# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.058 0.002 0.020 0.026 0.034 0.145 0.005 0.001 0.038 0.618 2 K 0.027 0.084 0.002 0.033 0.051 0.069 0.107 0.005 0.001 0.050 0.571 3 D 0.038 0.142 0.003 0.030 0.057 0.073 0.088 0.008 0.001 0.059 0.501 4 V 0.074 0.296 0.004 0.031 0.055 0.060 0.052 0.012 0.002 0.055 0.359 5 V 0.091 0.105 0.003 0.043 0.054 0.063 0.067 0.009 0.002 0.201 0.364 6 D 0.040 0.068 0.006 0.049 0.050 0.069 0.083 0.005 0.003 0.260 0.369 7 K 0.036 0.067 0.012 0.049 0.051 0.049 0.095 0.006 0.004 0.138 0.493 8 C 0.099 0.043 0.020 0.039 0.043 0.063 0.096 0.014 0.008 0.135 0.441 9 S 0.112 0.031 0.007 0.029 0.030 0.044 0.097 0.008 0.003 0.077 0.560 10 T 0.038 0.029 0.004 0.040 0.029 0.036 0.138 0.005 0.001 0.060 0.621 11 K 0.025 0.047 0.006 0.083 0.053 0.073 0.230 0.005 0.001 0.067 0.408 12 G 0.027 0.030 0.006 0.100 0.060 0.126 0.137 0.007 0.001 0.104 0.402 13 C 0.021 0.052 0.008 0.180 0.149 0.119 0.088 0.004 0.001 0.071 0.306 14 A 0.014 0.024 0.008 0.202 0.113 0.182 0.111 0.004 0.002 0.089 0.252 15 I 0.018 0.030 0.009 0.167 0.139 0.125 0.094 0.006 0.002 0.090 0.321 16 D 0.070 0.034 0.004 0.163 0.105 0.166 0.089 0.011 0.002 0.112 0.245 17 I 0.027 0.040 0.004 0.161 0.150 0.141 0.091 0.004 0.001 0.053 0.329 18 G 0.010 0.007 0.001 0.212 0.127 0.327 0.045 0.004 0.001 0.051 0.216 19 T 0.008 0.004 0.001 0.201 0.187 0.272 0.050 0.002 0.001 0.055 0.220 20 V 0.003 0.003 0.001 0.184 0.216 0.172 0.101 0.001 0.001 0.056 0.262 21 I 0.014 0.005 0.004 0.116 0.150 0.149 0.119 0.003 0.001 0.106 0.333 22 D 0.234 0.022 0.003 0.062 0.074 0.067 0.058 0.010 0.002 0.058 0.409 23 N 0.235 0.020 0.001 0.020 0.022 0.028 0.086 0.005 0.001 0.076 0.509 24 D 0.016 0.021 0.001 0.020 0.020 0.033 0.144 0.001 0.001 0.080 0.663 25 N 0.027 0.052 0.002 0.040 0.040 0.084 0.107 0.003 0.001 0.111 0.532 26 C 0.035 0.059 0.002 0.026 0.151 0.169 0.061 0.005 0.001 0.075 0.416 27 T 0.019 0.020 0.001 0.024 0.180 0.213 0.086 0.002 0.001 0.137 0.317 28 S 0.009 0.035 0.002 0.060 0.245 0.296 0.064 0.001 0.001 0.075 0.214 29 K 0.015 0.069 0.002 0.047 0.221 0.277 0.066 0.002 0.001 0.056 0.246 30 F 0.028 0.084 0.003 0.028 0.210 0.292 0.048 0.004 0.001 0.050 0.253 31 S 0.029 0.105 0.002 0.036 0.162 0.230 0.071 0.002 0.001 0.074 0.289 32 R 0.028 0.047 0.004 0.046 0.130 0.235 0.074 0.005 0.001 0.196 0.235 33 F 0.049 0.068 0.006 0.068 0.103 0.090 0.103 0.006 0.002 0.138 0.366 34 F 0.079 0.204 0.003 0.054 0.034 0.042 0.107 0.005 0.002 0.063 0.406 35 A 0.024 0.317 0.002 0.013 0.011 0.012 0.060 0.005 0.001 0.049 0.506 36 T 0.012 0.906 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.017 0.050 37 R 0.012 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.009 38 E 0.007 0.326 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.626 0.031 39 E 0.003 0.832 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.149 0.009 40 A 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 41 E 0.005 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.922 0.016 42 S 0.004 0.847 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.120 0.015 43 F 0.006 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 44 M 0.008 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.010 45 T 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 46 K 0.003 0.968 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.008 47 L 0.006 0.967 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 0.006 48 K 0.018 0.934 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.016 0.016 49 E 0.038 0.818 0.016 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.012 0.048 0.054 50 