# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.098 0.063 0.171 0.162 0.018 0.115 0.035 0.022 0.020 0.011 0.056 0.054 0.116 0.011 0.020 0.029 2 K 0.055 0.104 0.179 0.233 0.005 0.096 0.008 0.026 0.016 0.008 0.075 0.050 0.099 0.002 0.015 0.028 3 D 0.048 0.087 0.101 0.293 0.007 0.118 0.007 0.006 0.019 0.008 0.073 0.091 0.107 0.003 0.004 0.028 4 V 0.043 0.086 0.149 0.256 0.012 0.110 0.012 0.007 0.005 0.002 0.077 0.084 0.132 0.005 0.005 0.015 5 V 0.012 0.085 0.124 0.282 0.007 0.152 0.011 0.013 0.005 0.002 0.051 0.079 0.149 0.005 0.009 0.014 6 D 0.012 0.109 0.107 0.336 0.008 0.058 0.012 0.009 0.011 0.003 0.063 0.051 0.181 0.005 0.009 0.027 7 K 0.025 0.076 0.130 0.351 0.008 0.060 0.013 0.007 0.010 0.002 0.036 0.058 0.173 0.006 0.008 0.038 8 C 0.020 0.033 0.213 0.157 0.019 0.145 0.029 0.012 0.005 0.003 0.038 0.036 0.248 0.009 0.013 0.020 9 S 0.013 0.116 0.088 0.142 0.040 0.148 0.028 0.031 0.007 0.004 0.092 0.046 0.185 0.017 0.015 0.027 10 T 0.013 0.054 0.029 0.061 0.145 0.044 0.176 0.022 0.012 0.005 0.077 0.045 0.054 0.223 0.017 0.022 11 K 0.019 0.056 0.125 0.087 0.005 0.035 0.013 0.204 0.016 0.004 0.018 0.023 0.050 0.006 0.314 0.028 12 G 0.030 0.085 0.158 0.143 0.003 0.023 0.009 0.005 0.199 0.079 0.014 0.012 0.025 0.002 0.004 0.208 13 C 0.602 0.026 0.090 0.196 0.001 0.019 0.002 0.003 0.003 0.002 0.015 0.012 0.021 0.001 0.002 0.006 14 A 0.015 0.030 0.448 0.408 0.002 0.057 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.010 0.011 0.001 0.001 0.006 15 I 0.003 0.032 0.099 0.841 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 16 D 0.001 0.006 0.016 0.325 0.329 0.279 0.016 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.010 0.001 0.001 17 I 0.003 0.016 0.011 0.161 0.006 0.283 0.002 0.135 0.002 0.001 0.343 0.008 0.022 0.001 0.006 0.001 18 G 0.002 0.250 0.008 0.159 0.002 0.010 0.002 0.004 0.072 0.033 0.032 0.400 0.020 0.001 0.002 0.005 19 T 0.140 0.018 0.058 0.488 0.006 0.025 0.006 0.001 0.004 0.002 0.019 0.029 0.166 0.002 0.004 0.031 20 V 0.008 0.029 0.631 0.164 0.004 0.020 0.004 0.002 0.002 0.001 0.007 0.011 0.089 0.001 0.002 0.027 21 I 0.006 0.059 0.153 0.523 0.061 0.068 0.029 0.007 0.002 0.002 0.008 0.009 0.047 0.012 0.003 0.010 22 D 0.005 0.018 0.016 0.036 0.057 0.640 0.023 0.037 0.002 0.002 0.057 0.010 0.068 0.014 0.010 0.006 23 N 0.005 0.059 0.008 0.020 0.014 0.022 0.010 0.047 0.015 0.003 0.676 0.040 0.031 0.019 0.013 0.017 24 D 0.039 0.115 0.028 0.022 0.003 0.023 0.019 0.021 0.034 0.010 0.027 0.473 0.041 0.011 0.104 0.032 25 N 0.044 0.058 0.468 0.017 0.001 0.020 0.014 0.005 0.014 0.003 0.014 0.019 0.098 0.002 0.025 0.199 26 C 0.290 0.065 0.342 0.095 0.001 0.037 0.008 0.002 0.007 0.003 0.029 0.022 0.041 0.002 0.004 0.052 27 T 0.040 0.047 0.636 0.141 0.001 0.068 0.003 0.001 0.002 0.001 0.011 0.018 0.023 0.001 0.002 0.008 28 S 0.004 0.077 0.123 0.737 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.019 0.001 0.001 0.003 29 K 0.002 0.020 0.039 0.916 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 30 F 0.004 0.004 0.091 0.573 0.003 0.296 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 31 S 0.001 0.183 0.041 0.699 0.006 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 32 R 0.003 0.013 0.009 0.849 0.022 0.047 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 0.005 0.027 0.001 0.001 0.002 33 F 0.005 0.066 0.184 0.522 0.018 0.065 0.006 0.016 0.002 0.001 0.022 0.033 0.043 0.003 0.005 0.011 34 F 0.006 0.033 0.028 0.236 0.011 0.497 0.009 0.011 0.007 0.005 0.027 0.017 0.091 0.001 0.008 0.014 35 A 0.014 0.345 0.081 0.256 0.004 0.057 0.003 0.015 0.003 0.004 0.085 0.043 0.066 0.001 0.002 0.020 36 T 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.051 0.032 0.001 0.001 0.001 37 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.008 0.042 0.001 0.001 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.935 0.054 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.982 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.002 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.003 0.002 0.002 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.973 0.005 0.002 0.006 52 A 0.001 0.009 0.015 