# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.217 0.130 0.055 0.093 0.088 0.076 0.122 0.083 0.064 0.043 0.027 2 K 0.415 0.197 0.088 0.145 0.073 0.033 0.025 0.012 0.007 0.004 0.002 3 D 0.266 0.128 0.086 0.128 0.103 0.084 0.089 0.052 0.033 0.019 0.011 4 V 0.120 0.193 0.094 0.204 0.141 0.081 0.076 0.046 0.025 0.013 0.007 5 V 0.060 0.046 0.045 0.086 0.097 0.118 0.183 0.140 0.107 0.081 0.039 6 D 0.132 0.154 0.238 0.224 0.111 0.063 0.039 0.019 0.011 0.006 0.003 7 K 0.146 0.152 0.152 0.251 0.137 0.066 0.051 0.025 0.011 0.005 0.003 8 C 0.024 0.018 0.021 0.030 0.041 0.060 0.131 0.157 0.178 0.180 0.159 9 S 0.124 0.160 0.120 0.211 0.156 0.082 0.069 0.039 0.022 0.012 0.006 10 T 0.186 0.145 0.168 0.170 0.105 0.076 0.065 0.038 0.024 0.016 0.009 11 K 0.096 0.068 0.053 0.120 0.124 0.124 0.175 0.107 0.070 0.040 0.024 12 G 0.268 0.132 0.049 0.113 0.081 0.069 0.096 0.070 0.058 0.039 0.023 13 C 0.023 0.024 0.027 0.053 0.067 0.086 0.145 0.149 0.174 0.138 0.114 14 A 0.045 0.061 0.053 0.138 0.152 0.123 0.149 0.106 0.080 0.053 0.039 15 I 0.013 0.010 0.021 0.039 0.057 0.064 0.146 0.179 0.184 0.150 0.137 16 D 0.026 0.072 0.066 0.189 0.194 0.120 0.129 0.086 0.059 0.036 0.023 17 I 0.001 0.002 0.004 0.008 0.013 0.017 0.052 0.104 0.234 0.280 0.283 18 G 0.022 0.031 0.032 0.113 0.149 0.151 0.166 0.108 0.102 0.078 0.048 19 T 0.020 0.028 0.057 0.089 0.088 0.090 0.158 0.145 0.134 0.122 0.069 20 V 0.003 0.004 0.008 0.016 0.027 0.063 0.119 0.126 0.232 0.223 0.179 21 I 0.003 0.003 0.005 0.009 0.015 0.019 0.074 0.126 0.217 0.241 0.288 22 D 0.026 0.140 0.153 0.241 0.164 0.110 0.079 0.033 0.028 0.017 0.008 23 N 0.155 0.157 0.082 0.186 0.144 0.103 0.089 0.039 0.024 0.012 0.009 24 D 0.648 0.125 0.027 0.072 0.040 0.027 0.029 0.017 0.009 0.005 0.003 25 N 0.213 0.193 0.056 0.167 0.113 0.078 0.075 0.045 0.027 0.021 0.012 26 C 0.022 0.033 0.022 0.043 0.059 0.145 0.188 0.130 0.154 0.133 0.069 27 T 0.102 0.162 0.096 0.210 0.151 0.107 0.084 0.042 0.025 0.014 0.008 28 S 0.060 0.032 0.060 0.074 0.078 0.121 0.188 0.142 0.118 0.080 0.046 29 K 0.102 0.183 0.089 0.284 0.158 0.074 0.055 0.028 0.015 0.007 0.004 30 F 0.003 0.003 0.004 0.008 0.015 0.027 0.085 0.140 0.225 0.237 0.254 31 S 0.081 0.126 0.166 0.268 0.193 0.078 0.044 0.022 0.011 0.006 0.004 32 R 0.063 0.058 0.128 0.162 0.148 0.140 0.151 0.077 0.040 0.023 0.010 33 F 0.041 0.048 0.049 0.094 0.101 0.139 0.203 0.125 0.098 0.068 0.034 34 F 0.036 0.025 0.029 0.055 0.066 0.097 0.249 0.159 0.142 0.099 0.042 35 A 0.162 0.164 0.241 0.221 0.110 0.049 0.029 0.013 0.006 0.004 0.002 36 T 0.029 0.333 0.145 0.140 0.097 0.093 0.093 0.036 0.018 0.011 0.004 37 R 0.119 0.079 0.044 0.134 0.189 0.175 0.156 0.064 0.025 0.010 0.004 38 E 0.922 0.025 0.034 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.013 0.047 0.144 0.291 0.195 0.159 0.113 0.025 0.009 0.003 0.001 40 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.038 0.071 0.234 0.304 0.343 41 E 0.004 0.015 0.388 0.211 0.209 0.109 0.047 0.011 0.003 0.001 0.001 42 S 0.002 0.010 0.908 0.059 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.002 0.006 0.034 0.041 0.089 0.163 0.315 0.218 0.074 0.046 0.013 44 M 0.002 0.002 0.006 0.009 0.022 0.085 0.333 0.231 0.171 0.111 0.027 45 T 0.015 0.014 0.903 0.055 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.007 0.021 0.396 0.179 0.171 0.117 0.089 0.015 0.003 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.038 0.079 0.232 0.292 0.348 48 K 0.011 0.016 0.150 0.151 0.275 0.200 0.152 0.032 0.010 0.003 0.001 49 E 0.011 0.009 0.937 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.002 0.005 0.046 0.047 0.090 0.230 0.426 0.101 0.037 0.013 0.004 51 