 0.015 0.016 0.056 0.030 0.004 0.023 0.018 0.043 0.078 0.377 34 F 0.089 0.016 0.185 0.029 0.029 0.098 0.008 0.002 0.023 0.088 0.115 0.212 0.106 35 A 0.013 0.015 0.392 0.005 0.013 0.109 0.001 0.001 0.010 0.246 0.099 0.038 0.059 36 T 0.001 0.004 0.595 0.001 0.012 0.134 0.001 0.001 0.003 0.194 0.031 0.005 0.019 37 R 0.001 0.001 0.019 0.001 0.020 0.937 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.001 0.001 38 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 0.855 0.001 0.001 0.001 0.003 0.102 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.023 0.001 0.053 0.791 0.001 0.001 0.003 0.010 0.111 0.001 0.005 54 A 0.001 0.006 0.095 0.001 0.025 0.667 0.001 0.001 0.006 0.056 0.123 0.007 0.013 55 S 0.002 0.016 0.297 0.002 0.030 0.346 0.001 0.001 0.011 0.130 0.128 0.019 0.017 56 S 0.001 0.008 0.646 0.002 0.037 0.097 0.001 0.001 0.008 0.095 0.068 0.010 0.030 57 A 0.001 0.004 0.150 0.003 0.091 0.182 0.001 0.001 0.003 0.045 0.511 0.002 0.009 58 D 0.001 0.009 0.142 0.005 0.209 0.117 0.001 0.001 0.004 0.124 0.371 0.011 0.007 59 E 0.001 0.012 0.302 0.004 0.121 0.088 0.001 0.001 0.008 0.194 0.220 0.012 0.036 60 G 0.003 0.014 0.455 0.018 0.036 0.052 0.001 0.001 0.012 0.112 0.228 0.014 0.054 61 A 0.013 0.017 0.422 0.025 0.025 0.039 0.004 0.001 0.034 0.145 0.060 0.159 0.058 62 S 0.083 0.014 0.212 0.012 0.011 0.017 0.013 0.008 0.075 0.043 0.021 0.059 0.433 63 V 0.149 0.013 0.146 0.055 0.008 0.015 0.041 0.020 0.101 0.021 0.011 0.250 0.169 64 A 0.136 0.008 0.153 0.063 0.012 0.018 0.062 0.022 0.119 0.022 0.019 0.151 0.216 65 Y 0.171 0.007 0.105 0.041 0.016 0.019 0.066 0.032 0.160 0.026 0.020 0.086 0.251 66 K 0.164 0.006 0.102 0.027 0.005 0.014 0.050 0.018 0.145 0.023 0.012 0.337 0.097 67 I 0.148 0.018 0.140 0.022 0.006 0.012 0.035 0.009 0.061 0.031 0.015 0.048 0.455 68 K 0.052 0.009 0.291 0.027 0.005 0.011 0.006 0.002 0.043 0.047 0.011 0.432 0.063 69 D 0.020 0.016 0.291 0.008 0.023 0.018 0.004 0.001 0.024 0.056 0.038 0.030 0.472 70 L 0.019 0.012 0.330 0.035 0.058 0.024 0.002 0.001 0.010 0.086 0.165 0.126 0.132 71 E 0.013 0.005 0.105 0.052 0.060 0.018 0.001 0.001 0.006 0.126 0.499 0.064 0.051 72 G 0.011 0.003 0.056 0.014 0.021 0.008 0.001 0.001 0.002 0.140 0.677 0.023 0.045 73 Q 0.099 0.010 0.229 0.022 0.010 0.009 0.003 0.001 0.006 0.085 0.099 0.129 0.299 74 V 0.409 0.004 0.036 0.007 0.001 0.003 0.011 0.001 0.010 0.006 0.003 0.309 0.199 75 E 0.564 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.081 0.312 76 L 0.596 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.244 0.099 77 D 0.493 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 0.023 0.001 0.007 0.001 0.001 0.104 0.334 78 A 0.591 0.001 0.008 0.017 0.001 0.001 0.025 0.001 0.010 0.002 0.002 0.194 0.149 79 A 0.533 0.001 0.015 0.065 0.001 0.001 0.042 0.003 0.015 0.005 0.004 0.116 0.198 80 F 0.590 0.001 0.012 0.016 0.001 0.002 0.033 0.003 0.016 0.006 0.003 0.226 0.092 81 T 0.569 0.002 0.032 0.016 0.001 0.006 0.033 0.009 0.034 0.007 0.004 0.047 0.240 82 F 0.312 0.007 0.064 0.034 0.003 0.036 0.044 0.007 0.043 0.022 0.007 0.312 0.110 83 S 0.194 0.004 0.144 0.030 0.003 0.135 0.012 0.003 0.055 0.029 0.012 0.053 0.327 84 C 0.062 0.006 0.085 0.029 0.007 0.563 0.005 0.001 0.016 0.034 0.016 0.072 0.103 85 Q 0.041 0.003 0.036 0.011 0.009 0.691 0.001 0.001 0.007 0.011 0.010 0.034 0.146 86 A 0.005 0.001 0.002 0.004 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.011 87 E 0.015 0.001 0.001 0.006 0.005 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 88 M 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 89 I 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 90 I 0.071 0.001 0.001 0.003 0.001 0.886 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.022 91 F 0.087 0.001 0.001 0.004 0.001 0.840 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.016 92 E 0.037 0.001 0.002 0.003 0.002 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.021 93 L 0.037 0.001 0.007 0.012 0.013 0.863 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.018 0.014 94 S 0.018 0.001 0.030 0.007 0.013 0.764 0.001 0.001 0.003 0.015 0.107 0.013 0.027 95 L 0.006 0.002 0.040 0.005 0.045 0.736 0.001 0.001 0.001 0.020 0.126 0.005 0.013 96 R 0.006 0.004 0.055 0.004 0.072 0.657 0.001 0.001 0.003 0.048 0.121 0.019 0.011 97 S 0.007 0.007 0.104 0.002 0.076 0.567 0.001 0.001 0.004 0.042 0.132 0.007 0.050 98 L 0.008 0.014 0.169 0.006 0.088 0.518 0.001 0.001 0.006 0.057 0.103 0.013 0.018 99 A 0.004 0.007 0.353 0.005 0.066 0.326 0.001 0.001 0.008 0.101 0.090 0.015 0.026