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.908 0.006 0.012 0.031 53 A 0.007 0.006 0.038 0.030 0.001 0.007 0.017 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.667 0.027 0.006 0.183 54 A 0.019 0.012 0.277 0.031 0.001 0.016 0.025 0.002 0.001 0.001 0.009 0.006 0.524 0.009 0.032 0.035 55 S 0.010 0.135 0.153 0.167 0.009 0.047 0.038 0.007 0.004 0.003 0.015 0.018 0.279 0.025 0.013 0.074 56 S 0.045 0.031 0.038 0.095 0.029 0.282 0.038 0.019 0.004 0.003 0.056 0.022 0.262 0.030 0.028 0.018 57 A 0.017 0.115 0.084 0.076 0.016 0.062 0.012 0.032 0.012 0.004 0.306 0.068 0.117 0.011 0.024 0.044 58 D 0.016 0.046 0.026 0.019 0.132 0.031 0.251 0.006 0.012 0.007 0.038 0.125 0.039 0.223 0.011 0.018 59 E 0.020 0.031 0.116 0.029 0.004 0.011 0.020 0.198 0.002 0.001 0.029 0.015 0.067 0.004 0.434 0.019 60 G 0.014 0.049 0.112 0.062 0.001 0.014 0.009 0.004 0.306 0.066 0.013 0.021 0.024 0.005 0.004 0.294 61 A 0.632 0.031 0.108 0.161 0.001 0.008 0.001 0.003 0.004 0.001 0.007 0.008 0.020 0.001 0.009 0.006 62 S 0.007 0.045 0.522 0.392 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 63 V 0.027 0.005 0.116 0.674 0.003 0.167 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 64 A 0.001 0.130 0.064 0.789 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.001 0.003 0.004 0.981 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.022 0.091 0.831 0.006 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 67 I 0.003 0.009 0.013 0.621 0.047 0.274 0.003 0.004 0.001 0.002 0.013 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 68 K 0.001 0.453 0.024 0.419 0.005 0.037 0.001 0.024 0.001 0.001 0.013 0.011 0.006 0.001 0.002 0.001 69 D 0.005 0.018 0.009 0.264 0.070 0.480 0.006 0.007 0.018 0.012 0.051 0.028 0.024 0.002 0.001 0.006 70 L 0.014 0.025 0.030 0.018 0.347 0.034 0.075 0.017 0.002 0.001 0.270 0.025 0.034 0.100 0.003 0.004 71 E 0.003 0.076 0.020 0.032 0.013 0.021 0.020 0.382 0.006 0.004 0.021 0.095 0.022 0.013 0.267 0.005 72 G 0.013 0.045 0.065 0.038 0.002 0.010 0.013 0.021 0.234 0.072 0.022 0.015 0.064 0.003 0.066 0.316 73 Q 0.558 0.041 0.174 0.069 0.001 0.005 0.004 0.002 0.033 0.002 0.009 0.010 0.012 0.002 0.004 0.074 74 V 0.141 0.018 0.689 0.123 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.004 75 E 0.005 0.047 0.369 0.540 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 76 L 0.005 0.023 0.019 0.931 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.001 0.053 0.045 0.896 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 A 0.001 0.003 0.018 0.946 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.001 0.065 0.039 0.892 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.001 0.002 0.003 0.871 0.005 0.116 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 T 0.001 0.266 0.050 0.669 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 F 0.002 0.003 0.002 0.916 0.004 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.002 0.130 0.136 0.604 0.001 0.107 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 84 C 0.002 0.006 0.005 0.718 0.004 0.205 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 85 Q 0.001 0.180 0.036 0.452 0.001 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.128 0.031 0.001 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.347 0.001 0.001 0.001 0.001 0.240 0.071 0.296 0.001 0.001 0.001 87 E 0.001 0.042 0.004 0.061 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.163 0.715 0.001 0.001 0.001 88 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 90 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.003 0.001 94 S 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.932 0.023 0.004 0.014 95 L 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.909 0.031 0.018 0.008 96 R 0.001 0.007 0.009 0.006 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.009 0.013 0.878 0.012 0.021 0.031 97 S 0.006 0.004 0.011 0.009 0.002 0.010 0.015 0.001 0.002 0.001 0.009 0.016 0.829 0.021 0.010 0.055 98 L 0.011 0.011 0.052 0.010 0.008 0.010 0.069 0.003 0.001 0.001 0.021 0.019 0.637 0.096 0.018 0.033 99 A 0.009 0.048 0.067 0.031 0.006 0.020 0.057 0.028 0.004 0.002 0.019 0.035 0.442 0.039 0.141 0.052