L 0.065 0.775 0.014 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.012 0.041 0.073 51 A 0.182 0.135 0.010 0.005 0.001 0.002 0.042 0.017 0.012 0.302 0.291 52 A 0.045 0.090 0.017 0.016 0.004 0.004 0.074 0.009 0.012 0.211 0.518 53 A 0.058 0.060 0.010 0.023 0.006 0.007 0.100 0.008 0.009 0.118 0.601 54 A 0.095 0.053 0.008 0.019 0.007 0.009 0.116 0.013 0.005 0.061 0.613 55 S 0.100 0.031 0.003 0.018 0.006 0.009 0.093 0.008 0.003 0.054 0.676 56 S 0.134 0.039 0.006 0.021 0.010 0.014 0.109 0.007 0.004 0.065 0.592 57 A 0.082 0.026 0.004 0.016 0.007 0.011 0.117 0.005 0.002 0.043 0.687 58 D 0.103 0.011 0.003 0.017 0.009 0.017 0.112 0.005 0.001 0.082 0.640 59 E 0.056 0.012 0.002 0.023 0.021 0.028 0.130 0.002 0.001 0.038 0.686 60 G 0.015 0.010 0.001 0.024 0.032 0.059 0.107 0.001 0.001 0.031 0.720 61 A 0.011 0.011 0.001 0.066 0.105 0.163 0.143 0.001 0.001 0.046 0.452 62 S 0.012 0.014 0.002 0.090 0.147 0.262 0.082 0.002 0.001 0.037 0.352 63 V 0.027 0.020 0.001 0.055 0.164 0.227 0.075 0.003 0.001 0.030 0.398 64 A 0.041 0.034 0.001 0.099 0.163 0.191 0.070 0.002 0.001 0.040 0.357 65 Y 0.015 0.032 0.002 0.098 0.144 0.215 0.074 0.002 0.001 0.036 0.381 66 K 0.034 0.054 0.002 0.074 0.116 0.259 0.068 0.006 0.001 0.032 0.355 67 I 0.061 0.076 0.003 0.064 0.114 0.140 0.082 0.006 0.001 0.050 0.403 68 K 0.032 0.058 0.010 0.073 0.111 0.112 0.105 0.005 0.002 0.073 0.419 69 D 0.161 0.068 0.023 0.035 0.036 0.073 0.092 0.016 0.009 0.078 0.408 70 L 0.529 0.033 0.005 0.013 0.019 0.022 0.045 0.013 0.002 0.034 0.284 71 E 0.049 0.016 0.002 0.015 0.018 0.023 0.111 0.003 0.001 0.039 0.724 72 G 0.013 0.023 0.002 0.048 0.070 0.134 0.117 0.001 0.001 0.040 0.551 73 Q 0.007 0.006 0.002 0.046 0.144 0.330 0.095 0.002 0.001 0.052 0.315 74 V 0.005 0.005 0.001 0.052 0.368 0.381 0.047 0.001 0.001 0.026 0.114 75 E 0.003 0.002 0.001 0.075 0.260 0.456 0.049 0.001 0.001 0.034 0.119 76 L 0.001 0.002 0.001 0.074 0.441 0.413 0.011 0.001 0.001 0.008 0.050 77 D 0.002 0.001 0.001 0.035 0.178 0.672 0.018 0.001 0.001 0.021 0.073 78 A 0.001 0.001 0.001 0.029 0.427 0.478 0.009 0.001 0.001 0.008 0.046 79 A 0.001 0.001 0.001 0.020 0.240 0.623 0.013 0.001 0.001 0.016 0.086 80 F 0.001 0.001 0.001 0.022 0.403 0.468 0.015 0.001 0.001 0.015 0.075 81 T 0.002 0.001 0.001 0.018 0.317 0.448 0.026 0.001 0.001 0.017 0.171 82 F 0.003 0.007 0.001 0.019 0.383 0.452 0.021 0.001 0.001 0.020 0.095 83 S 0.003 0.024 0.001 0.015 0.223 0.414 0.044 0.001 0.001 0.024 0.252 84 C 0.011 0.164 0.002 0.008 0.259 0.333 0.033 0.001 0.001 0.047 0.143 85 Q 0.034 0.246 0.002 0.011 0.132 0.266 0.031 0.003 0.001 0.086 0.188 86 A 0.013 0.596 0.001 0.005 0.082 0.121 0.026 0.001 0.001 0.054 0.101 87 E 0.003 0.465 0.001 0.007 0.126 0.229 0.020 0.001 0.001 0.055 0.091 88 M 0.002 0.544 0.002 0.008 0.136 0.224 0.007 0.001 0.001 0.051 0.025 89 I 0.003 0.378 0.001 0.008 0.176 0.346 0.007 0.001 0.001 0.060 0.019 90 I 0.003 0.328 0.004 0.013 0.268 0.228 0.009 0.001 0.001 0.114 0.031 91 F 0.006 0.471 0.006 0.015 0.157 0.222 0.011 0.002 0.003 0.072 0.037 92 E 0.020 0.556 0.007 0.011 0.112 0.111 0.014 0.003 0.004 0.098 0.066 93 L 0.037 0.135 0.010 0.013 0.097 0.106 0.032 0.007 0.006 0.429 0.129 94 S 0.055 0.334 0.025 0.015 0.047 0.071 0.062 0.007 0.013 0.174 0.198 95 L 0.132 0.305 0.018 0.017 0.033 0.045 0.049 0.010 0.009 0.072 0.309 96 R 0.107 0.116 0.013 0.017 0.040 0.061 0.076 0.014 0.006 0.095 0.453 97 S 0.079 0.080 0.007 0.014 0.024 0.049 0.111 0.008 0.004 0.085 0.538 98 L 0.084 0.063 0.009 0.022 0.036 0.036 0.128 0.006 0.004 0.069 0.542 99 A 0.067 0.042 0.007 0.025 0.032 0.044 0.135 0.006 0.003 0.055 0.584