# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.021 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.008 0.034 0.794 2 K 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.029 0.929 3 D 0.042 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.003 0.051 0.847 4 V 0.142 0.053 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.010 0.081 0.531 5 V 0.083 0.108 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.008 0.117 0.458 6 D 0.070 0.095 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.159 0.012 0.115 0.521 7 K 0.162 0.102 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.128 0.018 0.110 0.452 8 C 0.134 0.169 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.002 0.012 0.004 0.001 0.002 0.174 0.022 0.105 0.343 9 S 0.066 0.117 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.172 0.016 0.084 0.496 10 T 0.060 0.091 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.013 0.062 0.675 11 K 0.221 0.108 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.057 0.070 0.405 12 G 0.159 0.063 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.024 0.087 0.528 13 C 0.080 0.018 0.061 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.007 0.112 0.484 14 A 0.019 0.008 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.485 0.002 0.066 0.401 15 I 0.039 0.014 0.002 0.001 0.018 0.008 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.448 0.004 0.060 0.387 16 D 0.011 0.014 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.774 0.002 0.044 0.133 17 I 0.014 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.639 0.005 0.052 0.255 18 G 0.013 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.763 0.006 0.046 0.150 19 T 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.031 0.005 0.707 0.006 0.048 0.150 20 V 0.007 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.131 0.252 0.126 0.015 0.315 0.002 0.024 0.109 21 I 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.020 0.004 0.073 0.020 0.008 0.004 0.710 0.002 0.029 0.097 22 D 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.216 0.259 0.152 0.007 0.006 0.002 0.001 0.002 0.116 0.002 0.054 0.173 23 N 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.001 0.090 0.711 24 D 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.023 0.373 0.537 25 N 0.494 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.110 0.116 0.257 26 C 0.093 0.024 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.008 0.372 0.327 27 T 0.014 0.007 0.008 0.007 0.266 0.030 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.003 0.258 0.188 28 S 0.011 0.007 0.001 0.002 0.074 0.322 0.029 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.318 0.003 0.044 0.175 29 K 0.012 0.011 0.002 0.001 0.008 0.019 0.255 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.373 0.004 0.064 0.222 30 F 0.009 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.779 0.002 0.034 0.134 31 S 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.735 0.002 0.052 0.158 32 R 0.017 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.008 0.004 0.482 0.005 0.076 0.351 33 F 0.055 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.400 0.008 0.137 0.341 34 F 0.105 0.074 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.347 0.015 0.115 0.323 35 A 0.053 0.047 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.006 0.179 0.617 36 T 0.079 0.050 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.015 0.310 0.492 37 R 0.070 0.064 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.013 0.063 0.763 38 E 0.010 0.057 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.231 0.694 39 E 0.012 0.081 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.623 0.280 40 A 0.017 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.086 41 E 0.005 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 42 S 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 43 F 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.012 44 M 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 45 T 0.004 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 46 K 0.015 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.039 47 L 0.021 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.028 48 K 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 49 E 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 50 L 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 51 A 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 52 A 0.012 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 53 A 0.077 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.016 54 A 0.200 0.736 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.019 55 S 0.163 0.666 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.025 0.090 56 S 0.108 0.343 0.063 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.036 0.053 0.348 57 A 0.080 0.204 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.022 0.043 0.577 58 D 0.093 0.114 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.039 0.308 0.413 59 E 0.196 0.064 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.033 0.306 0.336 60 G 0.083 0.146 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.015 0.142 0.510 61 A 0.213 0.017 0.019 0.005 0.017 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.322 0.014 0.109 0.267 62 S 0.022 0.011 0.002 0.002 0.005 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.270 0.003 0.083 0.589 63 V 0.011 0.004 0.002 0.001 0.018 0.009 0.042 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.639 0.003 0.040 0.223 64 A 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.813 0.001 0.031 0.124 65 Y 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.758 0.002 0.022 0.182 66 K 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.024 0.007 0.757 0.002 0.032 0.145 67 I 0.013 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.024 0.132 0.126 0.021 0.303 0.005 0.050 0.303 68 K 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.006 0.221 0.128 0.031 0.011 0.339 0.002 0.052 0.164 69 D 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.041 0.052 0.003 0.016 0.005 0.002 0.002 0.079 0.004 0.092 0.669 70 L 0.035 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.182 0.027 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.148 0.015 0.092 0.261 71 E 0.025 0.050 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.023 0.242 0.528 72 G 0.080 0.022 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.123 0.266 0.454 73 Q 0.371 0.024 0.077 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.062 0.126 0.290 74 V 0.057 0.019 0.035 0.011 0.015 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.345 0.007 0.161 0.342 75 E 0.006 0.004 0.005 0.005 0.173 0.088 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.487 0.002 0.058 0.147 76 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.021 0.029 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.782 0.002 0.024 0.092 77 D 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.861 0.001 0.022 0.092 78 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.001 0.012 0.051 79 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.001 0.032 0.106 80 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.001 0.015 0.068 81 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.857 0.001 0.037 0.097 82 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.858 0.001 0.027 0.103 83 S 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.675 0.002 0.071 0.226 84 C 0.013 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.486 0.003 0.051 0.416 85 Q 0.030 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.005 0.119 0.593 86 A 0.047 0.075 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.277 0.008 0.123 0.457 87 E 0.050 0.144 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.011 0.119 0.473 88 M 0.067 0.383 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.018 0.054 0.315 89 I 0.043 0.594 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.014 0.029 0.171 90 I 0.028 0.695 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.014 0.019 0.105 91 F 0.017 0.740 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.013 0.015 0.082 92 E 0.016 0.712 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.007 0.023 0.047 93 L 0.012 0.806 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.011 0.021 0.060 94 S 0.030 0.691 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.033 0.023 0.130 95 L 0.069 0.540 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.090 0.020 0.170 96 R 0.077 0.468 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.052 0.057 0.195 97 S 0.145 0.367 0.056 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.054 0.105 0.221 98 L 0.250 0.383 0.045 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.050 0.034 0.172 99 A 0.140 0.391 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.022 0.052 0.286