# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.116 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.047 0.122 0.602 2 K 0.029 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.048 0.117 0.660 3 D 0.069 0.154 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.093 0.084 0.115 0.454 4 V 0.140 0.190 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.084 0.127 0.078 0.354 5 V 0.108 0.058 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.092 0.185 0.082 0.454 6 D 0.043 0.037 0.004 0.002 0.003 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.101 0.230 0.107 0.446 7 K 0.034 0.028 0.012 0.002 0.013 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.203 0.111 0.461 8 C 0.152 0.015 0.019 0.002 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.124 0.101 0.478 9 S 0.230 0.012 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.064 0.085 0.562 10 T 0.080 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.040 0.116 0.730 11 K 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.055 0.152 0.689 12 G 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.130 0.123 0.509 13 C 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.028 0.015 0.005 0.006 0.003 0.003 0.004 0.417 0.075 0.092 0.301 14 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.002 0.015 0.013 0.006 0.003 0.474 0.034 0.100 0.339 15 I 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.023 0.014 0.004 0.687 0.033 0.061 0.154 16 D 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.003 0.666 0.087 0.053 0.147 17 I 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.530 0.051 0.070 0.318 18 G 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.854 0.028 0.021 0.086 19 T 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.783 0.074 0.023 0.082 20 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.035 0.156 0.140 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.447 0.059 0.030 0.106 21 I 0.007 0.002 0.002 0.001 0.072 0.048 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.572 0.040 0.046 0.185 22 D 0.234 0.007 0.007 0.003 0.061 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.142 0.076 0.291 23 N 0.129 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.084 0.120 0.616 24 D 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.044 0.141 0.752 25 N 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.048 0.139 0.692 26 C 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.221 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.064 0.053 0.241 27 T 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.056 0.128 0.009 0.029 0.005 0.003 0.003 0.193 0.065 0.114 0.329 28 S 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.004 0.075 0.108 0.035 0.006 0.495 0.039 0.040 0.167 29 K 0.013 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.058 0.137 0.137 0.027 0.359 0.051 0.040 0.142 30 F 0.017 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.027 0.014 0.608 0.059 0.033 0.178 31 S 0.064 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.546 0.072 0.039 0.237 32 R 0.072 0.021 0.002 0.001 0.003 0.005 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.505 0.096 0.072 0.204 33 F 0.019 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.265 0.066 0.086 0.530 34 F 0.131 0.114 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.087 0.114 0.313 35 A 0.006 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.047 0.136 0.615 36 T 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.028 37 R 0.015 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.006 38 E 0.006 0.374 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.602 0.003 0.013 39 E 0.004 0.758 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.002 0.008 40 A 0.012 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 41 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 42 S 0.005 0.659 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.315 0.002 0.013 43 F 0.017 0.919 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 0.007 44 M 0.004 0.900 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 0.005 45 T 0.018 0.944 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.012 46 K 0.003 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.013 47 L 0.005 0.977 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 48 K 0.004 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.007 49 E 0.015 0.916 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 0.029 50 L 0.033 0.918 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.005 0.016 51 A 0.113 0.555 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.216 0.018 0.080 52 A 0.040 0.224 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.314 0.048 0.350 53 A 0.064 0.129 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.321 0.082 0.376 54 A 0.119 0.087 0.028 0.002 0.005 0.016 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.194 0.125 0.391 55 S 0.072 0.042 0.011 0.002 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.056 0.122 0.658 56 S 0.251 0.028 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.082 0.074 0.545 57 A 0.064 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.036 0.135 0.732 58 D 0.100 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.053 0.097 0.730 59 E 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.034 0.116 0.737 60 G 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.025 0.122 0.745 61 A 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.024 0.004 0.010 0.004 0.005 0.003 0.341 0.033 0.099 0.442 62 S 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.003 0.014 0.025 0.018 0.012 0.461 0.068 0.061 0.307 63 V 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.015 0.005 0.604 0.042 0.041 0.238 64 A 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.003 0.643 0.039 0.038 0.237 65 Y 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.654 0.027 0.047 0.248 66 K 0.026 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.589 0.058 0.054 0.238 67 I 0.037 0.020 0.002 0.001 0.011 0.049 0.073 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.063 0.091 0.434 68 K 0.006 0.008 0.007 0.002 0.054 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.303 0.059 0.078 0.450 69 D 0.270 0.009 0.014 0.002 0.049 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.086 0.065 0.438 70 L 0.312 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.074 0.063 0.472 71 E 0.048 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.037 0.096 0.795 72 G 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.031 0.114 0.707 73 Q 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.070 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.075 0.110 0.484 74 V 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.041 0.046 0.006 0.014 0.004 0.002 0.002 0.349 0.067 0.063 0.342 75 E 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.004 0.076 0.069 0.017 0.008 0.376 0.077 0.052 0.301 76 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.060 0.041 0.007 0.581 0.055 0.029 0.188 77 D 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.005 0.639 0.078 0.033 0.221 78 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.837 0.030 0.018 0.111 79 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.651 0.040 0.039 0.264 80 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.833 0.025 0.021 0.114 81 T 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.542 0.068 0.050 0.321 82 F 0.012 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.601 0.049 0.047 0.273 83 S 0.007 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 0.056 0.080 0.401 84 C 0.007 0.114 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.461 0.035 0.082 0.294 85 Q 0.044 0.489 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.104 0.041 0.150 86 A 0.046 0.700 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.052 0.030 0.073 87 E 0.012 0.611 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.097 0.024 0.120 88 M 0.017 0.491 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.265 0.116 0.028 0.078 89 I 0.027 0.599 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.100 0.013 0.057 90 I 0.034 0.163 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.375 0.283 0.025 0.109 91 F 0.016 0.337 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.121 0.032 0.125 92 E 0.069 0.329 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.115 0.054 0.189 93 L 0.122 0.127 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.215 0.092 0.239 94 S 0.070 0.336 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.125 0.091 0.308 95 L 0.201 0.235 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.068 0.080 0.367 96 R 0.138 0.155 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.078 0.117 0.430 97 S 0.085 0.115 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.067 0.129 0.514 98 L 0.101 0.068 0.011 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.078 0.126 0.538 99 A 0.063 0.060 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.065 0.076 0.142 0.572