A 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.017 0.114 0.163 0.278 0.274 0.137 52 A 0.002 0.012 0.777 0.118 0.055 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 53 A 0.002 0.017 0.830 0.091 0.041 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.017 0.007 0.034 0.017 0.039 0.061 0.227 0.266 0.147 0.107 0.078 55 S 0.224 0.157 0.243 0.148 0.086 0.048 0.050 0.025 0.012 0.006 0.002 56 S 0.069 0.094 0.491 0.168 0.092 0.038 0.028 0.012 0.005 0.003 0.002 57 A 0.233 0.120 0.208 0.141 0.113 0.054 0.073 0.036 0.013 0.006 0.003 58 D 0.365 0.165 0.113 0.093 0.066 0.059 0.077 0.033 0.017 0.009 0.003 59 E 0.117 0.193 0.198 0.225 0.132 0.059 0.042 0.021 0.008 0.004 0.002 60 G 0.271 0.132 0.111 0.138 0.112 0.068 0.079 0.047 0.022 0.013 0.006 61 A 0.104 0.050 0.067 0.083 0.088 0.119 0.217 0.120 0.086 0.046 0.021 62 S 0.125 0.273 0.229 0.250 0.083 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 63 V 0.008 0.006 0.013 0.014 0.032 0.057 0.163 0.177 0.199 0.178 0.153 64 A 0.113 0.218 0.179 0.267 0.130 0.047 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 65 Y 0.047 0.024 0.072 0.079 0.093 0.150 0.233 0.134 0.090 0.055 0.024 66 K 0.100 0.207 0.196 0.287 0.125 0.043 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 67 I 0.015 0.013 0.017 0.022 0.034 0.059 0.185 0.173 0.197 0.176 0.109 68 K 0.122 0.157 0.203 0.248 0.148 0.061 0.034 0.015 0.007 0.004 0.002 69 D 0.203 0.224 0.227 0.184 0.077 0.039 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 70 L 0.064 0.059 0.049 0.079 0.092 0.134 0.197 0.127 0.094 0.067 0.038 71 E 0.322 0.254 0.084 0.137 0.079 0.045 0.041 0.021 0.011 0.006 0.002 72 G 0.241 0.188 0.148 0.190 0.098 0.057 0.043 0.020 0.008 0.004 0.002 73 Q 0.158 0.099 0.095 0.161 0.139 0.113 0.109 0.061 0.034 0.022 0.009 74 V 0.055 0.056 0.057 0.110 0.108 0.149 0.208 0.130 0.071 0.041 0.014 75 E 0.029 0.098 0.188 0.278 0.177 0.109 0.064 0.030 0.016 0.009 0.004 76 L 0.002 0.002 0.007 0.005 0.011 0.033 0.114 0.151 0.229 0.233 0.214 77 D 0.053 0.112 0.166 0.317 0.201 0.070 0.041 0.019 0.011 0.005 0.003 78 A 0.011 0.006 0.025 0.020 0.033 0.056 0.167 0.177 0.198 0.172 0.133 79 A 0.037 0.088 0.116 0.282 0.215 0.106 0.073 0.038 0.023 0.013 0.009 80 F 0.010 0.007 0.012 0.014 0.022 0.042 0.145 0.177 0.222 0.196 0.153 81 T 0.058 0.164 0.174 0.293 0.167 0.070 0.034 0.017 0.011 0.006 0.005 82 F 0.020 0.012 0.020 0.024 0.041 0.060 0.171 0.191 0.189 0.149 0.123 83 S 0.160 0.245 0.131 0.229 0.112 0.053 0.034 0.016 0.011 0.006 0.004 84 C 0.051 0.029 0.035 0.056 0.069 0.089 0.202 0.151 0.147 0.098 0.074 85 Q 0.195 0.214 0.146 0.225 0.104 0.051 0.032 0.015 0.010 0.005 0.003 86 A 0.024 0.029 0.051 0.074 0.094 0.090 0.194 0.149 0.140 0.086 0.069 87 E 0.020 0.032 0.076 0.114 0.124 0.131 0.172 0.127 0.093 0.069 0.042 88 M 0.019 0.056 0.142 0.170 0.144 0.120 0.145 0.081 0.065 0.039 0.018 89 I 0.005 0.008 0.032 0.036 0.049 0.069 0.169 0.192 0.189 0.168 0.083 90 I 0.006 0.011 0.034 0.056 0.069 0.088 0.162 0.163 0.175 0.147 0.089 91 F 0.008 0.013 0.057 0.045 0.053 0.070 0.147 0.161 0.182 0.163 0.101 92 E 0.004 0.007 0.038 0.048 0.080 0.085 0.187 0.202 0.157 0.117 0.074 93 L 0.003 0.003 0.013 0.011 0.017 0.031 0.100 0.150 0.239 0.265 0.167 94 S 0.026 0.078 0.176 0.244 0.175 0.103 0.094 0.043 0.034 0.017 0.010 95 L 0.021 0.020 0.058 0.060 0.085 0.101 0.201 0.171 0.127 0.094 0.061 96 R 0.056 0.071 0.105 0.164 0.139 0.130 0.141 0.084 0.058 0.034 0.018 97 S 0.107 0.105 0.117 0.126 0.104 0.092 0.142 0.083 0.060 0.038 0.027 98 L 0.036 0.037 0.063 0.078 0.094 0.100 0.154 0.126 0.127 0.098 0.086 99 A 0.172 0.134 0.112 0.148 0.117 0.083 0.104 0.055 0.039 0.023 0.013